16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 577


Base Pair (577:764)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 97.1* -- 0.2* 2.0* 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 0.36957
3 97.8* -- -- 1.7* 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 0.25914
B 97.6* -- -- 1.7* 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 0.24670
A 90.9* -- -- 8.2* -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 0.5 -- -- --220
C 98.2* -- -- 1.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --165
E 99.7* -- -- 0.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- --1024
M 91.2* -- 2.4* 4.9* 0.3 0.1 -- 0.1 0.2 -- -- -- 0.2 0.2 -- -- 0.3886
 
Base Pair (578:763)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.5* 40.8* 38.3* 6.1* -- 0.3 0.1 -- -- 13.1 0.1 0.1 -- -- -- 0.1 0.26959
3 0.5* 47.3* 28.7* 7.1* -- 0.3 0.1 -- -- 15.3 0.1 0.1 -- -- -- -- 0.45920
B 0.5* 58.3* 30.8* 9.1* -- 0.4 0.1 -- -- 0.2 0.1 -- -- -- -- -- 0.34668
A 2.3* 21.8* 74.5* -- -- -- -- -- -- 0.9 -- -- -- -- -- -- 0.5220
C -- 6.1* 93.3* -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- -- --165
E -- 2.6 9.5 -- -- 0.2* -- -- -- 86.7* 0.1 0.5 -- -- -- 0.1 0.31032
M 0.2* 4.1* 92.4* 0.3* 0.1 1.0 -- 0.2 0.2 0.2 -- -- 0.1 -- 0.2 0.5 0.3882
 
Base Pair (579:762)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 41.5* 8.8* 27.6* 14.4* 5.6 0.6 0.1 0.1 0.4 -- 0.1 -- 0.1 0.1 0.1 0.2 0.16988
3 36.4* 7.9* 32.0* 15.5* 6.5 0.6 0.1 0.1 -- 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.25945
B 46.1* 4.4* 20.0* 19.6* 8.2 0.4 0.1 0.1 -- -- 0.2 0.1 0.1 0.2 0.1 0.2 0.14693
A -- 89.5* 4.5* -- -- 5.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.9220
C 0.6* 82.4* 10.3* 4.2* -- 1.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6165
E -- 6.3* 92.5* -- 0.1* 0.7 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- -- --1032
M 82.7* 1.4* 0.7* 9.9* 0.2 -- 0.3 0.3 3.4 -- -- -- 0.2 0.1 0.1 0.1 0.4886
 
Base Pair (580:761)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 4.1* 75.2* 11.6* 3.8* -- 4.0 0.1 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.26982
3 0.1* 86.8* 5.9* 2.0* -- 4.5 -- -- 0.1 0.2 0.1 0.1 -- 0.2 -- -- 0.25939
B 0.1* 83.9* 7.2* 2.5* -- 5.4 -- -- 0.1 0.2 0.1 -- -- 0.2 -- -- 0.24692
A -- 91.6* 4.2* -- -- 1.9 -- -- -- -- 0.5 1.9 -- -- -- -- --214
C 0.6* 7.9* 87.3* -- -- 1.8 1.2 -- -- 0.6 0.6 -- -- -- -- -- --165
E -- 99.1 -- -- -- 0.9 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --1033
M 32.4* 9.4* 35.6* 16.8* -- 0.8 0.7 2.7 0.3 -- -- -- 0.2 -- 0.6 0.1 0.4886
 

Base Pair (582:758)   (Tertiary) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 7.6 7.8 0.1 -- 52.0* 0.9* 0.2 0.1 0.5 10.5* 0.5 -- 0.1 15.3 0.3 3.96988
3 0.1 8.9 2.3 -- -- 57.7* -- 0.1 -- 0.1 12.3* 0.6 -- -- 17.5 0.3 --5946
B 0.1 11.2 2.6 -- -- 68.4* -- 0.1 -- 0.2 15.6* 0.8 -- -- 0.6 0.3 --4697
A -- -- 1.8 -- -- 94.9 -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- --217
C -- 0.6 3.0 1.2* -- 73.8* -- 0.6 0.6 -- 1.8* -- -- 1.2 15.9 1.2 --164
E 0.3 -- 0.9 -- -- 1.2 -- 0.2 -- -- -- -- -- -- 97.4 -- 0.11032
M 0.1 0.3* 45.6* 0.7 0.2* 9.1 7.2 1.1* 0.7 3.2 0.1 -- -- 0.1 0.5 0.1 31.0886
 

Base Pair (584:757)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.6 -- 0.3* 6.3 88.6* -- 0.5 0.6* -- 0.2 0.2 0.6 0.4 -- 0.2 0.8 0.57034
3 0.1 -- -- 0.1 99.2 -- -- -- -- -- -- 0.1 0.4 -- -- -- 0.15994
B -- -- -- 0.1 99.6 -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 -- -- -- 0.14742
A 1.8 -- -- 0.5 97.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --219
C 0.6 -- -- 0.6 98.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --165
E 0.2 -- -- -- 97.7 -- -- -- -- -- -- -- 2.1 -- -- -- --1033
M 3.9* -- 2.5* 49.5* 14.2 0.3 4.3 4.9 0.2 1.7 1.5 4.4 0.3 -- 1.6 6.5 4.3883
 
Base Pair (585:756)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 72.9* 3.3* 14.8* 6.2* 0.3 0.2 0.2 0.6 -- 0.2 0.4 0.1 -- -- 0.1 0.1 0.47026
3 76.9* 3.9* 16.9* 1.5* 0.1 0.3 -- 0.2 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.15985
B 97.2* 0.1* -- 1.9* 0.2 -- -- 0.2 -- -- 0.2 -- -- 0.1 -- -- 0.14731
A -- 99.1 -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5220
C 95.7* -- -- 3.0* 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --164
E -- 0.7* 97.8* -- -- 1.4 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 --1034
M 41.6* 0.3* 3.5* 38.4* 0.9 -- 1.5 3.6 0.1 1.5 2.0 0.6 0.1 -- 0.8 0.8 4.2885
 
Base Pair (586:755)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 3.7* 62.8* 22.5* 2.4* 0.4 5.5 0.4 0.4 -- 0.4 0.2 0.2 -- 0.1 0.2 0.2 0.67010
3 -- 71.0* 22.0* 0.1* -- 6.3 0.1 -- -- 0.2 0.1 0.1 -- 0.1 -- -- --5968
B -- 77.5* 15.3* -- -- 6.4 -- -- -- 0.2 0.1 0.1 -- 0.1 -- -- --4723
A -- 77.8* 18.4* -- -- 3.3 -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- --212
C -- 8.5* 91.5* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --165
E -- 39.7* 53.0* 0.4* -- 6.5 0.3 -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- --1033
M 28.7* 17.3* 13.1* 18.5* 3.3 0.8 3.1 2.9 0.2 1.7 0.7 0.9 0.3 0.1 1.2 1.6 5.6885
 

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