16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 61
| Base Pair (61:106)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.2* |
-- |
-- |
2.0* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.4 | 6539 |
| 3 |
98.1* |
-- |
-- |
0.3* |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.2 | 5558 |
| B |
98.5* |
-- |
-- |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 4392 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 203 |
| C |
97.5* |
-- |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
96.3* |
-- |
-- |
0.3* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 | 963 |
| M |
81.9* |
-- |
-- |
13.8* |
1.4 |
0.1* |
0.2 |
0.6 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
1.3 | 828 |
| |
| Base Pair (62:105)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
1.4 |
1.1 |
0.2 |
-- |
94.0* |
0.1 |
0.2* |
0.1 |
0.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.6 | 6551 |
| 3 |
-- |
1.0 |
0.7 |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 | 5571 |
| B |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
98.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1 | 4404 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 162 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 965 |
| M |
1.0 |
4.7 |
4.0 |
1.3 |
-- |
68.2* |
0.5 |
1.8* |
1.0 |
6.8* |
3.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 |
1.0 |
4.7 | 827 |
| |
| Base Pair (63:104)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
71.2* |
1.2* |
0.3* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
26.4 | 6600 |
| 3 |
0.1* |
80.3* |
1.0* |
0.2* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
17.7 | 5580 |
| B |
0.1* |
98.0* |
0.7* |
0.3* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 4402 |
| A |
-- |
82.2* |
11.9* |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
-- |
85.8* |
6.8* |
-- |
-- |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
0.1 |
69.3* |
-- |
-- |
0.1* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
24.3 |
-- |
-- |
4.8 | 971 |
| M |
-- |
8.9* |
1.7* |
0.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
88.4 | 867 |
| |
|
| Base Pair (66:103)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.3* |
0.1* |
0.7* |
53.9* |
0.7 |
0.3 |
-- |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
11.3 | 6563 |
| 3 |
35.7* |
0.1* |
0.8* |
58.9* |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
2.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 5579 |
| B |
43.8* |
-- |
0.4* |
53.9* |
0.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 4409 |
| A |
30.7* |
-- |
4.5* |
61.8* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 199 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 163 |
| E |
-- |
0.7 |
1.8 |
81.2* |
0.8 |
1.8* |
0.1 |
11.9 |
0.6 |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.1* |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.1 | 971 |
| M |
0.1* |
0.2* |
0.7* |
10.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
88.0 | 830 |
| |
| Base Pair (67:102)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.6* |
68.6* |
1.5* |
0.7* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
11.1 | 6597 |
| 3 |
19.5* |
76.6* |
1.4* |
0.7* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.3 | 5613 |
| B |
3.4* |
94.5* |
0.3* |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 | 4438 |
| A |
11.4* |
50.7* |
25.4* |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 201 |
| C |
-- |
95.7* |
1.8* |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 163 |
| E |
94.6* |
0.2* |
1.4* |
1.0* |
0.5 |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
0.1 | 974 |
| M |
0.2* |
8.6* |
1.9* |
0.6* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
88.1 | 830 |
| |
| Base Pair (68:101) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1 |
0.3 |
13.9 |
0.7* |
0.3 |
0.3* |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
68.8* |
0.4 |
-- |
0.2 |
11.6 | 6584 |
| 3 |
3.4 |
0.3* |
16.3 |
0.7* |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
77.1* |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.6 | 5599 |
| B |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
97.0* |
0.5 |
-- |
-- |
0.6 | 4427 |
| A |
78.9* |
-- |
-- |
6.0* |
0.5 |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
11.6 |
0.5 |
-- |
-- |
1.5 | 199 |
| C |
1.8 |
-- |
2.4 |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7* |
1.8 |
-- |
-- |
-- | 164 |
| E |
-- |
1.5* |
93.1* |
2.6* |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
1.3 |
0.1 | 973 |
| M |
1.2 |
-- |
0.4 |
0.7* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
6.9* |
0.1 |
-- |
0.1 |
89.2 | 830 |
| |
|
| Base Pair (69:99)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.7* |
6.2* |
0.9* |
13.4* |
9.3 |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
