16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 1179


 
Base Pair (1179 : 1212)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.2 -- 1.9 69.8* 0.3 -- 14.5 2.2 1.7 0.6 1.1* 2.5 2.8* -- 0.4 1.2 0.8 7079
3 -- -- 0.1 78.4* -- -- 16.0 0.4 2.0 -- -- -- 2.8* -- -- -- 0.2 5765
B -- -- -- 99.2 -- -- 0.2 0.1 0.4 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 4547
A -- -- -- -- -- -- 99.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 197
C -- -- -- 96.4 -- -- 0.6 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 1.8 0.6 167
E -- -- 0.5 0.9 -- -- 70.8 2.0 9.6 -- -- -- 15.9 -- -- -- 0.4 1015
M 1.4 0.1 11.1* 22.2* 1.6 0.1 9.2 11.6 0.4 3.9 7.1* 15.0 3.2 0.3* 2.2 7.1 3.6 1153
 
Base Pair (1180 : 1211)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 0.3 -- 78.7* 0.9 0.1 2.7 0.7 3.7 2.7 5.1* 1.6 0.1 0.5* 0.2 0.5 2.0 7088
3 -- -- -- 92.4* 1.0 -- 2.3 0.4 3.4 -- -- 0.1 0.1 0.2* -- -- 0.2 5774
B -- -- -- 98.8 0.4 -- 0.7 -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 4569
A -- -- -- 3.6 -- -- -- -- 93.3 -- -- -- -- 3.1 -- -- -- 195
C -- -- -- 96.4 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 1.2 167
E -- -- -- 81.3* 3.9 -- 9.6 2.5 0.8 -- -- 0.4 0.4* 0.4 0.1* -- 0.7 1004
M 0.4 2.1 0.2* 6.5* 0.3 0.5 5.6 2.1 6.2 16.6 31.6* 9.4 0.1 2.3* 1.2 3.9 11.2 1153
 
Base Pair (1181 : 1210)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 65.4* -- -- 0.7* 16.9 -- -- 0.5 -- -- 0.7 0.1 -- 0.1 0.3 0.6 14.6 7059
3 77.2* -- -- 0.8* 20.5 -- -- 0.3 -- -- 0.1 0.1 -- 0.1 -- 0.1 0.8 5745
B 93.1 -- -- -- 5.8 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.9 4538
A 99.0 -- -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 193
C 89.2 -- -- -- 6.6 -- -- 3.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 167
E 1.8 -- -- 4.5 90.5* -- -- 1.7* -- -- -- 0.5 -- 0.2 -- 0.8 0.1 1008
M 3.0 -- 0.1 0.5 0.3 -- 0.1* 1.3 -- -- 3.9* 0.1 0.1 -- 1.6 3.2* 85.8 1153
 
Base Pair (1182 : 1209)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 69.4* 0.2* -- -- 1.0 -- -- 4.2 -- -- 3.1 -- -- 0.1 6.5 -- 15.5 7127
3 81.7 -- -- -- 1.1 -- -- 4.4 -- -- 3.8 -- -- 0.1 7.9 -- 0.9 5813
B 97.7 -- -- -- 1.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.6 4598
A 97.0 -- -- -- -- -- -- 2.0 -- -- 0.5 -- -- -- 0.5 -- -- 198
C 95.2 -- -- -- 0.6 -- -- 3.6 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- 167
E 6.4 -- -- -- -- -- -- 24.9 -- -- 21.8 -- -- -- 45.0 -- 1.9 1011
M 2.9 1.0* -- 0.1 0.1* 0.1 -- 3.2* 0.1 0.3 0.1 -- -- 0.1 0.4 -- 91.8 1153
 

 
Base Pair (1187 : 1203)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 67.3* 3.9 -- 0.4 14.0 3.9 0.2 0.1 6.4* 0.3* -- -- 2.7 0.4 -- -- 0.4 7054
3 79.0* -- -- 0.3* 16.7 -- -- -- -- -- -- 0.1 3.3 0.2 -- -- 0.3 5740
B 98.6 -- -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 0.2 4519
A 38.2 -- -- -- 61.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 199
C 93.4 -- -- -- 6.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 167
E 0.2 -- -- 2.0 78.8 -- -- -- -- -- -- 0.3 18.3 -- -- 0.2 0.2 1016
M 5.1* 23.9 0.3 0.5 1.4 24.2 1.0 0.5 39.5* 1.6* 0.1 -- 0.1 1.0 -- -- 1.0 1153
 
