16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 829

Base Pair (829:857)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 68 80 36 0.49 0.43 0.86 1.29 0.86 0.98 0.61 0.34 0.00 0.73 7258
3 49 59 25 0.46 0.40 0.86 1.25 0.86 0.98 1.45 1.12 0.00 0.83 5999
B 30 37 17 0.51 0.62 0.94 1.55 0.94 0.99 1.48 1.33 0.00 0.81 4729
A 1 1 1 1.00 0.67 0.98 1.65 0.98 0.98 1.65 1.74 0.00 0.88 231
C 12 13 5 0.40 0.57 0.73 1.30 0.73 0.98 0.85 0.86 0.01 0.90 165
E 18 21 7 0.36 0.15 0.00 0.15 0.60 0.94 1.40 0.62 0.00 0.98 1041
M 7 8 6 0.80 0.04 0.00 0.04 0.08 0.08 -0.38 -0.38 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (830:856)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 133 130 98 0.74 0.79 0.91 1.70 0.91 0.94 -0.20 -0.20 0.00 0.73 7282
3 110 111 85 0.77 0.79 0.91 1.70 0.91 0.94 0.44 0.45 0.00 0.84 6023
B 88 97 78 0.84 0.91 0.96 1.86 0.96 0.99 0.38 0.31 0.00 0.81 4754
A 2 2 2 1.00 0.65 0.96 1.61 0.96 1.00 1.55 1.38 0.00 0.88 231
C 12 10 6 0.55 0.81 0.93 1.74 0.93 0.99 0.83 0.84 0.00 0.90 165
E 20 12 5 0.31 0.65 0.86 1.51 0.86 0.88 0.65 0.85 0.00 0.98 1037
M 11 9 7 0.70 0.04 0.00 0.04 0.07 0.08 -0.37 -0.37 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (831:855)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 98 95 36 0.37 0.37 0.68 1.05 0.44 0.94 -0.17 -0.12 0.00 0.73 7279
3 76 71 21 0.29 0.38 0.69 1.07 0.42 0.94 0.48 0.53 0.00 0.84 6020
B 62 49 16 0.29 0.26 0.69 0.95 0.39 0.98 0.82 0.82 0.00 0.81 4751
A 0 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.99 1.96 1.85 0.00 0.88 231
C 9 11 4 0.40 0.56 0.72 1.28 0.72 0.98 0.81 0.78 0.00 0.91 165
E 14 20 5 0.29 0.23 0.68 0.90 0.68 0.74 1.21 0.51 0.00 0.98 1037
M 13 13 11 0.85 0.05 0.00 0.05 0.07 0.08 -0.40 -0.40 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (832:854)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 70 89 22 0.28 0.47 0.84 1.31 0.12 0.82 0.38 0.12 0.00 0.73 7262
3 49 75 15 0.24 0.48 0.85 1.33 0.11 0.82 1.14 0.80 0.00 0.84 6004
B 33 57 7 0.16 0.09 0.00 0.09 0.13 0.97 1.63 1.30 0.00 0.81 4735
A 2 2 1 0.50 0.06 0.00 0.06 0.06 0.99 1.75 1.72 0.00 0.87 230
C 9 3 2 0.33 0.03 0.00 0.03 0.17 0.99 1.17 1.72 0.01 0.90 164
E 14 16 7 0.47 0.15 0.00 0.15 0.02 0.07 1.34 0.56 0.00 0.98 1040
M 12 11 5 0.43 0.03 0.00 0.03 0.05 0.08 -0.40 -0.37 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (833:853)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 67 62 23 0.36 0.39 0.85 1.25 0.13 0.90 0.44 0.33 0.00 0.73 7281
3 44 43 13 0.30 0.42 0.87 1.29 0.12 0.90 1.20 1.06 0.01 0.83 6022
B 31 24 10 0.36 0.76 0.97 1.73 0.13 0.99 1.22 1.33 0.00 0.81 4760
A 4 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.91 1.46 1.93 0.00 0.84 221
C 14 10 5 0.42 0.17 0.00 0.17 0.55 0.97 0.59 1.07 0.00 0.90 165
E 9 18 3 0.22 0.34 0.95 1.30 0.05 0.99 1.61 1.53 0.00 0.98 1039
M 9 9 5 0.56 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 -0.35 -0.34 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (834:852)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 182 204 103 0.53 0.68 0.80 1.48 0.80 0.98 -0.29 -0.42 0.00 0.73 7267
3 168 186 94 0.53 0.68 0.80 1.48 0.80 0.98 0.30 0.15 0.00 0.83 6008
B 135 162 80 0.54 0.68 0.81 1.49 0.81 0.98 0.35 0.12 0.00 0.81 4744
A 9 10 7 0.74 0.87 0.92 1.80 0.75 0.94 0.27 0.45 0.00 0.84 223
C 6 10 5 0.62 0.59 0.96 1.55 0.96 0.99 1.42 1.30 0.00 0.90 165
E 24 14 7 0.37 0.84 0.93 1.77 0.93 0.97 0.60 0.66 0.00 0.98 1041
M 8 8 4 0.50 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 -0.30 -0.31 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (835:851)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 136 142 88 0.63 0.46 0.76 1.22 0.74 0.93 0.02 -0.23 0.00 0.73 7285
3 121 127 75 0.60 0.45 0.76 1.21 0.73 0.92 0.68 0.39 0.00 0.84 6026
B 84 90 50 0.57 0.58 0.83 1.41 0.75 0.99 0.71 0.54 0.00 0.81 4761
A 13 12 10 0.80 0.88 0.95 1.83 0.95 0.96 0.57 0.50 0.00 0.86 226
C 6 8 6 0.86 0.80 0.98 1.78 0.98 0.99 1.43 1.38 0.00 0.91 165
E 24 25 15 0.61 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 0.74 0.70 0.00 0.99 1040
M 9 7 7 0.88 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 -0.34 -0.34 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (836:850)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 87 156 45 0.37 0.23 0.76 0.99 0.24 0.95 0.51 0.09 0.00 0.73 7283
3 61 131 34 0.35 0.21 0.76 0.97 0.24 0.95 1.34 0.83 0.00 0.84 6024
B 40 88 25 0.39 0.30 0.88 1.18 0.14 0.98 1.44 1.22 0.00 0.81 4758
A 9 13 5 0.46 0.78 0.88 1.66 0.88 0.96 0.74 0.59 0.00 0.86 227
C 21 19 8 0.40 0.17 0.00 0.17 0.46 0.88 0.14 0.49 0.00 0.90 165
E 12 30 4 0.19 0.08 0.00 0.08 0.53 1.00 1.59 0.76 0.00 0.98 1039
M 5 6 3 0.55 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 -0.32 -0.31 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (837:849)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 256 275 123 0.46 0.46 0.61 1.07 0.61 0.89 -0.41 -0.49 0.00 0.72 7278
3 233 261 117 0.47 0.46 0.61 1.07 0.61 0.89 0.13 0.05 0.00 0.82 6019
B 176 216 97 0.49 0.52 0.67 1.19 0.67 0.99 0.20 0.04 0.00 0.80 4750
A 19 20 9 0.46 0.54 0.74 1.28 0.74 0.94 0.49 0.57 0.00 0.86 229
C 19 12 4 0.26 0.15 0.00 0.15 0.37 0.96 0.17 0.63 0.01 0.81 165
E 38 25 11 0.35 0.82 0.89 1.72 0.89 0.99 0.01 0.03 0.00 0.97 1040
M 4 2 2 0.67 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 -0.31 -0.25 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (838:848)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 301 298 154 0.51 0.63 0.77 1.39 0.77 0.90 -0.55 -0.66 0.03 0.67 7222
3 289 286 147 0.51 0.62 0.76 1.38 0.76 0.90 -0.08 -0.27 0.03 0.77 5962
B 236 242 133 0.56 0.70 0.83 1.53 0.83 0.98 -0.03 -0.14 0.00 0.76 4695
A 16 17 5 0.30 0.56 0.70 1.26 0.73 0.88 0.05 0.10 0.00 0.85 226
C 10 11 7 0.67 0.72 0.92 1.64 0.92 0.97 0.15 0.23 0.01 0.75 165
E 37 27 10 0.31 0.80 0.87 1.67 0.87 0.91 -0.04 0.04 0.00 0.96 1041
M 2 1 0 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 -0.23 -0.13 0.00 0.00 1100
 
