16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1399
Base Pair (1399:1504) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
97.1* |
2.0* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 3570 |
3 |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 2677 |
B |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1733 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 104 |
C |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 135 |
E |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 837 |
M |
-- |
88.7* |
10.0* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 762 |
|
|
Base Pair (1401:1501)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
98.1* |
-- |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 3713 |
3 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 2784 |
B |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 1817 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 104 |
C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 142 |
E |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 860 |
M |
93.4* |
-- |
-- |
5.8* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 | 791 |
|
Base Pair (1402:1500) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
99.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 3767 |
3 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 2839 |
B |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1871 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 104 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 142 |
E |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
99.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 861 |
M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 790 |
|
|
Base Pair (1404:1497)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
99.3* |
0.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 3817 |
3 |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 2875 |
B |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1901 |
A |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 104 |
C |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
E |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 867 |
M |
-- |
98.5* |
0.8* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 798 |
|
Base Pair (1405:1496)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
98.6* |
-- |
-- |
0.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 | 3705 |
3 |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 | 2762 |
B |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 1801 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 90 |
C |
98.6* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 148 |
E |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 868 |
M |
97.4* |
-- |
-- |
2.0* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 799 |
|
|
Base Pair (1407:1494) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 3780 |
3 |
-- |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 2836 |
B |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 1855 |
A |
-- |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 95 |
C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
E |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 883 |
M |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 800 |
|
|
Base Pair (1409:1491)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
63.9* |
0.6* |
8.0* |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
8.9 |
7.7 |
8.5 |
-- |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.2 | 4169 |
3 |
-- |
77.3* |
0.7* |
10.2* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
8.7 |
0.2 |
1.3 |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.3 | 3193 |
B |
-- |
84.5* |
0.1* |
12.6* |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.3 | 2173 |
A |
-- |
53.3* |
2.5* |
44.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 120 |
