16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 829
| Base Pair (829:857)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.5* |
0.2* |
0.9* |
8.1* |
10.2 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
-- |
13.8 | 7258 |
| 3 |
76.7* |
0.2* |
0.4* |
8.6* |
11.7 |
-- |
-- |
0.7 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.1 | 5999 |
| B |
83.8* |
0.1* |
-- |
9.8* |
5.0 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 4729 |
| A |
93.5* |
-- |
-- |
4.3* |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
35.2* |
-- |
1.2* |
35.8* |
24.8 |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 165 |
| E |
52.6* |
1.0* |
2.6* |
3.5* |
34.5 |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.9 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
3.3 |
0.1 |
-- |
0.4 | 1041 |
| M |
2.3* |
-- |
4.0* |
1.4* |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
92.2 | 1099 |
| |
| Base Pair (830:856)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
49.1* |
12.3* |
8.0* |
8.9* |
2.6 |
0.3 |
-- |
1.4 |
-- |
0.2 |
2.6 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
14.1 | 7282 |
| 3 |
57.6* |
14.4* |
9.3* |
9.4* |
3.0 |
0.3 |
-- |
1.7 |
-- |
0.2 |
3.2 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 | 6023 |
| B |
55.5* |
17.8* |
11.7* |
10.6* |
3.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 | 4754 |
| A |
88.7* |
3.9* |
-- |
3.5* |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 231 |
| C |
64.2* |
1.8* |
0.6* |
25.5* |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 | 165 |
| E |
60.8* |
20.3* |
0.4* |
4.4* |
1.6 |
0.3 |
0.1 |
10.1 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.9 |
-- |
-- |
0.4 | 1037 |
| M |
-- |
1.9* |
2.0* |
3.5* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 1099 |
| |
| Base Pair (831:855)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.1* |
11.5 |
10.1 |
6.2* |
1.0 |
42.2* |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.8 |
2.4 |
0.1 |
0.9 |
13.9 | 7279 |
| 3 |
11.7* |
12.6 |
11.1 |
7.1* |
1.2 |
50.3* |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.9 |
2.8 |
0.1 |
1.1 |
0.1 | 6020 |
| B |
2.4* |
15.4 |
13.2 |
8.2* |
-- |
58.7* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 |
1.3 |
0.1 | 4751 |
| A |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
97.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- | 231 |
| C |
-- |
30.9* |
36.4* |
4.8* |
-- |
26.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- | 165 |
| E |
58.2* |
2.4* |
3.6* |
3.4* |
5.3 |
1.1 |
1.7 |
1.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
21.3 |
0.8 |
0.2 |
0.1 |
0.3 | 1037 |
| M |
2.8* |
2.2* |
0.7* |
1.7* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.1 | 1099 |
| |
| Base Pair (832:854)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7 |
1.0* |
0.5 |
2.8 |
60.5* |
0.3 |
10.8* |
0.9 |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.5 |
1.7 |
0.1* |
0.6 |
13.8 | 7262 |
| 3 |
6.8 |
0.8* |
0.4 |
2.7 |
70.5* |
0.3 |
13.1* |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
2.0 |
0.2* |
0.7 |
-- | 6004 |
| B |
8.3 |
0.9* |
0.5* |
3.2 |
83.9* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
2.5 |
-- |
0.1 |
-- | 4735 |
| A |
3.0 |
-- |
-- |
2.6 |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- | 230 |
| C |
1.8 |
0.6* |
-- |
14.6 |
80.5* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 164 |
| E |
0.9 |
0.7* |
0.3 |
0.5 |
4.3* |
0.2 |
61.3* |
23.8 |
2.6 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.1 |
0.7* |
3.7 |
0.4 | 1040 |
| M |
0.3 |
1.7* |
1.2* |
1.6 |
2.5* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
92.1 | 1099 |
| |
| Base Pair (833:853)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