1.6 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.1 |
36.3 | 6585 |
| 3 |
34.0* |
7.2* |
0.4* |
14.8* |
10.6 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
29.4 | 5600 |
| B |
43.5* |
9.2* |
0.5* |
19.0* |
13.6 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
1.5 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.5 |
0.8 |
-- |
-- |
9.5 | 4378 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 202 |
| C |
31.7* |
1.8* |
1.2* |
28.0* |
11.6 |
-- |
4.9 |
7.9 |
5.5 |
-- |
1.8 |
-- |
2.4 |
0.6 |
-- |
1.8 |
0.6 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
0.2 |
4.6* |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
3.3* |
0.1 |
0.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
90.3 | 830 |
| |
| Base Pair (70:98)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.3* |
10.6* |
15.7* |
21.4* |
5.0 |
0.9 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.3 |
0.3 |
37.3 | 6610 |
| 3 |
6.4* |
12.5* |
17.9* |
24.0* |
5.4 |
1.0 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.3 |
30.7 | 5626 |
| B |
8.2* |
15.9* |
22.9* |
30.7* |
6.9 |
1.2 |
0.3 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.3 |
11.5 | 4404 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 202 |
| C |
34.4* |
-- |
3.1* |
36.2* |
13.5 |
1.2 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
2.5 |
1.8 |
-- |
2.5 |
2.4 | 163 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
0.1 |
0.1 |
2.7 |
0.6* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
3.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3* |
0.4 |
90.3 | 830 |
| |
|
| Base Pair (73:97)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.9* |
19.4* |
1.4* |
1.2* |
0.3 |
0.7 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
68.2 | 6642 |
| 3 |
9.2* |
22.7* |
1.0* |
0.8* |
0.3 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
64.3 | 5657 |
| B |
11.8* |
29.0* |
1.2* |
1.0* |
0.4 |
1.0 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
54.7 | 4435 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 202 |
| C |
-- |
0.6* |
3.0* |
1.8* |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
3.0 |
87.8 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
0.1* |
4.2* |
3.6* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
90.5 | 830 |
| |
| Base Pair (74:96)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.1* |
1.4* |
2.4* |
11.0* |
0.4 |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
78.0 | 6634 |
| 3 |
6.0* |
1.6* |
2.3* |
12.8* |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
75.7 | 5649 |
| B |
7.7* |
2.0* |
3.0* |
16.4* |
0.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
69.0 | 4427 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 202 |
| C |
-- |
-- |
2.4 |
1.2 |
0.6 |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
2.4* |
-- |
3.0* |
87.2 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
0.6 |
2.9 |
0.4* |
-- |
3.1* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
90.7 | 830 |
| |
| Base Pair (75:95)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.3* |
5.0* |
3.7* |
1.0* |
4.9 |
0.6 |
0.3 |
-- |
1.4 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
74.0 | 6635 |
| 3 |
9.7* |
5.9* |
3.6* |
1.1* |
5.7 |
0.4 |
0.1 |
-- |
1.6 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
70.9 | 5650 |
| B |
12.4* |
7.5* |
4.6* |
1.4* |
7.3 |
0.5 |
0.1 |
-- |
2.0 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
63.0 | 4428 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 202 |
| C |
-- |
0.6 |
4.3* |
3.0* |
0.6 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
1.8* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
85.9 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
0.1* |
4.1* |
0.1* |
-- |
2.0 |
1.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
91.2 | 830 |
| |
|
| Base Pair (76:93)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.5* |
3.3* |
3.6* |
5.9* |
4.0 |
0.8 |
0.4 |
0.2 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.5 |
0.1 |
0.6 |
74.0 | 6662 |
| 3 |
2.9* |
3.5* |
3.9* |
6.0* |
4.7 |
0.8 |
0.4 |
0.2 |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
0.6 |
0.1 |
0.5 |
71.9 | 5677 |
| B |
3.6* |
4.4* |
5.0* |
7.7* |
5.9 |
1.1 |
0.5 |
0.2 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.7 |
0.1 |
0.7 |
64.2 | 4456 |
| A |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.0 | 201 |
| C |
1.2* |
4.3* |
7.9* |
14.6* |
0.6 |
1.8 |
-- |
0.6 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
65.2 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
2.3* |
0.2* |
3.0* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
92.3 | 830 |
| |
| Base Pair (77:92)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.9* |
3.4* |
5.4* |
8.4* |
5.0 |
2.2 |
0.2 |
0.1 |
2.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
66.5 | 6626 |
| 3 |
5.3* |
3.9* |
