16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1241


Base Pair (1241:1296)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 83.6* 1.2* 12.1* 1.4* 0.2 0.1 0.2 -- -- 0.3 -- 0.3 -- -- 0.2 0.2 0.27162
3 98.8* -- -- 0.8* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.15848
B 99.6 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.14624
A 98.5 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5204
C 95.8* -- -- 3.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2168
E 95.0* -- 0.1* 4.7* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --1018
M 4.1* 7.4* 75.5* 4.2* 0.3 0.7 1.3 0.1 -- 1.6 0.1 1.9 -- 0.2 1.2 1.0 0.41153
 
Base Pair (1242:1295)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 9.2 1.9* 13.6* 13.9 59.9* 0.2 -- 0.2* -- -- -- 0.2 0.5 0.1 -- 0.1 --7109
3 9.2 1.4* 0.6* 15.9 72.2* -- -- 0.2* -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 0.15795
B 8.0 1.8* 0.1* 0.2 89.3* -- -- 0.1* -- -- -- 0.1 0.1 0.2 -- 0.1 0.14566
A 49.8* -- -- 0.5* 47.3 -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C 51.2* 0.6* -- 6.5* 39.9 -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2168
E 6.0* -- 3.2* 89.5* 0.9 -- -- 0.1 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.1 0.11020
M 2.9* 4.6* 81.3* 4.8* 0.7 1.3 0.3 0.1 0.1 0.3 -- 0.5 2.4 -- 0.2 0.3 0.41153
 
Base Pair (1243:1294)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.5* 55.3* 21.2* 7.8* 2.1 3.7 0.3 0.1 0.2 0.2 0.1 0.5 -- 0.1 -- 0.1 1.67160
3 7.9* 50.5* 24.1* 9.2* 2.2 4.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.2 -- 0.1 -- 0.1 0.95848
B 6.5* 57.1* 20.5* 7.3* 2.6 5.0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 -- -- 0.2 -- 0.1 --4619
A 4.9* 52.4* 23.8* 5.8* 3.9 4.4 -- 2.4 0.5 -- -- 0.5 -- -- 0.5 1.0 --206
C 2.4* 25.1* 19.2* 12.0* 9.6 14.4 2.4 -- -- -- -- 13.2 -- -- -- 0.6 1.2167
E 14.7* 20.3* 40.0* 18.2* 0.1 0.4 0.1 0.1 0.3 -- -- 1.1 -- -- -- 0.2 4.61021
M 0.2* 83.5* 6.6* 0.5* 0.1 0.2 0.8 -- 0.2 0.4 -- 0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 7.01152
 
Base Pair (1244:1293)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 25.1* 33.1* 25.7* 10.6* 1.4 1.4 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.3 1.27080
3 30.6* 38.4* 14.0* 11.9* 1.8 1.6 0.4 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 -- 0.1 0.1 0.3 0.15768
B 26.1* 43.1* 15.4* 11.7* 1.8 1.1 0.1 0.1 -- 0.1 0.2 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.14543
A 11.2* 43.9* 22.9* 19.5* -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.5 --205
C 3.0* 57.5* 31.7* 4.8* -- -- 0.6 -- -- -- -- 0.6 -- -- -- 0.6 1.2167
E 54.6* 15.9* 6.4* 11.3* 1.9 4.4 2.1 0.3 0.5 0.3 -- 0.2 -- -- 0.3 1.3 0.61018
M 0.4* 2.9* 82.9* 5.1* 0.1 0.1 0.3 0.1 -- 0.1 -- 0.2 -- -- 0.3 0.1 7.41153
 
Base Pair (1245:1292)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 51.0* 11.3* 9.9* 19.8* 1.4 0.3 1.6 1.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 0.9 1.97177
3 59.9* 13.7* 9.8* 12.6* 1.6 0.4 0.1 0.2 0.1 -- 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.7 0.55864
B 62.4* 10.8* 11.5* 13.0* 1.2 0.4 -- 0.2 -- -- -- -- 0.1 0.2 0.1 0.1 --4637
A 68.9* 1.5* 8.3* 18.9* 1.0 -- -- 1.0 -- -- -- -- -- 0.5 -- -- --206
C 69.2* 1.2* 0.6* 21.9* 2.4 -- 0.6 -- -- -- -- 1.8 -- -- -- 1.2 1.2169
E 46.3* 29.4* 2.7* 9.6* 3.6 0.4 0.4 0.1 0.3 0.2 0.2 0.5 0.1 0.4 -- 3.5 2.21019
M 2.5* 0.5* 11.8* 56.1* 0.3 -- 9.1 6.1 0.2 0.3 0.1 0.3 0.3 -- 0.8 2.0 9.71152
 
