16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 1087


 
Base Pair (1087 : 1114)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 61.9* -- 0.1 0.9 0.2 0.2 -- 2.6 0.1* -- 4.0 -- 0.1 -- 4.8 9.5* 15.7 6976
3 73.6* -- 0.1 1.1 0.2 0.2 -- 2.8 0.1* -- 4.9 -- 0.1 -- 5.1 11.7* 0.2 5665
B 93.5 -- -- -- 0.1 -- -- 3.4 -- -- 1.9 -- -- -- 0.8 -- 0.1 4441
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 98.5 1.0 -- -- -- -- 0.5 197
C 84.0* -- -- 1.2* -- -- -- 3.7 -- -- 1.2 -- 0.6 -- 9.2 -- -- 163
E 1.6* -- 0.4 5.9 0.5 1.4 -- 0.7 0.4* -- -- -- 0.1 -- 24.5 64.5* 0.1 1023
M 1.0 -- -- -- 0.1* -- -- 1.3 -- -- -- -- -- -- 2.7* 0.3 94.6 1153
 
Base Pair (1088 : 1113)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 78.6 -- -- -- 2.9 -- -- 0.4 -- -- 0.2 -- 0.1 0.1 2.5 -- 15.3 6975
3 93.0 -- -- -- 3.3 -- -- 0.2 -- -- 0.2 -- 0.1 0.1 2.9 -- 0.1 5664
B 99.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.2 -- -- 4440
A 19.3 -- -- -- -- -- -- 5.6 -- -- -- -- -- -- 75.1 -- -- 197
C 90.9 -- -- -- 0.6 -- -- 6.7 -- -- 1.2 -- -- -- 0.6 -- -- 164
E 79.2* -- -- -- 18.3 -- -- 0.1 -- -- 0.5 0.1* 0.3 0.2 1.1 -- 0.3 1023
M 5.7* -- -- -- 1.3 -- -- 0.3 0.1* -- 0.1 -- -- -- 0.3 0.1* 92.2 1152
 
Base Pair (1089 : 1112)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 80.0* -- -- -- 0.9 -- -- 0.7 -- -- 2.3 0.1* 0.5 0.1 0.1 -- 15.4 6978
3 95.1* -- -- -- 1.0 -- -- 0.5 -- -- 2.8 0.1* -- 0.1 0.1 -- 0.3 5666
B 98.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 -- -- 0.1 0.1 -- 0.4 4440
A 90.4 -- -- -- 4.6 -- -- -- -- -- 5.1 -- -- -- -- -- -- 197
C 95.1 -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- 0.6 -- 1.2 -- 0.6 164
E 82.8* -- -- -- 4.4 -- 0.1* 2.7 -- -- 9.1 0.6* -- -- 0.3 -- -- 1025
M 3.1* -- -- 0.1 0.3 -- -- 1.2 -- 0.1 -- 0.2* 2.6 0.1 0.1 0.1 92.1 1153
 
Base Pair (1090 : 1111)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 86.7* -- 0.1* 0.2 7.4 -- -- 3.0 -- -- 0.9 -- 0.1 0.2 1.4 6953
3 -- -- 99.3 -- -- 0.1 -- -- -- 0.2 -- -- 0.1 -- 0.1 -- 0.1 5643
B -- -- 99.5 -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- 0.1 4418
A -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 197
C -- -- 95.1 -- -- 1.8 0.6 -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 1.2 0.6 164
E -- -- 98.8 -- -- 0.2 -- -- -- 0.7 -- -- 0.3 -- -- -- -- 1024
M -- 0.2* 22.8 -- 0.5 0.3 44.7* -- 0.3 17.2 0.1 0.1 4.9 -- 0.1 0.6* 8.4 1151
 
Base Pair (1091 : 1110)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 0.3 67.8* 0.2 -- 17.9 5.6 -- 0.7* 2.6 -- -- 3.1 0.2 0.1 0.3 1.1 6885
3 -- 0.2* 77.3* -- -- 21.7 0.1 -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.1 0.1 0.2 5576
B -- -- 99.0 -- -- -- 0.1 -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 0.1 0.1 4350
A -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 197
C -- -- 94.5 -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 3.1 0.6 163
E -- 0.9 0.4 -- -- 98.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.2 -- 1025
M 0.1 1.1 17.6 1.2 0.1* 2.2* 33.3* 0.1 4.1 13.5 0.1* 0.1 18.5 1.1 0.1 0.9 6.0 1151


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