16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 406
Base Pair (406:436)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
73.7* |
-- |
0.1* |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
24.9 | 7096 |
3 |
82.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
16.9 | 6109 |
B |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4861 |
A |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 218 |
C |
98.1* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 162 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
4.4* |
0.2* |
0.4* |
4.6* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
88.9 | 833 |
|
Base Pair (407:435)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
8.1* |
8.3* |
15.0* |
39.8* |
3.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
24.7 | 7123 |
3 |
8.7* |
9.6* |
17.3* |
43.6* |
3.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
16.8 | 6135 |
B |
10.9* |
8.1* |
21.5* |
54.6* |
4.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4877 |
A |
0.4* |
85.1* |
6.1* |
3.1* |
0.4 |
2.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.9 |
-- | 228 |
C |
20.9* |
2.5* |
-- |
54.0* |
19.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
-- | 163 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
0.7* |
-- |
0.6* |
8.8* |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
89.0 | 833 |
|
Base Pair (408:434)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
50.0* |
2.5* |
1.1* |
20.1* |
1.0 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
24.4 | 7231 |
3 |
56.5* |
2.8* |
0.6* |
21.5* |
1.2 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
16.6 | 6242 |
B |
70.0* |
0.7* |
0.4* |
26.8* |
1.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4983 |
A |
17.0* |
61.6* |
9.2* |
3.1* |
-- |
7.4 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 229 |
C |
34.1* |
0.6* |
-- |
62.2* |
-- |
-- |
0.6 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
3.6* |
0.6* |
5.2* |
1.1* |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
88.9 | 833 |
|
Base Pair (409:433)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
28.4* |
6.6 |
5.3 |
0.1* |
0.2 |
31.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.7 | 7256 |
3 |
29.7* |
7.6 |
6.1 |
-- |
0.1 |
36.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
20.1 | 6267 |
B |
37.3* |
9.6 |
7.6 |
0.1* |
0.1 |
45.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5000 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.1 | 237 |
C |
97.6* |
0.6* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 164 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
4.1* |
0.2 |
0.7 |
0.5* |
1.4 |
3.2* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
89.2 | 833 |
|
|
Base Pair (416:427)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
12.5 |
-- |
0.4* |
0.8 |
56.1* |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
27.8 | 7239 |
3 |
13.4 |
-- |
-- |
0.4 |
63.4* |
-- |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
20.4 | 6249 |
B |
16.8 |
-- |
-- |
0.5 |
79.5* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
0.1 | 4982 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
C |
41.1 |
-- |
-- |
6.7 |
44.2* |
0.6* |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
0.6 | 163 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
0.4 |
0.1 |
3.6* |
2.5 |
2.9* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.6 | 835 |
|
Base Pair (417:426)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.6 |
2.2* |
2.7* |
0.8 |
65.4* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
27.6 | 7257 |
3 |
0.4 |
2.5* |
3.0* |
0.2 |
73.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
20.2 | 6265 |
B |
0.6 |
3.1* |
3.8* |
0.3 |
91.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 | 4998 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
C |
6.1 |
0.6* |
0.6* |
1.2 |
89.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
0.4* |
0.4* |
0.4* |
5.3* |
3.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
89.3 | 835 |
|
Base Pair (418:425)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
1.2* |
50.5* |
16.0* |
3.0* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
28.5 | 7217 |
3 |
1.0* |
56.1* |
17.9* |
3.1* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
21.1 | 6227 |
B |
1.3* |
70.5* |
22.5* |
3.9* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.9 | 4960 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
C |
1.8* |
82.8* |
8.0* |
6.7* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 163 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
2.3* |
2.0* |
3.4* |
1.7* |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
89.7 | 835 |
|
Base Pair (419:424)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.2* |
56.0* |
0.7* |
0.4* |
-- |
12.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.1 | 7217 |
3 |
0.3* |
62.3* |
0.4* |
0.2* |
-- |
13.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.0 | 6225 |
B |
0.4* |
78.2* |
0.4* |
0.2* |
-- |
17.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
3.2 | 4957 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 237 |
C |
-- |
84.8* |
2.4* |
0.6* |
-- |
10.3 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 165 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1030 |
M |
-- |
2.4* |
3.0* |
1.9* |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.7 | 835 |
|
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