16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 673
| Base Pair (673:717)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
57.6* |
9.6* |
10.3* |
14.8* |
3.9 |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.7 | 7133 |
| 3 |
64.7* |
9.4* |
3.6* |
16.4* |
4.5 |
0.5 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 6073 |
| B |
76.4* |
-- |
-- |
17.0* |
5.6 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 | 4820 |
| A |
96.9* |
2.6* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 228 |
| C |
90.5* |
-- |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
2.4* |
54.6* |
21.1* |
17.7* |
0.7 |
2.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 | 1025 |
| M |
3.1* |
13.1* |
57.6* |
6.3* |
0.3 |
4.3 |
0.7 |
0.2 |
0.3 |
6.3 |
-- |
0.1 |
0.6 |
1.0 |
0.6 |
0.4 |
4.9 | 899 |
| |
| Base Pair (674:716) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.4 |
0.1* |
0.2 |
0.7* |
0.1 |
0.1 |
8.7 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
71.5* |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 | 7153 |
| 3 |
19.6 |
0.1 |
-- |
0.8* |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
79.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6092 |
| B |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 4834 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
96.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
93.1* |
0.5* |
-- |
4.7* |
0.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 1026 |
| M |
5.6* |
-- |
1.6 |
0.4 |
-- |
0.1 |
68.8* |
0.2 |
1.7 |
0.9 |
-- |
-- |
14.0 |
0.2 |
0.2 |
0.2* |
6.1 | 900 |
| |
|
| Base Pair (677:713)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2 |
5.1 |
28.6 |
0.4 |
0.1* |
51.6* |
2.2 |
1.5* |
0.4 |
6.4* |
0.2 |
0.8 |
0.3 |
0.1 |
1.0 |
0.5 |
0.5 | 7166 |
| 3 |
-- |
5.2 |
29.7 |
-- |
-- |
58.8* |
0.1 |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 6104 |
| B |
-- |
2.4 |
19.5 |
-- |
-- |
72.3* |
-- |
-- |
-- |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4843 |
| A |
-- |
87.5 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
9.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
-- |
1.8* |
75.7* |
-- |
-- |
18.9 |
-- |
-- |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 169 |
| E |
-- |
-- |
84.4* |
-- |
-- |
8.0 |
0.4 |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- | 1029 |
| M |
1.8* |
4.8 |
12.8 |
3.6 |
1.0 |
8.3* |
17.2* |
11.8 |
3.4 |
14.0 |
1.7 |
2.4* |
2.0 |
0.4 |
7.0 |
3.8 |
4.1 | 901 |
| |
| Base Pair (678:712)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.3* |
1.3* |
87.1* |
2.0* |
0.7 |
1.6 |
0.4 |
0.6 |
0.1 |
0.7 |
0.8 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.9 |
0.7 | 7152 |
| 3 |
2.3* |
0.6* |
93.5* |
1.8* |
0.2 |
1.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6091 |
| B |
1.6* |
-- |
96.3* |
1.4* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4839 |
| A |
19.0* |
7.5* |
55.8* |
-- |
-- |
17.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 226 |
| C |
-- |
4.1* |
94.1* |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
2.0* |
1.9* |
88.6* |
3.7* |
0.4 |
2.6 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 1026 |
| M |
2.1 |
5.2 |
42.3* |
3.8 |
4.2* |
3.7 |
2.8 |
4.7 |
1.0* |
4.8 |
6.2* |
4.1 |
0.3 |
-- |
2.4 |
7.4 |
4.8 | 900 |
| |
| Base Pair (679:711)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.6* |
62.6* |
19.0* |
4.3* |
0.4 |
2.0 |
0.3 |
0.6 |
0.1 |
0.8 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.9 |
0.2 |
0.2 |
0.5 | 7143 |
| 3 |
7.2* |
71.1* |
16.7* |
2.4* |
0.1 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 6083 |
| B |
