16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 339
| Base Pair (339:350)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
86.2* |
0.2* |
0.5* |
0.8 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
5.4 |
1.1 |
2.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 7156 |
| 3 |
2.8* |
95.9* |
-- |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 6167 |
| B |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4931 |
| A |
81.5* |
-- |
-- |
2.8* |
12.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 211 |
| C |
-- |
98.2* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
0.3 |
96.9* |
0.2 |
2.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 1025 |
| M |
0.2 |
11.4 |
1.0 |
1.4 |
3.8* |
0.4* |
0.2 |
-- |
0.1 |
46.2* |
9.0 |
20.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
5.4 | 832 |
| |
| Base Pair (340:349)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
3.3* |
71.1* |
1.2* |
0.5 |
0.9 |
12.0 |
0.3 |
-- |
6.6 |
0.4 |
2.7 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 7137 |
| 3 |
0.3* |
3.2* |
79.4* |
1.3* |
0.6 |
0.7 |
13.9 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 6148 |
| B |
-- |
0.1* |
97.9* |
1.1* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4924 |
| A |
-- |
91.3* |
0.5* |
-- |
2.4* |
1.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
1.9 | 208 |
| C |
-- |
0.6* |
95.8* |
0.6* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 165 |
| E |
1.5 |
-- |
5.4 |
2.1 |
3.2* |
1.9* |
83.9* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1016 |
| M |
0.4* |
4.6 |
4.1 |
0.6* |
-- |
2.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
55.0* |
3.5 |
23.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
5.4 | 832 |
| |
| Base Pair (341:348)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
82.6* |
14.5* |
0.3* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 7124 |
| 3 |
-- |
81.9* |
16.5* |
0.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 6135 |
| B |
-- |
98.2* |
0.4* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 | 4892 |
| A |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 225 |
| C |
-- |
89.7* |
9.1* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
-- |
-- |
97.2* |
1.7* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 1018 |
| M |
0.6* |
85.6* |
1.1* |
0.6* |
0.1 |
0.5 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
1.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
9.2 | 832 |
| |
| Base Pair (342:347)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
94.9* |
0.4* |
0.1* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.1 | 7119 |
| 3 |
0.1* |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.3 | 6131 |
| B |
-- |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.4 | 4889 |
| A |
2.2* |
92.9* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 | 224 |
| C |
-- |
93.3* |
1.2* |
-- |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 165 |
| E |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1018 |
| M |
0.2* |
69.7* |
2.8* |
0.5* |
-- |
1.7 |
0.4 |
0.1 |
14.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
9.8 | 831 |
| |
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