16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1241

Base Pair (1241:1296)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 61 73 40 0.60 0.90 0.98 1.89 0.98 0.99 1.20 1.20 0.00 0.84 7162
3 6 12 5 0.56 0.74 1.00 1.74 1.00 1.00 1.92 1.91 0.00 0.81 5848
B 1 4 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.98 1.97 0.00 0.79 4624
A 0 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 2.00 1.87 0.00 0.77 204
C 2 2 2 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.74 1.74 0.00 0.91 168
E 5 6 5 0.91 0.96 1.00 1.96 1.00 1.00 1.72 1.71 0.00 0.97 1018
M 53 59 33 0.59 0.65 0.92 1.56 0.92 0.93 0.93 0.88 0.00 0.99 1153
 
Base Pair (1242:1295)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 74 137 38 0.36 0.39 0.76 1.15 0.39 0.99 0.72 0.82 0.00 0.83 7109
3 30 77 14 0.26 0.08 0.00 0.08 0.27 0.99 1.20 1.37 0.00 0.81 5795
B 18 58 5 0.13 0.19 0.00 0.19 0.10 0.99 1.82 1.43 0.00 0.78 4566
A 1 8 0 0.00 0.01 0.00 0.01 0.50 0.98 1.81 1.00 0.00 0.78 207
C 4 17 0 0.00 0.15 0.00 0.15 0.59 0.99 1.49 0.90 0.00 0.91 168
E 11 11 9 0.82 0.89 0.99 1.88 0.99 1.00 1.42 1.45 0.00 0.97 1020
M 40 43 24 0.58 0.67 0.94 1.61 0.94 0.96 1.08 1.10 0.00 0.99 1153
 
Base Pair (1243:1294)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 251 236 150 0.62 0.83 0.92 1.75 0.92 0.98 0.33 0.34 0.01 0.83 7160
3 208 191 123 0.62 0.85 0.92 1.77 0.92 0.99 0.31 0.30 0.01 0.81 5848
B 164 157 97 0.60 0.80 0.92 1.72 0.92 0.99 0.43 0.51 0.00 0.79 4619
A 18 15 7 0.42 0.72 0.87 1.59 0.87 0.95 0.38 0.41 0.00 0.78 206
C 19 18 9 0.49 0.46 0.59 1.05 0.59 0.84 0.11 0.28 0.00 0.91 167
E 26 19 18 0.80 0.96 0.98 1.94 0.98 0.98 0.10 -0.17 0.04 0.92 1021
M 24 27 18 0.71 0.76 0.98 1.74 0.98 0.98 1.00 1.02 0.01 0.92 1152
 
Base Pair (1244:1293)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 246 243 185 0.76 0.94 0.96 1.89 0.96 0.99 0.00 -0.01 0.00 0.82 7080
3 206 203 155 0.76 0.92 0.95 1.87 0.95 0.98 0.13 0.14 0.00 0.80 5768
B 173 168 129 0.76 0.94 0.96 1.90 0.96 0.99 0.16 0.16 0.00 0.77 4543
A 12 12 9 0.75 0.96 0.98 1.93 0.98 0.98 0.17 0.17 0.00 0.78 205
C 18 20 15 0.79 0.96 0.98 1.94 0.98 0.98 0.57 0.57 0.00 0.91 167
E 21 23 17 0.77 0.75 0.89 1.64 0.89 0.95 0.29 0.33 0.00 0.96 1018
M 22 20 15 0.71 0.88 0.99 1.86 0.99 0.99 0.95 0.92 0.00 0.92 1153
 
Base Pair (1245:1292)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 262 261 199 0.76 0.87 0.94 1.81 0.94 0.95 0.18 0.18 0.00 0.83 7177
3 185 192 163 0.86 0.91 0.96 1.88 0.96 0.98 0.40 0.39 0.00 0.81 5864
B 153 160 134 0.86 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.47 0.45 0.00 0.79 4637
A 12 11 11 0.96 0.92 0.98 1.90 0.98 0.98 0.80 0.77 0.00 0.78 206
C 18 19 11 0.59 0.80 0.94 1.74 0.94 0.96 0.86 0.92 0.00 0.92 169
E 20 21 18 0.88 0.81 0.90 1.71 0.90 0.94 0.22 0.27 0.01 0.95 1019
M 59 50 25 0.46 0.43 0.79 1.22 0.79 0.79 0.53 0.20 0.00 0.90 1152
 