C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 149 |
E |
-- |
63.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
29.7 |
0.3 |
4.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 | 899 |
M |
-- |
5.4 |
0.4 |
1.1 |
3.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
11.2 |
37.7 |
38.6* |
-- |
0.2* |
1.4* |
0.1 |
0.1 | 830 |
|
Base Pair (1410:1490)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.7* |
7.8* |
22.1* |
41.9* |
3.8 |
2.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4303 |
3 |
20.0* |
0.1* |
26.3* |
49.1* |
3.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 3312 |
B |
27.8* |
0.1* |
-- |
65.9* |
5.3 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 2285 |
A |
19.5* |
-- |
29.7* |
50.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 128 |
C |
0.7* |
-- |
-- |
96.6* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 149 |
E |
-- |
0.1* |
92.8* |
6.2* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 898 |
M |
1.8 |
39.3* |
9.9* |
3.9 |
4.6* |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
29.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 845 |
|
Base Pair (1411:1489)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.3* |
78.7* |
11.8* |
6.5* |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4638 |
3 |
1.4* |
74.3* |
14.3* |
8.3* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 3647 |
B |
-- |
79.2* |
19.0* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 2600 |
A |
21.4* |
70.3* |
5.5* |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 145 |
C |
0.7* |
93.3* |
4.7* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 149 |
E |
2.3* |
60.8* |
2.1* |
33.5* |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 901 |
M |
0.8* |
95.3* |
2.1* |
0.1* |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 845 |
|
Base Pair (1412:1488)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.7 |
78.4* |
18.0* |
0.1 |
1.0* |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4741 |
3 |
0.8* |
95.9* |
2.0* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 3750 |
B |
-- |
98.0* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 2692 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 152 |
C |
-- |
59.7* |
38.3* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 149 |
E |
3.3* |
88.7* |
4.9* |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 905 |
M |
0.1 |
4.0* |
85.4* |
0.6 |
5.7* |
2.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
0.5 |
0.1 | 845 |
|
Base Pair (1413:1487) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
17.3 |
18.3* |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
62.7* |
0.4 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 4800 |
3 |
-- |
1.6 |
22.1* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
75.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 | 3809 |
B |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 2752 |
A |
-- |
2.7 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 148 |
C |
-- |
5.4 |
3.4* |
3.4 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
83.9* |
2.0 |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 149 |
E |
-- |
5.5* |
92.7* |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.1 | 908 |
M |
0.2* |
90.7* |
3.7* |
0.5* |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.9 |
1.8 |
-- |
1.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 845 |
|
Base Pair (1414:1486)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.2* |
26.6 |
10.0 |
0.8 |
0.6 |
38.8* |
17.6* |
-- |
0.3 |
0.9 |
0.5 |
2.1* |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
0.6 |
0.1 | 4802 |
3 |
-- |
24.0 |
6.8 |
0.3 |
0.1* |
44.7* |
21.8* |
-- |
0.1 |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.2 | 3810 |
B |
-- |
28.5 |
7.7 |
-- |
-- |
62.5* |
-- |
-- |
0.2 |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 2725 |
A |
-- |
79.9* |
7.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
