16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1350
| Base Pair (1350:1372)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6* |
-- |
0.3* |
96.1* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6939 |
| 3 |
3.1* |
-- |
0.4* |
95.6* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5748 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4519 |
| A |
-- |
-- |
-- |
96.6* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
-- |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
17.5* |
0.1* |
2.1* |
77.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 1022 |
| M |
0.1* |
-- |
-- |
98.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 1025 |
| |
| Base Pair (1351:1371)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.8* |
1.4 |
0.5 |
12.5* |
6.5 |
70.5* |
-- |
0.2 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.3 | 6968 |
| 3 |
7.8* |
1.7 |
0.2 |
1.6* |
7.7 |
80.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 5768 |
| B |
-- |
0.5 |
-- |
0.2* |
-- |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4543 |
| A |
-- |
33.8 |
-- |
-- |
-- |
66.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 204 |
| C |
-- |
0.6 |
-- |
1.2* |
-- |
97.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
44.0* |
0.4* |
1.0* |
8.0* |
43.6 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
1.1 |
0.8 | 1019 |
| M |
9.0* |
-- |
2.4 |
75.1* |
0.6 |
10.5* |
0.1 |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.3 | 1034 |
| |
| Base Pair (1352:1370)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6* |
83.3* |
4.7* |
4.4* |
0.1 |
1.8 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
1.5 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 | 6984 |
| 3 |
0.7* |
94.6* |
0.6* |
0.2* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.1 |
1.2 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5771 |
| B |
0.9* |
98.4* |
0.2* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4545 |
| A |
-- |
95.6 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
0.1* |
77.3* |
2.8* |
1.4* |
0.1 |
7.5 |
-- |
-- |
0.5 |
6.2 |
0.3 |
2.1 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.1 | 1021 |
| M |
13.4* |
17.9* |
27.9* |
28.0* |
0.5 |
2.9 |
1.5 |
2.0 |
0.2 |
3.2 |
0.3 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
1.3 |
0.2 | 1047 |
| |
| Base Pair (1353:1369)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
82.2* |
1.4* |
6.4* |
4.7* |
1.8 |
0.1 |
1.2 |
0.4 |
-- |
0.3 |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
-- | 6987 |
| 3 |
94.4* |
0.7* |
0.4* |
2.0* |
2.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5776 |
| B |
98.3* |
0.9* |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4550 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
98.8* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
75.6* |
0.3* |
2.4* |
10.8* |
9.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 1021 |
| M |
11.9* |
5.6* |
40.2* |
19.9* |
1.0 |
0.5 |
8.1 |
2.2 |
-- |
1.9 |
2.8 |
1.4 |
0.2 |
-- |
1.1 |
3.1 |
0.1 | 1051 |
| |
| Base Pair (1354:1368)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1* |
67.5* |
15.2* |
5.8* |
0.3 |
2.9 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- | 6996 |
| 3 |
1.3* |
78.3* |
16.2* |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 5781 |
| B |
1.7* |
77.6* |
19.6* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- | 4553 |
| A |
-- |
97.5* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 201 |
| C |
-- |
95.9* |
4.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
0.1* |
77.4* |
4.1* |
-- |
-- |
17.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 1025 |
| M |
39.8* |
3.1* |
11.3* |
38.5* |
2.2 |
0.7 |
0.4 |
1.1 |
-- |
0.2 |
0.9 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.4 |
1.0 |
0.1 | 1054 |
| |
| Base Pair (1355:1367)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
52.5* |
2.2* |
1.6* |
40.9* |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 7007 |
| 3 |
57.1* |
0.7* |
0.7* |
39.7* |
1.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 5795 |
| B |
57.1* |
0.7* |
0.4* |
40.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4564 |
| A |
80.5* |
1.0* |
-- |
18.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
0.6* |
62.1* |
26.0* |
11.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
52.1* |
0.6* |
2.2* |
38.3* |
4.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.3 | 1024 |
| M |
35.6* |
1.0* |
2.9* |
52.6* |
4.0 |
0.1 |
0.4 |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.6 |
0.3 | 1051 |
| |
| Base Pair (1356:1366)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
61.1* |
3.1* |
4.2* |
26.5* |
1.7 |
1.9 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- | 7015 |
| 3 |
61.2* |
3.7* |
4.9* |
25.6* |
2.0 |
2.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 5802 |
| B |
69.4* |
3.3* |
5.7* |
19.1* |
2.0 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- | 4575 |
| A |
20.3* |
20.3 |
6.4 |
-- |
-- |
53.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
89.3* |
-- |
-- |
10.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
33.0* |
2.2* |
1.2* |
59.5* |
2.1 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 1023 |
| M |
55.6* |
0.2* |
1.1* |
34.2* |
0.7 |
0.6 |
0.7 |
2.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
3.5 |
0.4 | 1052 |
| |
| Base Pair (1357:1365) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.0* |
0.4 |
1.9* |
0.7 |
0.1 |
0.6 |
1.3 |
-- |
73.1* |
0.3 |
-- |
-- |
6.7 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 | 7030 |
| 3 |
16.9* |
0.4 |
2.1* |
0.7 |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
73.3* |
0.3 |
-- |
-- |
5.0 |
0.3 |
-- |
-- |
-- | 5803 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
6.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4572 |
| A |
56.8* |
5.8* |
35.4* |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
93.5* |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
84.4* |
0.9* |
4.7* |
3.5* |
0.1 |
3.1 |
-- |
-- |
0.2 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 1023 |
| M |
0.1 |
0.8 |
1.8* |
0.5 |
0.2* |
0.7 |
8.0 |
-- |
82.5* |
0.8 |
-- |
-- |
1.7 |
2.5 |
0.2 |
0.2 |
0.3 | 1066 |
| |
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