16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1118
| Base Pair (1118:1155)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
12.7* |
52.5* |
3.2* |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
29.8 | 7041 |
| 3 |
0.1* |
15.6* |
61.3* |
3.8* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
18.2 | 5729 |
| B |
0.1* |
15.9* |
77.8* |
4.9* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4503 |
| A |
-- |
91.7* |
6.2* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 193 |
| C |
-- |
-- |
93.3* |
0.6 |
0.6* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.6 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
0.5* |
0.2 |
2.3* |
0.3 |
0.1 |
1.4 |
-- |
0.1 |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
92.7 | 1152 |
| |
| Base Pair (1119:1154)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.0* |
45.7* |
6.6* |
1.2* |
0.4 |
12.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
30.1 | 7026 |
| 3 |
1.4* |
55.5* |
7.0* |
1.1* |
0.5 |
15.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
18.3 | 5714 |
| B |
1.8* |
67.2* |
8.3* |
1.4* |
0.6 |
19.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4484 |
| A |
1.0* |
80.7* |
14.2* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- | 197 |
| C |
33.3* |
18.2* |
29.7* |
2.4* |
0.6 |
9.7 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
3.6 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
0.1* |
0.7 |
1.3* |
1.5 |
0.1 |
1.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.7 | 1152 |
| |
| Base Pair (1120:1153)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.0* |
35.5* |
16.1* |
6.8* |
1.3 |
1.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
29.8 | 7055 |
| 3 |
10.9* |
43.5* |
16.8* |
8.0* |
1.6 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
18.0 | 5743 |
| B |
13.8* |
52.3* |
20.9* |
9.8* |
2.0 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4521 |
| A |
1.6* |
70.4* |
10.1* |
8.5* |
-- |
5.3 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- | 189 |
| C |
0.6* |
4.2* |
83.6* |
0.6* |
-- |
4.8 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
3.6 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
0.3* |
0.2* |
3.0* |
1.6* |
-- |
2.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 | 1152 |
| |
| Base Pair (1121:1152)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.1* |
12.9* |
35.4* |
1.8* |
-- |
18.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
29.7 | 7073 |
| 3 |
1.3* |
15.6* |
40.5* |
1.9* |
-- |
21.6 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
17.9 | 5761 |
| B |
1.6* |
17.7* |
50.6* |
1.7* |
-- |
27.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- | 4532 |
| A |
2.0* |
50.0* |
21.4* |
18.4* |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
-- |
4.2* |
65.5* |
7.3* |
0.6 |
18.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
3.0 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
0.1* |
0.3* |
4.9* |
0.3* |
-- |
1.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.8 | 1152 |
| |
| Base Pair (1122:1151)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.4* |
6.1* |
47.1* |
11.5* |
0.1 |
1.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
29.9 | 7063 |
| 3 |
3.7* |
7.4* |
55.4* |
13.9* |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
18.0 | 5751 |
| B |
4.6* |
8.2* |
67.7* |
17.3* |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- | 4520 |
| A |
-- |
27.8* |
63.1* |
9.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
4.8* |
3.0* |
61.2* |
-- |
-- |
21.2 |
4.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
3.0 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
1.7* |
0.2* |
3.1* |
0.7* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
94.0 | 1152 |
| |
| Base Pair (1123:1150)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.4* |
0.1* |
15.1* |
46.7* |
0.1 |
5.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.6 |
29.8 | 7084 |
| 3 |
1.7* |
0.1* |
17.9* |
54.1* |
0.1 |
6.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7 |
17.9 | 5772 |
| B |
2.2* |
0.2* |
22.3* |
65.2* |
0.1 |
7.9 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 4541 |
| A |
-- |
-- |
9.6* |
80.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.1 |
-- | 198 |
| C |
-- |
-- |
4.2* |
87.9* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.2 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
2.3* |
3.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
93.0 | 1152 |
| |
| Base Pair (1124:1149)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.4* |
0.1* |
1.5* |
2.0* |
2.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
2.0 |
0.5 |
29.9 | 7096 |
| 3 |
72.9* |
0.2* |
1.2* |
2.1* |
2.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
2.5 |
0.5 |
17.9 | 5784 |
| B |
89.3* |
-- |
1.5* |
2.0* |
2.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
3.2 |
0.7 |
-- | 4553 |
| A |
74.2* |
4.0* |
-- |
15.2* |
5.1 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 198 |
| C |
73.3* |
-- |
1.2* |
7.3* |
8.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
8.4 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
2.0* |
-- |
2.8* |
0.9* |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
93.3 | 1152 |
| |
|
| Base Pair (1128:1144)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
66.8* |
0.1* |
0.2* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
31.7 | 7056 |
| 3 |
0.5* |
79.5* |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
19.2 | 5744 |
| B |
-- |
97.5* |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.4 | 4514 |
| A |
14.7* |
82.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 | 197 |
| C |
-- |
73.9* |
3.6* |
1.8* |
-- |
1.2 |
0.6 |
0.6 |
2.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
13.9 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
0.3* |
1.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5* |
96.9 | 1152 |
| |
| Base Pair (1129:1143)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
55.5* |
8.7* |
0.1* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
31.8 | 7077 |
| 3 |
-- |
66.2* |
10.5* |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
19.2 | 5765 |
| B |
-- |
81.5* |
12.8* |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
1.4 | 4536 |
| A |
-- |
59.7* |
12.2* |
-- |
-- |
14.8 |
0.5 |
-- |
2.6 |
1.0 |
1.5 |
-- |
0.5 |
0.5 |
1.0 |
3.1 |
2.6 | 196 |
| C |
-- |
69.1* |
5.5* |
1.2* |
0.6 |
1.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
16.9 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3* |
0.1 |
98.1 | 1152 |
| |
|
| Base Pair (1132:1142)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
64.8* |
0.9* |
0.1* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
33.0 | 7091 |
| 3 |
0.2* |
79.0* |
1.0* |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.9 | 5779 |
| B |
0.2* |
97.0* |
0.6* |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 4549 |
| A |
0.5* |
78.7* |
14.7* |
-- |
-- |
1.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
3.0 | 197 |
| C |
0.6* |
16.4* |
5.5* |
1.2* |
0.6 |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
65.4 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
0.2* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 1152 |
| |
| Base Pair (1133:1141)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.3* |
1.3* |
0.4* |
45.3* |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
35.2 | 7047 |
| 3 |
20.0* |
1.6* |
0.5* |
55.1* |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
21.5 | 5735 |
| B |
24.7* |
0.8* |
0.2* |
68.5* |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
4.1 | 4508 |
| A |
16.5* |
26.8* |
9.3* |
36.6* |
1.5 |
2.6 |
0.5 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
2.6 | 194 |
| C |
0.6* |
0.6* |
2.4* |
17.0* |
7.3 |
-- |
2.4 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
67.3 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.1* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.7 | 1152 |
| |
| Base Pair (1134:1140)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.4* |
16.9* |
2.8* |
6.2* |
0.1 |
1.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
57.2 | 7085 |
| 3 |
17.6* |
20.7* |
3.3* |
7.5* |
0.2 |
1.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
47.9 | 5774 |
| B |
21.0* |
25.4* |
3.1* |
9.1* |
0.2 |
1.9 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
38.0 | 4545 |
| A |
30.3* |
21.0* |
25.1* |
9.7* |
1.0 |
5.1 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
2.6 |
3.6 | 195 |
| C |
1.2* |
0.6* |
2.4* |
0.6* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
92.7 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
| M |
-- |
-- |
0.2* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.7 | 1152 |
| |
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