16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 122

Base Pair (122:239)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 144 141 37 0.26 0.53 0.70 1.23 0.19 0.55 0.55 0.21 0.00 0.81 6923
3 105 89 20 0.21 0.64 0.78 1.43 0.10 0.49 0.57 0.32 0.00 0.82 5935
B 85 75 16 0.20 0.67 0.83 1.49 0.12 0.61 0.95 0.76 0.00 0.80 4717
A 1 5 0 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 1.83 1.40 0.00 0.77 204
C 12 11 3 0.26 0.30 0.69 1.00 0.19 0.75 1.01 0.87 0.01 0.92 168
E 19 9 4 0.29 0.59 0.80 1.39 0.03 0.03 0.70 0.94 0.00 0.96 1014
M 27 41 14 0.41 0.49 0.87 1.36 0.87 0.95 0.85 0.66 0.00 0.68 829
 
Base Pair (123:238)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 63 65 54 0.84 0.84 0.99 1.82 0.99 0.99 1.51 1.53 0.00 0.81 6977
3 35 38 32 0.88 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.58 1.62 0.00 0.83 5989
B 29 33 27 0.87 0.93 0.99 1.92 0.99 1.00 1.55 1.58 0.00 0.81 4769
A 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.96 1.96 0.00 0.78 206
C 5 4 4 0.89 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.58 1.56 0.01 0.91 167
E 6 5 5 0.91 0.31 0.98 1.29 0.98 0.98 1.76 1.83 0.00 0.96 1014
M 23 23 18 0.78 0.68 0.96 1.64 0.96 0.97 1.08 1.00 0.00 0.68 830
 
Base Pair (124:237)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 65 67 52 0.79 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.42 0.44 0.00 0.81 6975
3 40 44 37 0.88 0.98 0.99 1.98 0.99 1.00 0.64 0.66 0.00 0.83 5987
B 32 38 33 0.94 0.98 0.99 1.97 0.99 1.00 0.83 0.84 0.00 0.81 4767
A 1 1 0 0.00 0.50 0.99 1.50 0.99 1.00 1.96 1.93 0.00 0.78 206
C 7 6 6 0.92 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.62 1.56 0.01 0.91 167
E 7 5 4 0.67 0.86 0.99 1.86 0.99 1.00 1.60 1.64 0.00 0.96 1014
M 18 17 9 0.51 0.63 0.95 1.58 0.95 0.96 0.92 0.95 0.00 0.68 830
 
Base Pair (125:236)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 82 20 0.34 0.33 0.70 1.04 0.44 0.99 0.84 0.65 0.00 0.81 6897
3 15 51 8 0.24 0.44 0.79 1.23 0.38 1.00 1.25 0.63 0.00 0.82 5909
B 6 42 3 0.12 0.01 0.00 0.01 0.26 1.00 1.92 1.12 0.00 0.80 4679
A 2 3 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.99 1.90 1.52 0.00 0.82 217
C 0 8 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 1.00 2.00 1.38 0.01 0.90 166
E 7 6 5 0.77 0.87 0.99 1.87 0.99 1.00 1.71 1.72 0.00 0.96 1013
M 20 23 12 0.56 0.54 0.93 1.47 0.92 0.96 0.88 1.00 0.00 0.68 831
 
Base Pair (126:235)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 151 134 72 0.51 0.63 0.79 1.42 0.79 0.84 0.17 0.34 0.00 0.81 6969
3 93 84 58 0.66 0.57 0.78 1.35 0.78 0.84 0.32 0.68 0.00 0.83 5980
B 75 74 54 0.72 0.90 0.96 1.86 0.96 0.99 0.75 0.74 0.00 0.81 4751
A 5 4 2 0.44 0.32 0.89 1.22 0.16 1.00 1.43 1.30 0.00 0.82 217
C 6 9 4 0.53 0.58 0.79 1.37 0.79 0.81 1.10 0.94 0.01 0.91 167
E 13 6 2 0.21 0.14 0.00 0.14 0.06 0.06 0.92 1.61 0.00 0.96 1012
M 52 41 10 0.21 0.42 0.85 1.27 0.85 0.90 0.55 0.78 0.01 0.67 831
 
Base Pair (127:234)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 155 147 63 0.42 0.56 0.81 1.37 0.81 0.86 0.38 0.37 0.00 0.81 6995
3 68 88 47 0.60 0.52 0.83 1.34 0.83 0.88 0.65 0.64 0.00 0.83 6006
B 49 72 43 0.71 0.85 0.97 1.82 0.97 1.00 1.00 0.91 0.00 0.81 4777
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.77 1.80 0.00 0.82 216
C 4 3 3 0.86 0.67 0.99 1.66 0.99 1.00 1.87 1.84 0.01 0.91 167
E 18 15 3 0.18 0.11 0.00 0.11 0.15 0.32 1.17 0.88 0.00 0.96 1013
M 83 56 13 0.19 0.30 0.61 0.90 0.61 0.69 0.02 0.28 0.01 0.66 831
 
