16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 511
| Base Pair (511:540)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.6 |
64.8* |
5.4 |
1.6* |
-- |
2.2 |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
-- |
0.1 |
14.4* |
5.4 |
3.3 | 6595 |
| 3 |
0.7* |
72.6* |
2.7* |
1.5* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
21.7 | 5611 |
| B |
0.8* |
92.5* |
3.5* |
1.9* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4402 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 207 |
| C |
-- |
93.1* |
5.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1002 |
| M |
0.1* |
6.4* |
23.0 |
3.4 |
-- |
16.8 |
6.6* |
0.1 |
0.5 |
1.0 |
0.1 |
1.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
40.3* |
0.2 | 833 |
| |
| Base Pair (512:539)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
21.4* |
67.4* |
0.2* |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.2 |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
3.8 |
0.1 | 6582 |
| 3 |
-- |
21.0* |
75.6* |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5597 |
| B |
-- |
0.1* |
95.9* |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4390 |
| A |
-- |
89.8* |
5.8* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
1.9* |
73.1* |
-- |
-- |
24.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
98.3* |
0.9* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1001 |
| M |
0.1* |
27.7* |
10.2 |
1.4 |
-- |
4.0 |
0.1* |
-- |
0.1 |
1.6 |
9.6 |
13.3 |
-- |
-- |
0.5 |
31.3* |
-- | 833 |
| |
| Base Pair (513:538)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
28.0* |
33.3* |
37.2* |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 6573 |
| 3 |
0.1* |
29.5* |
26.6* |
42.7* |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 5589 |
| B |
-- |
34.5* |
10.6* |
54.1* |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4381 |
| A |
1.5* |
66.0* |
31.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 206 |
| C |
-- |
94.4* |
-- |
3.1* |
-- |
2.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
-- |
95.7* |
1.6 |
1.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 1002 |
| M |
0.2* |
4.9* |
85.7* |
7.0* |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- | 832 |
| |
| Base Pair (514:537)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.6* |
70.3* |
8.8* |
0.5* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6568 |
| 3 |
20.9* |
72.4* |
5.6* |
0.4* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5585 |
| B |
-- |
92.2* |
7.2* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4385 |
| A |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- | 200 |
| C |
-- |
39.4* |
60.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
97.2* |
-- |
-- |
2.3* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- | 1000 |
| M |
14.4* |
62.5* |
20.2* |
1.1* |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- | 831 |
| |
| Base Pair (515:536)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6600 |
| 3 |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5606 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4397 |
| A |
99.5* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 207 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 1002 |
| M |
99.3* |
-- |
-- |
0.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 833 |
| |
|
| Base Pair (521:528) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6570 |
| 3 |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5577 |
| B |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4373 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1001 |
| M |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 831 |
| |
| Base Pair (522:527) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
99.3* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6444 |
| 3 |
-- |
99.3* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5452 |
| B |
-- |
99.2* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4252 |
| A |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 200 |
| C |
-- |
99.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1000 |
| M |
-- |
99.0* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 832 |
| |
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