16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 885
| Base Pair (885:912)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
78.2* |
0.5* |
-- |
0.6* |
20.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 6769 |
| 3 |
75.5 |
-- |
-- |
-- |
24.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 5468 |
| B |
96.8 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 4258 |
| A |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
96.9 |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 162 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 993 |
| M |
88.8* |
3.2* |
0.2* |
3.3* |
3.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.3 | 1144 |
| |
| Base Pair (886:911)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.3 |
-- |
-- |
14.5 |
80.7* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 6853 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
95.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 5549 |
| B |
-- |
-- |
-- |
4.7 |
94.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4340 |
| A |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
99.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 217 |
| C |
-- |
-- |
-- |
8.0 |
92.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 163 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 992 |
| M |
25.8* |
0.1* |
0.1* |
68.3* |
4.8 |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 | 1146 |
| |
| Base Pair (887:910)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
96.1* |
0.4* |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
0.5* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 6855 |
| 3 |
98.3* |
0.4* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5553 |
| B |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4345 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 216 |
| C |
95.7* |
-- |
-- |
2.5* |
1.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 163 |
| E |
92.3* |
2.2* |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
2.7* |
1.9 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 992 |
| M |
85.1* |
0.1* |
0.3* |
1.2* |
0.8 |
0.3 |
0.3 |
9.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.9 |
0.4 | 1144 |
| |
|
| Base Pair (894:905)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5 |
-- |
1.1* |
2.7 |
90.0* |
-- |
0.2 |
0.2* |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
4.2 |
0.2 | 6864 |
| 3 |
0.3 |
-- |
0.5* |
0.8 |
97.5* |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1* |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 5554 |
| B |
0.3 |
-- |
-- |
1.1 |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 4346 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5* |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
-- |
-- |
-- |
4.3 |
93.8* |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- | 162 |
| E |
0.3 |
-- |
2.7* |
-- |
95.8* |
-- |
0.3 |
0.5* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 989 |
| M |
1.6 |
-- |
4.3* |
11.1 |
52.1* |
-- |
0.7 |
0.7 |
0.1* |
0.9 |
1.5* |
1.0 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
25.6 |
-- | 1153 |
| |
| Base Pair (895:904)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.3* |
9.4* |
6.1* |
19.8* |
26.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
0.2 | 6950 |
| 3 |
43.7* |
9.9* |
6.1* |
6.8* |
32.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 5637 |
| B |
32.4 |
11.3* |
6.5* |
8.0 |
40.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4427 |
| A |
71.2* |
2.3* |
26.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- | 219 |
| C |
0.6 |
56.4* |
38.8* |
-- |
1.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 165 |
| E |
88.2* |
5.2* |
0.2* |
2.8* |
0.2 |
2.9 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- | 991 |
| M |
5.1* |
0.2* |
1.4* |
87.2* |
2.6 |
-- |
-- |
2.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 | 1153 |
| |
| Base Pair (896:903)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.2* |
35.5* |
29.1* |
3.9* |
0.2 |
14.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.5 | 6977 |
| 3 |
0.8* |
43.6* |
31.9* |
4.4* |
0.1 |
17.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.5 |
0.5 | 5664 |
| B |
0.4* |
52.1* |
38.1* |
4.9* |
0.1 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 | 4456 |
| A |
-- |
62.7* |
17.7* |
8.2* |
-- |
10.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
1.2* |
84.2* |
3.0* |
-- |
10.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 165 |
| E |
3.0* |
0.8 |
7.4 |
1.6* |
-- |
83.9* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
2.6 |
0.1 | 988 |
| M |
88.8* |
0.8* |
6.9* |
1.2* |
0.7 |
0.7 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 1153 |
| |
| Base Pair (897:902)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.7* |
93.1* |
2.8* |
0.2* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.4 | 6991 |
| 3 |
1.5* |
94.1* |
2.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 5679 |
| B |
1.8* |
96.9* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 4470 |
| A |
-- |
95.5 |
-- |
-- |
-- |
4.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 220 |
| C |
-- |
92.1* |
6.7* |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 164 |
| E |
0.2* |
82.2* |
16.3* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 989 |
| M |
3.0* |
86.7* |
2.2 |
1.4 |
0.2 |
0.6 |
0.2* |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
4.8* |
0.6 | 1153 |
| |
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)