16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 655

Base Pair (655:751)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 62 29 19 0.42 0.93 0.99 1.92 0.99 0.99 0.70 0.63 0.03 0.74 7127
3 20 20 16 0.80 0.96 0.99 1.95 0.99 1.00 1.23 1.24 0.00 0.84 6066
B 8 7 6 0.80 0.70 0.99 1.70 0.99 1.00 1.87 1.88 0.00 0.82 4817
A 2 2 2 1.00 0.93 0.99 1.92 0.99 0.99 1.41 1.38 0.00 0.83 221
C 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 1.91 2.00 0.00 0.92 168
E 10 11 8 0.76 0.60 0.98 1.58 0.98 0.99 1.65 1.64 0.01 0.97 1028
M 40 9 3 0.12 0.12 0.00 0.12 0.69 0.70 -0.80 -0.52 0.22 0.10 901
 
Base Pair (656:750)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 105 79 56 0.61 0.35 0.85 1.20 0.85 0.99 0.86 0.53 0.02 0.75 7121
3 53 57 46 0.84 0.34 0.85 1.19 0.85 1.00 1.53 1.16 0.00 0.84 6063
B 42 40 40 0.98 0.95 1.00 1.95 1.00 1.00 1.52 1.53 0.00 0.82 4815
A 3 5 2 0.50 0.78 0.97 1.75 0.97 1.00 1.56 1.48 0.00 0.84 221
C 2 3 1 0.40 0.25 0.98 1.23 0.98 0.99 1.90 1.87 0.00 0.91 166
E 8 12 4 0.40 0.09 0.00 0.09 0.12 0.99 1.60 1.55 0.00 0.97 1027
M 50 19 9 0.26 0.51 0.78 1.29 0.78 0.79 -0.97 -0.62 0.16 0.13 900
 
Base Pair (657:749)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 136 124 57 0.44 0.47 0.84 1.31 0.82 0.96 0.41 0.48 0.00 0.77 7111
3 72 63 41 0.61 0.50 0.85 1.35 0.83 0.98 0.85 0.89 0.00 0.84 6053
B 55 51 33 0.62 0.66 0.96 1.62 0.96 0.97 1.36 1.40 0.00 0.82 4803
A 5 4 4 0.89 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.02 0.91 0.00 0.84 221
C 7 8 5 0.67 0.47 0.95 1.42 0.95 0.99 1.48 1.49 0.00 0.91 165
E 12 8 4 0.40 0.02 0.00 0.02 0.19 0.99 1.31 1.81 0.00 0.98 1029
M 57 53 11 0.20 0.17 0.00 0.17 0.59 0.63 -0.77 -0.81 0.03 0.29 901
 
Base Pair (658:748)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 281 264 67 0.25 0.33 0.52 0.86 0.48 0.57 -0.13 -0.06 0.01 0.77 7004
3 197 200 53 0.27 0.37 0.56 0.93 0.49 0.57 0.15 0.31 0.00 0.83 5948
B 184 178 50 0.28 0.37 0.50 0.88 0.42 0.51 0.12 0.28 0.00 0.80 4701
A 3 7 2 0.40 0.38 0.59 0.97 0.33 0.33 0.66 0.66 0.00 0.83 219
C 14 19 4 0.24 0.22 0.46 0.69 0.34 0.38 0.64 0.23 0.00 0.92 168
E 10 15 1 0.08 0.28 0.87 1.16 0.84 0.89 1.21 1.30 0.00 0.97 1028
M 70 45 10 0.17 0.43 0.65 1.09 0.45 0.61 -0.69 -0.81 0.08 0.35 896
 
Base Pair (659:746)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 305 238 144 0.53 0.74 0.87 1.61 0.87 0.91 0.35 0.09 0.04 0.77 7050
3 188 181 125 0.68 0.79 0.90 1.70 0.90 0.95 0.57 0.58 0.00 0.83 5994
B 159 166 115 0.71 0.85 0.92 1.78 0.92 0.94 0.50 0.46 0.00 0.81 4744
A 7 7 7 1.00 0.96 0.99 1.96 0.99 0.99 1.36 1.41 0.00 0.84 222
C 10 13 8 0.70 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.67 0.55 0.01 0.91 167
E 22 8 3 0.20 0.25 0.79 1.04 0.79 0.94 0.92 1.45 0.00 0.97 1028
M 107 44 11 0.15 0.25 0.43 0.68 0.34 0.36 -0.29 -0.86 0.28 0.35 897
 
