16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 406


Base Pair (406:436)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 73.7* -- 0.1* 0.5* 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- 24.97096
3 82.4 -- -- -- 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- 16.96109
B 99.1 -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- 0.14861
A 97.7 -- -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 1.0218
C 98.1* -- 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- 0.6 --162
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 4.4* 0.2* 0.4* 4.6* 1.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- 88.9833
 
Base Pair (407:435)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 8.1* 8.3* 15.0* 39.8* 3.6 0.1 0.1 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 0.1 24.77123
3 8.7* 9.6* 17.3* 43.6* 3.6 0.1 -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 16.86135
B 10.9* 8.1* 21.5* 54.6* 4.4 -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- --4877
A 0.4* 85.1* 6.1* 3.1* 0.4 2.2 -- 0.4 0.4 -- -- 0.4 -- 0.4 -- 0.9 --228
C 20.9* 2.5* -- 54.0* 19.6 0.6 0.6 -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 1.2 --163
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 0.7* -- 0.6* 8.8* 0.6 -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 89.0833
 
Base Pair (408:434)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 50.0* 2.5* 1.1* 20.1* 1.0 0.3 -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 24.47231
3 56.5* 2.8* 0.6* 21.5* 1.2 0.3 -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 16.66242
B 70.0* 0.7* 0.4* 26.8* 1.5 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 0.14983
A 17.0* 61.6* 9.2* 3.1* -- 7.4 -- -- -- 0.9 0.4 -- -- -- -- -- 0.4229
C 34.1* 0.6* -- 62.2* -- -- 0.6 2.4 -- -- -- -- -- -- -- -- --164
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 3.6* 0.6* 5.2* 1.1* 0.1 0.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 88.9833
 
Base Pair (409:433)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 28.4* 6.6 5.3 0.1* 0.2 31.4* -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 27.77256
3 29.7* 7.6 6.1 -- 0.1 36.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 20.16267
B 37.3* 9.6 7.6 0.1* 0.1 45.1* -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- --5000
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.1237
C 97.6* 0.6* -- 0.6* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2164
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 4.1* 0.2 0.7 0.5* 1.4 3.2* 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.2 0.1 -- -- 89.2833
 

Base Pair (416:427)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 12.5 -- 0.4* 0.8 56.1* -- -- 0.7* -- -- -- 0.1 -- -- -- 1.4 27.87239
3 13.4 -- -- 0.4 63.4* -- -- 0.8* -- -- -- 0.1 -- -- -- 1.5 20.46249
B 16.8 -- -- 0.5 79.5* -- -- 1.0* -- -- -- 0.1 -- -- -- 1.8 0.14982
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0237
C 41.1 -- -- 6.7 44.2* 0.6* -- 1.8* -- -- -- -- -- -- -- 4.9 0.6163
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 0.4 0.1 3.6* 2.5 2.9* 0.1 0.2 -- 0.2* -- -- 0.2 -- -- -- -- 89.6835
 
Base Pair (417:426)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.6 2.2* 2.7* 0.8 65.4* -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.2 -- 0.2 27.67257
3 0.4 2.5* 3.0* 0.2 73.0* -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.2 -- 0.1 20.26265
B 0.6 3.1* 3.8* 0.3 91.4* -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.2 -- 0.2 0.14998
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0237
C 6.1 0.6* 0.6* 1.2 89.1* -- -- -- -- -- -- 2.4 -- -- -- -- --165
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 0.4* 0.4* 0.4* 5.3* 3.2 0.1 -- 0.2 0.4 -- -- -- -- -- -- 0.4 89.3835
 
Base Pair (418:425)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 1.2* 50.5* 16.0* 3.0* -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- 0.2 -- -- 28.57217
3 1.0* 56.1* 17.9* 3.1* -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- 0.1 -- 0.2 -- -- 21.16227
B 1.3* 70.5* 22.5* 3.9* -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- 0.2 -- 0.2 -- -- 0.94960
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0237
C 1.8* 82.8* 8.0* 6.7* -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --163
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M 2.3* 2.0* 3.4* 1.7* -- 0.4 0.2 -- 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.2 89.7835
 
Base Pair (419:424)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.2* 56.0* 0.7* 0.4* -- 12.2 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 30.17217
3 0.3* 62.3* 0.4* 0.2* -- 13.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 23.06225
B 0.4* 78.2* 0.4* 0.2* -- 17.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 3.24957
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0237
C -- 84.8* 2.4* 0.6* -- 10.3 -- -- -- 0.6 0.6 -- -- -- -- -- 0.6165
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.01030
M -- 2.4* 3.0* 1.9* 0.1 0.6 0.5 -- 0.5 -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 90.7835
 

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