16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 577
Base Pair (577:764)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
97.1* |
-- |
0.2* |
2.0* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 6957 |
3 |
97.8* |
-- |
-- |
1.7* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 5914 |
B |
97.6* |
-- |
-- |
1.7* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4670 |
A |
90.9* |
-- |
-- |
8.2* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 220 |
C |
98.2* |
-- |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
E |
99.7* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 1024 |
M |
91.2* |
-- |
2.4* |
4.9* |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 886 |
|
Base Pair (578:763)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.5* |
40.8* |
38.3* |
6.1* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
13.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 6959 |
3 |
0.5* |
47.3* |
28.7* |
7.1* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
15.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 5920 |
B |
0.5* |
58.3* |
30.8* |
9.1* |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 4668 |
A |
2.3* |
21.8* |
74.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 220 |
C |
-- |
6.1* |
93.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
E |
-- |
2.6 |
9.5 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
86.7* |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 1032 |
M |
0.2* |
4.1* |
92.4* |
0.3* |
0.1 |
1.0 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.3 | 882 |
|
Base Pair (579:762)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
41.5* |
8.8* |
27.6* |
14.4* |
5.6 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 6988 |
3 |
36.4* |
7.9* |
32.0* |
15.5* |
6.5 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 5945 |
B |
46.1* |
4.4* |
20.0* |
19.6* |
8.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 4693 |
A |
-- |
89.5* |
4.5* |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 220 |
C |
0.6* |
82.4* |
10.3* |
4.2* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 165 |
E |
-- |
6.3* |
92.5* |
-- |
0.1* |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1032 |
M |
82.7* |
1.4* |
0.7* |
9.9* |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.3 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 | 886 |
|
Base Pair (580:761)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
4.1* |
75.2* |
11.6* |
3.8* |
-- |
4.0 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6982 |
3 |
0.1* |
86.8* |
5.9* |
2.0* |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 5939 |
B |
0.1* |
83.9* |
7.2* |
2.5* |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 4692 |
A |
-- |
91.6* |
4.2* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 214 |
C |
0.6* |
7.9* |
87.3* |
-- |
-- |
1.8 |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
E |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1033 |
M |
32.4* |
9.4* |
35.6* |
16.8* |
-- |
0.8 |
0.7 |
2.7 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.4 | 886 |
|
|
Base Pair (582:758) (Tertiary)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.1 |
7.6 |
7.8 |
0.1 |
-- |
52.0* |
0.9* |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
10.5* |
0.5 |
-- |
0.1 |
15.3 |
0.3 |
3.9 | 6988 |
3 |
0.1 |
8.9 |
2.3 |
-- |
-- |
57.7* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
12.3* |
0.6 |
-- |
-- |
17.5 |
0.3 |
-- | 5946 |
B |
0.1 |
11.2 |
2.6 |
-- |
-- |
68.4* |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
15.6* |
0.8 |
-- |
-- |
0.6 |
0.3 |
-- | 4697 |
A |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 |
-- |
-- | 217 |
C |
-- |
0.6 |
3.0 |
1.2* |
-- |
73.8* |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
1.2 |
15.9 |
1.2 |
-- | 164 |
E |
0.3 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 |
-- |
0.1 | 1032 |
M |
0.1 |
0.3* |
45.6* |
0.7 |
0.2* |
9.1 |
7.2 |
1.1* |
0.7 |
3.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
31.0 | 886 |
|
|
Base Pair (584:757)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.6 |
-- |
0.3* |
6.3 |
88.6* |
-- |
0.5 |
0.6* |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.5 | 7034 |
3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5994 |
B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4742 |
A |
1.8 |
-- |
-- |
0.5 |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 219 |
C |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
E |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
97.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- | 1033 |
M |
3.9* |
-- |
2.5* |
49.5* |
14.2 |
0.3 |
4.3 |
4.9 |
0.2 |
1.7 |
1.5 |
4.4 |
0.3 |
-- |
1.6 |
6.5 |
4.3 | 883 |
|
Base Pair (585:756)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
72.9* |
3.3* |
14.8* |
6.2* |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 | 7026 |
3 |
76.9* |
3.9* |
16.9* |
1.5* |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5985 |
B |
97.2* |
0.1* |
-- |
1.9* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4731 |
A |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 220 |
C |
95.7* |
-- |
-- |
3.0* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
E |
-- |
0.7* |
97.8* |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 1034 |
M |
41.6* |
0.3* |
3.5* |
38.4* |
0.9 |
-- |
1.5 |
3.6 |
0.1 |
1.5 |
2.0 |
0.6 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.8 |
4.2 | 885 |
|
Base Pair (586:755)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
3.7* |
62.8* |
22.5* |
2.4* |
0.4 |
5.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.6 | 7010 |
3 |
-- |
71.0* |
22.0* |
0.1* |
-- |
6.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 5968 |
B |
-- |
77.5* |
15.3* |
-- |
-- |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4723 |
A |
-- |
77.8* |
18.4* |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 212 |
C |
-- |
8.5* |
91.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
E |
-- |
39.7* |
53.0* |
0.4* |
-- |
6.5 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1033 |
M |
28.7* |
17.3* |
13.1* |
18.5* |
3.3 |
0.8 |
3.1 |
2.9 |
0.2 |
1.7 |
0.7 |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
1.2 |
1.6 |
5.6 | 885 |
|
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)