5.8* |
9.3* |
5.3 |
2.6 |
0.2 |
0.1 |
2.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.5 |
0.5 |
62.7 | 5641 |
| B |
6.6* |
4.6* |
7.4* |
11.8* |
6.8 |
3.1 |
0.2 |
0.2 |
3.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.1 |
0.6 |
0.7 |
53.1 | 4420 |
| A |
3.5* |
9.5* |
-- |
1.0* |
0.5 |
3.0 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.1 | 201 |
| C |
0.6* |
1.8* |
12.8* |
17.7* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
62.8 | 164 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
2.8* |
-- |
1.1* |
0.6* |
2.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
92.2 | 830 |
| |
| Base Pair (78:91)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.4* |
6.4* |
7.2* |
10.9* |
3.8 |
2.0 |
0.2 |
0.2 |
1.6 |
-- |
-- |
0.1 |
1.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
58.6 | 6638 |
| 3 |
8.6* |
7.4* |
7.5* |
12.5* |
3.9 |
2.4 |
0.1 |
0.2 |
1.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.3 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
53.6 | 5652 |
| B |
10.7* |
8.4* |
9.5* |
15.9* |
5.0 |
2.9 |
0.2 |
0.2 |
2.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.6 |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
42.3 | 4430 |
| A |
5.0* |
23.8* |
1.0* |
2.5* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 |
-- |
-- |
64.9 | 202 |
| C |
3.0 |
1.8* |
17.6* |
5.5 |
9.1* |
1.2 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
59.4 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
-- |
3.1* |
0.8 |
1.8* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
93.4 | 830 |
| |
| Base Pair (79:90)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.1* |
12.0* |
6.9* |
9.0* |
7.0 |
2.1 |
0.5 |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.3 |
46.3 | 6648 |
| 3 |
16.5* |
13.8* |
7.4* |
9.7* |
8.2 |
2.4 |
0.6 |
0.2 |
0.9 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
39.5 | 5662 |
| B |
20.8* |
16.9* |
8.9* |
12.3* |
10.4 |
2.8 |
0.8 |
0.3 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
24.5 | 4439 |
| A |
3.9* |
15.8* |
11.3* |
1.5* |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
62.1 | 203 |
| C |
3.6* |
10.3* |
7.9* |
30.9* |
2.4 |
3.0 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
39.4 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
0.1 |
3.0* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
1.8* |
-- |
0.1 |
94.1 | 830 |
| |
| Base Pair (80:89)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.6* |
13.8* |
12.7* |
9.8* |
3.5 |
0.9 |
0.1 |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.2 |
34.7 | 6611 |
| 3 |
26.0* |
16.0* |
14.5* |
10.0* |
4.1 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
1.0 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
26.5 | 5625 |
| B |
32.5* |
18.9* |
18.1* |
12.1* |
5.2 |
1.2 |
0.1 |
0.3 |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
9.7 | 4409 |
| A |
15.3* |
35.2* |
9.7* |
16.3* |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.9 | 196 |
| C |
18.2* |
8.5* |
12.7* |
50.3* |
0.6 |
1.2 |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
5.5 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1* |
-- |
1.8* |
-- |
-- |
0.4* |
96.4 | 830 |
| |
| Base Pair (81:88)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1* |
18.1* |
17.2* |
24.3* |
2.5 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
28.8 | 6644 |
| 3 |
8.1* |
20.9* |
19.2* |
27.7* |
2.5 |
0.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
19.9 | 5658 |
| B |
8.3* |
25.7* |
23.5* |
34.9* |
3.2 |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.3 | 4440 |
| A |
44.4* |
22.2* |
22.7* |
8.1* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
1.0 | 198 |
| C |
9.1* |
9.1* |
33.3* |
23.6* |
13.9 |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
1.8 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
0.1* |
-- |
0.1 |
1.1* |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.6 |
0.5 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
96.4 | 830 |
| |
| Base Pair (82:87)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.8* |
26.5* |
2.8* |
9.0* |
0.5 |
3.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
28.1 | 6676 |
| 3 |
33.6* |
30.5* |
2.4* |
10.0* |
0.2 |
3.4 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
19.1 | 5690 |
| B |
42.2* |
36.8* |
1.9* |
12.3* |
0.3 |
4.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
1.4 | 4468 |
| A |
11.9* |
45.0* |
26.7* |
10.4* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 202 |
| C |
7.3* |
21.2* |
29.1* |
13.3* |
10.9 |
14.5 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
1.8 | 165 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 1020 |
| M |
-- |
0.1* |
0.5 |
0.6* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7* |
0.1 |
-- |
0.4 |
96.2 | 830 |
| |
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