16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1303
Base Pair (1303:1334) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.0* |
83.0* |
0.6* |
0.3* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- | 7168 |
3 |
18.3* |
81.0* |
0.1* |
0.3* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5875 |
B |
0.2* |
99.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4645 |
A |
28.0* |
65.2* |
-- |
6.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
C |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
98.6* |
-- |
0.5* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 1021 |
M |
-- |
90.9* |
3.9* |
0.2* |
0.1 |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
2.7 |
0.1 | 1132 |
|
|
Base Pair (1307:1330) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.1 |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
0.2 |
3.4* |
2.3 |
1.6 |
0.1 |
2.3* |
0.8 |
0.1 |
0.1* |
0.2 |
86.1* |
0.1 | 7180 |
3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
97.1* |
-- | 5887 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5* |
-- | 4656 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
96.1* |
-- | 207 |
C |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
92.9 |
-- | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
3.1* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
95.6* |
0.2 | 1022 |
M |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
13.1 |
2.4 |
0.8 |
21.4* |
14.3 |
10.0 |
0.4 |
1.9* |
4.6 |
0.4 |
0.4* |
0.3 |
27.8* |
1.4 | 1132 |
|
Base Pair (1308:1329)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
3.8* |
16.9* |
60.2* |
14.5* |
0.6 |
0.3 |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.7 |
0.2 |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 7168 |
3 |
0.2* |
20.2* |
66.7* |
11.0* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 5872 |
B |
-- |
21.1* |
77.9* |
0.5* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4640 |
A |
-- |
54.6* |
44.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
C |
-- |
4.7* |
93.5* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
E |
1.2* |
9.2* |
20.3* |
60.8* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
6.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 | 1023 |
M |
23.1* |
1.6* |
22.2* |
35.0* |
3.4 |
0.8 |
2.3 |
3.7 |
-- |
3.2 |
0.8 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
1.1 |
0.7 |
1.3 | 1135 |
|
Base Pair (1309:1328)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
86.2* |
2.3* |
2.3* |
5.3* |
1.7 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- | 7161 |
3 |
97.5* |
-- |
-- |
0.9* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 5865 |
B |
98.0* |
-- |
-- |
0.2* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4635 |
A |
98.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- | 205 |
C |
90.5* |
-- |
-- |
7.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 | 169 |
E |
95.1* |
-- |
0.2* |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 | 1023 |
M |
26.5* |
14.6* |
14.7* |
28.3* |
4.1 |
1.1 |
0.9 |
1.3 |
-- |
0.5 |
1.9 |
0.3 |
0.1 |
-- |
5.5 |
0.3 |
-- | 1135 |
|
Base Pair (1310:1327)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
33.8* |
21.7* |
16.8* |
19.8* |
0.2 |
4.9 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
1.0 |
0.1 |
0.3 |
-- | 7061 |
3 |
38.7* |
19.7* |
12.8* |
23.0* |
0.2 |
4.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- | 5765 |
B |
45.2* |
24.4* |
14.4* |
9.1* |
0.2 |
6.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4540 |
A |
-- |
13.5* |
17.5* |
69.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 200 |
C |
1.2* |
54.8* |
32.7* |
1.2* |
-- |
8.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 168 |
E |
17.4* |
0.1* |
4.4* |
75.4* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.8 |
-- | 1023 |
M |
13.9* |
26.6* |
35.1* |
6.6* |
0.5 |
3.9 |
0.9 |
1.6 |
0.2 |
1.2 |
0.5 |
1.5 |
0.4 |
6.2 |
0.1 |
0.5 |
0.2 | 1136 |
|
Base Pair (1311:1326)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
26.5* |
4.8* |
13.6* |
51.1* |
0.3 |
1.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
1.0 |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- | 7188 |
3 |
29.2* |
2.4* |
10.0* |
56.6* |
0.2 |
1.0 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- | 5890 |
B |
22.7* |
1.2* |
4.8* |
70.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4662 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
C |
0.6* |
-- |
-- |
98.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
44.4* |
8.5* |
35.8* |
3.0* |
0.4 |
5.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 | 1023 |
M |
16.5* |
17.9* |
34.8* |
15.6* |
1.1 |
1.5 |
0.4 |
1.8 |
-- |
1.7 |
0.1 |
6.4 |
0.2 |
-- |
0.3 |
1.5 |
0.3 | 1137 |
|
Base Pair (1312:1325)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
67.8* |
16.1* |
8.8* |
3.4* |
0.6 |
0.5 |
0.3 |
0.3 |
1.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- | 7194 |
3 |
76.9* |
17.7* |
3.9* |
0.2* |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 5900 |
B |
85.2* |
14.2* |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4667 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
C |
88.8* |
1.8* |
-- |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 169 |
E |
34.4* |
37.1* |
21.6* |
1.4* |
2.1 |
1.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.4 |
-- |
-- |
0.3 | 1024 |
M |
16.8* |
9.4* |
36.0* |
19.2* |
1.4 |
1.6 |
1.9 |
1.7 |
7.1 |
1.6 |
0.7 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
1.0 |
0.1 | 1133 |
|
Base Pair (1313:1324)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
20.1* |
2.2* |
56.1* |
8.8* |
0.4 |
2.7 |
1.7 |
0.3 |
0.1 |
0.9 |
2.9 |
2.1 |
0.1 |
-- |
1.0 |
0.5 |
-- | 7183 |
3 |
21.5* |
0.3* |
61.1* |
9.4* |
0.2 |
2.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
2.1 |
2.3 |
0.1 |
-- |
0.6 |
0.3 |
0.1 | 5887 |
B |
21.0* |
0.2* |
76.7* |
0.1* |
0.2 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4655 |
A |
96.1* |
-- |
-- |
3.4* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
C |
85.8* |
-- |
2.4* |
9.5* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
E |
8.6 |
0.6 |
2.6 |
52.8* |
0.2 |
5.3* |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
11.8* |
13.1 |
-- |
0.1 |
2.8 |
1.5 |
0.3 | 1023 |
M |
2.5* |
12.9* |
38.7* |
5.4* |
1.1 |
6.0 |
10.9 |
1.3 |
0.4 |
5.8 |
7.8 |
1.5 |
0.1 |
0.1 |
3.4 |
2.1 |
-- | 1135 |
|
Base Pair (1314:1323)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.4* |
71.2* |
2.2 |
6.4 |
0.1 |
0.2 |
0.8* |
0.9 |
0.2 |
0.5 |
0.6 |
0.5 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
13.8* |
0.5 | 7194 |
3 |
-- |
82.2* |
0.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
16.1* |
0.1 | 5899 |
B |
-- |
99.4* |
0.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4667 |
A |
-- |
94.2* |
4.4* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
C |
-- |
93.4* |
5.4* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 167 |
E |
-- |
1.4* |
2.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.2 |
93.0* |
0.5 | 1024 |
M |
8.8* |
10.9* |
8.9* |
40.8* |
0.6 |
0.4 |
4.6 |
6.0 |
0.8 |
2.9 |
3.3 |
2.8 |
0.5 |
-- |
3.1 |
3.3 |
2.3 | 1136 |
|
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