5.7* |
2.7 |
0.9 |
2.2* |
0.3 |
65.1* |
-- |
0.4 |
0.3 |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
6.7 |
0.7 |
14.6 | 7281 |
| 3 |
6.7* |
1.7 |
0.6 |
2.5* |
0.3 |
77.0* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
8.0 |
0.8 |
1.0 | 6022 |
| B |
8.4* |
2.0 |
0.2 |
2.7* |
0.1 |
85.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 4760 |
| A |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
89.1 |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- | 221 |
| C |
5.5* |
41.2 |
6.1 |
1.8* |
-- |
41.8* |
-- |
-- |
-- |
2.4* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 165 |
| E |
0.3* |
0.7 |
1.4 |
2.1* |
1.3 |
92.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.2 |
0.7 | 1039 |
| M |
0.1* |
2.5 |
1.2 |
0.5* |
-- |
3.1* |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
92.2 | 1099 |
| |
| Base Pair (834:852)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.1* |
19.3* |
33.2* |
4.3* |
3.9 |
11.0 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.7 |
14.2 | 7267 |
| 3 |
14.6* |
23.3* |
36.5* |
5.1* |
4.7 |
13.2 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.9 |
0.3 | 6008 |
| B |
18.3* |
15.8* |
40.7* |
6.0* |
4.6 |
12.9 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
1.1 |
0.2 | 4744 |
| A |
-- |
39.0* |
35.0* |
0.9 |
17.9* |
0.9 |
-- |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
-- |
0.4 |
0.4 | 223 |
| C |
1.8* |
2.4* |
89.1* |
1.8* |
1.2 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 165 |
| E |
1.2* |
56.0* |
32.5* |
2.9* |
2.8 |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
1.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.9 |
0.1 |
0.2 |
0.6 | 1041 |
| M |
0.1* |
0.3* |
6.5* |
0.5* |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
92.3 | 1099 |
| |
| Base Pair (835:851)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
48.4* |
4.4 |
1.7 |
8.8* |
7.8 |
8.3* |
0.3 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
2.0 |
3.1 |
0.1 |
0.1 |
14.1 | 7285 |
| 3 |
55.7* |
5.3 |
1.9 |
9.8* |
9.3 |
10.0* |
0.4 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
2.4 |
3.8 |
0.1 |
0.2 |
0.1 | 6026 |
| B |
59.9* |
3.3 |
1.3 |
10.5* |
11.2 |
12.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 4761 |
| A |
60.2* |
3.1* |
11.5* |
20.4* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
2.2 |
0.4 |
-- |
-- | 226 |
| C |
87.9* |
-- |
3.6* |
6.1* |
1.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
67.9* |
18.2* |
1.7* |
9.6* |
1.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- | 1040 |
| M |
2.4* |
0.2* |
0.4* |
4.2* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.7 | 1099 |
| |
| Base Pair (836:850)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.9 |
5.5* |
0.6* |
1.9 |
58.7* |
1.8 |
-- |
0.2* |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
3.0 |
0.2 |
0.1 |
14.2 | 7283 |
| 3 |
15.5 |
5.9* |
0.2* |
2.0 |
69.8* |
1.3 |
-- |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
3.6 |
0.1 |
0.1 |
0.3 | 6024 |
| B |
7.0 |
4.9* |
0.1* |
2.0 |
82.9* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.3 |
-- |
-- |
0.3 | 4758 |
| A |
43.6* |
41.0* |
-- |
2.6* |
7.0 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 227 |
| C |
1.8 |
26.7 |
12.1 |
5.5 |
10.9* |
30.3* |
0.6 |
1.2* |
6.7 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.8 |
1.2 |
0.6 | 165 |
| E |
49.6* |
0.6 |
1.1 |
1.6* |
44.5 |
2.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 1039 |
| M |
0.3 |
0.1* |
0.9* |
0.5 |
5.0* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.8 | 1099 |
| |
| Base Pair (837:849)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.8* |
8.4* |
7.5* |
12.4* |
18.5 |
5.5 |
