16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 1239


 
Base Pair (1239 : 1298)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 0.1 11.2* 18.3 0.2 -- 3.5 50.8* 0.2 1.5 -- 12.0* 0.1 -- 0.2 0.9 1.0 7166
3 0.1 -- -- 21.6 0.2 -- 2.5 59.7* 0.1 -- 0.1 14.7* -- -- 0.1 0.1 0.9 5851
B 0.1 -- -- 22.5 0.2* -- 3.0 73.8* 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.2 4621
A -- -- -- 63.8 -- -- 3.9 31.9 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 207
C -- -- 7.7* 8.3 -- -- 12.5 69.6* -- -- -- -- -- -- -- 1.2 0.6 168
E -- 0.2 0.1 8.7 -- -- -- 1.6* 0.1 0.2 0.2 84.0* 0.2* -- -- 0.2 4.5 1021
M 0.2* 0.2* 68.2* 3.6* 0.3 0.1 7.1 2.2 0.4 9.4 -- -- 0.6 -- 1.0 4.8 2.0 1154
 
Base Pair (1240 : 1297)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 6.8 0.1 -- 28.5 0.4* -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 -- 14.3 48.5* 0.9 7197
3 -- -- 2.2 -- -- 33.6 -- -- 0.1* -- -- -- -- -- 9.6 53.5* 0.9 5884
B -- -- 2.2 -- -- 19.8 -- -- -- -- -- -- -- -- 11.5 66.4 -- 4654
A -- -- 4.8 -- -- 62.8 -- -- 1.0 -- -- -- -- -- 6.8 24.6 -- 207
C -- -- 1.2 -- -- -- 1.2* -- -- -- -- 4.2 -- -- 6.0 86.9* 0.6 168
E -- -- 1.7 -- -- 90.6 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.2 1.9 0.4 5.2 1021
M 0.1 -- 31.8 0.4 0.1 6.7 2.6* 0.2 0.1 0.1 -- 0.1* 0.3 -- 39.5* 17.1 1.0 1152


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