16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 441

Base Pair (441:493)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 181 167 71 0.41 0.38 0.62 0.99 0.32 0.38 -0.49 -0.57 0.01 0.60 6927
3 155 138 60 0.41 0.36 0.62 0.98 0.30 0.37 -0.24 -0.36 0.01 0.68 5937
B 144 123 54 0.40 0.32 0.61 0.93 0.28 0.34 0.54 0.40 0.01 0.79 4684
A 11 15 6 0.46 0.46 0.83 1.30 0.83 0.85 0.88 0.79 0.00 0.84 223
C 19 17 9 0.50 0.58 0.86 1.44 0.86 0.88 0.72 0.76 0.01 0.89 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.04 0.00 0.00 1030
M 7 12 2 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 -0.32 -0.44 0.00 0.00 835
 
Base Pair (442:492)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 174 177 120 0.68 0.87 0.92 1.79 0.92 0.94 -0.64 -0.68 0.00 0.60 6961
3 158 158 108 0.68 0.87 0.92 1.79 0.92 0.94 -0.46 -0.51 0.00 0.69 5971
B 135 139 94 0.69 0.87 0.92 1.79 0.92 0.94 0.26 0.20 0.00 0.80 4708
A 23 19 14 0.67 0.88 0.92 1.80 0.92 0.96 0.03 0.12 0.00 0.88 233
C 9 8 6 0.71 0.88 0.97 1.85 0.97 0.97 1.08 1.10 0.00 0.90 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.05 0.00 0.00 1030
M 7 11 6 0.67 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 -0.29 -0.39 0.00 0.00 835
 
Base Pair (443:491)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 214 204 135 0.65 0.86 0.92 1.78 0.92 0.96 -0.62 -0.64 0.00 0.60 6883
3 195 188 124 0.65 0.86 0.92 1.78 0.92 0.96 -0.45 -0.47 0.00 0.68 5894
B 174 170 112 0.65 0.87 0.93 1.80 0.93 0.96 0.28 0.24 0.00 0.79 4634
A 21 18 12 0.61 0.70 0.82 1.52 0.82 0.89 0.21 0.30 0.00 0.87 230
C 10 9 7 0.74 0.81 0.97 1.78 0.97 0.99 1.22 1.26 0.00 0.89 162
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.04 0.00 0.00 1030
M 9 7 4 0.50 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 -0.34 -0.41 0.00 0.00 835
 
Base Pair (444:490)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 242 234 173 0.73 0.91 0.95 1.86 0.95 0.98 -0.64 -0.60 0.00 0.60 6958
3 223 219 164 0.74 0.92 0.96 1.88 0.96 0.98 -0.47 -0.44 0.00 0.68 5968
B 204 202 151 0.74 0.92 0.96 1.88 0.96 0.98 0.22 0.23 0.00 0.80 4705
A 19 17 13 0.72 0.92 0.95 1.87 0.95 0.97 0.17 0.24 0.00 0.88 233
C 11 9 5 0.50 0.30 0.76 1.05 0.76 0.98 0.92 1.43 0.00 0.90 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.04 0.00 0.00 1030
M 8 6 4 0.57 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 -0.33 -0.38 0.00 0.00 835
 
Base Pair (445:489)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 154 152 117 0.77 0.84 0.96 1.80 0.96 0.99 -0.11 -0.14 0.00 0.61 7003
3 133 133 102 0.77 0.84 0.96 1.80 0.96 0.99 0.15 0.12 0.00 0.69 6013
B 123 124 93 0.75 0.77 0.95 1.71 0.96 1.00 1.04 1.01 0.00 0.81 4751
A 10 9 9 0.95 0.94 0.97 1.91 0.97 0.97 0.48 0.56 0.00 0.88 232
C 13 10 9 0.78 0.87 0.96 1.83 0.96 0.96 1.03 1.03 0.00 0.90 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 8 9 6 0.71 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 -0.33 -0.38 0.00 0.00 835
 
Base Pair (446:488)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 140 142 99 0.70 0.72 0.92 1.65 0.92 0.98 -0.26 -0.28 0.00 0.61 7013
3 128 127 93 0.73 0.70 0.92 1.63 0.92 0.98 0.00 -0.01 0.00 0.69 6023
B 122 121 87 0.72 0.55 0.89 1.44 0.92 0.98 0.82 0.80 0.00 0.81 4758
A 6 6 6 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 0.70 0.69 0.00 0.89 235
C 5 5 2 0.40 0.92 0.97 1.89 0.97 0.97 0.93 0.97 0.00 0.90 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 7 10 4 0.47 0.03 0.00 0.03 0.05 0.06 -0.34 -0.40 0.00 0.00 835
 
