16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 144

Base Pair (144:178)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 214 188 120 0.60 0.79 0.86 1.65 0.86 0.98 -0.37 -0.22 0.01 0.72 6972
3 193 169 107 0.59 0.78 0.86 1.64 0.86 0.98 0.11 0.27 0.01 0.82 5980
B 163 146 89 0.58 0.74 0.84 1.58 0.84 0.99 0.10 0.23 0.00 0.81 4750
A 15 15 15 1.00 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 0.45 0.39 0.01 0.80 214
C 11 13 10 0.83 0.71 0.94 1.65 0.94 0.96 0.89 0.88 0.02 0.90 168
E 15 8 3 0.26 0.07 0.00 0.07 0.90 0.95 1.19 1.47 0.04 0.92 1017
M 10 6 3 0.38 0.05 0.00 0.05 0.10 0.10 -0.45 -0.43 0.00 0.00 832
 
Base Pair (145:177)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 211 148 61 0.34 0.16 0.00 0.16 0.39 0.56 -0.33 0.13 0.00 0.73 7032
3 193 120 48 0.31 0.17 0.00 0.17 0.37 0.55 0.15 0.70 0.00 0.83 6040
B 147 99 32 0.26 0.09 0.00 0.09 0.36 0.58 0.30 1.23 0.00 0.82 4809
A 18 14 12 0.75 0.85 0.94 1.79 0.94 0.99 0.45 0.56 0.00 0.81 214
C 9 16 7 0.56 0.71 0.93 1.64 0.93 0.94 1.09 0.91 0.02 0.90 168
E 28 7 4 0.23 0.06 0.00 0.06 0.27 0.28 0.74 1.45 0.03 0.93 1018
M 9 12 6 0.57 0.04 0.00 0.04 0.10 0.10 -0.45 -0.42 0.00 0.00 832
 
Base Pair (146:176)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 76 101 55 0.62 0.82 0.96 1.78 0.96 0.99 0.38 0.25 0.00 0.74 7057
3 58 82 42 0.60 0.83 0.96 1.79 0.96 0.99 0.95 0.80 0.00 0.84 6065
B 34 56 23 0.51 0.46 0.96 1.42 0.96 1.00 1.67 1.50 0.00 0.82 4836
A 13 16 13 0.90 0.79 0.94 1.73 0.94 1.00 0.89 0.81 0.00 0.81 215
C 8 8 7 0.88 0.87 0.98 1.84 0.98 0.99 1.14 1.20 0.01 0.91 168
E 11 10 6 0.57 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.76 0.67 0.02 0.94 1015
M 10 11 6 0.57 0.04 0.00 0.04 0.07 0.10 -0.43 -0.46 0.00 0.00 832
 
Base Pair (147:175)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 30 33 12 0.38 0.66 0.99 1.66 0.99 1.00 1.15 1.13 0.00 0.74 7071
3 19 21 9 0.45 0.69 0.99 1.69 0.99 1.00 1.82 1.80 0.00 0.84 6079
B 7 10 3 0.35 0.62 1.00 1.61 1.00 1.00 1.91 1.89 0.00 0.82 4845
A 8 7 5 0.67 0.87 0.98 1.85 0.98 0.99 1.13 1.11 0.00 0.82 216
C 3 3 0 0.00 0.33 0.96 1.30 0.97 0.98 1.66 1.58 0.00 0.92 168
E 4 4 1 0.25 0.59 0.99 1.57 0.99 0.99 1.69 1.66 0.01 0.96 1019
M 8 9 3 0.35 0.02 0.00 0.02 0.10 0.10 -0.38 -0.40 0.00 0.00 832
 
Base Pair (152:169)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 98 108 48 0.47 0.41 0.88 1.29 0.01 0.09 0.53 0.41 0.00 0.73 7096
3 95 103 47 0.47 0.42 0.88 1.30 0.01 0.09 1.15 1.02 0.00 0.85 6105
B 72 84 46 0.59 0.54 0.91 1.45 0.01 0.11 1.20 1.01 0.00 0.83 4869
A 7 13 1 0.10 0.24 0.60 0.85 0.01 0.01 1.33 0.73 0.00 0.81 215
C 2 5 1 0.29 0.14 0.00 0.14 0.04 0.04 1.73 1.32 0.01 0.91 168
E 16 6 0 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 1.26 1.66 0.00 0.96 1021
M 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.13 -0.07 0.00 0.00 832
 
