16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 1264


 
Base Pair (1264 : 1279)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 1.1 13.1 -- 0.1* 2.3* 2.1 -- -- 44.4* -- -- 5.8 0.2 -- 0.1 30.8 7166
3 -- 1.4 14.7 -- 0.1* 2.7* 2.2 -- -- 52.7* -- -- 7.0 0.2 -- -- 19.0 5852
B -- 1.7 18.2 -- 0.1* 3.4* 2.8 -- -- 62.8* -- -- 8.9 0.2 -- -- 1.8 4617
A -- 0.5 10.2 -- -- -- -- -- -- 88.8 -- -- -- -- -- -- 0.5 206
C -- 0.6 29.8 1.2* 0.6 2.4* 3.0 -- -- 57.7* -- -- 0.6 -- 1.2 1.2 1.8 168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1027
M -- -- 2.6 -- -- -- 1.3 -- -- 0.2 -- -- 0.5 -- -- 0.1 95.3 1154
 
Base Pair (1265 : 1278)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.8 16.0* 1.6 1.4 2.2 3.8 2.1 0.7* 2.7 6.2 8.4 14.0 3.1* 1.9 1.0 3.6* 30.5 7167
3 1.0 19.5* 1.7 1.7 2.7 4.3 2.3 0.8* 3.3 7.4 10.1 15.9 3.8* 2.3 1.1 2.9* 19.1 5853
B 1.3 24.4* 1.9 2.2 3.5 5.4 2.9 1.0* 4.1 9.4 11.5 18.2 4.8* 3.0 1.3 3.2* 2.0 4618
A -- 7.3 5.8* -- -- 0.5 -- -- -- 1.5 29.6 43.7* -- -- 1.0 10.7 -- 206
C -- 5.4 6.0* -- -- 2.4 1.2 -- -- 1.2 6.0 39.9* 0.6 -- 4.2 31.5 1.8 168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1027
M -- -- 0.7 0.2 0.1 1.6 1.0* 0.3 -- 0.3 -- 0.1 -- -- -- 2.9* 92.8 1154
 
Base Pair (1266 : 1277)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 65.8* -- 0.1* 0.1* 0.5 -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- 0.1 2.3 0.1 0.1 30.6 7192
3 77.0 -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- 0.2 -- 0.1 2.8 0.1 -- 19.2 5878
B 96.2 -- -- -- 0.7 -- -- -- -- -- 0.2 -- 0.1 0.5 0.2 -- 2.1 4643
A 28.6 -- -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- 1.5 67.5 -- -- -- 206
C 86.9* -- 3.6* 1.8* -- -- -- 0.6 0.6 -- 1.8 -- 1.2 -- 0.6 1.8 1.2 168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1027
M 5.0* -- -- 0.2 0.2 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 0.3 0.1 0.3* 93.8 1154
 
Base Pair (1267 : 1276)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 43.9* 0.1 -- -- 21.0 -- -- 3.4 0.2 0.1 0.4 -- 0.2 0.1* 0.1 30.5 7176
3 -- 51.7* -- -- -- 24.2 -- -- 4.1 0.1 0.1 0.5 -- 0.2 0.1 0.1* 18.9 5863
B -- 65.5* -- -- -- 30.6 -- -- 0.7 0.2 0.1 0.6 -- 0.3 0.1 0.1* 1.8 4627
A -- -- -- -- -- 0.5 -- -- 99.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 207
C -- 68.9* 2.4* -- -- 20.4 0.6 -- -- 2.4 0.6 -- 0.6 1.2 0.6 -- 2.4 167
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1027
M -- 0.5 -- -- -- 4.9* 0.2* -- 0.2 -- -- 0.3* 0.1 0.1 0.2 -- 93.7 1154


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