16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 144
| Base Pair (144:178)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.6* |
30.1* |
6.9* |
8.3* |
0.2 |
10.6 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
11.6 | 6972 |
| 3 |
33.5* |
34.9* |
7.4* |
8.9* |
0.2 |
12.4 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
1.5 | 5980 |
| B |
40.4* |
23.7* |
8.9* |
10.9* |
0.2 |
14.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 | 4750 |
| A |
39.7* |
46.3* |
6.5* |
5.1* |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 214 |
| C |
76.8* |
3.6* |
3.0* |
8.3* |
2.4 |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
2.4 | 168 |
| E |
0.1* |
85.1* |
0.4* |
0.2* |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
2.4 |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
1.3 |
0.1 |
-- |
4.7 | 1017 |
| M |
0.4* |
0.5* |
4.4* |
4.2* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
89.3 | 832 |
| |
| Base Pair (145:177) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.1 |
17.8 |
1.9 |
6.8 |
0.3 |
15.1 |
0.3* |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
28.0* |
-- |
9.4* |
11.4 | 7032 |
| 3 |
7.4 |
20.3 |
2.1 |
6.6 |
0.3 |
17.5 |
0.3* |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
32.5* |
-- |
11.0* |
0.9 | 6040 |
| B |
6.7 |
24.1 |
2.4* |
2.8* |
0.2 |
21.8 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
40.8* |
-- |
0.1 |
0.3 | 4809 |
| A |
55.1* |
29.0* |
2.8* |
6.5* |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
| C |
72.6* |
-- |
-- |
17.9* |
1.8 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.6 |
-- |
-- |
2.4 | 168 |
| E |
0.3* |
0.3* |
0.1 |
24.8 |
1.2 |
-- |
1.3* |
0.9 |
0.2 |
0.1 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
0.1 |
64.6* |
4.3 | 1018 |
| M |
-- |
3.2* |
1.0* |
5.5* |
0.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
89.1 | 832 |
| |
| Base Pair (146:176)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.5* |
4.4* |
9.9* |
3.5* |
3.0 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
10.9 | 7057 |
| 3 |
75.7* |
5.0* |
11.4* |
3.3* |
3.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 | 6065 |
| B |
91.6* |
0.4* |
0.4* |
2.9* |
3.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4836 |
| A |
71.6* |
4.2* |
2.8* |
15.3* |
4.2 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 215 |
| C |
81.0* |
-- |
1.2* |
14.3* |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
0.9* |
27.0* |
65.2* |
2.8* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
2.2 | 1015 |
| M |
4.1* |
0.5* |
0.6* |
2.3* |
2.6 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
89.1 | 832 |
| |
| Base Pair (147:175)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
87.1* |
0.5* |
0.2* |
0.7* |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 | 7071 |
| 3 |
97.6* |
0.6* |
0.1* |
0.7* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6079 |
| B |
98.7* |
-- |
-- |
0.6* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4845 |
| A |
81.9* |
10.2* |
0.9* |
4.6* |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
94.0* |
-- |
0.6* |
1.8* |
1.2 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 168 |
| E |
95.6* |
1.0* |
0.2* |
0.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.1 | 1019 |
| M |
8.2* |
0.2* |
0.7* |
0.5* |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
89.3 | 832 |
| |
|
| Base Pair (152:169) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
7.2* |
0.2* |
2.5 |
69.9* |
0.4 |
0.1* |
2.1 |
0.4 |
0.7 |
3.7 |
0.2 |
0.1 |
11.9 | 7096 |
| 3 |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
8.4* |
0.3* |
2.8 |
78.7* |
0.4 |
0.2* |
2.5 |
0.5 |
0.8 |
4.3 |
0.3 |
0.1 |
0.3 | 6105 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
10.5* |
0.3* |
1.1 |
79.6* |
0.2 |
0.1* |
0.6 |
0.5 |
0.8 |
5.4 |
0.1 |
-- |
0.3 | 4869 |
| A |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
47.9* |
35.8 |
0.9 |
-- |
11.2* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
1.4* |
-- | 215 |
| C |
-- |
-- |
0.6* |
3.0 |
-- |
-- |
1.8 |
89.9* |
1.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
1.8 | 168 |
| E |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2* |
1.3 |
83.6* |
1.0 |
0.6 |
9.8 |
-- |
0.9* |
-- |
1.4 |
0.2 |
0.6 | 1021 |
| M |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
0.1* |
0.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.2 | 832 |
| |
| Base Pair (153:168)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
66.9* |
1.1* |
-- |
9.0* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
9.7 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
12.0 | 7070 |
| 3 |
-- |
75.3* |
1.2* |
-- |
10.5* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
11.2 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 6079 |
| B |