4.0* |
79.3* |
13.6* |
1.9* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4825 |
| A |
-- |
60.4* |
29.1* |
9.1* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 230 |
| C |
-- |
35.5* |
60.4* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
23.4* |
35.1* |
28.1* |
3.3* |
0.4 |
8.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 1028 |
| M |
12.2* |
9.5* |
27.8* |
18.5* |
2.8 |
1.7 |
1.9 |
4.3 |
0.8 |
5.2 |
1.2 |
0.9 |
0.7 |
7.0 |
1.6 |
1.8 |
2.1 | 899 |
| |
| Base Pair (680:710)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.3* |
77.2* |
6.9* |
4.4* |
0.3 |
1.3 |
0.4 |
0.1 |
1.0 |
0.7 |
0.3 |
0.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
1.7 | 7140 |
| 3 |
4.9* |
84.1* |
3.6* |
4.7* |
0.3 |
1.1 |
-- |
-- |
1.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 6078 |
| B |
4.8* |
89.6* |
3.4* |
1.3* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4820 |
| A |
7.4* |
84.8* |
3.9* |
0.9* |
1.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 230 |
| C |
-- |
86.4* |
7.1* |
-- |
0.6* |
2.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
2.4 |
-- | 169 |
| E |
4.9* |
57.9* |
4.4* |
21.0* |
1.1 |
3.6 |
0.2 |
-- |
6.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- | 1028 |
| M |
1.2* |
28.7* |
30.1* |
3.6* |
0.6 |
2.8 |
2.8 |
0.3 |
-- |
5.2 |
2.4 |
5.7 |
0.2 |
0.1 |
0.7 |
1.3 |
14.2 | 901 |
| |
| Base Pair (681:709)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.5* |
15.7* |
29.6* |
35.8* |
0.7 |
0.7 |
0.5 |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
0.2 | 7151 |
| 3 |
15.9* |
15.4* |
32.8* |
33.5* |
0.5 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 6089 |
| B |
10.5* |
16.7* |
40.6* |
31.2* |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4833 |
| A |
10.3* |
49.1* |
4.7* |
20.7* |
9.5 |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
1.8* |
62.7* |
26.0* |
4.7* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
2.4 |
-- | 169 |
| E |
42.7* |
1.5 |
2.3 |
46.9* |
0.7 |
3.1* |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 1024 |
| M |
7.3* |
9.0* |
9.0* |
57.3* |
2.1 |
0.3 |
3.4 |
4.7 |
0.6 |
0.6 |
0.8 |
0.9 |
1.1 |
0.1 |
0.6 |
1.0 |
1.2 | 901 |
| |
| Base Pair (682:708)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.4* |
12.1* |
15.1* |
26.0* |
2.9 |
0.5 |
1.8 |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.3 |
0.2 |
0.4 |
0.3 |
0.5 |
0.3 |
0.1 | 7141 |
| 3 |
42.4* |
12.9* |
15.8* |
23.6* |
3.2 |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
-- | 6079 |
| B |
48.2* |
13.5* |
11.3* |
25.4* |
0.7 |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4820 |
| A |
43.5* |
0.4* |
6.9* |
16.4* |
32.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 232 |
| C |
52.1* |
-- |
9.5* |
37.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
15.0* |
12.9* |
39.0* |
16.7* |
8.4 |
1.0 |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
1.7 |
1.8 |
1.6 |
0.1 | 1027 |
| M |
8.3* |
8.9* |
11.0* |
40.3* |
1.2 |
0.1 |
14.1 |
3.8 |
2.8 |
1.0 |
1.1 |
1.1 |
2.8 |
0.1 |
1.9 |
1.0 |
0.5 | 901 |
| |
| Base Pair (683:707)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.8 |
10.9* |
2.0* |
4.4 |
68.0* |
2.0 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
0.5 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
5.4 |
-- | 7176 |
| 3 |
5.8 |
5.9* |
0.3* |
2.8 |
76.9* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
-- | 6114 |
| B |
1.6 |
-- |
-- |
1.5 |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4856 |
| A |
88.8* |
-- |
-- |
9.4* |
1.3 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
7.1 |
-- |
-- |
3.6 |
