16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 921


Base Pair (921:1396)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 96.6* 2.9* -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 0.25964
3 -- -- 97.1* 2.5* -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 --4935
B -- -- 96.3* 3.2* -- -- 0.1 -- -- 0.3 -- -- -- -- -- 0.1 --3789
A -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --171
C -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --154
E -- -- 99.6 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 0.1974
M -- -- 93.9* 5.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1876
 
Base Pair (922:1395)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 99.5 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.35971
3 99.7 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.14942
B 99.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- 0.13794
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --172
C 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --154
E 99.6 -- -- -- -- -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2975
M 99.0* -- -- 0.1* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.9876
 

Base Pair (923:1393)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 8.1* -- 0.1* 86.1* 4.7 -- -- 0.4 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.3 0.15965
3 3.8* -- -- 95.4* 0.2 -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.3 --4916
B 0.5* -- -- 98.8* 0.2 -- -- 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- 0.3 --3773
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --169
C -- -- -- 94.1 3.3 -- -- 2.0 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7153
E 0.1* -- -- 98.9* 0.5 -- -- 0.2 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 0.1973
M 33.3* 0.1* 0.3* 33.3* 30.3 -- -- 2.0 -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.2 0.1897
 
Base Pair (924:1392)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 99.3 -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.2 -- -- 0.15980
3 -- 99.6 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.14928
B -- 99.6 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.13785
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --169
C -- 99.4 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- -- -- -- -- --154
E -- 99.5 -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- -- -- -- -- 0.2973
M 0.2* 98.3* -- -- 0.1 0.2 -- -- -- 0.1 -- -- -- 1.0 -- -- --899
 
Base Pair (925:1391)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 10.1 0.5* 0.1* 0.1 88.5* -- -- -- -- -- -- 0.1 0.2 0.1 -- 0.1 0.25916
3 -- -- -- -- 99.5 -- -- -- -- -- -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.1 0.14863
B -- -- -- -- 99.4 -- -- -- -- -- -- 0.1 0.2 0.1 -- 0.1 0.23712
A -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --177
C 0.6 -- -- -- 99.4 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --154
E -- -- -- -- 99.7 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.1 0.1974
M 66.4* 3.6* 0.4* 0.7* 27.7 0.1 -- -- 0.2 -- -- 0.2 0.7 -- -- -- --899
 

Base Pair (927:1390)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.5 0.3* 6.9* 16.2 69.0* 6.5 -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- 0.3 0.25980
3 0.2 -- -- 19.4 80.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.14930
B 0.2 -- -- 0.1 99.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.13778
A -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --177
C 0.7 -- -- -- 99.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --153
E -- -- 0.1* 97.7* 1.7 -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.3975
M 2.5* 2.0* 45.9* 1.2* 1.8 43.7 -- -- -- 0.2 -- -- 0.2 0.2 0.1 2.1 --897
 
Base Pair (928:1389)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 75.3* 0.1* 0.7* 21.4* 1.0 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.9 0.15797
3 77.2* -- 0.8* 21.6* 0.2 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- --4744
B 96.6* -- 1.0* 1.8* 0.3 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- -- -- -- --3589
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --181
C 89.5* -- -- 9.8* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7153
E 1.3* -- 0.1* 98.4* -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- -- 0.1974
M 62.8* 0.9* 0.7* 23.0* 5.3 0.2 -- 0.3 -- -- 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 5.9 0.1900
 
Base Pair (929:1388)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 67.7* 12.0* 2.8* 14.1* 0.7 0.3 -- 0.2 -- 0.9 0.2 -- -- 0.1 0.4 0.1 0.45933
3 79.5* 2.1* 0.5* 16.3* 0.7 0.1 -- 0.2 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.34854
B 74.7* 2.2* -- 21.0* 0.9 0.1 -- 0.2 -- -- 0.2 -- 0.1 0.1 0.1 -- 0.43698
A 99.5 -- -- -- -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- --182
C 85.0* -- -- 12.4* 0.7 -- -- -- -- -- 0.7 -- -- 0.7 -- -- 0.7153
E 93.7* 2.1* 2.4* 1.0* 0.3 0.1 -- 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- 0.2974
M 3.2* 66.0* 15.4* 3.1* 0.3 1.7 0.2 0.1 0.1 5.5 0.2 -- -- -- 2.6 0.5 0.9926
 