Base Pair (153:168)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 48 81 23 0.36 0.48 0.87 1.35 0.77 0.88 0.69 0.32 0.00 0.73 7070
3 45 78 21 0.34 0.48 0.87 1.35 0.77 0.88 1.35 0.92 0.00 0.84 6079
B 33 68 17 0.34 0.49 0.85 1.34 0.72 0.85 1.28 0.78 0.00 0.82 4851
A 8 6 1 0.14 0.21 0.88 1.09 0.86 0.92 1.44 1.45 0.00 0.79 209
C 3 3 2 0.67 0.11 0.00 0.11 0.95 0.97 1.56 1.51 0.02 0.90 168
E 4 4 3 0.75 0.31 0.99 1.30 0.99 0.99 1.88 1.90 0.00 0.97 1019
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.07 -0.04 0.00 0.00 832
 
Base Pair (154:167)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 217 220 129 0.59 0.70 0.81 1.51 0.81 0.88 -0.33 -0.33 0.00 0.73 7029
3 203 204 122 0.60 0.69 0.81 1.50 0.81 0.87 0.22 0.21 0.00 0.84 6038
B 184 188 111 0.60 0.81 0.88 1.69 0.88 0.97 0.12 0.18 0.00 0.82 4802
A 6 6 4 0.67 0.81 0.98 1.79 0.98 0.98 1.41 1.43 0.00 0.81 216
C 14 15 7 0.48 0.64 0.91 1.55 0.91 0.92 0.83 0.99 0.01 0.91 168
E 13 10 7 0.61 0.02 0.00 0.02 0.40 0.40 1.00 1.47 0.00 0.97 1020
M 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.06 -0.05 0.00 0.00 832
 
Base Pair (155:166)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 235 229 131 0.56 0.65 0.77 1.42 0.77 0.84 -0.47 -0.28 0.00 0.73 7030
3 215 205 123 0.59 0.65 0.77 1.41 0.77 0.84 0.04 0.28 0.00 0.84 6041
B 203 191 116 0.59 0.83 0.90 1.73 0.90 0.98 0.08 0.16 0.00 0.82 4805
A 5 7 4 0.67 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 1.05 0.98 0.00 0.82 216
C 19 22 7 0.34 0.57 0.76 1.33 0.76 0.90 0.44 0.47 0.01 0.90 166
E 7 7 3 0.43 0.53 0.93 1.46 0.11 0.14 1.38 1.30 0.00 0.97 1020
M 1 2 1 0.67 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.09 -0.09 0.00 0.00 832
 
Base Pair (156:165)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 253 221 129 0.54 0.73 0.82 1.55 0.82 0.99 -0.31 -0.29 0.00 0.72 7030
3 233 201 117 0.54 0.73 0.81 1.54 0.81 0.99 0.19 0.23 0.00 0.83 6040
B 220 191 109 0.53 0.67 0.78 1.44 0.78 0.99 0.08 0.22 0.00 0.81 4805
A 3 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.92 1.00 1.60 2.00 0.00 0.82 216
C 19 18 11 0.59 0.73 0.89 1.61 0.89 0.95 0.59 0.72 0.00 0.91 167
E 10 10 8 0.80 0.84 0.98 1.81 0.98 0.99 1.33 1.30 0.00 0.97 1019
M 1 2 1 0.67 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.10 -0.11 0.00 0.00 832
 
Base Pair (157:164)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 193 199 91 0.46 0.39 0.62 1.01 0.38 0.99 -0.22 -0.26 0.00 0.73 7078
3 181 184 83 0.46 0.38 0.61 0.99 0.38 0.99 0.31 0.27 0.00 0.84 6087
B 171 180 80 0.46 0.44 0.62 1.06 0.37 0.99 0.46 0.17 0.00 0.82 4852
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.95 2.00 0.00 0.81 216
C 9 12 5 0.48 0.31 0.85 1.16 0.15 0.99 1.17 0.96 0.00 0.92 168
E 10 4 3 0.43 0.06 0.00 0.06 0.52 0.99 0.93 1.74 0.00 0.96 1019
M 3 3 3 1.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 -0.14 -0.14 0.00 0.00 832
 
Base Pair (158:163)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 123 125 96 0.77 0.92 0.98 1.90 0.98 0.99 0.27 0.29 0.00 0.74 7078
3 110 111 88 0.80 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 0.85 0.88 0.00 0.84 6087
B 102 101 85 0.84 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 0.75 0.78 0.00 0.82 4850
A 1 1 1 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.96 1.96 0.00 0.82 216
C 8 9 6 0.71 0.69 0.97 1.66 0.97 0.98 1.40 1.38 0.00 0.92 168
E 7 9 2 0.25 0.69 0.97 1.66 0.97 0.99 1.41 1.41 0.00 0.97 1021
M 5 5 2 0.40 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 -0.25 -0.25 0.00 0.00 832
 
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