Base Pair (660:745)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 278 245 135 0.52 0.78 0.86 1.64 0.86 0.93 0.10 -0.00 0.02 0.79 7050
3 156 156 111 0.71 0.85 0.91 1.75 0.91 0.99 0.27 0.26 0.00 0.83 5994
B 135 138 99 0.72 0.86 0.91 1.78 0.91 0.99 0.21 0.19 0.00 0.81 4748
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.95 2.00 0.00 0.83 221
C 11 12 9 0.78 0.91 0.98 1.89 0.98 0.99 1.15 1.10 0.01 0.92 168
E 21 18 12 0.61 0.66 0.85 1.51 0.85 0.97 0.80 1.06 0.00 0.97 1025
M 111 77 15 0.16 0.25 0.35 0.60 0.32 0.34 -0.28 -0.77 0.18 0.49 896
 
Base Pair (661:744)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 236 201 85 0.39 0.38 0.73 1.11 0.73 0.75 0.65 0.22 0.03 0.78 7105
3 105 119 65 0.58 0.37 0.74 1.11 0.74 0.77 1.11 0.58 0.00 0.84 6049
B 92 110 61 0.60 0.70 0.92 1.62 0.92 0.95 1.03 0.86 0.00 0.82 4798
A 1 1 0 0.00 0.75 0.99 1.74 0.01 0.01 1.80 1.76 0.00 0.84 222
C 7 7 3 0.43 0.68 0.95 1.63 0.95 0.96 1.30 1.18 0.01 0.92 168
E 12 8 4 0.40 0.22 0.92 1.14 0.06 0.06 1.41 1.68 0.00 0.97 1029
M 124 75 17 0.17 0.28 0.44 0.72 0.43 0.45 -0.43 -0.74 0.20 0.36 896
 
Base Pair (662:743)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 296 254 91 0.33 0.40 0.58 0.98 0.42 0.73 0.07 -0.04 0.02 0.80 7067
3 151 151 71 0.47 0.42 0.60 1.02 0.45 0.76 0.17 0.21 0.00 0.84 6013
B 133 127 59 0.45 0.42 0.56 0.98 0.54 0.79 0.13 0.13 0.00 0.81 4763
A 3 5 2 0.50 0.65 0.95 1.59 0.01 0.01 1.41 1.49 0.00 0.84 221
C 7 10 3 0.35 0.30 0.87 1.17 0.10 0.92 1.44 1.25 0.01 0.92 168
E 15 19 10 0.59 0.38 0.82 1.19 0.09 0.81 0.81 0.93 0.00 0.97 1029
M 138 93 17 0.15 0.21 0.34 0.55 0.31 0.38 -0.03 -0.78 0.18 0.54 894
 
Base Pair (663:742)   (Tertiary) Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 188 179 51 0.28 0.21 0.77 0.99 0.12 0.21 0.80 1.00 0.01 0.81 7099
3 51 38 17 0.38 0.24 0.83 1.07 0.12 0.21 1.01 1.61 0.00 0.84 6044
B 30 27 13 0.46 0.56 0.97 1.53 0.04 0.05 1.64 1.70 0.00 0.82 4794
A 1 3 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 1.93 1.65 0.00 0.84 221
C 3 5 1 0.25 0.20 0.00 0.20 0.04 0.05 1.77 1.65 0.01 0.92 168
E 20 8 4 0.29 0.01 0.00 0.01 0.50 0.99 0.99 1.32 0.00 0.97 1029
M 134 136 33 0.24 0.23 0.36 0.59 0.19 0.24 -0.21 -0.54 0.07 0.60 895
 
Base Pair (666:740)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 74 108 14 0.15 0.18 0.00 0.18 0.09 0.80 1.16 0.74 0.01 0.81 7111
3 26 32 3 0.10 0.05 0.00 0.05 0.06 0.84 1.73 1.15 0.00 0.84 6055
B 23 19 2 0.10 0.14 0.00 0.14 0.04 1.00 1.74 1.87 0.00 0.82 4805
A 2 6 1 0.25 0.35 0.67 1.02 0.51 1.00 1.23 0.48 0.00 0.84 222
C 3 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 1.00 1.65 1.94 0.01 0.91 167
E 1 7 0 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 1.90 1.46 0.00 0.97 1028
M 45 76 11 0.18 0.31 0.46 0.77 0.38 0.42 0.24 -0.61 0.12 0.61 897
 
Base Pair (667:739)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 39 23 0.62 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.26 1.26 0.00 0.83 7110
3 12 14 9 0.69 0.88 1.00 1.88 1.00 1.00 1.75 1.75 0.00 0.84 6051
B 8 8 6 0.75 0.89 1.00 1.89 1.00 1.00 1.76 1.77 0.00 0.82 4803
A 2 3 2 0.80 0.97 0.99 1.96 0.99 1.00 1.32 1.30 0.00 0.84 222
C 2 2 1 0.50 0.67 0.99 1.66 0.99 1.00 1.91 1.81 0.01 0.91 167
E 2 3 1 0.40 0.50 0.99 1.50 0.99 0.99 1.94 1.90 0.00 0.97 1026
M 21 23 13 0.59 0.76 0.96 1.72 0.96 0.97 1.08 1.01 0.01 0.76 900
 
