16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 500
| Base Pair (500:545)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.2* |
0.8* |
11.9* |
0.6* |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6530 |
| 3 |
81.1* |
0.9* |
13.9* |
0.3* |
3.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5555 |
| B |
98.6* |
-- |
-- |
0.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 | 4344 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 205 |
| C |
98.1* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
1.6 |
4.8* |
76.9* |
0.4 |
16.0* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 1006 |
| M |
93.8* |
0.2* |
1.5* |
2.9* |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 823 |
| |
| Base Pair (501:544)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.4* |
64.5* |
14.1* |
3.0* |
1.0 |
2.8 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6575 |
| 3 |
6.7* |
72.6* |
15.7* |
0.7* |
1.0 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 5593 |
| B |
6.8* |
87.5* |
1.3* |
0.2* |
0.2 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4384 |
| A |
37.9* |
24.6* |
3.9* |
10.8* |
22.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
93.7* |
2.5* |
1.3* |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 159 |
| E |
0.2* |
17.1* |
81.0* |
0.8* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1006 |
| M |
61.0* |
4.2* |
5.7* |
19.7* |
1.4 |
4.0 |
0.5 |
2.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 831 |
| |
| Base Pair (502:543)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
32.9* |
25.9* |
1.8* |
38.1* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6594 |
| 3 |
26.6* |
29.0* |
1.7* |
41.5* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5611 |
| B |
11.1* |
36.8* |
2.2* |
48.5* |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4402 |
| A |
93.1* |
-- |
-- |
6.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
-- |
1.9* |
3.8* |
94.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
81.0* |
0.6* |
-- |
18.0* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1006 |
| M |
82.4* |
9.9* |
2.0* |
4.5* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 831 |
| |
| Base Pair (503:542)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.6* |
57.6* |
12.7* |
12.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6590 |
| 3 |
19.2* |
62.1* |
3.8* |
14.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5606 |
| B |
0.5* |
76.1* |
4.9* |
17.9* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4406 |
| A |
33.7* |
66.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 196 |
| C |
-- |
6.9* |
92.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
98.9* |
-- |
-- |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 1004 |
| M |
1.6* |
36.3* |
57.0* |
1.6* |
0.6 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 832 |
| |
| Base Pair (504:541)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
71.6* |
8.7* |
15.6* |
0.5 |
1.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6497 |
| 3 |
1.0* |
76.2* |
2.6* |
18.3* |
0.5 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5515 |
| B |
0.5* |
96.8* |
1.3* |
-- |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4309 |
| A |
16.6* |
15.1* |
41.2* |
3.5* |
6.5 |
16.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- | 199 |
| C |
-- |
98.1* |
1.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 159 |
| E |
-- |
-- |
0.2* |
99.3* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1007 |
| M |
0.6 |
35.9* |
51.4* |
0.5 |
1.3* |
8.3 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 831 |
| |
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)