Base Pair (450:483)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 42 39 31 0.77 0.79 0.99 1.78 0.99 0.99 0.26 0.26 0.00 0.58 7036
3 31 30 26 0.85 0.85 0.99 1.84 0.99 0.99 0.53 0.53 0.00 0.66 6047
B 31 30 26 0.85 0.85 0.99 1.84 0.99 0.99 1.59 1.59 0.00 0.81 4780
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 4 3 1 0.29 0.40 0.96 1.36 0.96 0.96 1.54 1.78 0.01 0.89 162
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 7 6 4 0.61 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 -0.31 -0.30 0.00 0.00 835
 
Base Pair (455:477)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 167 164 85 0.51 0.65 0.74 1.40 0.74 0.94 -0.91 -0.95 0.00 0.31 6977
3 163 164 85 0.52 0.66 0.75 1.41 0.75 0.94 -0.93 -0.98 0.00 0.36 5988
B 163 164 85 0.52 0.66 0.75 1.41 0.75 0.94 -0.90 -0.98 0.00 0.45 4720
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.33 -0.07 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 3 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.12 -0.18 0.00 0.00 835
 
Base Pair (456:476)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 170 175 94 0.55 0.73 0.81 1.54 0.81 0.97 -0.94 -0.93 0.00 0.30 6965
3 169 174 94 0.55 0.73 0.80 1.53 0.80 0.97 -0.96 -0.95 0.00 0.36 5976
B 169 174 94 0.55 0.73 0.80 1.53 0.80 0.97 -0.96 -0.95 0.00 0.44 4708
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.16 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.12 -0.15 0.00 0.00 835
 
Base Pair (457:475)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 187 178 68 0.37 0.67 0.74 1.41 0.74 0.96 -0.93 -0.93 0.00 0.30 6972
3 187 177 68 0.37 0.67 0.74 1.41 0.74 0.96 -0.96 -0.96 0.00 0.36 5983
B 187 177 68 0.37 0.67 0.74 1.41 0.74 0.96 -0.96 -0.96 0.00 0.44 4715
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.07 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.10 -0.16 0.00 0.00 835
 
Base Pair (458:474)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 177 176 85 0.48 0.68 0.76 1.44 0.76 0.96 -0.93 -0.94 0.00 0.30 6990
3 176 176 85 0.48 0.68 0.76 1.44 0.76 0.96 -0.96 -0.97 0.00 0.35 6001
B 176 176 85 0.48 0.68 0.76 1.44 0.76 0.96 -0.97 -0.98 0.00 0.43 4733
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.11 -0.13 0.00 0.00 835
 
Base Pair (459:473)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 181 181 91 0.50 0.79 0.85 1.64 0.85 0.96 -0.92 -0.94 0.00 0.30 6984
3 180 180 91 0.51 0.79 0.85 1.64 0.85 0.97 -0.95 -0.98 0.00 0.35 5995
B 180 180 91 0.51 0.79 0.85 1.64 0.85 0.97 -0.96 -0.99 0.00 0.43 4727
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.10 -0.18 0.00 0.00 835
 
Base Pair (460:472)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 147 140 73 0.51 0.55 0.70 1.25 0.76 0.93 -0.88 -0.90 0.00 0.28 6996
3 146 140 73 0.51 0.55 0.71 1.26 0.76 0.94 -0.91 -0.93 0.00 0.34 6007
B 146 140 73 0.51 0.55 0.71 1.26 0.76 0.94 -0.92 -0.94 0.00 0.41 4739
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.09 -0.14 0.00 0.00 835
 
Base Pair (461:471)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 119 132 56 0.45 0.59 0.71 1.30 0.71 0.95 -0.82 -0.88 0.00 0.26 7024
3 118 131 56 0.45 0.58 0.71 1.29 0.71 0.95 -0.85 -0.92 0.00 0.30 6035
B 118 131 56 0.45 0.58 0.71 1.29 0.71 0.95 -0.88 -0.96 0.00 0.37 4767
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 1 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.09 -0.17 0.00 0.00 835
 
Base Pair (462:470)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 77 81 35 0.44 0.56 0.74 1.31 0.57 0.67 -0.80 -0.77 0.00 0.24 7036
3 77 81 35 0.44 0.57 0.75 1.31 0.57 0.67 -0.83 -0.80 0.00 0.29 6047
B 77 81 35 0.44 0.57 0.75 1.32 0.57 0.67 -0.87 -0.82 0.00 0.35 4779
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 237
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 163
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1030
M 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.09 -0.14 0.00 0.00 835
 
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