16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 1303

Base Pair (1303:1334)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 39 29 19 0.56 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.25 1.27 0.00 0.84 7168
3 14 16 12 0.80 0.98 1.00 1.98 1.00 1.00 1.26 1.26 0.00 0.82 5875
B 4 6 2 0.40 0.39 1.00 1.39 1.00 1.00 1.97 1.96 0.00 0.79 4645
A 5 5 5 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.82 0.82 0.00 0.78 207
C 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 1.88 2.00 0.01 0.92 169
E 5 5 5 1.00 0.61 0.99 1.61 0.99 0.99 1.90 1.90 0.00 0.97 1021
M 24 13 7 0.38 0.45 0.95 1.40 0.95 0.97 1.50 1.57 0.00 0.97 1132
 
Base Pair (1307:1330)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 95 130 41 0.36 0.42 0.92 1.34 0.02 0.03 1.28 1.35 0.00 0.84 7180
3 22 22 20 0.91 0.89 1.00 1.88 0.00 0.00 1.81 1.81 0.00 0.82 5887
B 15 16 14 0.90 0.92 1.00 1.92 0.00 0.00 1.84 1.83 0.00 0.80 4656
A 2 2 2 1.00 0.75 0.99 1.74 0.00 0.01 1.77 1.79 0.00 0.78 207
C 2 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 1.68 1.91 0.00 0.93 169
E 5 4 4 0.89 0.81 0.99 1.81 0.00 0.00 1.74 1.73 0.00 0.97 1022
M 71 106 21 0.24 0.33 0.52 0.85 0.14 0.17 0.55 0.13 0.01 0.96 1132
 
Base Pair (1308:1329)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 237 215 162 0.72 0.89 0.96 1.85 0.96 0.97 0.48 0.45 0.00 0.84 7168
3 124 120 113 0.93 0.94 0.98 1.93 0.98 0.98 0.75 0.74 0.00 0.82 5872
B 90 88 85 0.95 0.98 1.00 1.98 1.00 1.00 1.20 1.20 0.00 0.79 4640
A 9 10 9 0.95 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.97 0.97 0.00 0.78 207
C 5 4 3 0.67 0.73 0.98 1.71 0.98 0.99 1.65 1.65 0.00 0.93 169
E 25 22 20 0.85 0.79 0.92 1.70 0.92 0.92 0.55 0.74 0.00 0.97 1023
M 108 91 46 0.46 0.73 0.83 1.56 0.83 0.87 0.20 0.12 0.02 0.97 1135
 
Base Pair (1309:1328)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 88 105 47 0.49 0.73 0.96 1.69 0.96 0.98 1.28 1.29 0.00 0.84 7161
3 9 28 6 0.32 0.36 0.98 1.35 0.98 1.00 1.91 1.83 0.00 0.82 5865
B 4 23 2 0.15 0.09 0.00 0.09 0.98 1.00 1.97 1.86 0.00 0.79 4635
A 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.98 1.89 2.00 0.00 0.78 205
C 3 1 1 0.50 0.93 0.99 1.92 0.99 0.99 1.44 1.54 0.00 0.92 169
E 4 5 4 0.89 0.92 1.00 1.91 1.00 1.00 1.69 1.71 0.00 0.97 1023
M 76 76 40 0.53 0.78 0.84 1.62 0.84 0.89 0.04 0.10 0.00 0.98 1135
 
Base Pair (1310:1327)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 284 277 201 0.72 0.88 0.92 1.80 0.92 0.97 0.03 0.02 0.00 0.83 7061
3 169 155 137 0.85 0.90 0.94 1.85 0.94 0.99 0.06 0.10 0.00 0.80 5765
B 146 133 116 0.83 0.88 0.93 1.81 0.93 1.00 0.19 0.24 0.00 0.78 4540
A 7 7 7 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.82 0.78 0.00 0.76 200
C 19 20 11 0.56 0.79 0.90 1.69 0.90 0.99 0.82 0.85 0.01 0.92 168
E 16 15 14 0.90 0.89 0.97 1.86 0.97 0.97 0.95 1.06 0.00 0.97 1023
M 96 102 53 0.54 0.73 0.82 1.55 0.82 0.87 0.16 0.07 0.02 0.98 1136
 
Base Pair (1311:1326)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 194 195 138 0.71 0.92 0.96 1.89 0.96 0.98 0.33 0.33 0.00 0.84 7188
3 97 97 86 0.89 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.53 0.50 0.00 0.82 5890
B 78 75 71 0.93 0.98 1.00 1.98 1.00 1.00 0.87 0.87 0.00 0.80 4662
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.77 203
C 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.95 1.88 0.01 0.92 169
E 19 22 15 0.73 0.85 0.92 1.77 0.92 0.98 0.49 0.35 0.00 0.97 1023
M 96 97 51 0.53 0.77 0.85 1.62 0.85 0.88 0.06 -0.06 0.01 0.98 1137
 
Base Pair (1312:1325)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 172 166 110 0.65 0.88 0.96 1.84 0.96 0.97 0.63 0.66 0.00 0.84 7194
3 51 52 43 0.83 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.05 1.02 0.00 0.82 5900
B 31 31 30 0.97 0.98 1.00 1.98 1.00 1.00 1.38 1.38 0.00 0.80 4667
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.78 207
C 6 4 4 0.80 0.94 0.99 1.94 0.99 0.99 1.39 1.40 0.01 0.92 169
E 20 21 13 0.63 0.92 0.95 1.86 0.95 0.98 0.34 0.28 0.00 0.97 1024
M 115 110 63 0.56 0.71 0.81 1.52 0.81 0.84 0.01 0.07 0.01 0.98 1133
 
Base Pair (1313:1324)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 199 206 101 0.50 0.71 0.87 1.58 0.87 0.90 0.44 0.47 0.00 0.84 7183
3 72 70 57 0.80 0.80 0.92 1.73 0.92 0.95 0.58 0.57 0.00 0.82 5887
B 42 52 41 0.87 0.92 0.98 1.90 0.98 1.00 1.22 1.10 0.00 0.79 4655
A 3 3 3 1.00 0.88 0.99 1.87 0.99 1.00 1.79 1.76 0.00 0.78 207
C 8 9 7 0.82 0.87 0.98 1.85 0.98 0.99 1.31 1.28 0.00 0.92 169
E 27 15 13 0.62 0.36 0.70 1.07 0.65 0.70 0.31 0.73 0.00 0.97 1023
M 119 127 37 0.30 0.34 0.59 0.93 0.59 0.67 0.35 0.32 0.00 0.98 1135
 
Base Pair (1314:1323)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 109 125 46 0.39 0.56 0.88 1.44 0.82 0.82 0.80 0.81 0.00 0.84 7194
3 21 17 12 0.63 0.92 0.98 1.90 0.83 0.83 1.29 1.27 0.00 0.82 5899
B 7 6 4 0.61 0.50 1.00 1.50 1.00 1.00 1.95 1.96 0.00 0.80 4667
A 5 3 3 0.75 0.75 0.98 1.74 0.98 1.00 1.68 1.74 0.00 0.78 206
C 2 1 1 0.67 0.90 0.99 1.89 0.99 1.00 1.61 1.63 0.00 0.91 167
E 9 8 5 0.59 0.27 0.95 1.22 0.04 0.04 1.69 1.56 0.00 0.97 1024
M 86 107 33 0.34 0.50 0.71 1.21 0.71 0.72 0.19 0.09 0.00 0.96 1136
 
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