16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 939
| Base Pair (939:1344)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
81.5* |
16.1* |
1.1* |
0.3* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 | 6629 |
| 3 |
96.7* |
2.3* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.2 | 5346 |
| B |
98.8* |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
-- |
0.1 | 4183 |
| A |
37.6* |
61.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 189 |
| C |
93.2* |
-- |
5.0* |
0.6* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 161 |
| E |
99.4* |
-- |
-- |
0.1* |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 974 |
| M |
7.4* |
83.5* |
6.7* |
1.4* |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 | 1127 |
| |
| Base Pair (940:1343)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.7* |
64.4* |
17.7* |
0.9* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.1 | 6610 |
| 3 |
19.5* |
75.5* |
2.6* |
1.1* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.1 |
0.1 | 5329 |
| B |
-- |
95.7* |
3.4* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 | 4163 |
| A |
76.4* |
19.9* |
-- |
3.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 191 |
| C |
-- |
93.1* |
5.0* |
1.2* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
91.4* |
-- |
-- |
4.9* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
2.7 |
0.2 |
0.3 |
0.1 | 975 |
| M |
-- |
7.9* |
91.0* |
0.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 1126 |
| |
| Base Pair (941:1342)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
62.5* |
3.0* |
3.2* |
30.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 6599 |
| 3 |
73.8* |
3.7* |
3.9* |
17.3* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 5314 |
| B |
90.0* |
-- |
-- |
8.7* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 4151 |
| A |
85.9* |
12.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 191 |
| C |
96.2* |
-- |
-- |
2.5* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 160 |
| E |
2.6* |
17.9* |
21.4* |
57.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 972 |
| M |
4.2* |
-- |
0.4* |
95.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 1130 |
| |
| Base Pair (942:1341)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
98.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.3 | 6607 |
| 3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
98.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.4 | 5323 |
| B |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
97.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.8 | 4157 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 191 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
91.2* |
-- |
-- |
1.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
3.8 | 160 |
| E |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 975 |
| M |
0.3 |
-- |
0.3* |
0.4 |
99.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1129 |
| |
| Base Pair (943:1340)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
16.0* |
65.9* |
16.7* |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.4 | 6586 |
| 3 |
-- |
19.8* |
77.1* |
2.1* |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 5301 |
| B |
-- |
25.4* |
71.6* |
1.7* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.3 | 4138 |
| A |
-- |
-- |
79.4* |
19.6* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 189 |
| C |
-- |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 160 |
| E |
-- |
-- |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 974 |
| M |
1.1* |
-- |
8.5* |
88.8* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.6 | 1130 |
| |
Last generated : Fri Jun 16 2000 (14 : 29)