Base Pair (1246:1291)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 48.2* 4.0 3.4 19.8* 0.5 6.5* 0.7 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.7 0.1 0.6 14.97202
3 57.3* 4.8 3.5 23.1* 0.4 7.9* 0.8 0.1 0.1 0.1* 0.1 0.1 0.1 0.8 0.1 0.3 0.55888
B 62.0* 5.9 3.3 16.3* 0.3 9.5* 0.9 0.1 0.2 -- -- -- 0.1 1.0 0.1 0.2 0.14658
A 75.4* 1.9 1.4 15.0* -- 6.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C 56.0* 1.2* 4.2* 32.1* 4.2 0.6 -- -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- 0.6168
E 32.5* 0.6* 4.5* 56.1* 0.9 0.8 0.1 0.2 -- 0.1 0.3 0.2 -- 0.5 -- 1.0 2.31021
M 0.1* 0.2* 3.0* 1.1* 0.8 0.3 0.5 -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 1.9 92.11154
 
Base Pair (1247:1290)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.5* 0.8 17.3 2.7* 1.4 36.9* 1.8 2.4 0.2 1.6* 0.3 0.4 5.5 0.2 1.4 1.4 15.27182
3 10.3* 0.9 20.7 3.1* 1.6 45.0* 1.6 2.8 0.3 1.9* 0.4 0.4 6.7 0.1 1.7 1.7 0.65867
B 4.8 0.6 23.9 1.8* 0.2 54.6* 1.9 0.3 0.2 1.9 0.2* 0.1 8.5* 0.2 0.4 0.3 0.24639
A 93.2* 1.0* 4.9* 0.5* 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --206
C 85.8* 0.6* 4.7* 3.0* 0.6 -- -- 1.2 -- -- -- 0.6 -- -- -- 3.0 0.6169
E 18.7* 2.2 9.2 9.4* 8.5 10.6* 0.4 15.1 0.8 2.4* 1.6 2.0 0.2 -- 7.9 8.2 2.91020
M 0.3* 0.2 1.6 1.0 -- 1.0* 2.9* -- -- 0.2 -- -- 0.2 0.7 0.2 -- 92.01154
 

Base Pair (1253:1284)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 58.5* 1.6* 0.1* 1.4* 6.1 0.1 0.4 0.4 0.2 -- -- 0.1 1.7 0.2 0.1 -- 29.27208
3 69.0* 1.7* 0.1* 0.8* 7.4 -- 0.4 0.5 0.2 -- -- 0.1 1.9 0.2 0.1 -- 17.55894
B 83.0* 2.2* -- 1.0* 9.2 -- 0.5 0.6 0.3 -- -- 0.1 2.3 0.3 0.1 -- 0.34658
A 96.1 -- -- -- 3.4 -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C 58.3* 6.0* 1.2* 17.3* -- 1.2 -- -- 1.2 -- -- -- 6.0 -- -- -- 8.9168
E 0.1* -- 0.3* -- -- 0.2 0.2 -- 0.1* 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 98.91027
M 4.3* -- 0.3* 1.8* 0.6 -- 0.2 0.1 -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- 92.61154
 
Base Pair (1254:1283)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 34.4* 3.7* 1.8* 16.0* 14.1 0.1 0.1 0.5 -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 28.97214
3 40.5* 4.5* 2.1* 17.4* 16.8 0.2 0.1 0.6 -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 17.55900
B 49.2* 5.6* 2.6* 21.9* 19.2 0.2 0.1 0.8 -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 0.14664
A 45.4 0.5* -- 2.4 47.8* -- -- 0.5* -- -- -- -- -- -- 0.5 -- 2.9207
C 23.2* -- 2.4* 59.5* 13.7 -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- 0.6168
E -- 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.1* -- -- -- -- -- -- 0.3* 99.31027
M 4.4* -- 0.3* 2.4* 0.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 92.51154
 