Base Pair (1246:1291)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 166 172 120 0.71 0.72 0.88 1.60 0.89 0.97 -0.21 -0.24 0.00 0.72 7202
3 137 142 98 0.70 0.74 0.89 1.62 0.89 0.97 0.43 0.41 0.00 0.82 5888
B 109 112 74 0.67 0.68 0.88 1.56 0.88 0.97 0.51 0.50 0.00 0.79 4658
A 8 8 8 1.00 0.86 0.97 1.83 0.94 1.00 0.89 0.90 0.00 0.78 207
C 17 19 13 0.72 0.86 0.94 1.80 0.94 0.99 0.75 0.61 0.01 0.92 168
E 20 22 16 0.76 0.90 0.96 1.86 0.96 0.98 0.52 0.54 0.00 0.95 1021
M 12 11 9 0.78 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 -0.36 -0.35 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1247:1290)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 139 158 44 0.30 0.31 0.61 0.92 0.37 0.82 -0.04 -0.40 0.00 0.71 7182
3 118 142 34 0.26 0.28 0.61 0.89 0.35 0.82 0.67 0.23 0.00 0.81 5867
B 86 114 24 0.24 0.23 0.65 0.88 0.31 0.86 0.99 0.62 0.00 0.79 4639
A 1 1 1 1.00 0.93 0.99 1.92 0.99 1.00 1.60 1.56 0.00 0.78 206
C 9 8 6 0.71 0.61 0.95 1.55 0.95 0.95 1.25 1.25 0.01 0.92 169
E 31 27 9 0.31 0.28 0.42 0.71 0.41 0.60 -0.02 0.01 0.00 0.94 1020
M 12 8 4 0.40 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 -0.39 -0.36 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1253:1284)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 64 99 32 0.39 0.25 0.87 1.12 0.87 0.96 0.27 -0.07 0.00 0.60 7208
3 48 85 21 0.32 0.20 0.00 0.20 0.87 0.96 0.70 0.30 0.00 0.68 5894
B 46 83 21 0.33 0.20 0.00 0.20 0.87 0.96 1.64 1.12 0.00 0.79 4658
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.96 0.99 1.96 1.79 0.00 0.78 207
C 9 9 7 0.78 0.74 0.91 1.65 0.91 0.92 0.77 0.06 0.07 0.84 168
E 2 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.08 -0.09 0.00 0.00 1027
M 7 5 4 0.67 0.02 0.00 0.02 0.06 0.07 -0.32 -0.33 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1254:1283)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 121 161 58 0.41 0.59 0.79 1.37 0.79 0.99 -0.32 -0.44 0.00 0.60 7214
3 99 145 46 0.38 0.57 0.78 1.35 0.78 0.99 -0.02 -0.17 0.00 0.68 5900
B 97 138 45 0.38 0.59 0.79 1.39 0.79 0.99 0.75 0.58 0.00 0.80 4664
A 2 7 1 0.22 0.02 0.00 0.02 0.50 0.99 1.72 0.74 0.02 0.76 207
C 13 9 6 0.55 0.64 0.86 1.50 0.86 0.99 0.84 0.98 0.00 0.92 168
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.05 -0.06 0.00 0.00 1027
M 9 7 6 0.75 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 -0.33 -0.32 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1255:1282)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 14 18 3 0.19 0.27 0.98 1.26 0.98 0.99 0.49 0.44 0.00 0.60 7218
3 2 9 0 0.00 0.07 0.00 0.07 0.99 1.00 0.97 0.92 0.00 0.68 5904
B 2 9 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 1.97 1.92 0.00 0.80 4668
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.78 207
C 6 5 2 0.36 0.53 0.92 1.45 0.92 0.96 1.25 1.11 0.00 0.92 168
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.03 -0.05 0.00 0.00 1027