11.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
C |
1.3* |
8.7 |
14.7 |
1.3 |
0.7 |
63.3* |
4.0* |
-- |
1.3 |
1.3 |
-- |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
0.7 |
0.7 | 150 |
E |
0.1* |
0.7* |
4.0 |
1.1 |
0.3 |
0.1 |
90.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.3* |
0.2 | 920 |
M |
0.9* |
41.4* |
23.2* |
3.8* |
2.8 |
7.6 |
0.8 |
-- |
0.8 |
1.2 |
2.7 |
11.5 |
0.5 |
1.2 |
0.8 |
0.6 |
0.1 | 845 |
|
Base Pair (1415:1485)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.4 |
26.0* |
13.0* |
0.5 |
56.8* |
0.4 |
0.3 |
0.5* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- | 4800 |
3 |
1.4 |
30.3* |
0.2* |
0.2 |
66.3* |
-- |
0.3 |
0.6* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 3808 |
B |
1.1 |
5.2* |
0.1* |
0.2 |
92.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 2717 |
A |
-- |
98.2* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 167 |
C |
4.7 |
0.7* |
0.7* |
5.3 |
87.3* |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
E |
2.4 |
92.0* |
0.2* |
0.1 |
0.1* |
-- |
1.3 |
2.5* |
0.2 |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 923 |
M |
1.2 |
11.1* |
73.1* |
0.9 |
8.5* |
2.0 |
0.4 |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.1 |
0.4 | 845 |
|
Base Pair (1416:1484)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
33.4* |
35.8* |
1.1* |
26.9* |
0.8 |
0.6 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.3 | 4972 |
3 |
37.5* |
27.9* |
0.7* |
31.8* |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 3982 |
B |
51.4* |
3.3* |
0.4* |
42.3* |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 2885 |
A |
1.8* |
94.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 168 |
C |
87.3* |
-- |
-- |
10.0* |
1.3 |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
E |
0.6* |
92.3* |
1.7* |
5.0* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 928 |
M |
4.4* |
79.1* |
3.6* |
6.8* |
-- |
3.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.9 | 843 |
|
|
Base Pair (1419:1481)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
23.8 |
0.9* |
17.4* |
2.0 |
39.8* |
0.1 |
0.1 |
0.3* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
14.7 | 5156 |
3 |
29.3 |
0.9* |
21.5* |
1.7 |
45.4* |
0.2 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 | 4160 |
B |
35.7 |
-- |
0.3* |
1.7 |
61.2* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 | 3055 |
A |
74.6* |
-- |
-- |
12.4* |
10.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 169 |
C |
3.3 |
-- |
-- |
15.9 |
80.1* |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 151 |
E |
-- |
3.9* |
94.7* |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 | 935 |
M |
0.6 |
1.2* |
0.5* |
0.9 |
5.2* |
-- |
0.1 |
1.8* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
89.0 | 848 |
|
Base Pair (1420:1480)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.6 |
8.9 |
24.7 |
1.3 |
17.9* |
31.5* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
14.5 | 5255 |
3 |
0.5 |
8.7 |
29.8 |
1.0 |
21.5* |
37.8* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 4258 |
B |
0.2* |
11.1 |
40.3 |
0.1* |
-- |
47.7* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 3146 |
A |
8.2* |
12.9 |
-- |
11.7* |
-- |
64.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 171 |
C |
1.3* |
62.9* |
10.6* |
2.6* |
-- |
21.2 |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 151 |
E |
0.3 |
-- |
-- |
1.9 |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 940 |
M |
0.8 |
0.2* |
1.5* |
2.5 |
2.7* |
1.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
88.9 | 849 |
|
Base Pair (1421:1479)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
16.2* |
16.3* |
21.4* |
16.5* |
0.6 |
13.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
14.4 | 5252 |
3 |
19.9* |
19.6* |
23.2* |
19.3* |
0.6 |
16.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 | 4255 |
B |
19.9* |
26.3* |
30.3* |
0.4* |
0.1 |
