16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1113


Base Pair (1113:1187)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.9* 81.8* 3.0* 3.9* -- 2.3 1.6 0.1 -- 2.4 -- 0.1 0.2 -- 0.3 0.1 0.46931
3 -- 96.4* 0.4* -- -- 2.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.35622
B -- 99.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.24403
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --197
C -- 99.4 -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --163
E 0.2* 81.7* 2.0* 0.2* -- 15.4 -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.31018
M 23.4* 7.4* 16.2* 23.5* 0.3 -- 9.4 0.4 0.1 14.7 -- 0.3 1.0 -- 1.8 0.4 1.11151
 
Base Pair (1114:1186)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.9* 71.5* 10.9* 6.3* 0.1 0.4 -- 0.5 0.1 2.1 0.2 -- -- 0.1 1.4 0.1 0.36978
3 0.3* 83.7* 12.4* 0.1* -- 0.4 -- -- -- 2.6 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.25668
B -- 99.5 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.24450
A -- 99.0* 1.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --197
C -- 98.2* 1.2* -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- --163
E 1.7* 11.6* 69.0* 0.5* -- 1.9 -- -- -- 14.6 -- -- -- -- 0.7 0.1 --1016
M 34.5* 7.6* 5.5* 37.5* 0.6 0.1 0.1 3.1 0.1 -- 1.0 -- -- 0.3 8.2 0.6 0.81152
 
Base Pair (1115:1185)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.5* 22.2 13.6 3.8* -- 52.3* 0.1 0.2 0.1 1.0* 0.1 -- 0.1 -- -- 0.6 0.27041
3 4.8* 22.0 5.3 4.1* -- 62.9* -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.6 0.15731
B 0.2* 20.4 4.2 3.7* -- 71.3* -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- --4512
A 41.9* 32.3* 1.0* 22.7* 1.0 0.5 -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- --198
C -- 3.6* 75.8* 2.4* -- 15.2 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 --165
E 18.0* 26.7 10.7 2.3* -- 38.2* -- -- 0.3 0.2* 0.1 0.1 -- -- -- 3.1 0.41016
M 10.0* 26.0* 46.5* 2.5* 0.1 4.2 0.3 1.3 0.2 6.2 0.3 0.1 0.4 0.2 0.3 0.3 1.21150
 
Base Pair (1116:1184)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.1* 20.1 2.4 8.1* 1.5 47.5* 0.4 0.1 0.2 0.8* -- -- 0.1 0.2 0.1 0.3 14.86838
3 3.8* 22.9 1.4 10.0* 1.9 57.5* 0.2 0.1 0.3 1.0* -- -- 0.1 0.2 0.1 0.1 0.25526
B -- 26.4 0.4 -- -- 72.7 -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.14307
A -- 46.7* 5.1* -- -- 17.8 1.0 -- -- 28.4 0.5 -- -- -- -- 0.5 --197
C -- 52.1* 10.3* 0.6* -- 36.4 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- --165
E 20.6* 3.9* 5.3* 54.1* 9.9 1.0 1.0 0.4 1.0 -- -- 0.2 0.5 0.8 0.6 0.4 0.41017
M 0.3* 1.7* 6.1* 0.4* 0.1 0.9 1.0 -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.2 1.1 88.11152
 

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