16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 27

Base Pair (27:556)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 50 80 26 0.40 0.85 0.96 1.81 0.96 0.96 0.83 0.96 0.00 0.52 4476
3 16 13 8 0.55 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.09 1.28 0.00 0.51 3638
B 3 1 1 0.50 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 1.92 1.98 0.00 0.44 2600
A 5 3 2 0.50 0.87 0.95 1.83 0.95 0.95 0.84 1.00 0.00 0.58 155
C 0 1 0 0.00 0.67 0.99 1.66 0.99 1.00 1.89 1.87 0.00 0.72 132
E 8 9 5 0.59 0.90 0.97 1.86 0.97 0.97 0.83 0.98 0.00 0.84 883
M 34 66 18 0.36 0.71 0.80 1.51 0.80 0.81 0.20 0.04 0.01 0.60 708
 
Base Pair (28:555)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 69 103 33 0.38 0.70 0.82 1.53 0.82 0.97 0.51 0.55 0.00 0.58 4977
3 25 29 8 0.30 0.68 0.82 1.50 0.82 0.99 0.89 0.90 0.00 0.57 4137
B 12 12 5 0.42 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 0.95 0.97 0.00 0.53 3080
A 4 5 2 0.44 0.70 0.87 1.57 0.87 0.99 0.90 0.61 0.01 0.62 168
C 5 6 2 0.36 0.62 0.98 1.60 0.98 0.99 1.68 1.61 0.00 0.73 133
E 9 12 1 0.10 0.03 0.00 0.03 0.26 0.98 1.63 1.19 0.00 0.84 889
M 39 68 23 0.43 0.61 0.78 1.39 0.78 0.83 0.36 0.21 0.00 0.61 709
 
Base Pair (29:554)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 103 125 48 0.42 0.90 0.94 1.84 0.94 0.96 0.39 0.48 0.01 0.59 5079
3 43 48 27 0.59 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.43 0.55 0.01 0.58 4239
B 28 31 19 0.64 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.76 0.79 0.00 0.54 3182
A 13 11 6 0.50 0.69 0.87 1.56 0.87 0.97 0.62 1.06 0.01 0.66 177
C 3 1 1 0.50 0.22 0.95 1.17 0.95 0.98 1.61 1.91 0.00 0.74 134
E 2 6 2 0.50 0.35 0.99 1.34 0.99 0.99 1.50 1.82 0.04 0.79 880
M 57 76 20 0.30 0.46 0.71 1.17 0.71 0.77 0.32 0.25 0.00 0.61 708
 
Base Pair (30:553)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 98 108 65 0.63 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.14 0.21 0.00 0.60 5157
3 55 60 37 0.64 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.35 0.41 0.00 0.60 4314
B 41 47 27 0.61 0.95 0.98 1.93 0.98 0.99 0.94 0.96 0.00 0.55 3238
A 8 8 6 0.75 0.88 0.94 1.81 0.94 0.99 0.45 0.48 0.00 0.67 178
C 4 3 1 0.29 0.50 0.96 1.46 0.96 0.97 1.49 1.68 0.00 0.74 134
E 6 5 4 0.73 0.36 0.98 1.34 0.98 0.99 1.72 1.85 0.01 0.85 898
M 39 45 27 0.64 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 0.52 0.58 0.00 0.61 711
 
Base Pair (32:552)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 28 12 0.47 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.00 1.09 0.00 0.61 5253
3 13 14 5 0.37 0.94 0.99 1.92 0.99 0.99 1.15 1.25 0.00 0.61 4408
B 6 7 1 0.15 0.14 0.00 0.14 0.99 0.99 1.89 1.92 0.00 0.57 3333
A 1 1 1 1.00 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.87 1.93 0.00 0.67 178
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.74 135
E 6 6 3 0.50 0.47 0.97 1.44 0.97 0.97 1.56 1.61 0.01 0.84 897
M 10 14 7 0.58 0.89 0.98 1.87 0.98 0.98 1.27 1.33 0.00 0.61 712
 
Base Pair (33:551)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 20 22 11 0.52 0.96 0.99 1.96 0.99 1.00 1.17 1.25 0.00 0.62 5282
3 11 10 5 0.48 0.92 1.00 1.92 1.00 1.00 1.65 1.72 0.00 0.62 4439
B 4 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.96 1.97 0.00 0.57 3361
A 5 6 3 0.55 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 1.16 1.17 0.00 0.69 183
C 1 0 0 0.00 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.83 1.91 0.00 0.74 135
E 2 3 2 0.80 0.40 1.00 1.40 1.00 1.00 1.87 1.94 0.01 0.84 895
M 8 12 6 0.60 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.55 0.62 0.00 0.60 712
 
Base Pair (34:550)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 55 28 0.46 0.38 0.81 1.19 0.81 0.99 0.74 1.37 0.00 0.63 5366
3 22 12 5 0.29 0.03 0.00 0.03 0.79 0.99 1.18 1.90 0.00 0.63 4520
B 8 8 3 0.38 0.29 0.99 1.28 0.99 0.99 1.89 1.92 0.00 0.59 3444
A 4 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 1.00 1.13 2.00 0.00 0.69 183
C 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.99 1.94 1.95 0.00 0.75 136
E 10 4 2 0.29 0.02 0.00 0.02 0.12 0.99 1.36 1.78 0.01 0.84 893
M 45 42 23 0.53 0.74 0.93 1.66 0.93 0.96 0.76 0.91 0.00 0.61 714
 
Base Pair (35:549)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 75 71 20 0.27 0.26 0.87 1.13 0.87 0.98 1.57 1.35 0.00 0.63 5420
3 14 10 4 0.33 0.03 0.00 0.03 0.94 0.99 1.89 1.68 0.00 0.63 4555
B 10 2 2 0.33 0.11 0.00 0.11 0.99 0.99 1.91 1.94 0.00 0.59 3467
A 2 3 1 0.40 0.20 0.00 0.20 0.05 0.99 1.89 1.65 0.00 0.69 184
C 0 6 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.87 1.00 2.00 1.43 0.00 0.75 136
E 2 5 1 0.29 0.03 0.00 0.03 0.92 0.99 1.84 1.58 0.01 0.85 904
M 61 55 16 0.28 0.19 0.00 0.19 0.45 0.90 0.77 1.11 0.00 0.63 733
 
Base Pair (36:548)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 55 59 30 0.53 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.45 1.52 0.00 0.65 5516
3 13 15 6 0.43 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.78 1.82 0.00 0.64 4632
B 13 14 6 0.44 0.69 0.99 1.68 0.99 0.99 1.75 1.79 0.00 0.60 3539
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 1.95 0.00 0.69 184
C 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 1.95 2.00 0.00 0.83 152
E 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.89 1.95 0.01 0.85 909
M 41 44 24 0.56 0.84 0.93 1.78 0.93 0.98 0.94 0.91 0.00 0.63 736
 
Base Pair (37:547)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 34 24 5 0.17 0.06 0.00 0.06 0.98 0.99 1.85 1.89 0.00 0.65 5551
3 4 9 0 0.00 0.02 0.00 0.02 0.99 1.00 1.93 1.92 0.00 0.65 4665
B 4 5 0 0.00 0.02 0.00 0.02 0.99 0.99 1.94 1.91 0.00 0.61 3570
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.69 183
C 3 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.97 0.97 1.79 1.94 0.01 0.83 152
E 0 4 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 1.90 1.91 0.01 0.86 912
M 27 15 5 0.24 0.09 0.00 0.09 0.92 0.93 1.48 1.78 0.00 0.63 738
 
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