21.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 | 3142 |
A |
60.8* |
0.6* |
12.3* |
16.4* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 171 |
C |
2.6* |
9.3* |
71.5* |
3.3* |
0.7 |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
2.0 |
0.7 | 151 |
E |
12.3* |
0.7* |
1.5* |
83.0* |
1.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 | 941 |
M |
-- |
0.6* |
3.4* |
4.8* |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
88.8 | 849 |
|
Base Pair (1422:1478)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
28.4 |
0.5* |
6.9* |
14.6 |
31.6* |
0.3 |
0.1 |
0.5* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 |
1.5 |
0.1 |
14.5 | 5268 |
3 |
33.8 |
0.5* |
8.3* |
17.1 |
36.1* |
0.3 |
0.1 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.4 |
1.8 |
0.1 |
0.2 | 4271 |
B |
34.8 |
0.3* |
10.2* |
2.9 |
47.6* |
0.2 |
0.1 |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
2.3 |
0.1 |
0.1 | 3155 |
A |
51.8* |
0.6* |
2.9* |
32.9* |
4.7 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
2.4 | 170 |
C |
2.0 |
-- |
2.0* |
9.9 |
78.1* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.3 |
2.0 |
1.3 |
0.7 | 151 |
E |
27.2* |
1.3* |
2.9* |
61.7* |
3.2 |
1.0 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
1.9 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 945 |
M |
5.8* |
0.2* |
0.9* |
2.6* |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
89.1 | 849 |
|
Base Pair (1423:1477)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
26.4 |
1.1* |
16.3* |
6.3 |
33.1* |
1.5 |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
14.3 | 5354 |
3 |
30.1 |
1.4* |
19.0* |
7.0 |
39.8* |
1.7 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 4357 |
B |
39.1 |
0.3 |
1.1 |
7.5 |
49.4* |
1.5* |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 3229 |
A |
16.3 |
0.6* |
-- |
9.9 |
70.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 172 |
C |
64.9* |
-- |
1.3* |
13.2* |
15.9 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.7 | 151 |
E |
2.1* |
4.9* |
83.0* |
4.5* |
1.6 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.3 |
0.1 | 955 |
M |
0.2 |
0.2* |
4.7* |
1.8 |
2.1* |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
89.3 | 849 |
|
Base Pair (1424:1476)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
19.8* |
15.0* |
28.5* |
2.7* |
3.0 |
10.5 |
0.1 |
-- |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.9 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
14.2 | 5417 |
3 |
24.2* |
16.6* |
33.8* |
3.2* |
3.6 |
11.7 |
0.1 |
-- |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
-- |
4.7 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 | 4421 |
B |
4.9* |
21.1* |
45.2* |
3.5* |
2.1 |
14.8 |
0.2 |
-- |
1.2 |
0.2 |
-- |
-- |
6.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 3286 |
A |
50.6* |
5.8* |
1.7* |
7.6* |
29.1 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 172 |
C |
0.7 |
52.7* |
16.7* |
0.7 |
1.3* |
20.7 |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
0.7 |
-- |
2.7 | 150 |
E |
85.4* |
2.9 |
0.8 |
1.2* |
4.1 |
3.0* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.7 |
0.1 | 962 |
M |
0.1 |
0.5 |
2.6* |
0.7 |
0.2* |
2.4 |
0.2 |
-- |
3.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
89.8 | 849 |
|
Base Pair (1425:1475)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.9 |
4.0 |
5.4* |
5.4 |
9.1* |
24.2 |
1.3 |
0.6 |
25.9* |
0.2 |
-- |
-- |
3.4 |
2.2 |
1.1 |
0.6 |
14.6 | 5415 |
3 |
2.3 |
3.1 |
5.4* |
6.2 |
11.1* |
28.6 |
1.6 |
0.8 |
31.7* |
0.2 |
-- |
-- |
4.1 |
2.7 |
1.3 |
0.1 |
0.8 | 4419 |
B |
0.1* |
2.9 |
5.6* |
0.4 |
0.1 |
36.1 |
2.0 |
0.4 |
42.6* |
0.2 |
-- |
-- |
5.4 |
3.6 |
0.2 |
0.1 |
0.3 | 3285 |
A |
9.9* |
19.3 |
9.9 |
7.0* |
1.2 |
39.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.4 | 171 |
C |
-- |
50.7* |
26.0* |
2.0* |
0.7 |
15.3 |
0.7 |
-- |
0.7 |
2.0 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
0.7 | 150 |
E |