Base Pair (128:233)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 183 148 78 0.47 0.78 0.92 1.70 0.92 0.93 0.53 0.52 0.00 0.81 6986
3 87 81 61 0.73 0.91 0.97 1.88 0.97 0.98 0.77 0.80 0.00 0.83 5997
B 62 63 48 0.77 0.84 0.98 1.82 0.98 0.99 1.20 1.22 0.00 0.81 4770
A 10 12 10 0.91 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.24 0.22 0.00 0.81 213
C 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.87 1.75 0.01 0.91 167
E 15 6 3 0.29 0.46 0.94 1.41 0.94 0.96 1.46 1.55 0.00 0.96 1014
M 94 65 15 0.19 0.20 0.00 0.20 0.45 0.48 -0.14 -0.28 0.04 0.62 831
 
Base Pair (129:232)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 204 218 59 0.28 0.30 0.51 0.81 0.38 0.61 0.26 0.58 0.01 0.80 6964
3 130 111 47 0.39 0.34 0.54 0.88 0.40 0.67 0.33 0.94 0.00 0.82 5974
B 113 88 42 0.42 0.21 0.52 0.73 0.32 0.58 0.24 1.08 0.00 0.80 4743
A 11 6 2 0.23 0.00 0.00 0.00 0.50 1.00 1.04 1.49 0.00 0.82 216
C 6 6 1 0.17 0.07 0.00 0.07 0.05 0.07 1.75 1.57 0.01 0.91 167
E 6 17 3 0.26 0.03 0.00 0.03 0.73 0.99 1.84 1.12 0.00 0.96 1015
M 68 101 11 0.13 0.14 0.00 0.14 0.26 0.28 0.30 -0.49 0.04 0.61 832
 
Base Pair (131:231)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 214 222 127 0.58 0.86 0.92 1.78 0.92 0.96 0.51 0.50 0.00 0.81 6998
3 108 114 92 0.83 0.91 0.95 1.86 0.95 0.99 0.77 0.75 0.00 0.83 6012
B 96 104 85 0.85 0.89 0.94 1.83 0.94 0.99 0.77 0.76 0.00 0.81 4782
A 7 6 3 0.46 0.88 0.97 1.84 0.97 0.99 0.84 0.93 0.00 0.82 216
C 7 7 7 1.00 0.99 0.99 1.98 0.99 0.99 0.95 0.94 0.01 0.91 166
E 5 4 4 0.89 0.63 0.99 1.62 0.99 1.00 1.81 1.82 0.00 0.96 1014
M 99 101 28 0.28 0.58 0.68 1.25 0.68 0.73 -0.33 -0.31 0.00 0.66 829
 
Base Pair (132:230)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 160 154 112 0.71 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.53 0.53 0.00 0.81 6974
3 80 86 70 0.84 0.96 0.99 1.95 0.99 1.00 0.60 0.60 0.00 0.83 5986
B 67 68 60 0.89 0.96 0.99 1.95 0.99 1.00 0.90 0.90 0.00 0.81 4755
A 4 5 4 0.89 0.87 0.99 1.86 0.99 0.99 1.59 1.60 0.00 0.82 216
C 12 9 7 0.67 0.85 0.98 1.82 0.98 0.99 1.27 1.27 0.01 0.91 166
E 9 13 6 0.55 0.70 0.97 1.67 0.97 0.99 1.54 1.47 0.00 0.96 1015
M 68 59 35 0.55 0.84 0.91 1.75 0.91 0.94 0.26 0.29 0.00 0.66 831
 
Base Pair (136:227)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 76 16 0.32 0.84 0.97 1.81 0.85 0.85 0.69 1.04 0.08 0.72 6934
3 12 16 7 0.50 0.85 0.97 1.82 0.85 0.85 1.29 1.19 0.00 0.82 5943
B 6 7 5 0.77 0.50 0.99 1.49 0.99 1.00 1.91 1.87 0.00 0.81 4743
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.95 2.00 0.00 0.71 188
C 8 9 7 0.82 0.70 0.96 1.66 0.96 0.97 1.34 1.34 0.00 0.92 167
E 6 9 2 0.27 0.23 0.90 1.13 0.12 0.12 1.63 1.28 0.00 0.95 1013
M 3 51 2 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 -0.33 0.48 0.00 0.00 832
 
