16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 316


Base Pair (316:337)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 14.0* 53.1* 11.5* 2.4* 0.2 6.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 12.17399
3 16.5* 60.0* 12.5* 2.8* 0.2 7.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.16247
B 1.5* 74.0* 12.1* 2.5* -- 9.6 -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- 0.15003
A -- 19.8* 80.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --222
C 0.6* 91.0* 6.0* -- -- 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --166
E 93.7* -- 0.1* 4.9* 1.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- --1022
M 0.4* 3.2* 5.8* 0.2* 0.1 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 90.0994
 
Base Pair (317:336)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 18.3* 0.8* 67.0* 0.2* 0.3 0.3 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 12.76988
3 21.9* 0.8* 76.3* 0.2* 0.4 0.2 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.15836
B 1.8* 0.8* 96.6* -- 0.4 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.14606
A 94.3* 2.4* -- -- 0.9 -- -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- --212
C -- 3.0* 95.8* 1.2* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --166
E 97.9* 0.6* 0.4* 0.8* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- --1018
M -- 0.7* 7.2* 0.4* -- 1.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 90.0994
 
Base Pair (318:335)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 73.1* 0.1* 0.1* 0.2* 0.3 -- -- -- -- -- -- -- 13.7 -- -- -- 12.57174
3 82.9 -- -- -- 0.3 -- -- -- -- -- -- -- 16.3 -- -- -- 0.16022
B 99.1* 0.1* -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.14779
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --231
C 98.2* -- -- 1.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --166
E 2.3 -- -- 0.2* 0.2 -- 0.2 -- -- 0.2 -- -- 96.7* 0.1 -- -- 0.11012
M 9.0* 0.1* 0.4* 0.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 90.0994
 
Base Pair (319:334)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 72.0* 0.1* 0.3* 15.3* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 11.87474
3 81.3* 0.1* 0.3* 17.8* 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- --6322
B 99.5* -- -- 0.1* 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- --5069
A 35.2* -- 8.3* 53.5* 0.4 -- -- 0.4 -- -- -- -- -- 2.2 -- -- --230
C 94.6* -- -- 1.2* 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 3.6 -- -- -- --166
E 1.4* 0.6* 0.1* 97.6* 0.2 -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 --1023
M 8.2* -- 0.1 1.3* -- 0.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 90.0994
 
Base Pair (320:333)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 61.7* 3.1* 3.6* 18.5* 0.3 -- 0.1 0.2 0.1 0.1 -- -- 0.1 0.2 -- -- 12.07437
3 70.0* 3.5* 4.2* 21.2* 0.2 -- -- 0.2 0.1 0.1 -- -- -- 0.2 -- -- 0.16285
B 66.9* 2.7* 4.0* 25.2* 0.3 -- 0.1 0.2 0.1 -- -- -- -- 0.3 -- -- 0.15035
A 7.9* 34.5* 27.5* 27.9* -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- -- -- -- --229
C 72.9* -- -- 20.5* 2.4 -- 0.6 -- -- -- -- -- 3.0 -- -- -- 0.6166
E 99.1* -- -- 0.1* 0.2 -- -- 0.3 -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- -- 0.11021
M 6.9* 1.6* 0.5* 0.7* -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 89.8994
 
Base Pair (321:332)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 14.2 1.5* 0.1 -- -- 0.1 0.1 71.5* -- 0.1* -- -- -- 0.3 -- 12.07470
3 -- 16.7 1.5* -- -- -- 0.1 0.1 81.2* -- 0.1* -- -- -- -- -- 0.16318
B -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 0.1 99.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.15065
A -- 12.7 42.1* -- -- -- -- -- 43.0* -- 2.2* -- -- -- -- -- --228
C -- -- -- -- -- -- 1.2 -- 98.8 -- -- -- -- -- -- -- --166
E -- 99.7 -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- -- --1025
M -- 0.1 1.9 0.5 0.2* 0.1 0.1 0.1 4.5* -- -- -- -- -- 2.4* -- 90.0994
 

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