16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 198


Base Pair (198:219)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 59.8* 0.5* 0.5* 3.7* 8.5 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 -- 0.1 0.2 0.1 0.1 26.07137
3 67.7* 0.5* 0.5* 3.7* 9.7 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 0.3 0.1 -- 17.16144
B 81.3* 0.6* 0.6* 4.3* 11.8 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 0.3 0.1 -- 0.54898
A 82.2* -- 0.9* 7.3* 7.3 -- -- -- 0.5 -- -- -- -- 1.4 -- -- 0.5219
C 61.5* 4.1* 0.6* 18.3* 5.9 -- 0.6 0.6 0.6 -- -- -- 1.2 0.6 0.6 1.8 3.6169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M 0.2* -- 0.1 1.3* 0.2 -- -- -- -- 0.1* -- -- -- -- -- 0.4 97.4832
 
Base Pair (199:218)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 11.8* 17.9* 4.2* 26.0* 5.4 1.2 0.2 0.1 -- -- 0.1 0.2 0.9 0.1 -- 0.1 31.77117
3 12.0* 20.8* 4.8* 29.5* 6.2 1.4 -- 0.1 -- -- 0.1 0.2 1.0 0.1 -- 0.1 23.66124
B 13.6* 24.3* 6.0* 36.6* 7.7 1.2 -- 0.2 -- -- 0.1 0.2 1.2 0.1 -- 0.2 8.34880
A 30.9* 38.7* 2.8* 10.1* 1.8 10.6 -- -- -- -- 0.5 0.5 0.9 -- -- -- 3.3217
C 64.5* 1.2* 0.6* 23.7* 4.1 -- -- 0.6 -- -- 0.6 0.6 -- 0.6 -- -- 3.6169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M -- -- 0.1 0.5 0.1* -- 1.2* 0.1 -- -- 0.2* -- -- -- -- -- 97.7832
 
Base Pair (200:217)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.8* 5.2* 6.2* 12.5* 0.9 1.4 -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 0.5 0.2 -- 0.2 61.77093
3 12.5* 5.9* 6.8* 12.9* 1.0 1.5 -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 0.5 0.2 -- 0.2 58.06101
B 15.5* 6.6* 8.3* 15.7* 1.1 1.8 -- -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.7 0.2 -- 0.2 49.54854
A 6.8* 19.6* 5.5* 9.1* 3.2 0.5 -- 2.3 0.5 -- -- -- -- 0.5 -- -- 52.1219
C 1.2* 0.6* 15.4* 60.4* 0.6 0.6 0.6 -- -- -- 0.6 1.2 0.6 1.2 -- 0.6 16.6169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M -- 0.2 0.5 0.4 0.4* 1.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.3832
 
Base Pair (201:216)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.9 2.9* 1.8* 0.8 21.0* 0.5 0.1 0.1* 0.1 0.1 -- 0.1 0.1 0.2 -- 0.3 67.87143
3 4.5 3.3* 2.0* 0.7 24.4* 0.5 -- 0.1* -- 0.1 -- 0.1 0.1 0.2 -- 0.3 63.56151
B 5.5 3.4* 2.2* 0.9 30.6* 0.5 0.1 0.1* -- -- 0.1 0.1 0.1 0.2 -- 0.4 55.94903
A 3.2* 16.4* 7.3* 0.5* 0.5 3.2 -- -- -- 0.9 -- 0.5 -- 1.8 -- -- 66.0220
C 3.6* 0.6* 4.1* 5.3* 0.6 1.8 0.6 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 0.6 82.3169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M -- -- 0.2* 0.1 0.1* -- -- 0.4 1.1* 0.2 -- -- -- 0.1 -- 0.2 97.4832
 
Base Pair (202:215)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 22.8* 5.6* 0.4* 0.7* 0.2 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 69.87151
3 26.5* 6.5* 0.3* 0.8* 0.3 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 65.46159
B 33.1* 7.6* 0.3* 0.6* 0.3 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- 57.64910
A 2.3* 13.6* 1.4* 8.6* -- -- -- -- -- 0.9 -- -- -- -- -- -- 73.3221
C -- -- 7.7* 0.6* -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 90.6169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M -- -- 0.2* 0.4* -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 0.1* -- -- 98.8832
 
Base Pair (203:214)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.2* 5.7* 1.0* 0.8* 0.1 2.4 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 74.27167
3 17.6* 6.6* 1.2* 0.8* 0.1 2.8 -- -- -- -- 0.2 -- -- 0.1 -- -- 70.36175
B 21.7* 8.2* 1.1* 1.0* 0.1 3.3 -- -- -- -- 0.2 -- 0.1 0.2 -- -- 63.94926
A 6.8* 2.7* 9.5* 0.5* 0.9 3.2 -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 76.1221
C 1.2* 0.6* 1.2* 1.8* 1.2 -- 0.6 -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 92.9169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M -- -- -- 0.2 0.1* -- 0.5* 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- -- -- 98.8832
 

Base Pair (206:213)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.5* 10.2* 6.9* 0.5* 0.1 0.2 -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- 81.27176
3 0.6* 11.8* 8.0* 0.5* 0.1 0.3 -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- 78.56184
B 0.3* 14.3* 10.0* 0.5* 0.1 0.3 -- -- 0.1 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- 74.14935
A 10.0* 10.0* 0.5* 4.1* -- 0.5 0.5 -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- 74.2221
C -- 0.6* -- 2.4* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 97.1169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M 0.1 -- 0.2* 0.2* 0.1 -- 0.2 -- -- 0.2 -- -- 0.1 0.2* -- 0.2 98.2832
 
Base Pair (207:212)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.2* 14.2* 1.2* 0.9* 0.5 0.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 81.07178
3 1.4* 16.5* 1.2* 1.0* 0.6 0.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 78.46186
B 1.1* 20.6* 1.5* 1.2* 0.3 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 74.04937
A 13.6* 1.8* -- 0.5* 8.6 0.5 -- -- -- -- -- -- -- 0.5 -- -- 74.7221
C -- -- 1.8* 1.2* -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 96.5169
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01028
M 0.1* -- 0.5* 0.6* -- 0.2 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 98.0832
 

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