16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 588
| Base Pair (588:651)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.4* |
-- |
0.4* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
27.6 | 7187 |
| 3 |
81.5* |
-- |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
17.6 | 6006 |
| B |
98.5* |
-- |
0.6* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 | 4736 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 228 |
| C |
94.0* |
-- |
1.8* |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
7.9* |
-- |
0.2* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
91.0 | 1021 |
| |
| Base Pair (589:650)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
16.1* |
29.7* |
10.6* |
3.2 |
9.8 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
27.6 | 7166 |
| 3 |
1.4* |
17.9* |
33.4* |
12.3* |
3.8 |
11.5 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.9 |
17.6 | 5985 |
| B |
1.5* |
20.2* |
40.9* |
15.4* |
4.7 |
14.4 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.1 |
0.1 | 4724 |
| A |
6.8* |
53.0* |
29.2* |
5.0* |
1.8 |
1.8 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- | 219 |
| C |
-- |
46.4* |
36.3* |
3.0* |
-- |
8.9 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.8 | 168 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.1* |
0.7* |
6.6* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
90.9 | 1021 |
| |
| Base Pair (590:649)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.4* |
14.1* |
25.2* |
2.6* |
1.2 |
23.6 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
1.0 |
27.5 | 7143 |
| 3 |
2.5* |
16.7* |
28.3* |
2.4* |
1.4 |
27.3 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
1.1 |
17.6 | 5961 |
| B |
3.2* |
18.4* |
34.9* |
3.0* |
1.8 |
33.8 |
0.9 |
0.3 |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.6 |
1.4 |
0.1 | 4700 |
| A |
-- |
58.9* |
21.5* |
0.9* |
-- |
17.8 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- | 219 |
| C |
-- |
7.1* |
52.7* |
3.0* |
-- |
34.3 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
0.6 | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
1.9* |
0.5* |
2.5* |
3.5* |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
91.0 | 1021 |
| |
| Base Pair (591:648)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4* |
9.0* |
35.5* |
12.0* |
3.4 |
3.4 |
0.6 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
2.9 |
27.5 | 7163 |
| 3 |
5.3* |
10.5* |
40.1* |
13.2* |
3.9 |
4.0 |
0.5 |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
3.4 |
17.7 | 5981 |
| B |
6.3* |
11.4* |
49.2* |
16.6* |
4.7 |
4.9 |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
4.3 |
0.4 | 4712 |
| A |
10.1* |
39.6* |
33.0* |
4.4* |
6.2 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 227 |
| C |
-- |
8.3* |
72.2* |
4.7* |
2.4 |
1.2 |
5.3 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6 |
0.6 | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
0.1* |
2.3* |
5.6* |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
91.0 | 1021 |
| |
| Base Pair (592:647)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.5* |
5.5* |
13.6* |
14.1* |
2.5 |
6.1 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.5 |
1.2 |
27.5 | 7213 |
| 3 |
32.6* |
6.5* |
15.9* |
14.6* |
2.9 |
7.2 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
1.0 |
17.5 | 6031 |
| B |
39.2* |
7.7* |
19.4* |
17.6* |
3.5 |
9.1 |
0.4 |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
1.2 |
0.2 | 4757 |
| A |
43.1* |
12.9* |
17.2* |
19.0* |
1.7 |
0.9 |
0.9 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
2.6 |
0.4 | 232 |
| C |
7.7 |
1.8* |
5.3 |
40.8* |
5.9 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
4.7 |
0.6* |
0.6 |
18.3* |
9.5 |
1.2 | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.3* |
0.2* |
1.1* |
6.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
91.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (593:646)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.0* |
2.0 |
4.7 |
9.8* |
4.2 |
35.6* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
1.3 |
27.3 | 7233 |
| 3 |
15.1* |
2.3 |
4.6 |
10.9* |
4.9 |
42.5* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
0.8 |
17.3 | 6051 |
| B |
16.7* |
2.7 |
5.7 |
12.4* |
6.2 |
53.5* |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
0.9 |
0.2 | 4778 |
| A |
49.8* |
4.3 |
3.9 |
28.1* |
1.3 |
6.9* |
-- |
0.9 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
2.6 |
-- | 231 |
| C |
16.0 |
1.8 |
11.2 |
22.5* |
4.1 |
0.6 |
1.8 |
1.8 |
-- |
1.8* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
28.4* |
8.9 |
0.6 | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
0.2* |