Base Pair (1188 : 1202)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 0.4* 62.8* 0.1 0.2 13.8 -- 5.7 0.3 -- 0.1 0.1 13.7* -- 0.1 2.7 7131
3 -- 0.1 -- 74.7* 0.1 0.2 0.1 -- 5.1 -- -- -- -- 16.8* -- 0.1 3.0 5817
B -- -- -- 94.4 0.1 -- 0.1 -- 5.2 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 4599
A -- -- -- -- -- 1.0 0.5* -- 11.2 -- -- -- 0.5 86.8* -- -- -- 197
C -- -- -- 45.5 -- -- 1.2 -- 53.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 167
E -- 0.3 -- -- -- 0.7 -- -- 3.3 -- -- -- -- 79.0 -- -- 16.7 1015
M -- -- 2.8 5.2 0.2 0.2* 85.4* -- 1.9 1.6 0.1 0.3* 0.8 -- -- 0.3 1.2 1153
 
Base Pair (1189 : 1201)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 0.1 40.6* 0.1 -- 0.2 10.7 0.2* 1.0 16.5 0.7 13.5* 1.0 1.2* 13.8 0.1 0.2 7168
3 0.1 -- 46.1* -- -- 0.1 -- 0.2* -- 19.7 0.8 16.5* -- -- 16.3 0.1 0.1 5854
B 0.1 -- 57.9* -- -- 0.1 -- -- -- 21.3 0.3* -- -- -- 20.1 0.2 -- 4658
A -- 0.6 0.6 -- -- -- -- -- -- 82.9 16.0 -- -- -- -- -- -- 175
C -- -- 80.8* 2.4* -- 1.2 1.2 1.8 -- 10.2 -- 1.8 0.6 -- -- -- -- 167
E -- -- 0.1 -- -- -- -- 1.2 -- 1.4 0.8 94.7* -- -- 1.8* -- 0.1 1015
M 0.1 0.3 6.9 -- 0.2 0.6 67.2* -- 6.0 1.0 0.3 -- 6.2 7.5* 2.7* 0.3 0.7 1153
 
Base Pair (1190 : 1200)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 68.2* -- -- 0.1* -- -- -- 22.5 -- -- 3.6 -- 0.2 -- 5.1 -- 0.3 7189
3 79.4 -- -- -- -- -- -- 17.3 -- -- 1.4 -- 0.2 -- 1.4 -- 0.1 5875
B 98.6 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.2 -- 0.3 -- 0.7 -- -- 4654
A 18.2 -- -- -- -- -- -- 42.4 -- -- 30.3 -- -- -- 9.1 -- -- 198
C 91.0* -- -- -- -- -- 0.6* 4.8 -- -- -- -- -- -- 3.6 -- -- 167
E 4.0 -- -- -- -- -- -- 91.2 -- -- 1.4 -- -- -- 3.3 -- 0.1 1017
M 7.4 -- -- 0.3 -- -- -- 52.2* 0.1 0.2* 14.8 -- 0.2 -- 24.0 0.1* 0.7 1153
 
Base Pair (1191 : 1199)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- -- 98.7 -- -- -- 0.8 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 0.2 7205
3 -- -- -- 99.6 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 5891
B -- -- -- 99.7 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4671
A -- -- -- 99.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5 -- 197
C -- -- -- 99.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 167
E -- -- -- 99.6 -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.2 1017
M -- -- -- 94.2 0.2 -- 0.1 4.3 -- -- -- 0.3 -- -- -- 0.5 0.3 1153
 
Base Pair (1192 : 1198)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 55.3* 0.4* -- -- 14.8 0.3 -- 5.4 22.7 0.1 0.1 0.1 0.7 -- -- 0.2 7190
3 -- 53.4* 0.2* -- -- 17.3 -- -- 0.5 27.6 0.1 0.1 0.1 0.6 -- -- 0.2 5879
B -- 62.2* 0.1 -- -- 2.0 -- -- 0.1 34.8 0.1 0.1 0.1* 0.4 -- -- 0.1 4656
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 199
C -- 88.6* 1.8* -- -- 4.2 -- -- 0.6 1.2 -- -- -- 3.6 -- -- -- 167
E -- 4.4 1.0 -- -- 90.4 -- -- 2.3 -- -- -- -- 1.7 0.1 -- 0.2 1018
M -- 59.7* 1.0 -- -- 4.7 1.8* -- 31.0 0.8 -- 0.1 0.1 0.6 -- -- 0.2 1150


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