Base Pair (930:1387)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 15.6* 70.8* 6.7* 3.6* 0.1 1.4 -- 0.3 0.1 0.3 0.1 0.1 -- 0.2 -- -- 0.55948
3 19.0* 72.5* 1.2* 4.2* 0.1 1.3 -- 0.4 0.1 -- 0.2 0.1 -- 0.2 -- -- 0.54869
B -- 95.3* 1.4* -- -- 1.7 -- -- 0.2 -- 0.2 0.1 -- 0.3 -- -- 0.83705
A 5.8* -- -- 93.1* -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.5189
C -- 94.7* 2.6* -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.0152
E 93.7* -- 0.7* 2.8* 0.5 -- -- 1.7 -- -- 0.1 0.1 -- 0.2 -- -- 0.1975
M 0.3* 57.8* 36.1* 0.9* 0.1 2.3 0.1 -- -- 2.0 -- 0.1 -- -- -- -- 0.2927
 
Base Pair (931:1386)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 18.4* 70.5* 7.5* 1.2* -- 1.3 -- -- -- 0.5 -- -- -- -- -- 0.1 0.26028
3 22.3* 74.4* 0.7* 1.1* -- 1.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.24950
B -- 97.3* 0.9* -- -- 1.5 -- -- -- 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.33786
A 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --188
C -- 87.5* 8.6* -- -- 2.0 -- -- -- -- -- 0.7 -- 1.3 -- -- --152
E 93.9* -- -- 5.6* 0.1 -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- 0.1 0.1 0.1976
M 0.4* 46.7* 44.2* 2.1* 0.1 2.5 0.1 -- 0.1 2.8 -- 0.1 -- -- -- 0.9 0.1926
 
Base Pair (932:1385)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.8* 85.2* 4.7* 0.3* -- 4.2 0.1 -- 0.1 0.3 -- 0.1 -- 0.3 -- 0.4 3.55561
3 -- 93.7* 1.3* -- -- 0.8 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 3.84482
B -- 92.6* 1.8* -- -- 0.2 -- -- -- -- -- -- -- 0.3 -- -- 5.13328
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --181
C -- 89.5* 6.5* -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.3153
E -- 96.4 -- -- -- 3.1 -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.1973
M 4.6* 43.4* 21.3* 1.7* 0.1 21.3 0.3 -- 0.3 2.0 -- 0.3 -- 0.3 -- 2.3 2.1927
 
Base Pair (933:1384)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 64.8* -- 0.1* 33.6* 0.1 -- 0.2 0.2 -- -- 0.3 0.1 0.1 -- -- -- 0.46101
3 75.3* -- -- 23.8* 0.1 -- -- -- -- -- 0.4 -- 0.1 0.1 -- -- 0.35023
B 97.9* -- -- 0.9* 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.5 -- 0.1 0.1 -- -- 0.53861
A -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --189
C 91.5* -- 1.3* 5.2* 0.7 -- -- 0.7 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.7153
E -- -- -- 99.7 0.1 -- -- -- -- -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.1973
M 3.2* 0.2* 0.4* 92.3* -- -- 1.3 1.2 0.1 -- -- 0.3 0.1 -- -- 0.3 0.4925
 

Base Pair (935:1380)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 13.5* 0.1* 84.8* 0.1 0.1 0.6 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 -- -- -- 0.1 0.26264
3 -- -- -- 99.5 0.1 -- -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- -- 0.1 0.15140
B -- -- -- 99.5 0.1 -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- -- 0.1 0.13978
A 1.1* -- -- 98.9* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --189
C -- -- -- 97.4 0.6 -- 0.6 -- 0.6 -- -- -- -- -- -- -- 0.6154
E -- -- -- 99.5 -- -- -- 0.1 0.1 -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.1973
M -- 88.1* 0.5* 4.6* 0.3 0.5 3.4 0.2 -- 0.5 0.3 -- -- -- -- 1.0 0.4970
 
Base Pair (936:1379)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.2* 95.8* 1.0* 0.1* -- 0.3 -- -- 0.2 0.7 0.1 0.6 -- 0.2 -- 0.3 0.66291
3 -- 99.0 -- -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- 0.2 -- -- 0.55166
B -- 99.4 -- -- -- 0.1 -- -- 0.2 -- 0.1 -- -- 0.1 -- -- --4002
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --188
C -- 96.1* -- 0.6* -- -- -- -- -- 1.9 -- 0.6 -- -- -- -- 0.6154
E -- 97.0 -- -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 0.1 -- -- 0.3 -- -- 2.4975
M 1.0* 79.0* 6.5* 0.8* 0.1 1.2 0.3 0.2 0.1 3.9 0.4 3.6 -- 0.1 -- 2.1 0.6971
 

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