3.9* |
1.0* |
0.2 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
2.6 |
91.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (594:645)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3* |
20.2 |
6.3 |
1.5* |
-- |
40.2* |
1.0 |
0.5 |
0.3 |
1.3* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
27.2 | 7202 |
| 3 |
0.4* |
24.0 |
5.9 |
1.3* |
-- |
47.7* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
0.9* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
17.3 | 6020 |
| B |
0.5* |
29.2 |
6.8 |
1.5* |
-- |
57.9* |
1.3 |
0.6 |
0.5 |
1.1* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 4747 |
| A |
-- |
26.0 |
15.2 |
3.9* |
-- |
51.5* |
1.7 |
-- |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
0.6* |
7.1* |
49.7* |
9.5* |
-- |
14.8 |
3.0 |
4.1 |
-- |
9.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.1 |
-- |
1.0 |
1.7 |
-- |
0.3 |
0.4 |
0.1* |
-- |
2.1* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1* |
0.1 |
2.7* |
91.2 | 1021 |
| |
|
| Base Pair (596:644) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.1* |
12.7* |
0.1* |
57.0* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
27.5 | 7253 |
| 3 |
1.1* |
15.1* |
-- |
65.1* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
17.1 | 6071 |
| B |
1.1* |
19.1* |
-- |
78.0* |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 4796 |
| A |
5.2* |
2.1* |
-- |
91.0* |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
-- |
-- |
-- |
88.2* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
10.7 |
-- | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
1.9* |
-- |
0.5* |
3.3* |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
92.9 | 1021 |
| |
| Base Pair (597:643)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.2* |
-- |
0.1* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
27.5 | 7236 |
| 3 |
82.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
17.3 | 6053 |
| B |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4778 |
| A |
95.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 233 |
| C |
91.8* |
-- |
1.8* |
3.5* |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
2.9* |
-- |
0.6* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.1 |
92.9 | 1021 |
| |
|
| Base Pair (598:640)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
3.7* |
63.1* |
2.3* |
-- |
2.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
27.6 | 7246 |
| 3 |
-- |
3.9* |
72.1* |
2.7* |
-- |
3.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
17.2 | 6063 |
| B |
-- |
5.0* |
86.6* |
3.4* |
-- |
4.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 | 4797 |
| A |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 224 |
| C |
-- |
-- |
96.5* |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.2* |
2.8* |
3.0* |
0.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
93.3 | 1021 |
| |
| Base Pair (599:639)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.6* |
54.2* |
9.0* |
1.2* |
-- |
2.6 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
27.7 | 7177 |
| 3 |
5.5* |
62.4* |
9.8* |
1.4* |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
17.4 | 5994 |
| B |
7.0* |
75.2* |
11.7* |
1.7* |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4730 |
| A |
-- |
82.4* |
15.8* |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 222 |
| C |
0.6* |
83.5* |
12.4* |
1.8* |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
0.6* |
3.6* |
0.3* |
0.1 |
1.9 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
93.3 | 1021 |
| |
| Base Pair (600:638)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.0* |
4.6 |
3.5 |
27.6* |
0.3 |
18.9* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
27.6 | 7233 |
| 3 |
18.7* |
4.1 |
3.5 |
32.8* |
0.3 |
21.8* |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
17.2 | 6050 |
| B |
23.4* |
3.3 |
3.1 |
41.0* |
0.4 |
26.9* |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 4775 |
| A |
6.0* |
38.6* |
27.5* |
9.9* |
-- |
14.2 |
0.4 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
3.5 |
34.1* |
21.8* |
4.1 |
-- |
27.6 |
-- |
4.7* |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
2.1* |
2.7* |
0.6* |
0.3* |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
93.3 | 1021 |
| |
| Base Pair (601:637)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.8 |
2.9 |
2.1 |
6.3 |
44.5* |
5.3* |
0.1 |
0.8* |
-- |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.3 |
28.2 | 7153 |
| 3 |
10.4 |
3.3 |
2.0 |
6.5 |
51.8* |
6.4* |
0.1 |
0.9* |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
17.4 | 5970 |
| B |
12.9 |
1.6 |
2.4 |
7.7 |
65.7* |
7.1* |
0.1 |