8.4 |
0.9* |
4.1 |
25.9 |
50.5* |
0.9 |
0.5* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
5.5* |
0.2 |
0.1 | 962 |
M |
0.2* |
0.5* |
1.6 |
1.8 |
0.1 |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9* |
89.9 | 849 |
|
Base Pair (1426:1474)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.7 |
6.0 |
15.3* |
2.7 |
11.9* |
11.1 |
0.5 |
0.1 |
28.7* |
0.1 |
0.3* |
0.1 |
6.2 |
0.3 |
0.6 |
0.2 |
14.1 | 5456 |
3 |
2.0 |
7.0 |
18.2* |
3.0 |
14.3* |
13.0 |
0.4 |
0.1 |
32.8* |
0.1 |
0.4* |
-- |
7.0 |
0.4 |
0.7 |
0.1 |
0.3 | 4460 |
B |
0.4 |
3.5 |
3.7* |
2.8 |
18.8* |
15.4 |
0.2 |
0.1 |
43.9* |
0.1 |
-- |
-- |
9.2 |
0.5 |
1.0 |
0.1 |
0.2 | 3321 |
A |
3.5* |
34.5* |
2.9* |
14.6* |
2.9 |
31.0 |
7.0 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 171 |
C |
2.0 |
6.7 |
1.3* |
2.7 |
6.7* |
4.0 |
6.0 |
0.7 |
68.7* |
-- |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 150 |
E |
7.3* |
14.2* |
70.7* |
1.7* |
0.8 |
1.8 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
1.7 |
0.1 |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 | 967 |
M |
0.1 |
0.2 |
2.2 |
0.8* |
0.2 |
2.6* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
2.9* |
0.1 |
-- |
0.4 |
89.8 | 849 |
|
Base Pair (1427:1473)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.7* |
37.0* |
24.2* |
1.2* |
0.4 |
6.9 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
10.1 |
0.6 |
0.2 |
1.0 |
0.3 |
15.1 | 5404 |
3 |
2.0* |
44.9* |
26.8* |
1.3* |
0.3 |
8.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
12.3 |
0.7 |
0.3 |
0.5 |
0.2 |
1.3 | 4408 |
B |
1.3* |
58.6* |
34.8* |
0.5* |
0.2 |
2.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 3277 |
A |
18.5* |
30.2* |
17.3* |
-- |
0.6 |
22.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
6.8 |
-- |
-- |
3.1 | 162 |
C |
0.7 |
4.0* |
69.3* |
1.3 |
3.3* |
5.3 |
-- |
-- |
0.7 |
5.3 |
-- |
0.7 |
1.3 |
-- |
4.7 |
3.3 |
-- | 150 |
E |
1.8* |
0.6 |
1.0 |
4.1 |
0.6 |
26.7* |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.8 |
0.2 |
55.6* |
0.1 |
0.1 |
2.0 |
0.5 |
5.3 | 968 |
M |
0.4 |
1.9* |
2.8 |
0.6* |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
3.2* |
0.2 |
89.8 | 849 |
|
Base Pair (1428:1472)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
7.1* |
0.8* |
1.5* |
53.6* |
4.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
9.0 |
0.1 |
0.1 |
1.9 |
4.6 |
15.6 | 5453 |
3 |
6.8* |
0.4* |
1.4* |
64.7* |
4.2 |
0.4 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
11.0 |
-- |
0.1 |
2.2 |
5.6 |
1.9 | 4457 |
B |
8.4* |
0.2* |
1.9* |
85.5* |
2.7 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 | 3327 |
A |
12.3 |
4.3* |
-- |
19.6 |
57.7* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
2.5 | 163 |
C |
52.7* |
-- |
9.3* |
20.7* |
10.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
2.7 |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 150 |
E |
0.7 |
0.4 |
0.1 |
0.7 |
0.3 |
1.9 |
0.1* |
-- |
-- |
0.9 |
2.7 |
50.5* |
-- |
-- |
10.4* |
24.0 |
7.2 | 966 |
M |
0.4 |
3.4* |
0.6* |
0.8 |
2.4* |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
91.4 | 849 |
|
Base Pair (1429:1471)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
13.6* |
59.0* |
0.7* |
9.1* |
0.5 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
14.9 | 5506 |
3 |
16.5* |
68.9* |
0.6* |
10.3* |
0.6 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.1 |
1.0 | 4510 |
B |
0.2* |
92.2* |
0.5* |
4.5* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 3362 |
A |
67.6* |
-- |
4.0* |
18.5* |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 173 |
C |
2.7* |
76.7* |
2.7* |
4.0* |
1.3 |
6.0 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
2.7 |
0.7 | 150 |
E |
63.7* |
0.6* |
0.3* |
29.0* |
1.5 |
0.4 |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
2.1 |
-- |
1.0 |
0.5 |
0.2 | 974 |
M |
0.4* |
3.1* |
1.1* |
3.4* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
91.4 | 849 |
|
