16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 564


 
Base Pair (564 : 886)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 42.7 5.8 -- -- 43.2* 2.3 -- 1.5 3.0* -- -- 0.4 0.1 -- -- 0.9 6657
3 -- 48.7* 3.1* -- -- 46.5 -- -- 0.5 1.0 -- -- -- -- -- -- 0.1 5639
B -- 58.3* 4.0* -- -- 36.1 -- -- 0.2 1.2 -- -- -- -- -- -- -- 4432
A -- 20.7 -- -- -- 78.4* -- -- -- 0.9* -- -- -- -- -- -- -- 213
C -- 14.2 3.7 -- -- 77.8* -- -- -- 4.3* -- -- -- -- -- -- -- 162
E -- 11.6 -- -- -- 85.9 -- -- 2.2 -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.2 994
M -- 8.5* 23.4* 0.2* -- 15.4 18.4 0.1 8.0 16.1 -- -- 3.4 0.6 -- -- 5.8 862
 
Base Pair (565 : 885)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 3.1 0.3 -- -- 88.9* 0.1* -- 5.2 -- -- -- -- 0.7 0.6 -- 1.0 6572
3 -- 0.1 0.1 -- -- 99.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.2 5556
B -- 0.1 0.1 -- -- 99.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.3 4352
A -- -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 213
C -- 0.6 -- -- -- 98.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 161
E -- 0.1 -- -- -- 99.8 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 991
M 0.1 23.1 1.5 -- 0.1 19.2 0.6 0.2 39.5* 0.1 -- 0.2* -- 5.3 4.2* -- 5.8 861
 
Base Pair (566 : 884)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 0.1 0.2 0.8 72.5* 0.1* -- -- -- 7.4* 2.0 1.4 0.1 14.9 -- 0.1 0.3 6644
3 0.1 -- -- -- 82.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 17.6 -- -- 0.1 5627
B 0.1 -- -- -- 99.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 4415
A -- -- -- -- 99.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5 -- 212
C -- -- -- 2.5 97.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 162
E 0.2 -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 99.3 -- -- 0.1 1000
M -- 0.6 2.3 5.8* 5.0 0.5* -- -- 0.1 57.0* 15.7 10.6 0.2 -- -- 0.7 1.5 861
 

 
Base Pair (570 : 880)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 74.3* -- 0.1 0.2 1.4 -- -- 0.4 -- -- 2.9 0.1 0.1 0.1 5.1 15.0* 0.3 6644
3 72.9* -- -- -- 0.5 -- -- 0.1 -- -- 3.0 0.1 0.1 0.1 5.2 17.7* 0.2 5603
B 93.1 -- -- -- 0.6 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 0.2 5.6 -- 0.3 4384
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 78.2 2.8 -- -- 19.0 -- -- 216
C 92.6 -- -- -- 1.2 -- -- 6.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 162
E -- -- 0.2 -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7 99.0 -- 1003
M 79.2* 0.1* 1.1* 1.6* 7.3 0.1 0.3 1.0 0.1 -- 2.6 0.1 0.2 0.2 5.2 0.6 0.1 885


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