Base Pair (668:738)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 189 197 146 0.76 0.93 0.96 1.89 0.96 0.99 0.20 0.20 0.00 0.83 7106
3 146 153 121 0.81 0.94 0.96 1.90 0.96 1.00 0.20 0.19 0.00 0.84 6048
B 122 125 103 0.83 0.94 0.97 1.91 0.97 0.99 0.22 0.20 0.00 0.82 4799
A 13 11 10 0.83 0.86 0.92 1.79 0.92 0.99 0.59 0.59 0.00 0.84 222
C 11 13 8 0.67 0.85 0.93 1.78 0.93 0.95 0.88 0.62 0.01 0.91 166
E 11 17 8 0.57 0.51 0.94 1.45 0.94 1.00 1.54 1.32 0.00 0.97 1027
M 32 31 17 0.54 0.58 0.96 1.55 0.96 0.97 1.38 1.38 0.01 0.76 900
 
Base Pair (669:737)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 215 212 169 0.79 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.11 0.11 0.00 0.83 7054
3 158 164 137 0.85 0.97 0.98 1.96 0.98 0.99 0.09 0.09 0.00 0.83 5995
B 132 136 115 0.86 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.36 0.34 0.00 0.81 4752
A 15 15 15 1.00 0.99 0.99 1.98 0.99 0.99 0.06 0.08 0.00 0.83 220
C 6 4 2 0.40 0.39 0.95 1.34 0.95 0.99 1.56 1.63 0.01 0.91 167
E 11 13 7 0.58 0.88 0.98 1.85 0.98 0.99 1.10 1.10 0.00 0.97 1023
M 51 44 30 0.63 0.86 0.94 1.81 0.94 0.97 0.73 0.70 0.00 0.76 900
 
Base Pair (670:736)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 167 175 121 0.71 0.89 0.96 1.85 0.96 0.99 0.81 0.81 0.00 0.83 7057
3 113 116 90 0.79 0.91 0.97 1.88 0.97 1.00 0.83 0.86 0.00 0.83 5998
B 91 96 71 0.76 0.90 0.96 1.86 0.96 1.00 0.80 0.82 0.00 0.81 4749
A 10 10 10 1.00 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.83 0.80 0.00 0.86 226
C 10 10 6 0.60 0.83 0.95 1.78 0.95 0.99 0.93 0.81 0.01 0.91 167
E 12 10 9 0.82 0.93 0.99 1.92 0.99 0.99 1.29 1.31 0.00 0.97 1023
M 44 49 25 0.54 0.78 0.91 1.69 0.91 0.93 0.79 0.65 0.00 0.76 900
 
Base Pair (671:735)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 158 153 120 0.77 0.67 0.85 1.52 0.85 0.86 0.31 0.52 0.00 0.83 7070
3 99 97 83 0.85 0.54 0.80 1.34 0.84 0.84 0.34 0.53 0.00 0.84 6011
B 76 76 66 0.87 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.63 0.65 0.00 0.81 4751
A 12 11 11 0.96 0.99 1.00 1.98 1.00 1.00 0.74 0.74 0.00 0.88 232
C 11 5 5 0.62 0.77 0.98 1.74 0.98 1.00 1.37 1.43 0.01 0.91 167
E 11 10 6 0.57 0.02 0.00 0.02 0.09 0.09 1.32 1.09 0.00 0.97 1028
M 48 51 32 0.65 0.86 0.94 1.80 0.94 0.96 0.80 0.73 0.01 0.76 900
 
Base Pair (672:734)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 193 173 79 0.43 0.15 0.00 0.15 0.48 0.85 0.76 0.33 0.00 0.83 7126
3 119 118 51 0.43 0.12 0.00 0.12 0.41 0.83 0.87 0.47 0.00 0.84 6067
B 95 94 32 0.34 0.09 0.00 0.09 0.45 0.99 0.97 0.93 0.00 0.82 4806
A 13 14 13 0.96 0.99 1.00 1.99 1.00 1.00 0.51 0.47 0.00 0.88 232
C 5 4 3 0.67 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 1.36 1.32 0.01 0.91 167
E 11 10 6 0.57 0.25 0.88 1.13 0.08 0.08 1.23 1.60 0.00 0.98 1029
M 69 51 25 0.42 0.64 0.86 1.50 0.86 0.91 0.61 0.60 0.01 0.76 900
 
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