0.1 |
70.0* |
1.4* |
-- |
13.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
13.8 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 | 4851 |
| A |
-- |
84.2* |
-- |
1.4* |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
-- |
5.7 |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
1.4* |
-- |
-- | 209 |
| C |
-- |
91.7* |
0.6 |
-- |
-- |
1.8 |
0.6* |
-- |
-- |
1.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 168 |
| E |
-- |
98.4* |
0.3* |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- | 1019 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 832 |
| |
| Base Pair (154:167)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.3* |
31.0* |
20.4* |
14.4* |
2.6 |
3.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
8.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.4 |
11.7 | 7029 |
| 3 |
6.2* |
36.0* |
23.5* |
14.7* |
3.0 |
3.8 |
0.1 |
0.1 |
-- |
10.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.5 |
0.1 | 6038 |
| B |
7.6* |
39.3* |
22.8* |
18.3* |
3.7 |
4.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
1.9 |
0.1 | 4802 |
| A |
-- |
89.8* |
5.6* |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.5 | 216 |
| C |
1.2* |
5.4* |
9.5* |
73.8* |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
1.2 | 168 |
| E |
0.6* |
8.8 |
30.4 |
0.3* |
-- |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
59.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1020 |
| M |
-- |
0.1* |
0.1* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 | 832 |
| |
| Base Pair (155:166)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.0* |
29.8* |
13.5* |
14.4* |
2.0 |
4.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
12.5 |
0.1 |
0.3 |
11.8 | 7030 |
| 3 |
10.5* |
34.6* |
15.6* |
16.0* |
2.0 |
5.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
-- |
14.5 |
-- |
0.3 |
0.1 | 6041 |
| B |
12.9* |
40.3* |
17.4* |
19.1* |
1.8 |
6.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 | 4805 |
| A |
-- |
61.6* |
36.1* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
42.8* |
1.2* |
4.2* |
26.5* |
11.4 |
3.0 |
1.2 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
4.8 |
1.2 | 166 |
| E |
1.4 |
2.1 |
2.7* |
4.8* |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2* |
-- |
-- |
85.3* |
-- |
-- |
-- | 1020 |
| M |
-- |
-- |
0.5* |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 832 |
| |
| Base Pair (156:165)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.2* |
27.0* |
27.1* |
11.2* |
2.0 |
13.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
12.2 | 7030 |
| 3 |
7.3* |
29.9* |
30.8* |
12.8* |
2.3 |
15.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.7 | 6040 |
| B |
8.8* |
31.8* |
20.4* |
15.8* |
2.9 |
18.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.9 | 4805 |
| A |
-- |
92.1 |
-- |
-- |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
-- |
57.5* |
24.6* |
6.0* |
1.2 |
5.4 |
-- |
-- |
1.2 |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
0.6 | 167 |
| E |
1.6* |
7.8* |
86.8* |
1.7* |
0.2 |
1.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1019 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
0.7* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.6 | 832 |
| |
| Base Pair (157:164)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.5 |
7.1 |
7.9 |
8.8 |
32.6* |
21.8* |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
11.8 | 7078 |
| 3 |
11.0 |
8.2 |
8.9 |
10.1 |
37.8* |
23.2* |
-- |
0.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 | 6087 |
| B |
13.2 |
10.3 |
11.2 |
2.4 |
33.1* |
29.0* |
-- |
0.1* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 | 4852 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 216 |
| C |
4.8 |
3.0 |
6.5 |
0.6 |
6.0* |
78.0* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 168 |
| E |
2.7* |
-- |
-- |
48.8* |
47.2 |
0.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 | 1019 |
| M |
-- |
-- |
0.6* |
1.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
97.9 | 832 |
| |
| Base Pair (158:163)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
66.1* |
12.7* |
0.6* |
7.3* |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
11.4 | 7078 |
| 3 |
74.3* |
14.8* |
0.6* |
8.4* |
0.2 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 6087 |
| B |
70.0* |
17.3* |
0.5* |
10.5* |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4850 |
| A |
99.5* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
89.9* |
1.2* |
3.0* |
2.4* |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 168 |
| E |
89.3* |
5.8* |
1.1* |
0.4* |
0.3 |
1.9 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 1021 |
| M |
0.6* |
0.2 |
0.5* |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
95.5 | 832 |
| |
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)