Base Pair (1430:1470)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.6* |
58.0* |
2.7* |
6.7* |
0.3 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
14.9 | 5521 |
3 |
19.0* |
67.7* |
2.8* |
8.2* |
0.4 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 4526 |
B |
0.1* |
90.9* |
2.7* |
4.7* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 3373 |
A |
50.3* |
-- |
-- |
46.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 173 |
C |
2.0* |
76.5* |
11.4* |
0.7* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
2.0 | 149 |
E |
78.8* |
-- |
3.8* |
13.5* |
1.6 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
1.0 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 979 |
M |
-- |
2.5* |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.8* |
94.7 | 849 |
|
|
Base Pair (1435:1466)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
64.4* |
0.9 |
0.2 |
5.3* |
8.6 |
1.5* |
0.3 |
1.9 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
15.4 | 5555 |
3 |
75.9* |
1.0 |
0.2 |
6.1* |
10.4 |
1.8* |
-- |
2.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
1.0 | 4557 |
B |
89.8* |
-- |
-- |
1.1* |
4.8 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
1.0 | 3404 |
A |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 173 |
C |
74.3* |
-- |
3.3* |
6.6* |
-- |
-- |
5.9 |
6.6 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 152 |
E |
24.1 |
4.8 |
0.8 |
24.7 |
31.7* |
8.5* |
0.1 |
0.4* |
0.3 |
0.1* |
0.1 |
0.2 |
2.6 |
-- |
0.3 |
0.2 |
1.1 | 979 |
M |
0.6 |
0.1 |
-- |
0.7* |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1* |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
0.5 |
94.8 | 849 |
|
Base Pair (1436:1465)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.5 |
5.6 |
16.5 |
2.5 |
3.3 |
0.6 |
0.1 |
0.3 |
1.2* |
3.9 |
1.0 |
22.5* |
6.2* |
-- |
18.6* |
1.5 |
15.7 | 5541 |
3 |
0.5 |
6.8 |
19.8 |
2.9 |
4.0 |
0.6 |
-- |
0.4 |
1.4* |
4.6 |
0.9 |
27.2* |
7.5* |
-- |
20.3* |
1.7 |
1.5 | 4543 |
B |
0.3 |
2.6 |
20.3 |
2.4 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.1 |
1.8* |
1.9 |
0.1 |
33.8* |
9.1* |
-- |
26.0* |
0.4 |
0.5 | 3392 |
A |
-- |
0.6* |
-- |
2.3 |
87.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
5.2 |
-- |
-- |
1.2 |
2.3 | 172 |
C |
0.7 |
0.7 |
5.9 |
2.0 |
0.7 |
3.3 |
1.3 |
-- |
2.0* |
2.0 |
0.7 |
7.2* |
-- |
-- |
72.4* |
0.7 |
0.7 | 152 |
E |
1.1* |
22.5* |
21.4* |
4.7* |
0.8 |
2.4 |
0.1 |
1.3 |
0.3 |
14.9 |
3.8 |
8.8 |
2.6 |
-- |
4.0 |
6.4 |
4.8 | 978 |
M |
0.2 |
0.1 |
0.7* |
0.5* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.5 |
1.9* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
94.7 | 849 |
|
Base Pair (1437:1464)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
5.9* |
47.3* |
8.6* |
13.7* |
2.3 |
3.7 |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
0.6 |
-- |
0.3 |
0.9 |
0.2 |
15.0 | 5570 |
3 |
7.2* |
55.1* |
10.0* |
16.4* |
2.7 |
4.5 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
0.6 |
-- |
0.3 |
1.1 |
0.2 |
0.7 | 4572 |
B |
3.7* |
63.3* |
9.2* |
19.8* |
2.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 | 3420 |
A |
1.7 |
67.6* |
9.2* |
2.3 |
13.9* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
2.3 | 173 |
C |
-- |
77.6* |
11.8* |
4.6* |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 152 |
E |
20.1* |
23.9* |
13.2* |
7.1* |
3.1 |
18.2 |
0.1 |
1.9 |
0.6 |
0.6 |
1.1 |
2.2 |
-- |
1.4 |
5.0 |
0.5 |
0.8 | 978 |
M |
0.2 |
-- |
0.6* |
0.6 |
0.4* |
0.2 |
0.2 |
-- |
2.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
94.8 | 849 |
|
Base Pair (1438:1463)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
28.2* |
8.6* |
1.3* |
9.3* |
18.8 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
1.6 |
0.3 |
0.2 |
1.5 |
3.2 |
26.0 | 5566 |
3 |
33.4* |
10.3* |
1.2* |
10.4* |
21.7 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
1.9 |
0.3 |
0.3 |
1.4 |
3.8 |
14.1 | 4567 |
B |
44.4* |
10.3* |
0.7* |
13.6* |
28.9 |
