16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1506
| Base Pair (1506:1529)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.6 |
4.6 |
-- |
-- |
93.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.4 |
0.7 | 2260 |
| 3 |
-- |
0.9 |
0.3 |
-- |
-- |
96.7* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
0.9 | 1484 |
| B |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
98.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.4 |
0.7 |
0.3 |
0.1 | 718 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- | 80 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 108 |
| E |
-- |
2.0 |
0.4 |
-- |
-- |
95.8 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
1.4 | 684 |
| M |
-- |
-- |
15.6 |
-- |
-- |
83.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.9 |
0.1 | 672 |
| |
| Base Pair (1507:1528)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
0.3* |
25.2* |
69.3* |
0.2 |
0.9 |
0.8 |
0.2 |
0.3 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.8 | 2287 |
| 3 |
0.3* |
0.5* |
38.1* |
55.7* |
0.1 |
0.1 |
1.2 |
0.2 |
0.4 |
1.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
1.0 | 1510 |
| B |
-- |
-- |
-- |
97.6* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.3 |
0.8 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 | 747 |
| A |
5.0* |
-- |
-- |
93.8* |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 80 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 108 |
| E |
-- |
1.0* |
84.6* |
5.4* |
-- |
0.1 |
2.2 |
-- |
-- |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.3 |
1.7 | 681 |
| M |
0.3* |
0.1 |
0.1 |
95.1* |
0.6 |
3.0* |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 673 |
| |
| Base Pair (1508:1527)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.8* |
0.8* |
30.0* |
28.6* |
0.9 |
0.3 |
0.3 |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.3 |
0.3 |
0.7 | 2294 |
| 3 |
44.4* |
0.4* |
45.0* |
3.9* |
1.0 |
0.4 |
0.3 |
1.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.5 |
0.7 |
0.4 |
0.3 |
1.1 | 1530 |
| B |
74.8* |
0.8* |
8.2* |
7.0* |
1.8 |
0.1 |
0.4 |
2.5 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.7 |
1.3 |
0.5 |
0.5 |
0.6 | 758 |
| A |
90.0* |
-- |
1.2* |
3.8* |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
-- | 80 |
| C |
83.3* |
-- |
-- |
9.4* |
4.2 |
-- |
1.0 |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 96 |
| E |
5.9* |
-- |
90.6* |
0.4* |
0.1 |
0.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.3 | 690 |
| M |
9.8* |
1.9* |
-- |
87.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 672 |
| |
| Base Pair (1509:1526)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.1* |
70.5* |
-- |
0.5* |
0.3 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
1.1 | 2372 |
| 3 |
0.1* |
96.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.3* |
1.3 | 1592 |
| B |
0.2* |
95.9* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.3 | 805 |
| A |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 80 |
| C |
4.5* |
90.9* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 110 |
| E |
-- |
96.5* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.6* |
1.1 | 705 |
| M |
87.4* |
6.5* |
-- |
2.4* |
0.9 |
1.9 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 674 |
| |
| Base Pair (1510:1525)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
60.0* |
16.3* |
0.3* |
0.4 |
2.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
16.2 |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.2 |
0.9 | 2380 |
| 3 |
0.4* |
67.9* |
4.3* |
-- |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.1 |
23.8 |
0.7 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 | 1603 |
| B |
0.7* |
93.7* |
0.1* |
-- |
0.1 |
1.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.2 | 815 |
| A |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 80 |
| C |
4.5* |
90.0* |
-- |
-- |
0.9 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9* |
-- | 110 |
| E |
0.1* |
34.8 |
9.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
53.7* |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 706 |
| M |
1.8* |
35.9* |
48.1* |
1.2* |
1.2 |
5.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.3 |
1.3 |
0.1 |
-- |
3.0 |
0.4 |
0.3 | 671 |
| |
| Base Pair (1511:1524)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
78.4* |
1.5* |
0.2* |
6.9* |
8.3 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
3.1 | 2480 |
| 3 |
88.5* |
0.6* |
0.2* |
0.1* |
5.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
4.2 | 1707 |
| B |
83.6* |
1.1* |
0.3* |
0.1* |
5.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
7.3 | 917 |
| A |
97.5 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 80 |
| C |
75.7* |
1.9* |
-- |
-- |
20.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 103 |
| E |
93.9 |
-- |
-- |
-- |
4.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 708 |
| M |
53.0* |
3.6* |
0.3* |
25.4* |
15.6 |
0.3 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 674 |
| |
| Base Pair (1512:1523)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.1* |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
1.4 |
0.5 | 2528 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
95.7* |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.8 |
2.0 |
0.5 | 1743 |
| B |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
96.9* |
-- |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
1.3 |
0.5 |
0.5 | 948 |
| A |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
95.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 82 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 114 |
| E |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
4.2 |
0.4 | 710 |
| M |
-- |
1.6 |
0.4 |
0.4* |
-- |
96.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 675 |
| |
| Base Pair (1513:1522)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
0.1* |
1.8* |
96.0* |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 2571 |
| 3 |
-- |
0.1 |
2.1* |
95.2* |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.6 |
0.1 |
0.1* |
0.2 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.5 | 1786 |
| B |
-- |
0.2* |
0.2* |
96.4* |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.9 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 | 984 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 82 |
| C |
-- |
-- |
3.5* |
94.7* |
0.9 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 114 |
| E |
-- |
-- |
4.9* |
93.3* |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 | 717 |
| M |
0.3* |
-- |
0.6* |
98.4* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 675 |
| |
| Base Pair (1514:1521)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.6* |
41.1* |
0.1* |
0.5* |
0.6 |
8.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.8 | 2718 |
| 3 |
64.2* |
21.8* |
-- |
0.1* |
0.5 |
11.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.8 | 1933 |
| B |
40.3* |
37.1* |
-- |
0.1 |
0.5 |
19.9 |
0.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1* |
0.8 | 1130 |
| A |
91.6* |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 83 |
| C |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 114 |
| E |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 717 |
| M |
7.9* |
87.1* |
0.4* |
1.8* |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.0 | 675 |
| |
| Base Pair (1515:1520)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
46.5* |
29.0* |
12.6* |
0.4* |
1.4 |
5.0 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
3.9 | 2793 |
| 3 |
61.6* |
29.3* |
2.0* |
0.5* |
2.0 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.7 | 2007 |
| B |
41.9* |
48.8* |
3.4* |
0.1* |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
2.8 | 1202 |
| A |
46.4* |
2.4* |
-- |
9.5* |
41.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 84 |
| C |
0.9* |
4.4 |
-- |
-- |
-- |
94.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 114 |
| E |
96.7* |
-- |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 718 |
| M |
8.9* |
32.0* |
46.6* |
0.3* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.0 | 676 |
| |
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