1.2* |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- | 4695 |
| A |
7.7* |
52.8* |
4.3* |
12.0* |
2.1 |
19.3 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- | 233 |
| C |
5.3 |
3.5* |
11.2* |
23.5 |
52.4* |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.1* |
-- |
0.8* |
2.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
96.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (602:636)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.5* |
11.4* |
4.6* |
31.8* |
10.3 |
6.1 |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.4 |
27.7 | 7261 |
| 3 |
6.5* |
12.0* |
4.8* |
37.5* |
12.3 |
7.3 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
1.5 |
17.1 | 6078 |
| B |
8.2* |
13.5* |
5.1* |
47.4* |
15.6 |
7.0 |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.9 |
-- | 4803 |
| A |
-- |
34.3 |
20.2 |
-- |
-- |
45.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 233 |
| C |
-- |
57.1* |
24.1* |
9.4* |
-- |
2.4 |
1.2 |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.2 |
0.2* |
0.2* |
1.4 |
0.1* |
-- |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
96.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (603:635)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.2* |
10.3* |
36.9* |
6.1* |
1.7 |
4.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
27.7 | 7254 |
| 3 |
14.5* |
11.5* |
42.4* |
6.8* |
1.9 |
4.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
17.1 | 6071 |
| B |
17.1* |
13.1* |
52.9* |
8.6* |
1.4 |
5.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
-- | 4797 |
| A |
27.2* |
30.6* |
14.2* |
1.3* |
22.4 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 232 |
| C |
-- |
29.4* |
57.1* |
0.6* |
0.6 |
9.4 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
0.1* |
0.8* |
2.8* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
96.0 | 1021 |
| |
| Base Pair (604:634)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.6* |
0.9 |
0.1 |
1.1* |
0.7 |
1.0* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
27.7 | 7270 |
| 3 |
77.9* |
1.1 |
-- |
1.2* |
0.7 |
1.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
17.1 | 6088 |
| B |
95.6* |
0.3 |
-- |
1.5* |
0.5 |
1.0* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
0.1 | 4814 |
| A |
61.2* |
20.3* |
-- |
0.4* |
8.2 |
9.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
87.6* |
1.8* |
3.0* |
1.2* |
3.0 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
1.2 | 169 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
2.3* |
-- |
0.2 |
0.7* |
0.1 |
0.2* |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
95.8 | 1021 |
| |
| Base Pair (605:633)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
0.4 |
1.1 |
0.2* |
0.3 |
62.5* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
4.7 |
28.5 | 7254 |
| 3 |
1.2* |
0.5 |
1.2 |
0.1* |
0.3 |
71.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
5.6 |
18.0 | 6071 |
| B |
0.1* |
0.1 |
1.5 |
-- |
-- |
88.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
7.1 |
1.1 | 4799 |
| A |
30.4* |
10.4 |
-- |
2.2* |
7.0 |
47.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
1.3 | 230 |
| C |
-- |
-- |
2.9 |
2.4* |
-- |
90.6* |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.4* |
0.2 |
2.4* |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.2 |
95.8 | 1021 |
| |
| Base Pair (606:632)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7 |
1.7 |
1.4 |
1.7 |
47.5* |
1.7* |
0.4* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.3* |
0.3 |
2.0 |
8.1 |
1.4 |
2.4 |
28.8 | 7251 |
| 3 |
2.0 |
0.8 |
0.8 |
1.9 |
56.4* |
1.6* |
0.3* |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.4* |
0.3 |
2.4 |
9.7 |
1.5 |
2.8 |
18.4 | 6068 |
| B |
2.2 |
1.0 |
1.0 |
2.3 |
69.1* |
1.9* |
0.4* |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.5* |
0.4 |
2.9 |
12.1 |
1.8 |
2.0 |
1.7 | 4794 |
| A |
5.2 |
-- |
-- |
2.2 |
47.0* |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.9 |
3.9 |
4.3* |
31.0 |
0.9 | 232 |
| C |
2.4* |
44.7* |
27.1* |
2.4* |
1.8 |
12.4 |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
4.1 |
1.8 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
0.1 |
0.6* |
0.2 |
2.0* |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
95.8 | 1021 |
| |
|
| Base Pair (611:629) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.3 |
14.6 |
3.4 |
1.6 |
2.1* |
3.1* |
2.5 |
0.3* |
2.6 |
34.3* |
1.3 |
1.2 |
1.3 |
0.6 |
0.6 |
0.5 |
29.5 | 7041 |
| 3 |
0.4 |
17.5 |
4.0 |
1.7 |
2.5* |
3.4* |
2.3 |
0.4* |
2.6 |
40.1* |
1.5 |
1.4 |
1.4 |
0.8 |
0.7 |
0.6 |
18.8 | 5858 |
| B |
0.5 |
18.5 |
4.8 |
2.2 |
3.2* |
4.2* |
2.8 |
0.5* |
3.0 |
51.1* |
2.0 |
1.8 |
1.7 |
0.9 |
0.9 |
0.8 |
