16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 316
Base Pair (316:337)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
14.0* |
53.1* |
11.5* |
2.4* |
0.2 |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.1 | 7399 |
3 |
16.5* |
60.0* |
12.5* |
2.8* |
0.2 |
7.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6247 |
B |
1.5* |
74.0* |
12.1* |
2.5* |
-- |
9.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5003 |
A |
-- |
19.8* |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
C |
0.6* |
91.0* |
6.0* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
E |
93.7* |
-- |
0.1* |
4.9* |
1.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1022 |
M |
0.4* |
3.2* |
5.8* |
0.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.0 | 994 |
|
Base Pair (317:336)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
18.3* |
0.8* |
67.0* |
0.2* |
0.3 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
12.7 | 6988 |
3 |
21.9* |
0.8* |
76.3* |
0.2* |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5836 |
B |
1.8* |
0.8* |
96.6* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4606 |
A |
94.3* |
2.4* |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
C |
-- |
3.0* |
95.8* |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
E |
97.9* |
0.6* |
0.4* |
0.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1018 |
M |
-- |
0.7* |
7.2* |
0.4* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.0 | 994 |
|
Base Pair (318:335)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
73.1* |
0.1* |
0.1* |
0.2* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.7 |
-- |
-- |
-- |
12.5 | 7174 |
3 |
82.9 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
16.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6022 |
B |
99.1* |
0.1* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4779 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
C |
98.2* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
E |
2.3 |
-- |
-- |
0.2* |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
96.7* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1012 |
M |
9.0* |
0.1* |
0.4* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.0 | 994 |
|
Base Pair (319:334)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
72.0* |
0.1* |
0.3* |
15.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
11.8 | 7474 |
3 |
81.3* |
0.1* |
0.3* |
17.8* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6322 |
B |
99.5* |
-- |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 5069 |
A |
35.2* |
-- |
8.3* |
53.5* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- | 230 |
C |
94.6* |
-- |
-- |
1.2* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
E |
1.4* |
0.6* |
0.1* |
97.6* |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 1023 |
M |
8.2* |
-- |
0.1 |
1.3* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
90.0 | 994 |
|
Base Pair (320:333)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
61.7* |
3.1* |
3.6* |
18.5* |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
12.0 | 7437 |
3 |
70.0* |
3.5* |
4.2* |
21.2* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 6285 |
B |
66.9* |
2.7* |
4.0* |
25.2* |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 5035 |
A |
7.9* |
34.5* |
27.5* |
27.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 229 |
C |
72.9* |
-- |
-- |
20.5* |
2.4 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 166 |
E |
99.1* |
-- |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1021 |
M |
6.9* |
1.6* |
0.5* |
0.7* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
89.8 | 994 |
|
Base Pair (321:332) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
14.2 |
1.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
71.5* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
12.0 | 7470 |
3 |
-- |
16.7 |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
81.2* |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6318 |
B |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5065 |
A |
-- |
12.7 |
42.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
43.0* |
-- |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 228 |
C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 166 |
E |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1025 |
M |
-- |
0.1 |
1.9 |
0.5 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
4.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
90.0 | 994 |
|
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)