M 6 4 1 0.20 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 -0.31 -0.32 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1258:1277)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 35 19 0.57 0.68 0.98 1.66 0.98 0.99 0.27 0.28 0.00 0.58 7169
3 22 25 13 0.55 0.67 0.98 1.66 0.98 0.99 0.67 0.68 0.00 0.66 5855
B 10 16 7 0.54 0.36 0.99 1.35 0.99 0.99 1.72 1.70 0.00 0.77 4621
A 12 9 6 0.57 0.74 0.89 1.63 0.89 1.00 0.51 0.88 0.00 0.78 205
C 2 3 0 0.00 0.57 0.96 1.53 0.96 0.96 1.30 1.34 0.01 0.90 168
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1027
M 8 7 6 0.80 0.02 0.00 0.02 0.07 0.07 -0.32 -0.32 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1259:1276)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 24 18 8 0.38 0.34 0.98 1.32 0.98 0.99 0.40 0.42 0.00 0.59 7184
3 13 7 4 0.40 0.28 0.99 1.26 0.98 0.99 0.84 0.85 0.00 0.66 5871
B 12 7 4 0.42 0.28 0.99 1.27 0.98 0.99 1.73 1.74 0.00 0.78 4635
A 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 1.87 2.00 0.00 0.78 207
C 4 5 0 0.00 0.35 0.93 1.28 0.93 0.95 1.18 1.38 0.01 0.89 167
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1027
M 7 6 4 0.61 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 -0.32 -0.31 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1263:1272)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 253 234 153 0.63 0.72 0.82 1.54 0.82 0.98 -0.73 -0.56 0.00 0.59 7192
3 230 212 140 0.63 0.71 0.82 1.53 0.82 0.99 -0.51 -0.29 0.00 0.66 5878
B 218 200 128 0.61 0.69 0.81 1.51 0.81 0.99 0.11 0.37 0.00 0.78 4642
A 12 12 12 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.48 0.43 0.00 0.78 207
C 17 16 8 0.48 0.69 0.88 1.56 0.88 0.91 0.40 0.47 0.01 0.90 168
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1027
M 6 6 5 0.83 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 -0.32 -0.32 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1264:1271)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 208 182 132 0.68 0.82 0.94 1.75 0.94 0.99 -0.43 -0.38 0.00 0.59 7189
3 185 160 115 0.67 0.81 0.94 1.75 0.94 0.99 -0.15 -0.09 0.00 0.66 5875
B 177 158 113 0.68 0.82 0.94 1.75 0.94 0.99 0.51 0.58 0.00 0.78 4640
A 8 2 2 0.40 0.33 0.93 1.26 0.93 1.00 1.52 1.79 0.00 0.78 206
C 17 16 12 0.73 0.79 0.91 1.71 0.91 0.96 0.61 0.54 0.03 0.87 168
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1027
M 6 6 5 0.83 0.05 0.00 0.05 0.07 0.07 -0.38 -0.37 0.00 0.00 1154
 
Base Pair (1265:1270)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 220 195 151 0.73 0.78 0.92 1.70 0.92 0.99 -0.54 -0.41 0.00 0.58 7165
3 196 174 133 0.72 0.79 0.93 1.71 0.93 0.99 -0.28 -0.11 0.00 0.66 5851
B 189 167 127 0.71 0.79 0.92 1.71 0.92 0.99 0.36 0.57 0.00 0.77 4616
A 7 7 6 0.86 0.73 0.95 1.68 0.95 1.00 1.32 1.44 0.00 0.78 206
C 13 12 10 0.80 0.90 0.95 1.85 0.95 0.97 0.73 0.53 0.02 0.89 168
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1027
M 11 9 8 0.80 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 -0.33 -0.36 0.00 0.00 1154
 
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