1.1 | 4598 |
| A |
-- |
79.4* |
6.4* |
-- |
-- |
3.2 |
3.2 |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 218 |
| C |
-- |
1.2 |
-- |
4.1 |
0.6 |
0.6 |
22.4 |
1.2 |
15.9* |
40.0* |
0.6 |
2.9 |
5.9 |
-- |
-- |
1.2* |
3.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.1* |
0.1 |
0.5 |
0.4* |
0.1 |
1.9* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
96.6 | 1021 |
| |
| Base Pair (612:628)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
55.7* |
9.0* |
0.7 |
1.8* |
2.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
28.6 | 7150 |
| 3 |
0.6 |
64.8* |
10.0* |
0.7 |
2.1* |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.7 |
17.8 | 5967 |
| B |
0.6 |
79.5* |
11.1* |
0.7 |
2.7* |
3.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.9 |
0.5 | 4693 |
| A |
2.6* |
58.6* |
32.3* |
3.0* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 232 |
| C |
-- |
54.7* |
23.5* |
4.1* |
1.8 |
8.8 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
1.2 |
-- |
0.6 |
-- |
1.2 |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
2.2* |
1.1* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
96.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (613:627)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.3* |
50.7* |
10.8* |
4.1* |
0.6 |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
28.4 | 7207 |
| 3 |
2.4* |
59.1* |
11.9* |
4.8* |
0.6 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
17.8 | 6024 |
| B |
2.3* |
73.0* |
14.3* |
5.2* |
0.3 |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 4750 |
| A |
17.2* |
38.8* |
15.1* |
17.7* |
9.5 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
0.6* |
55.3* |
32.4* |
1.8* |
-- |
7.1 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
1.5* |
0.4* |
1.2* |
0.4* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
96.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (614:626)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.9* |
18.3* |
4.7* |
19.6* |
4.4 |
3.0 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
28.0 | 7233 |
| 3 |
24.6* |
21.5* |
5.4* |
21.3* |
5.2 |
3.6 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
17.3 | 6050 |
| B |
30.9* |
25.2* |
6.2* |
25.5* |
6.2 |
4.4 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 4777 |
| A |
5.6* |
42.4* |
11.3* |
28.6* |
6.5 |
3.5 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 231 |
| C |
14.7* |
0.6* |
5.9* |
68.8* |
1.2 |
1.2 |
-- |
1.8 |
1.2 |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.1* |
2.0* |
0.6* |
1.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (615:625)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.7 |
18.6* |
4.7* |
6.6 |
20.3* |
1.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
27.9 | 7253 |
| 3 |
21.9 |
21.8* |
5.5* |
7.2 |
23.9* |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
17.3 | 6070 |
| B |
26.7 |
24.8* |
6.7* |
8.6 |
30.1* |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 | 4795 |
| A |
21.0* |
55.8* |
5.6* |
9.9* |
2.1 |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- | 233 |
| C |
57.6* |
4.7* |
1.8* |
18.8* |
10.6 |
-- |
2.4 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
-- |
2.0* |
0.3* |
1.3* |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 | 1021 |
| |
| Base Pair (616:624)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
45.6* |
2.9* |
1.0* |
15.0* |
6.3 |
1.0 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
27.8 | 7280 |
| 3 |
52.4* |
3.4* |
1.2* |
16.9* |
7.4 |
1.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
17.2 | 6097 |
| B |
64.3* |
3.3* |
1.4* |
19.9* |
9.2 |
1.3 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 4821 |
| A |
40.2* |
21.8* |
2.1* |
30.3* |
3.0 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 234 |
| C |
72.9* |
-- |
-- |
18.2* |
4.1 |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.4* |
0.1* |
0.3* |
2.7* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.1 | 1021 |
| |
| Base Pair (617:623)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.0* |
-- |
0.1* |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
28.2 | 7284 |
| 3 |
82.1* |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
17.3 | 6101 |
| B |
99.0* |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 4825 |
| A |
97.9* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 234 |
| C |
89.4* |
-- |
1.8* |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.6 | 170 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1042 |
| M |
0.8* |
0.1* |
0.3* |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 1021 |
| |
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)