16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 921
Base Pair (921:1396)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
-- |
96.6* |
2.9* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 5964 |
3 |
-- |
-- |
97.1* |
2.5* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 4935 |
B |
-- |
-- |
96.3* |
3.2* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- | 3789 |
A |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 171 |
C |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 154 |
E |
-- |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 974 |
M |
-- |
-- |
93.9* |
5.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 876 |
|
Base Pair (922:1395)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 | 5971 |
3 |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4942 |
B |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 3794 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 172 |
C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 154 |
E |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 975 |
M |
99.0* |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 | 876 |
|
|
Base Pair (923:1393)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
8.1* |
-- |
0.1* |
86.1* |
4.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 | 5965 |
3 |
3.8* |
-- |
-- |
95.4* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 4916 |
B |
0.5* |
-- |
-- |
98.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- | 3773 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
C |
-- |
-- |
-- |
94.1 |
3.3 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 153 |
E |
0.1* |
-- |
-- |
98.9* |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 973 |
M |
33.3* |
0.1* |
0.3* |
33.3* |
30.3 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 | 897 |
|
Base Pair (924:1392)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 5980 |
3 |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4928 |
B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 3785 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 169 |
C |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 154 |
E |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 973 |
M |
0.2* |
98.3* |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 899 |
|
Base Pair (925:1391)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
10.1 |
0.5* |
0.1* |
0.1 |
88.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 5916 |
3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 4863 |
B |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 3712 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 177 |
C |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 154 |
E |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 974 |
M |
66.4* |
3.6* |
0.4* |
0.7* |
27.7 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 899 |
|
|
Base Pair (927:1390)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.5 |
0.3* |
6.9* |
16.2 |
69.0* |
6.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 | 5980 |
3 |
0.2 |
-- |
-- |
19.4 |
80.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4930 |
B |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 3778 |
A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 177 |
C |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 153 |
E |
-- |
-- |
0.1* |
97.7* |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 975 |
M |
2.5* |
2.0* |
45.9* |
1.2* |
1.8 |
43.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
2.1 |
-- | 897 |
|
Base Pair (928:1389)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
75.3* |
0.1* |
0.7* |
21.4* |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.9 |
0.1 | 5797 |
3 |
77.2* |
-- |
0.8* |
21.6* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 4744 |
B |
96.6* |
-- |
1.0* |
1.8* |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 3589 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 181 |
C |
89.5* |
-- |
-- |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 153 |
E |
1.3* |
-- |
0.1* |
98.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 974 |
M |
62.8* |
0.9* |
0.7* |
23.0* |
5.3 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
5.9 |
0.1 | 900 |
|
Base Pair (929:1388)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
67.7* |
12.0* |
2.8* |
14.1* |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.9 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.4 | 5933 |
3 |
79.5* |
2.1* |
0.5* |
16.3* |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 4854 |
B |
74.7* |
2.2* |
-- |
21.0* |
0.9 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 3698 |
A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 182 |
C |
85.0* |
-- |
-- |
12.4* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 | 153 |
E |
93.7* |
2.1* |
2.4* |
1.0* |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 974 |
M |
3.2* |
66.0* |
15.4* |
3.1* |
0.3 |
1.7 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
5.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
2.6 |
0.5 |
0.9 | 926 |
|
Base Pair (930:1387)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
15.6* |
70.8* |
6.7* |
3.6* |
0.1 |
1.4 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 5948 |
3 |
19.0* |
72.5* |
1.2* |
4.2* |
0.1 |
1.3 |
-- |
0.4 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 4869 |
B |
-- |
95.3* |
1.4* |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.8 | 3705 |
A |
5.8* |
-- |
-- |
93.1* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 189 |
C |
-- |
94.7* |
2.6* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 152 |
E |
93.7* |
-- |
0.7* |
2.8* |
0.5 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 | 975 |
M |
0.3* |
57.8* |
36.1* |
0.9* |
0.1 |
2.3 |
0.1 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 927 |
|
Base Pair (931:1386)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
18.4* |
70.5* |
7.5* |
1.2* |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 6028 |
3 |
22.3* |
74.4* |
0.7* |
1.1* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4950 |
B |
-- |
97.3* |
0.9* |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 3786 |
A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 188 |
C |
-- |
87.5* |
8.6* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
1.3 |
-- |
-- |
-- | 152 |
E |
93.9* |
-- |
-- |
5.6* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 | 976 |
M |
0.4* |
46.7* |
44.2* |
2.1* |
0.1 |
2.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
2.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
0.1 | 926 |
|
Base Pair (932:1385)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.8* |
85.2* |
4.7* |
0.3* |
-- |
4.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.4 |
3.5 | 5561 |
3 |
-- |
93.7* |
1.3* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
3.8 | 4482 |
B |
-- |
92.6* |
1.8* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
5.1 | 3328 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 181 |
C |
-- |
89.5* |
6.5* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 153 |
E |
-- |
96.4 |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 973 |
M |
4.6* |
43.4* |
21.3* |
1.7* |
0.1 |
21.3 |
0.3 |
-- |
0.3 |
2.0 |
-- |
0.3 |
-- |
0.3 |
-- |
2.3 |
2.1 | 927 |
|
Base Pair (933:1384)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
64.8* |
-- |
0.1* |
33.6* |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 6101 |
3 |
75.3* |
-- |
-- |
23.8* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 | 5023 |
B |
97.9* |
-- |
-- |
0.9* |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 | 3861 |
A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 189 |
C |
91.5* |
-- |
1.3* |
5.2* |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 153 |
E |
-- |
-- |
-- |
99.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 973 |
M |
3.2* |
0.2* |
0.4* |
92.3* |
-- |
-- |
1.3 |
1.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.4 | 925 |
|
|
Base Pair (935:1380)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
-- |
13.5* |
0.1* |
84.8* |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 6264 |
3 |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 5140 |
B |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 3978 |
A |
1.1* |
-- |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 189 |
C |
-- |
-- |
-- |
97.4 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 154 |
E |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 973 |
M |
-- |
88.1* |
0.5* |
4.6* |
0.3 |
0.5 |
3.4 |
0.2 |
-- |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.4 | 970 |
|
Base Pair (936:1379)
| Collective Score |
Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
T |
0.2* |
95.8* |
1.0* |
0.1* |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.1 |
0.6 |
-- |
0.2 |
-- |
0.3 |
0.6 | 6291 |
3 |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 | 5166 |
B |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- | 4002 |
A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 188 |
C |
-- |
96.1* |
-- |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 154 |
E |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
2.4 | 975 |
M |
1.0* |
79.0* |
6.5* |
0.8* |
0.1 |
1.2 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
3.9 |
0.4 |
3.6 |
-- |
0.1 |
-- |
2.1 |
0.6 | 971 |
|
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