16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 39

Base Pair (39:403)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 95 98 28 0.29 0.45 0.82 1.27 0.82 0.83 1.17 0.93 0.00 0.68 5839
3 24 35 6 0.20 0.24 0.81 1.05 0.81 0.82 1.57 1.12 0.00 0.69 4942
B 18 24 5 0.24 0.44 0.98 1.42 0.98 0.99 1.80 1.75 0.00 0.65 3830
A 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 2.00 1.93 0.00 0.73 193
C 1 3 1 0.50 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.89 1.81 0.00 0.85 154
E 6 10 1 0.12 0.05 0.00 0.05 0.07 0.08 1.54 1.69 0.01 0.86 919
M 70 60 21 0.32 0.49 0.84 1.33 0.84 0.86 0.76 0.62 0.00 0.64 747
 
Base Pair (40:402)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 87 84 53 0.62 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 0.99 0.00 0.69 5927
3 30 26 20 0.71 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.19 1.24 0.00 0.70 5027
B 12 6 4 0.44 0.50 0.99 1.49 0.99 0.99 1.89 1.88 0.00 0.67 3915
A 10 11 10 0.95 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 0.61 0.56 0.00 0.73 195
C 3 5 2 0.50 0.33 0.97 1.31 0.98 0.98 1.73 1.74 0.00 0.85 155
E 8 9 6 0.71 0.40 0.98 1.38 0.98 0.98 1.70 1.75 0.01 0.86 917
M 54 53 31 0.58 0.83 0.93 1.76 0.93 0.94 0.50 0.51 0.00 0.64 749
 
Base Pair (41:401)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 83 97 58 0.64 0.65 0.90 1.55 0.90 0.91 0.74 0.77 0.00 0.69 5909
3 30 44 19 0.51 0.52 0.89 1.41 0.89 0.90 1.00 0.93 0.00 0.69 5009
B 16 18 12 0.71 0.86 0.99 1.85 0.99 1.00 1.65 1.66 0.00 0.66 3896
A 5 5 5 1.00 0.94 0.99 1.94 0.99 1.00 1.52 1.54 0.00 0.73 193
C 5 5 4 0.80 0.64 0.97 1.61 0.97 0.98 1.61 1.67 0.00 0.85 154
E 9 21 2 0.13 0.03 0.00 0.03 0.44 0.47 1.53 0.37 0.01 0.86 920
M 48 48 35 0.73 0.87 0.94 1.81 0.94 0.96 0.47 0.45 0.00 0.65 750
 
Base Pair (42:400)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 62 67 42 0.65 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 0.77 0.84 0.00 0.70 5987
3 22 21 10 0.47 0.96 0.99 1.96 0.99 1.00 1.11 1.17 0.00 0.70 5078
B 15 12 6 0.44 0.78 0.99 1.77 0.99 1.00 1.78 1.82 0.00 0.67 3959
A 2 3 1 0.40 0.44 0.97 1.42 0.97 1.00 1.86 1.58 0.00 0.74 197
C 3 4 2 0.57 0.62 0.98 1.61 0.98 0.99 1.71 1.70 0.00 0.85 155
E 5 6 3 0.55 0.75 0.99 1.74 0.99 1.00 1.76 1.81 0.01 0.87 922
M 37 42 30 0.76 0.94 0.97 1.91 0.97 0.99 0.10 0.10 0.00 0.65 758
 
Base Pair (43:399)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 135 146 92 0.66 0.60 0.86 1.46 0.86 0.88 0.94 0.81 0.00 0.70 5974
3 68 73 42 0.60 0.45 0.85 1.29 0.85 0.86 1.18 0.93 0.00 0.70 5063
B 48 57 31 0.59 0.78 0.97 1.75 0.97 0.98 1.40 1.38 0.00 0.67 3943
A 7 7 7 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.84 0.92 0.00 0.75 198
C 9 9 7 0.78 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.93 0.98 0.00 0.86 156
E 13 9 4 0.36 0.07 0.00 0.07 0.27 0.29 1.25 1.14 0.01 0.87 922
M 58 64 43 0.70 0.82 0.93 1.75 0.93 0.97 0.65 0.59 0.00 0.65 759
 
Base Pair (44:398)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 106 113 69 0.63 0.71 0.82 1.53 0.82 0.83 0.73 0.74 0.00 0.71 6046
3 56 56 41 0.73 0.64 0.80 1.45 0.80 0.81 0.86 0.91 0.00 0.71 5134
B 34 39 29 0.80 0.95 0.98 1.93 0.98 0.98 0.96 0.90 0.00 0.68 4002
A 15 15 12 0.80 0.90 0.97 1.87 0.97 0.99 0.91 0.92 0.00 0.75 199
C 5 4 2 0.44 0.79 0.98 1.77 0.98 0.98 1.53 1.58 0.00 0.86 156
E 7 2 0 0.00 0.48 0.95 1.44 0.01 0.01 1.55 1.57 0.01 0.88 933
M 45 53 27 0.55 0.84 0.94 1.77 0.94 0.94 0.48 0.47 0.00 0.65 760
 
Base Pair (45:396)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 134 168 78 0.52 0.51 0.65 1.15 0.63 0.81 0.29 0.14 0.00 0.70 6007
3 59 79 28 0.41 0.55 0.68 1.23 0.58 0.79 0.33 0.32 0.00 0.71 5092
B 37 65 19 0.37 0.53 0.70 1.24 0.70 0.96 0.78 0.34 0.00 0.68 3969
A 13 9 5 0.46 0.68 0.78 1.46 0.78 0.99 0.10 0.18 0.00 0.71 188
C 2 5 2 0.57 0.10 0.00 0.10 0.94 1.00 1.95 1.62 0.00 0.86 156
E 9 5 4 0.57 0.27 0.94 1.21 0.03 0.05 1.68 1.67 0.00 0.89 935
M 73 84 48 0.61 0.72 0.86 1.58 0.86 0.92 0.52 0.52 0.00 0.66 763
 
Base Pair (46:395)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 86 90 50 0.57 0.82 0.95 1.77 0.95 0.99 1.05 1.04 0.00 0.71 6074
3 26 17 10 0.47 0.81 0.96 1.77 0.96 1.00 1.19 1.17 0.00 0.72 5159
B 8 3 1 0.18 0.19 0.00 0.19 0.99 0.99 1.93 1.96 0.00 0.69 4020
A 8 10 6 0.67 0.74 0.91 1.65 0.91 0.99 0.65 0.68 0.00 0.76 201
C 2 4 2 0.67 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 1.86 1.78 0.00 0.86 156
E 10 4 3 0.43 0.14 0.00 0.14 0.82 1.00 1.23 1.82 0.00 0.89 938
M 58 69 38 0.60 0.64 0.87 1.51 0.87 0.92 0.92 0.96 0.00 0.66 768
 
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