Base Pair (839:847)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 258 254 159 0.62 0.68 0.80 1.48 0.80 0.92 -0.65 -0.71 0.00 0.65 7290
3 245 243 150 0.61 0.68 0.80 1.48 0.80 0.91 -0.33 -0.38 0.01 0.75 6031
B 199 191 124 0.64 0.77 0.84 1.61 0.84 0.98 -0.44 -0.45 0.01 0.72 4764
A 18 18 16 0.89 0.78 0.85 1.62 0.85 0.96 0.05 0.07 0.00 0.85 226
C 8 9 7 0.82 0.75 0.94 1.69 0.94 0.94 -0.00 0.02 0.02 0.69 165
E 28 34 11 0.35 0.61 0.90 1.51 0.90 0.95 0.71 0.62 0.00 0.94 1041
M 5 2 2 0.57 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 -0.29 -0.20 0.00 0.00 1099
 
Base Pair (840:846)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 147 131 79 0.57 0.69 0.79 1.48 0.79 0.86 -0.87 -0.77 0.00 0.55 7278
3 142 128 78 0.58 0.69 0.80 1.49 0.80 0.86 -0.69 -0.58 0.00 0.64 6020
B 102 90 61 0.64 0.82 0.90 1.71 0.90 0.95 -0.68 -0.61 0.00 0.58 4752
A 11 13 5 0.42 0.43 0.73 1.17 0.73 0.94 0.56 0.41 0.00 0.86 227
C 1 1 0 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.09 -0.46 -0.52 0.00 0.00 165
E 29 25 12 0.44 0.63 0.78 1.41 0.78 0.89 0.01 0.20 0.00 0.93 1040
M 4 2 1 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 -0.24 -0.18 0.00 0.00 1099
 
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