16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 198
Base Pair (198:219)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
59.8* |
0.5* |
0.5* |
3.7* |
8.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
26.0 | 7137 |
3 |
67.7* |
0.5* |
0.5* |
3.7* |
9.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
17.1 | 6144 |
B |
81.3* |
0.6* |
0.6* |
4.3* |
11.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.5 | 4898 |
A |
82.2* |
-- |
0.9* |
7.3* |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 | 219 |
C |
61.5* |
4.1* |
0.6* |
18.3* |
5.9 |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 |
0.6 |
1.8 |
3.6 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
0.2* |
-- |
0.1 |
1.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
97.4 | 832 |
|
Base Pair (199:218)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
11.8* |
17.9* |
4.2* |
26.0* |
5.4 |
1.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.1 |
31.7 | 7117 |
3 |
12.0* |
20.8* |
4.8* |
29.5* |
6.2 |
1.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
0.1 |
-- |
0.1 |
23.6 | 6124 |
B |
13.6* |
24.3* |
6.0* |
36.6* |
7.7 |
1.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
8.3 | 4880 |
A |
30.9* |
38.7* |
2.8* |
10.1* |
1.8 |
10.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 217 |
C |
64.5* |
1.2* |
0.6* |
23.7* |
4.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
3.6 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1* |
-- |
1.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.7 | 832 |
|
Base Pair (200:217)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
10.8* |
5.2* |
6.2* |
12.5* |
0.9 |
1.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
61.7 | 7093 |
3 |
12.5* |
5.9* |
6.8* |
12.9* |
1.0 |
1.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
58.0 | 6101 |
B |
15.5* |
6.6* |
8.3* |
15.7* |
1.1 |
1.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.2 |
49.5 | 4854 |
A |
6.8* |
19.6* |
5.5* |
9.1* |
3.2 |
0.5 |
-- |
2.3 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
52.1 | 219 |
C |
1.2* |
0.6* |
15.4* |
60.4* |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
0.6 |
1.2 |
-- |
0.6 |
16.6 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.4 |
0.4* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 | 832 |
|
Base Pair (201:216)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
3.9 |
2.9* |
1.8* |
0.8 |
21.0* |
0.5 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
67.8 | 7143 |
3 |
4.5 |
3.3* |
2.0* |
0.7 |
24.4* |
0.5 |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
63.5 | 6151 |
B |
5.5 |
3.4* |
2.2* |
0.9 |
30.6* |
0.5 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
55.9 | 4903 |
A |
3.2* |
16.4* |
7.3* |
0.5* |
0.5 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.5 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
66.0 | 220 |
C |
3.6* |
0.6* |
4.1* |
5.3* |
0.6 |
1.8 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
82.3 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
-- |
-- |
0.2* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.4 |
1.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
97.4 | 832 |
|
Base Pair (202:215)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
22.8* |
5.6* |
0.4* |
0.7* |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
69.8 | 7151 |
3 |
26.5* |
6.5* |
0.3* |
0.8* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
65.4 | 6159 |
B |
33.1* |
7.6* |
0.3* |
0.6* |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
57.6 | 4910 |
A |
2.3* |
13.6* |
1.4* |
8.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
73.3 | 221 |
C |
-- |
-- |
7.7* |
0.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
90.6 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
-- |
-- |
0.2* |
0.4* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
98.8 | 832 |
|
Base Pair (203:214)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.2* |
5.7* |
1.0* |
0.8* |
0.1 |
2.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
74.2 | 7167 |
3 |
17.6* |
6.6* |
1.2* |
0.8* |
0.1 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
70.3 | 6175 |
B |
21.7* |
8.2* |
1.1* |
1.0* |
0.1 |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
63.9 | 4926 |
A |
6.8* |
2.7* |
9.5* |
0.5* |
0.9 |
3.2 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
76.1 | 221 |
C |
1.2* |
0.6* |
1.2* |
1.8* |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
92.9 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.8 | 832 |
|
|
Base Pair (206:213)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.5* |
10.2* |
6.9* |
0.5* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.2 | 7176 |
3 |
0.6* |
11.8* |
8.0* |
0.5* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
78.5 | 6184 |
B |
0.3* |
14.3* |
10.0* |
0.5* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
74.1 | 4935 |
A |
10.0* |
10.0* |
0.5* |
4.1* |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
74.2 | 221 |
C |
-- |
0.6* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.1 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
0.1 |
-- |
0.2* |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2* |
-- |
0.2 |
98.2 | 832 |
|
Base Pair (207:212)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.2* |
14.2* |
1.2* |
0.9* |
0.5 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
81.0 | 7178 |
3 |
1.4* |
16.5* |
1.2* |
1.0* |
0.6 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
78.4 | 6186 |
B |
1.1* |
20.6* |
1.5* |
1.2* |
0.3 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
74.0 | 4937 |
A |
13.6* |
1.8* |
-- |
0.5* |
8.6 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
74.7 | 221 |
C |
-- |
-- |
1.8* |
1.2* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.5 | 169 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1028 |
M |
0.1* |
-- |
0.5* |
0.6* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
98.0 | 832 |
|
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