Base Pair (137:226)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 194 243 145 0.66 0.90 0.95 1.85 0.95 0.99 0.11 0.31 0.05 0.72 6935
3 172 170 127 0.74 0.90 0.95 1.85 0.95 0.99 0.64 0.66 0.00 0.82 5944
B 155 154 116 0.75 0.89 0.95 1.84 0.95 0.99 0.77 0.79 0.00 0.80 4737
A 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.99 1.96 1.92 0.00 0.77 203
C 10 9 8 0.84 0.93 0.97 1.90 0.97 0.97 0.93 0.91 0.00 0.92 167
E 16 16 11 0.69 0.88 0.95 1.82 0.95 0.99 0.36 0.43 0.00 0.95 1005
M 12 64 10 0.26 0.04 0.00 0.04 0.08 0.10 -0.44 -0.83 0.00 0.00 832
 
Base Pair (138:225)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 248 284 136 0.51 0.78 0.85 1.63 0.85 0.95 -0.31 -0.51 0.02 0.73 6940
3 228 252 121 0.50 0.78 0.85 1.63 0.85 0.94 0.17 0.01 0.00 0.82 5949
B 220 243 117 0.51 0.72 0.82 1.54 0.82 0.94 0.26 0.08 0.00 0.80 4733
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 2.00 1.88 0.00 0.80 211
C 11 17 6 0.43 0.31 0.79 1.10 0.79 0.96 1.40 0.92 0.00 0.92 167
E 8 8 4 0.50 0.70 0.98 1.68 0.96 0.97 1.52 1.54 0.00 0.95 1006
M 9 15 9 0.75 0.06 0.00 0.06 0.11 0.11 -0.43 -0.48 0.00 0.00 832
 
Base Pair (139:224)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 299 301 155 0.52 0.65 0.75 1.40 0.75 0.94 -0.35 -0.34 0.02 0.73 6986
3 281 277 143 0.51 0.64 0.75 1.39 0.75 0.94 0.12 0.23 0.00 0.83 5995
B 247 243 116 0.47 0.57 0.70 1.27 0.70 0.94 0.16 0.18 0.00 0.81 4768
A 15 15 13 0.87 0.98 0.99 1.96 0.99 0.99 0.14 0.14 0.00 0.80 212
C 8 13 5 0.48 0.16 0.00 0.16 0.72 0.96 1.43 0.91 0.00 0.92 167
E 19 19 14 0.74 0.69 0.94 1.63 0.94 0.97 1.19 1.21 0.00 0.96 1016
M 10 11 7 0.67 0.03 0.00 0.03 0.10 0.11 -0.41 -0.35 0.00 0.00 832
 
Base Pair (140:223)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 295 310 186 0.61 0.73 0.83 1.56 0.83 0.93 -0.35 -0.43 0.02 0.73 6978
3 270 283 168 0.61 0.72 0.82 1.54 0.82 0.93 0.15 0.13 0.00 0.83 5987
B 237 240 146 0.61 0.77 0.85 1.62 0.85 0.98 0.09 0.14 0.00 0.81 4760
A 14 14 9 0.64 0.90 0.95 1.85 0.95 0.98 0.21 0.10 0.02 0.79 214
C 14 16 11 0.73 0.85 0.91 1.76 0.91 0.97 0.20 0.32 0.01 0.91 167
E 19 29 13 0.54 0.34 0.68 1.02 0.68 0.69 0.89 0.41 0.00 0.95 1014
M 11 11 7 0.64 0.05 0.00 0.05 0.10 0.11 -0.47 -0.40 0.00 0.00 832
 
Base Pair (141:222)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 166 170 125 0.74 0.73 0.87 1.60 0.87 0.91 -0.07 -0.17 0.02 0.73 7002
3 151 156 113 0.74 0.72 0.86 1.58 0.86 0.91 0.44 0.42 0.00 0.83 6012
B 122 119 102 0.85 0.87 0.95 1.83 0.95 0.99 0.57 0.61 0.00 0.81 4787
A 4 4 4 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.48 1.31 0.02 0.78 211
C 5 5 5 1.00 0.80 0.99 1.79 0.99 0.99 1.63 1.62 0.00 0.92 167
E 25 33 7 0.24 0.23 0.44 0.67 0.42 0.52 0.30 0.13 0.00 0.96 1015
M 10 9 7 0.74 0.03 0.00 0.03 0.11 0.11 -0.41 -0.35 0.00 0.00 831
 
Base Pair (142:221)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 120 125 82 0.67 0.64 0.84 1.49 0.84 0.86 0.18 0.04 0.02 0.74 7034
3 107 109 69 0.64 0.64 0.84 1.48 0.84 0.86 0.72 0.65 0.00 0.84 6043
B 66 75 57 0.81 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.87 0.82 0.00 0.82 4814
A 2 2 2 1.00 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 1.80 1.71 0.00 0.81 216
C 5 6 5 0.91 0.69 0.98 1.67 0.98 0.99 1.54 1.57 0.00 0.92 167
E 39 32 10 0.28 0.19 0.00 0.19 0.10 0.20 0.55 0.85 0.00 0.95 1014
M 8 10 8 0.89 0.03 0.00 0.03 0.10 0.11 -0.41 -0.37 0.00 0.00 832
 
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