16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1158


Base Pair (1158:1178)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 81.2* 0.4* 0.1* -- 0.5 -- -- -- 0.1 1.8 0.2 -- 0.1 0.2 0.1 15.27138
3 -- 96.4* -- -- -- 0.5 -- -- -- 0.2 2.2 0.1 -- -- 0.2* -- 0.25825
B -- 99.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --4605
A -- 99.5 -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --195
C -- 91.0* -- 0.6* -- 3.0 0.6 -- 0.6 -- -- 0.6 -- -- -- -- 3.6167
E -- 80.9* 0.1 -- -- 2.7 -- 0.1 0.1 0.8 12.7 0.7 -- 0.2 1.2* 0.1 0.51019
M 0.1* 2.5* 2.3* 0.3* -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- 0.3 -- 0.2 -- 0.4 93.51152
 
Base Pair (1159:1177)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 5.5 0.2 0.1 -- 73.5* 1.5* 0.3 1.5 0.4 0.4* 0.1 0.1 0.8 -- 0.4 15.27135
3 -- 6.6 0.2 0.1 -- 87.0* 1.8* 0.4 1.8 0.4 -- 0.1* 0.1 0.9 0.1 0.4 0.35822
B -- 5.7 0.1 -- -- 93.5 -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- 0.14600
A -- 53.0* -- -- -- 46.0 -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- 0.5* --198
C -- 3.0 0.6 0.6* -- 90.4* -- -- 1.2 0.6* -- -- -- 0.6 -- 0.6 2.4167
E 0.1 1.6 0.7 0.4 -- 65.6* 10.1* 2.2 8.0 2.3 0.2* 0.2 0.4 5.1 0.3 2.3 0.71018
M -- 0.3 0.3 0.2* 0.1 2.5* 0.1 -- 0.1 0.3 2.0* 0.2 -- 0.2 -- 0.4 93.61152
 
Base Pair (1160:1176)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.6 0.5* 2.2 4.4* 0.3 0.1 0.7 0.3 -- 0.3 -- -- 69.9* 0.1 -- -- 17.77109
3 3.9 0.6* 2.5 5.3* 0.3 0.1 0.7 0.3 -- 0.3 -- -- 82.6* 0.1 -- -- 3.15796
B -- -- 0.2 -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.3 -- -- 99.1 0.1 -- -- 0.14571
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.5 0.5 -- -- --198
C -- 1.2* 4.2 -- -- -- 3.0 -- -- -- -- -- 88.6* -- -- 0.6* 2.4166
E 22.2* 3.2* 13.6* 30.2* 1.3 0.4 3.6 2.0 0.1 0.4 0.1 0.1 5.9 0.1 0.1 -- 16.81021
M 2.3 -- 0.3 0.3* 0.3 0.1* 0.3 -- -- 0.2 -- 0.1 2.8* 0.2 -- -- 93.21153
 
Base Pair (1161:1175)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 2.0* 72.3* 7.8* 0.5* -- 0.6 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 -- 0.2 0.1 -- 0.1 16.07113
3 2.4* 85.0* 9.3* 0.5* -- 0.6 -- 0.1 0.1 0.1 0.1 -- 0.3 0.1 -- 0.1 1.25799
B -- 98.9 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.64581
A -- 99.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- 0.5194
C 0.6* 89.2* 2.4* 1.2* -- 1.2 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.8167
E 13.8* 20.5* 52.8* 2.6* 0.2 2.9 0.1 0.5 -- 0.4 0.2 -- 1.5 0.4 0.2 0.4 3.61018
M -- 5.2* 1.3* 0.6* -- 0.2 0.2 -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 92.21153
 
Base Pair (1162:1174)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.5* 71.9* 4.9* 0.6* 0.8 0.9 -- -- 0.1 0.1 0.3 0.2 -- 0.1 -- 0.2 15.57114
3 5.5* 85.0* 5.6* 0.6* 1.0 0.8 -- -- 0.1 0.1 0.3 0.2 -- 0.1 -- 0.1 0.65800
B -- 97.2* 1.3* -- -- 0.6 -- -- 0.1 0.1 0.2 0.1 -- 0.1 -- -- 0.54579
A -- 88.8* 9.1* -- -- 0.5 -- -- -- -- 1.5 -- -- -- -- -- --197
C -- 77.8* 5.4* 1.8* -- 6.6 -- -- -- 1.8 -- -- -- -- -- 1.8 4.8167
E 31.1* 30.0* 24.3* 3.4* 5.8 1.7 -- 0.1 -- 0.1 0.6 0.9 0.1 0.3 -- 0.2 1.51018
M 0.2* 4.4* 1.6* 0.2* -- 0.4 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- 0.4 92.41153
 
Base Pair (1163:1173)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 61.1* 5.1* 6.7* 9.2* 1.0 0.8 0.1 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.2 -- 0.1 15.47101
3 72.6* 6.1* 7.9* 10.2* 1.1 0.9 -- 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.2 -- 0.1 0.55787
B 75.3* 4.3* 7.4* 10.7* 1.0 0.5 -- -- -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.2 -- -- 0.24571
A 67.2* -- 5.7* 22.4* 0.5 3.1 -- -- -- -- -- -- 0.5 0.5 -- -- --192
C 77.2* -- 3.0* 9.6* 3.6 1.8 0.6 0.6 1.2 -- -- 0.6 -- -- -- 0.6 1.2167
E 61.9* 15.7* 10.3* 5.8* 1.5 2.1 -- 0.2 -- -- 0.2 -- 0.2 0.4 -- 0.3 1.51018
M 0.3* 0.4* 1.6* 4.2* 0.2 0.2 0.2 0.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 92.41153
 
Base Pair (1164:1172)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 52.6* 4.4* 2.5* 4.5* 17.7 2.0 -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 15.37129
3 61.6* 5.3* 3.0* 4.9* 21.6 2.4 -- 0.1 0.1 -- 0.2 0.1 0.1 0.1 -- -- 0.25815
B 61.7* 4.0* 2.6* 5.2* 23.1 2.6 -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 -- -- 0.14594
A 46.4* 31.1* 9.7* 3.6* 8.7 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --196
C 83.2* 1.8 -- 6.6* 1.8 2.4* 0.6 -- 1.8 -- -- -- -- -- -- 1.2 0.6167
E 64.5* 6.4* 3.7* 4.1* 17.2 1.7 -- -- 0.2 -- 0.4 0.2 0.4 0.3 0.1 -- 0.91019
M 2.4* 0.2* 0.4* 1.9* 0.2 0.2 -- 0.1 -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.3 94.21153
 
Base Pair (1165:1171)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 19.0* 18.5* 31.7* 1.3* 0.2 12.7 0.2 0.1 0.1 0.2 -- 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 15.97132
3 23.3* 22.4* 37.0* 1.3* 0.2 14.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.75819
B 28.8* 11.7* 41.0* 1.3* -- 16.3 -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 0.1 0.34598
A 4.6* 41.6* 49.2* 4.1* -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- --197
C -- 5.4 41.6 0.6 -- 45.2* 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 3.6166
E 2.0* 67.0* 16.8* 0.9* 0.9 7.3 0.9 -- 0.5 0.6 0.3 0.2 0.3 0.6 0.1 -- 1.81018
M 0.1* 0.2* 3.4* 1.0* 0.2 0.3 0.1 0.1 -- 0.2 -- -- -- -- -- -- 94.71153
 

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