16S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 944
| Base Pair (944:1237)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
99.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 6633 |
| 3 |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5326 |
| B |
99.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4162 |
| A |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 191 |
| C |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1* |
0.6 | 972 |
| M |
98.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 | 1152 |
| |
| Base Pair (945:1236) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.4* |
0.1 |
-- |
-- |
98.2* |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 6663 |
| 3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
0.1 |
-- |
-- |
98.7* |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5356 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4190 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.6* |
-- |
-- |
-- |
87.4* |
-- |
-- |
-- |
-- | 190 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9* |
0.6 |
-- |
-- |
97.5* |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
98.9 |
0.1 |
-- |
-- |
0.5 | 976 |
| M |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
3.0 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
96.4* |
-- |
-- |
-- |
-- | 1152 |
| |
| Base Pair (946:1235)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
-- |
0.1* |
98.4* |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 | 6663 |
| 3 |
-- |
-- |
0.1* |
99.0* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1* |
-- |
0.1 |
0.3 | 5357 |
| B |
-- |
-- |
0.1* |
99.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 | 4200 |
| A |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 186 |
| C |
2.5* |
-- |
-- |
96.2* |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
-- |
-- |
97.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 | 971 |
| M |
0.3* |
0.3* |
0.1* |
96.2* |
-- |
-- |
0.1 |
3.0 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 1151 |
| |
| Base Pair (947:1234)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
90.6* |
-- |
4.7* |
3.1* |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 | 6646 |
| 3 |
90.4* |
-- |
5.6* |
2.5* |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.4 | 5339 |
| B |
91.6* |
-- |
6.3* |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 | 4186 |
| A |
81.5* |
-- |
0.5* |
16.3* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- | 184 |
| C |
86.9* |
1.9* |
8.1* |
1.2* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
86.9* |
-- |
3.5* |
4.6* |
0.8 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.5 | 969 |
| M |
91.5* |
-- |
0.3* |
6.6* |
0.5 |
-- |
0.2 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 1152 |
| |
| Base Pair (948:1233)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.6* |
88.8* |
5.9* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.7 | 6626 |
| 3 |
3.2* |
88.4* |
6.0* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.8 | 5320 |
| B |
4.1* |
88.1* |
6.1* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 | 4166 |
| A |
0.5* |
97.3* |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- | 183 |
| C |
-- |
79.4* |
17.5* |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
-- |
88.0* |
6.5* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.5 |
1.8 |
0.3 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 | 971 |
| M |
0.2* |
91.6* |
4.8* |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 | 1151 |
| |
| Base Pair (949:1232)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.8* |
17.4* |
0.5* |
66.3* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
9.7 |
2.3 |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.4 | 6617 |
| 3 |
2.2 |
2.8 |
0.3* |
77.8* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
12.0* |
2.9 |
-- |
-- |
0.3 |
0.9 |
0.5 | 5310 |
| B |
0.6* |
-- |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4169 |
| A |
5.8* |
85.5* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 173 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
8.5 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.2 |
66.0* |
15.5 |
-- |
-- |
1.5 |
4.6* |
2.0 | 968 |
| M |
0.3* |
88.2* |
1.8* |
8.3* |
-- |
0.3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1152 |
| |
| Base Pair (950:1231)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.3 |
12.1 |
-- |
-- |
86.7* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.3 | 6649 |
| 3 |
-- |
0.2 |
15.0 |
-- |
-- |
84.1* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.3 | 5342 |
| B |
-- |
0.2 |
19.1 |
-- |
-- |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 | 4184 |
| A |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
99.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 184 |
| C |
-- |
1.9 |
1.9 |
-- |
-- |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 160 |
| E |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.1 |
1.0 | 974 |
| M |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
-- |
98.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
0.2 |
0.7 |
0.1 | 1152 |
| |
| Base Pair (951:1230)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
83.1* |
0.1* |
-- |
0.2* |
16.0 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6670 |
| 3 |
98.9* |
0.1* |
-- |
0.1* |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 5364 |
| B |
99.4* |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 4212 |
| A |
98.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- | 181 |
| C |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
96.5* |
-- |
-- |
0.3* |
2.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 971 |
| M |
7.0 |
0.1* |
-- |
1.0 |
91.4* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 1151 |
| |
| Base Pair (952:1229)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
22.5* |
76.5* |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 | 6654 |
| 3 |
-- |
27.6* |
71.6* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 5348 |
| B |
-- |
8.4* |
91.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4195 |
| A |
-- |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 179 |
| C |
-- |
-- |
96.2 |
-- |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 160 |
| E |
-- |
97.6* |
0.7* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.5 |
-- |
-- |
0.4 | 973 |
| M |
0.3* |
1.9* |
96.5* |
0.3* |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 | 1151 |
| |
| Base Pair (953:1228)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
79.5* |
3.4* |
15.0* |
0.2* |
0.1 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 | 6588 |
| 3 |
95.5* |
-- |
3.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 5281 |
| B |
94.7* |
-- |
4.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 | 4130 |
| A |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 177 |
| C |
93.8* |
-- |
1.9* |
1.9* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 160 |
| E |
98.4* |
-- |
0.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 | 973 |
| M |
3.6* |
20.0* |
68.7* |
0.6* |
0.3 |
5.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 |
0.3 | 1152 |
| |
|
| Base Pair (954:1226)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
82.1* |
14.4* |
0.4* |
0.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.8 | 6697 |
| 3 |
98.4* |
0.1* |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.1 | 5389 |
| B |
99.5* |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 | 4235 |
| A |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.1 | 181 |
| C |
93.8* |
-- |
-- |
0.6* |
3.7 |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 161 |
| E |
93.8 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
5.3 | 972 |
| M |
4.0* |
83.7* |
3.2* |
4.8* |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
2.0 |
0.1 |
0.1 |
0.4 |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
0.4 | 1152 |
| |
| Base Pair (955:1225)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
19.0* |
66.3* |
12.9* |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 | 6678 |
| 3 |
-- |
22.9* |
60.7* |
15.7* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 5372 |
| B |
-- |
5.9* |
73.5* |
20.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 | 4219 |
| A |
-- |
26.5* |
73.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 181 |
| C |
-- |
1.2* |
95.0* |
2.5* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- | 160 |
| E |
0.1* |
96.7* |
2.3* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 | 970 |
| M |
0.1* |
3.4* |
89.0* |
0.8* |
0.2 |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.2 |
3.2 |
0.3 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 |
0.2 | 1151 |
| |
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