Base Pair (1255:1282)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 69.5* -- 0.1* 0.3* 0.8 -- 0.1 0.1 -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 28.87218
3 81.8 -- -- -- 0.5 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 0.1 -- -- 17.45904
B 99.0 -- -- -- 0.6 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 0.1 -- -- 0.14668
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C 81.5* -- 4.2* 5.4* 4.8 -- 3.0 -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 0.6168
E -- -- -- -- -- 0.2* 0.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 99.71027
M 4.3* -- 0.1* 1.2* 1.7 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 92.41154
 

Base Pair (1258:1277)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 65.7* 1.7* 0.1* 0.7* 0.1 0.4 -- -- 0.1 -- 0.2 -- 0.1 0.2 0.1 -- 30.57169
3 76.8* 2.0* 0.1* 0.5* 0.1 0.4 -- -- 0.1 -- 0.3 -- 0.1 0.2 0.1 -- 19.35855
B 96.0* 0.1* -- 0.5* 0.1 -- -- -- 0.2 -- 0.3 -- 0.1 0.3 0.1 -- 2.34621
A 28.8* 56.1* 1.5* 2.4* -- 11.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --205
C 89.3* -- 3.0* 1.8* -- -- -- -- 0.6 -- 0.6 -- 0.6 -- -- 1.8 2.4168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01027
M 5.5* 0.1 -- 1.5* -- 0.2* 0.1 -- 0.1 -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 92.51154
 
Base Pair (1259:1276)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 68.1* 0.3* 0.1 0.3* 0.2 0.1 -- 0.2 0.1 0.2 0.2 -- 0.2 -- -- 30.27184
3 -- 79.7* 0.1* -- 0.3* 0.2 -- -- 0.2 0.1 0.1 0.2 -- 0.2 -- -- 18.95871
B -- 96.5* 0.1* -- 0.4* 0.2 -- -- 0.3 0.1 0.2 0.3 -- 0.3 -- -- 1.74635
A -- 98.6 -- -- -- 1.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5207
C -- 86.8* 3.0* -- -- 2.4 2.4 0.6* 0.6 -- 0.6 -- 0.6 -- -- -- 3.0167
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01027
M -- 5.6* 1.0* 0.3* -- 0.3 -- -- -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- 0.1 92.51154
 

Base Pair (1263:1272)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 6.3* 22.2* 3.0* 25.9* 10.8 0.3 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 -- 0.3 30.57192
3 7.2* 25.5* 3.0* 30.6* 13.1 0.4 -- 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 -- 0.2 -- 0.3 19.25878
B 8.9* 29.6* 3.3* 37.7* 16.6 0.5 -- 0.1 0.2 0.1 0.2 0.2 -- 0.2 -- 0.3 2.14642
A 6.3* 60.4* 11.1* 21.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5207
C 1.2* 58.9* 20.2* 4.8* 3.0 0.6 1.8 -- 1.8 1.2 1.2 -- 0.6 -- 0.6 1.2 3.0168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01027
M 2.2* -- 0.2* 4.8* 0.1 -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 92.61154
 
Base Pair (1264:1271)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.5* 45.5* 12.0* 2.1* 0.4 3.3 0.1 -- -- -- 0.1 0.1 -- 0.2 0.2 -- 30.47189
3 6.6* 53.8* 13.3* 2.1* 0.5 3.9 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.2 0.2 -- 19.15875
B 8.3* 64.1* 16.7* 2.7* 0.6 4.7 0.1 -- -- 0.1 0.2 0.1 -- 0.2 0.2 -- 2.14640
A -- 89.8* 3.4* -- -- 6.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --206
C -- 53.6* 30.4* 1.8* -- 4.2 2.4 -- -- -- 0.6 -- 0.6 0.6 -- -- 6.0168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01027
M 0.8* 1.6* 2.6* 2.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 92.71154
 
Base Pair (1265:1270)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 7.8* 44.4* 5.2* 6.7* 0.2 4.7 0.1 -- 0.1 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 30.47165
3 9.5* 52.8* 4.6* 7.9* 0.2 5.3 0.1 -- 0.1 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- -- 19.05851
B 12.1* 63.2* 5.3* 10.0* 0.3 6.5 0.1 -- 0.2 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- -- 1.94616
A -- 82.0* 13.1* -- -- 4.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --206
C -- 50.0* 39.9* 1.2* 0.6 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.4 4.2168
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01027
M 0.1* 0.4* 3.2* 1.1* -- 2.1 0.3 -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 92.61154
 

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