0.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 | 3414 |
A |
4.7* |
69.2* |
15.1* |
-- |
1.7 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
3.5 | 172 |
C |
28.8 |
2.6* |
6.5* |
21.6 |
34.0* |
1.3 |
0.7 |
-- |
1.3 |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.3 |
0.7 | 153 |
E |
0.1 |
-- |
0.5 |
1.1 |
0.1 |
1.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.8* |
8.5 |
0.5* |
-- |
6.6 |
17.7* |
62.5 | 980 |
M |
-- |
0.2* |
0.7 |
1.1* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
1.9* |
0.5 |
94.8 | 849 |
|
Base Pair (1439:1462)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
41.1* |
7.7* |
6.4* |
7.8* |
1.3 |
4.7 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
2.6 |
2.1 |
3.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
6.7 |
15.1 | 5597 |
3 |
50.0* |
8.9* |
5.8* |
9.3* |
1.5 |
4.7 |
0.3 |
0.5 |
0.1 |
3.1 |
2.5 |
3.7 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
8.1 |
0.7 | 4598 |
B |
65.7* |
10.0* |
5.9* |
10.2* |
1.5 |
5.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 | 3445 |
A |
16.4* |
29.8* |
10.5* |
26.3* |
4.1 |
8.2 |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 171 |
C |
1.3* |
2.6* |
58.2* |
0.7* |
-- |
30.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
2.0 |
3.4 | 153 |
E |
0.7 |
1.4 |
4.6 |
3.0 |
1.2 |
2.1 |
1.4 |
1.8* |
-- |
14.3* |
11.7 |
17.1 |
0.1 |
0.1* |
2.1 |
37.9* |
0.3 | 981 |
M |
-- |
2.0* |
0.5* |
0.9* |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
95.1 | 849 |
|
Base Pair (1440:1461)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
5.1* |
9.8 |
4.5 |
0.9* |
0.6 |
54.2* |
0.9 |
-- |
0.2 |
0.2* |
0.1 |
-- |
1.7 |
5.1 |
0.2 |
0.8 |
15.7 | 5600 |
3 |
6.2* |
11.9 |
5.0 |
1.0* |
0.7 |
63.5* |
1.0 |
-- |
0.2 |
0.2* |
0.1 |
-- |
2.0 |
5.8 |
0.3 |
0.8 |
1.1 | 4600 |
B |
1.0 |
4.3 |
4.2 |
0.9* |
0.1 |
83.2* |
1.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
2.3* |
0.1 |
0.4 |
1.1 |
0.7 | 3453 |
A |
16.9* |
50.0* |
22.1* |
1.2* |
-- |
6.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 172 |
C |
-- |
-- |
13.0 |
-- |
-- |
74.7* |
1.3 |
-- |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
2.6 |
6.5 | 154 |
E |
22.9* |
32.2* |
4.8* |
1.1* |
3.0 |
3.4 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
1.2 |
27.2 |
-- |
0.1 |
2.8 | 974 |
M |
0.1 |
0.4 |
0.5* |
0.9* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0* |
-- |
0.5 |
95.3 | 849 |
|
|
Base Pair (1442:1460)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
16.7 |
1.8* |
3.3 |
1.3 |
0.6 |
1.2 |
15.8 |
0.2* |
0.4 |
5.7 |
-- |
0.1 |
28.7* |
0.4 |
0.2 |
2.1* |
21.5 | 5635 |
3 |
20.3 |
1.9* |
3.9 |
1.1 |
0.7 |
1.4 |
19.2 |
0.3* |
0.5 |
6.8 |
-- |
0.1 |
34.9* |
0.4 |
0.3 |
2.5* |
5.7 | 4635 |
B |
25.9 |
1.7* |
5.1 |
0.6 |
0.3 |
1.0 |
16.7 |
0.3* |
0.6 |
9.2 |
-- |
0.1 |
28.9* |
0.5 |
0.4 |
3.4* |
5.5 | 3464 |
A |
23.7* |
18.3 |
3.0 |
17.2* |
12.4 |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
4.2 | 169 |
C |
8.4* |
58.4* |
14.3* |
-- |
0.6 |
1.9 |
-- |
-- |
0.6 |
1.3 |
0.6 |
-- |
2.6 |
0.6 |
-- |
1.9 |
8.3 | 154 |
E |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
31.0 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
61.3* |
0.2 |
-- |
-- |
6.9 | 1001 |
M |
0.1* |
0.1 |
0.2 |
2.8* |
0.1 |
0.4* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
95.3 | 849 |
|
Base Pair (1443:1459)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
21.4* |
27.2* |
10.0* |
1.9* |
0.7 |
1.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
2.7 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
32.9 | 5676 |
3 |
25.9* |
32.7* |
11.9* |
2.2* |
0.8 |
2.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
3.2 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
-- |
19.7 | 4676 |
B |
33.0* |
43.4* |
10.5* |
2.5* |
0.8 |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
6.3 | 3502 |
A |
30.6* |
5.8 |
3.5 |
8.1* |
4.6 |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.1 | 173 |