88.8* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
7.2* |
35.0* |
1.8 |
7.6 |
-- |
11.7 |
-- |
0.2 |
-- |
0.8 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
35.0* |
0.3 | 1025 |
| M |
4.9* |
47.2* |
14.3* |
15.4* |
2.6 |
2.6 |
1.3 |
0.4 |
0.4 |
2.8 |
2.4 |
1.2 |
0.4 |
0.6 |
0.3 |
2.7 |
0.4 | 901 |
| |
| Base Pair (684:706)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1 |
1.6* |
73.8* |
0.5 |
9.9* |
0.8 |
2.2 |
0.4* |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.4 |
1.4 |
0.2 | 7176 |
| 3 |
8.2 |
-- |
77.9* |
0.2 |
11.6* |
-- |
1.5 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 6115 |
| B |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 4857 |
| A |
85.7* |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
3.5* |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 230 |
| C |
-- |
-- |
86.9* |
1.8 |
0.6 |
-- |
7.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 168 |
| E |
29.8 |
0.1* |
0.1 |
1.1 |
68.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
0.1 | 1028 |
| M |
0.7* |
12.9* |
43.3* |
2.9* |
0.7 |
6.0 |
6.1 |
0.7 |
0.2 |
3.1 |
6.4 |
1.9 |
0.2 |
-- |
2.4 |
11.0 |
1.6 | 901 |
| |
|
| Base Pair (688:699)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
92.6* |
0.1* |
0.1* |
2.9* |
2.5 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.8 |
0.2 | 7151 |
| 3 |
95.0* |
0.1* |
-- |
2.1* |
2.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- | 6089 |
| B |
95.5* |
-- |
-- |
2.4* |
1.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- | 4825 |
| A |
81.1 |
-- |
-- |
-- |
18.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
89.3* |
-- |
-- |
7.7* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
95.6* |
0.8* |
-- |
1.3* |
2.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 1031 |
| M |
76.1* |
0.1* |
1.2* |
7.2* |
3.4 |
-- |
1.4 |
2.8 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
6.8 |
0.2 | 901 |
| |
| Base Pair (689:698)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.7* |
62.1* |
2.1* |
24.4* |
-- |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 7151 |
| 3 |
9.7* |
60.5* |
0.6* |
27.4* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 6090 |
| B |
7.7* |
75.9* |
0.7* |
14.6* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4824 |
| A |
86.3* |
8.6* |
-- |
0.9* |
-- |
4.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
-- |
90.5* |
4.1* |
-- |
-- |
4.7 |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
| E |
1.6* |
0.2* |
0.3* |
92.9* |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1033 |
| M |
3.8* |
67.2* |
12.8* |
9.0* |
0.3 |
1.0 |
1.1 |
0.1 |
0.4 |
0.7 |
0.3 |
0.3 |
2.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 | 900 |
| |
| Base Pair (690:697)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
0.1 |
4.2* |
7.5 |
81.9* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
1.6 |
0.8* |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.1 |
0.2 |
0.1 | 7180 |
| 3 |
0.1 |
-- |
-- |
7.7 |
91.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 6118 |
| B |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
91.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 4853 |
| A |
-- |
-- |
-- |
34.3 |
65.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 233 |
| C |
-- |
-- |
-- |
10.1 |
88.8* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 169 |
| E |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 1032 |
| M |
0.2 |
0.4 |
33.7* |
5.1 |
13.8* |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
-- |
13.0 |
6.3* |
0.1 |
0.4 |
-- |
24.8 |
0.8 |
0.3 | 901 |
| |
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)