16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1303


Base Pair (1303:1334)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.0* 83.0* 0.6* 0.3* -- 0.3 -- -- 0.1 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.4 --7168
3 18.3* 81.0* 0.1* 0.3* -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- --5875
B 0.2* 99.5* -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- --4645
A 28.0* 65.2* -- 6.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C -- 98.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 0.6169
E 98.6* -- 0.5* 0.3* -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 0.11021
M -- 90.9* 3.9* 0.2* 0.1 1.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- 0.3 -- 2.7 0.11132
 

Base Pair (1307:1330)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 -- -- 2.2 0.4 0.2 3.4* 2.3 1.6 0.1 2.3* 0.8 0.1 0.1* 0.2 86.1* 0.17180
3 -- -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 0.1* -- 2.5* -- -- -- 0.2 97.1* --5887
B -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 2.3* -- -- -- -- 97.5* --4656
A -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 2.9* -- -- -- 0.5 96.1* --207
C -- -- -- 5.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 92.9 --169
E -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.3* -- 3.1* -- -- -- 0.7 95.6* 0.21022
M 0.8 0.1 0.1 13.1 2.4 0.8 21.4* 14.3 10.0 0.4 1.9* 4.6 0.4 0.4* 0.3 27.8* 1.41132
 
Base Pair (1308:1329)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.8* 16.9* 60.2* 14.5* 0.6 0.3 0.4 0.6 -- 0.7 0.2 1.1 0.1 -- 0.2 0.1 0.17168
3 0.2* 20.2* 66.7* 11.0* 0.1 0.2 -- -- -- 0.3 -- 1.1 -- -- 0.1 -- --5872
B -- 21.1* 77.9* 0.5* -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- --4640
A -- 54.6* 44.4* -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5 0.5 -- -- -- --207
C -- 4.7* 93.5* -- -- 0.6 -- -- -- -- -- 0.6 0.6 -- -- -- --169
E 1.2* 9.2* 20.3* 60.8* 0.5 -- -- -- -- 1.1 -- 6.4 -- 0.1 0.3 0.1 0.11023
M 23.1* 1.6* 22.2* 35.0* 3.4 0.8 2.3 3.7 -- 3.2 0.8 0.7 0.2 0.1 1.1 0.7 1.31135
 
Base Pair (1309:1328)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 86.2* 2.3* 2.3* 5.3* 1.7 0.2 0.1 0.2 -- 0.1 0.3 -- -- -- 1.0 -- --7161
3 97.5* -- -- 0.9* 1.3 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- --5865
B 98.0* -- -- 0.2* 1.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --4635
A 98.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.5 -- --205
C 90.5* -- -- 7.7* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 1.2169
E 95.1* -- 0.2* 4.1* -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.2 -- 0.21023
M 26.5* 14.6* 14.7* 28.3* 4.1 1.1 0.9 1.3 -- 0.5 1.9 0.3 0.1 -- 5.5 0.3 --1135
 
Base Pair (1310:1327)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 33.8* 21.7* 16.8* 19.8* 0.2 4.9 0.2 0.3 0.1 0.3 0.2 0.2 0.1 1.0 0.1 0.3 --7061
3 38.7* 19.7* 12.8* 23.0* 0.2 4.9 -- 0.1 -- 0.1 0.2 -- -- -- 0.1 0.3 --5765
B 45.2* 24.4* 14.4* 9.1* 0.2 6.3 -- -- -- 0.1 0.1 -- -- -- 0.1 -- --4540
A -- 13.5* 17.5* 69.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --200
C 1.2* 54.8* 32.7* 1.2* -- 8.9 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6168
E 17.4* 0.1* 4.4* 75.4* 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 0.5 -- -- -- 0.2 1.8 --1023
M 13.9* 26.6* 35.1* 6.6* 0.5 3.9 0.9 1.6 0.2 1.2 0.5 1.5 0.4 6.2 0.1 0.5 0.21136
 
Base Pair (1311:1326)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 26.5* 4.8* 13.6* 51.1* 0.3 1.1 0.1 0.3 -- 0.3 -- 1.0 -- 0.2 -- 0.3 --7188
3 29.2* 2.4* 10.0* 56.6* 0.2 1.0 -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.3 -- 0.1 --5890
B 22.7* 1.2* 4.8* 70.8* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 --4662
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --203
C 0.6* -- -- 98.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6169
E 44.4* 8.5* 35.8* 3.0* 0.4 5.8 -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 1.7 -- -- 0.21023
M 16.5* 17.9* 34.8* 15.6* 1.1 1.5 0.4 1.8 -- 1.7 0.1 6.4 0.2 -- 0.3 1.5 0.31137
 
Base Pair (1312:1325)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 67.8* 16.1* 8.8* 3.4* 0.6 0.5 0.3 0.3 1.1 0.3 0.2 0.1 -- 0.3 0.1 0.1 --7194
3 76.9* 17.7* 3.9* 0.2* 0.4 0.3 -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.3 -- -- --5900
B 85.2* 14.2* 0.2* -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- --4667
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C 88.8* 1.8* -- 8.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 0.6169
E 34.4* 37.1* 21.6* 1.4* 2.1 1.5 -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 1.4 -- -- 0.31024
M 16.8* 9.4* 36.0* 19.2* 1.4 1.6 1.9 1.7 7.1 1.6 0.7 0.7 0.2 0.1 0.6 1.0 0.11133
 
Base Pair (1313:1324)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.1* 2.2* 56.1* 8.8* 0.4 2.7 1.7 0.3 0.1 0.9 2.9 2.1 0.1 -- 1.0 0.5 --7183
3 21.5* 0.3* 61.1* 9.4* 0.2 2.1 -- 0.1 -- -- 2.1 2.3 0.1 -- 0.6 0.3 0.15887
B 21.0* 0.2* 76.7* 0.1* 0.2 1.5 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- --4655
A 96.1* -- -- 3.4* 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --207
C 85.8* -- 2.4* 9.5* 0.6 -- -- 0.6 -- -- -- -- 0.6 -- -- -- 0.6169
E 8.6 0.6 2.6 52.8* 0.2 5.3* -- 0.2 -- 0.1 11.8* 13.1 -- 0.1 2.8 1.5 0.31023
M 2.5* 12.9* 38.7* 5.4* 1.1 6.0 10.9 1.3 0.4 5.8 7.8 1.5 0.1 0.1 3.4 2.1 --1135
 
Base Pair (1314:1323)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.4* 71.2* 2.2 6.4 0.1 0.2 0.8* 0.9 0.2 0.5 0.6 0.5 0.1 0.2 0.5 13.8* 0.57194
3 -- 82.2* 0.9 -- -- 0.1 0.1* -- 0.1 -- -- -- -- 0.3 -- 16.1* 0.15899
B -- 99.4* 0.3* -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- --4667
A -- 94.2* 4.4* -- -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --206
C -- 93.4* 5.4* -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6167
E -- 1.4* 2.9 -- 0.1 -- 0.4* -- 0.1 0.2 -- 0.1 -- 1.2 0.2 93.0* 0.51024
M 8.8* 10.9* 8.9* 40.8* 0.6 0.4 4.6 6.0 0.8 2.9 3.3 2.8 0.5 -- 3.1 3.3 2.31136
 

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