C |
-- |
62.7* |
15.0* |
0.7* |
-- |
6.5 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
13.1 | 153 |
E |
-- |
-- |
18.3* |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.2* |
13.7 |
0.1* |
-- |
1.1 |
-- |
0.1 |
-- |
66.0 | 1000 |
M |
0.2* |
-- |
0.6* |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
95.4 | 849 |
|
Base Pair (1444:1458)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
6.8* |
44.1* |
4.5* |
1.3* |
0.7 |
16.0 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.9 |
0.1 |
0.1 |
1.2 |
1.4 |
-- |
0.1 |
21.6 | 5708 |
3 |
8.2* |
52.9* |
5.1* |
1.4* |
0.9 |
17.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
2.0 |
0.1 |
0.1 |
1.4 |
1.6 |
-- |
0.1 |
8.6 | 4708 |
B |
10.7* |
62.9* |
2.7* |
1.4* |
0.2 |
13.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
8.1 | 3533 |
A |
0.6 |
30.8* |
-- |
11.6 |
18.6* |
12.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.0 | 172 |
C |
-- |
42.2* |
8.4* |
-- |
-- |
33.8 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
14.2 | 154 |
E |
0.6* |
21.4 |
14.6 |
-- |
0.1 |
32.2* |
0.5 |
0.4 |
0.1 |
8.8* |
-- |
0.3 |
6.7 |
6.6 |
0.1 |
0.1 |
7.6 | 1002 |
M |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
0.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.6* |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1* |
0.1* |
0.2 |
95.6 | 849 |
|
Base Pair (1445:1457)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.3 |
12.1 |
7.4 |
1.0* |
0.3 |
42.8* |
0.2 |
0.1 |
1.0 |
2.1 |
0.5* |
0.1 |
3.0* |
2.6 |
0.2 |
0.6 |
23.7 | 5673 |
3 |
2.8 |
14.7 |
8.9 |
0.8* |
0.4 |
51.3* |
0.2 |
0.1 |
1.2 |
2.5 |
0.6* |
-- |
3.7* |
3.1 |
0.2 |
0.6 |
8.8 | 4673 |
B |
1.3* |
15.4 |
7.0 |
0.1* |
0.1 |
65.4* |
0.1 |
-- |
0.4 |
1.0* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
8.1 | 3500 |
A |
0.6* |
46.8* |
4.1* |
8.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
39.2 | 171 |
C |
1.9* |
10.4 |
4.5 |
-- |
-- |
68.2* |
0.6 |
-- |
-- |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
12.2 | 154 |
E |
8.4 |
6.8 |
16.3 |
1.8* |
1.5 |
10.7* |
0.7 |
0.3 |
4.1 |
8.3 |
2.7* |
0.2 |
16.9* |
14.3 |
0.5 |
0.2 |
6.4 | 1001 |
M |
-- |
-- |
0.5* |
2.1* |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1* |
0.1 |
0.4 |
95.5 | 849 |
|
|
Base Pair (1448:1455)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
2.7* |
59.8* |
0.2* |
3.3* |
3.3 |
0.8 |
0.3 |
1.3 |
0.3 |
0.3 |
2.0 |
0.7 |
0.5 |
0.4 |
2.5 |
1.4 |
19.9 | 5713 |
3 |
3.0 |
69.6* |
0.2 |
3.9 |
4.0* |
0.9 |
0.3* |
1.6 |
0.4 |
0.3 |
2.4 |
0.8 |
0.7 |
0.4 |
2.8* |
1.7 |
6.8 | 4713 |
B |
0.2* |
91.7* |
0.2* |
3.6* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
3.1 | 3536 |
A |
-- |
16.3* |
0.6* |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.8 | 172 |
C |
0.6* |
87.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.4 | 154 |
E |
13.4 |
1.1* |
0.2 |
5.5 |
18.8* |
3.7 |
1.2* |
6.4 |
1.1 |
0.1 |
11.3 |
3.6 |
2.9 |
2.0 |
13.3* |
8.1 |
7.4 | 1004 |
M |
1.2* |
0.4* |
0.4* |
0.9* |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
95.6 | 849 |
|
Base Pair (1449:1454)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.7* |
52.3* |
2.1* |
1.1* |
1.1 |
0.6 |
0.3 |
0.6 |
2.2 |
0.6 |
2.6 |
0.7 |
0.7 |
3.4 |
1.2 |
0.2 |
28.4 | 5707 |
3 |
2.1* |
63.0* |
2.4* |
1.1* |
1.1 |
0.7 |
0.4 |
0.8 |
2.5 |
0.7 |
3.1 |
0.8 |
0.8 |
4.1 |
1.5 |
0.2 |
14.7 | 4707 |
B |
0.6* |
82.3* |
2.4* |
0.2* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
13.2 | 3534 |
A |
-- |
7.6* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.2 | 172 |
C |
-- |
80.5* |
4.5* |
0.6* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.0 | 154 |
E |
7.7 |
4.1 |
2.3* |
4.5* |
5.1 |
0.9 |
1.7 |
3.6 |
11.2 |
3.2 |
14.0* |
2.8 |
4.0 |
19.0* |
6.9 |
1.0 |
8.0 | 1000 |
M |
-- |
0.1 |
0.6* |
1.3* |
1.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
95.6 | 849 |
|
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