0.3 |
0.2 |
0.4 |
-- |
3.1 |
1.2 |
0.4 |
2.0 |
0.4 |
0.9 |
15.9 | 7278 |
| 3 |
27.5* |
10.1* |
8.5* |
14.0* |
21.0 |
6.6 |
0.4 |
0.3 |
0.4 |
-- |
3.8 |
1.4 |
0.4 |
2.5 |
0.5 |
1.0 |
1.7 | 6019 |
| B |
31.3* |
10.0* |
10.6* |
14.0* |
22.8 |
8.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.3 |
-- |
0.1 |
1.6 | 4750 |
| A |
43.2* |
10.9* |
-- |
19.7* |
18.8 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.9 |
0.4 |
3.5 |
0.4 | 229 |
| C |
4.2 |
1.2* |
4.2* |
23.6 |
52.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.2 |
0.6 |
-- |
1.2 |
10.9 | 165 |
| E |
20.3* |
38.1* |
8.6* |
20.6* |
8.8 |
0.8 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
1.9 | 1040 |
| M |
0.2* |
0.1* |
2.4* |
2.0* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
95.2 | 1099 |
| |
| Base Pair (838:848)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
28.7* |
11.6* |
8.5* |
11.3* |
5.6 |
5.0 |
0.3 |
1.2 |
0.5 |
0.2 |
0.5 |
0.7 |
1.2 |
2.1 |
0.8 |
0.2 |
21.6 | 7222 |
| 3 |
34.7* |
12.4* |
9.7* |
13.5* |
6.8 |
6.0 |
0.4 |
1.5 |
0.6 |
0.3 |
0.6 |
0.8 |
1.5 |
2.6 |
1.0 |
0.2 |
7.5 | 5962 |
| B |
40.6* |
11.9* |
10.8* |
15.4* |
7.3 |
6.7 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.9 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
4.9 | 4695 |
| A |
9.7* |
31.0* |
23.5* |
8.4* |
5.3 |
9.3 |
-- |
9.7 |
-- |
-- |
0.4 |
1.8 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 | 226 |
| C |
-- |
58.8* |
15.8* |
1.2* |
-- |
4.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
17.6 | 165 |
| E |
30.1* |
37.1* |
8.4* |
9.3* |
2.7 |
0.9 |
0.4 |
4.9 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.3 |
2.4 |
0.3 |
3.0 | 1041 |
| M |
-- |
0.1* |
0.4* |
0.9* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
98.2 | 1100 |
| |
| Base Pair (839:847)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.9* |
12.0* |
9.3* |
11.7* |
4.1 |
4.7 |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
0.1 |
0.2 |
0.3 |
1.3 |
2.8 |
0.3 |
0.5 |
23.8 | 7290 |
| 3 |
32.2* |
14.2* |
11.0* |
13.8* |
5.0 |
5.7 |
0.1 |
0.4 |
0.6 |
0.1 |
0.2 |
0.4 |
1.5 |
3.4 |
0.3 |
0.5 |
10.4 | 6031 |
| B |
29.9* |
17.2* |
13.1* |
14.2* |
5.2 |
6.5 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
11.8 | 4764 |
| A |
27.0* |
8.0* |
16.8* |
32.7* |
0.4 |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 226 |
| C |
57.0* |
0.6* |
1.2* |
12.7* |
0.6 |
-- |
-- |
3.0 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
23.6 | 165 |
| E |
70.3* |
2.0* |
1.4* |
11.8* |
4.6 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
1.2 |
0.1 |
0.5 |
2.5 |
4.6 | 1041 |
| M |
-- |
1.7* |
1.1* |
0.2* |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
96.6 | 1099 |
| |
| Base Pair (840:846)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.2* |
21.4* |
4.6* |
5.4* |
1.8 |
2.8 |
0.1 |
3.9 |
0.2 |
0.1 |
0.5 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
1.8 |
1.1 |
36.5 | 7278 |
| 3 |
23.1* |
25.8* |
5.5* |
6.2* |
2.1 |
3.1 |
-- |
4.7 |
0.2 |
0.1 |
0.6 |
0.4 |
0.3 |
0.4 |
2.1 |
1.3 |
23.8 | 6020 |
| B |
20.3* |
32.1* |
6.7* |
4.9* |
0.5 |
3.5 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.1 |
1.4 |
0.7 |
28.7 | 4752 |
| A |
52.0* |
9.7* |
0.9* |
10.1* |
12.8 |
7.9 |
-- |
0.9 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.4 | 227 |
| C |
3.0* |
-- |
1.8* |
3.0* |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
89.1 | 165 |
| E |
30.1* |
3.4* |
2.5* |
36.8* |
8.2 |
2.3 |
0.3 |
0.9 |
0.7 |
0.4 |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
0.5 |
6.4 |
6.2 | 1040 |
| M |
-- |
-- |
0.2 |
0.9* |
-- |
1.5* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
97.1 | 1099 |
| |
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