16S rRNA Model Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 9


Base Pair (9:25)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 32 27 12 0.41 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.52 0.64 0.00 0.43 3661
3 16 9 3 0.24 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 1.03 0.00 0.40 2878
B 13 7 1 0.10 0.02 0.00 0.02 0.97 0.98 1.86 1.85 0.00 0.33 1946
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.00 1.94 2.00 0.00 0.56 148
C 2 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.98 1.81 2.00 0.00 0.68 123
E 3 2 2 0.80 0.14 0.00 0.14 0.99 0.99 1.73 1.95 0.02 0.73 784
M 14 18 9 0.56 0.69 0.95 1.65 0.95 0.96 1.30 1.28 0.00 0.57 662
 
Base Pair (10:24)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 33 22 8 0.29 0.93 0.97 1.90 0.97 0.99 0.44 0.56 0.00 0.44 3741
3 20 12 5 0.31 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 0.76 0.96 0.00 0.41 2956
B 14 8 1 0.09 0.01 0.00 0.01 0.96 0.99 1.73 1.90 0.00 0.34 2016
A 3 2 2 0.80 0.97 0.99 1.97 0.99 1.00 1.17 1.21 0.00 0.56 147
C 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.68 124
E 3 2 2 0.80 0.90 0.99 1.90 0.99 0.99 1.50 1.63 0.01 0.74 793
M 13 10 3 0.26 0.78 0.96 1.74 0.96 0.98 1.26 1.26 0.00 0.57 663
 
Base Pair (11:23)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 23 16 10 0.51 0.26 0.96 1.21 0.96 0.96 1.61 1.84 0.00 0.45 3799
3 7 4 1 0.18 0.23 1.00 1.23 1.00 1.00 1.91 1.95 0.00 0.42 3010
B 6 4 1 0.20 0.27 0.99 1.26 0.99 0.99 1.91 1.94 0.00 0.35 2053
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.57 151
C 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 0.99 1.93 2.00 0.00 0.69 125
E 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 1.89 1.99 0.01 0.76 806
M 15 12 9 0.67 0.26 0.77 1.03 0.77 0.78 0.91 1.45 0.00 0.57 666
 
Base Pair (12:22)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 35 31 9 0.27 0.89 0.97 1.86 0.25 0.93 0.79 0.88 0.00 0.46 3888
3 11 13 6 0.50 0.93 0.98 1.91 0.30 0.98 0.95 1.07 0.00 0.43 3095
B 6 6 1 0.17 0.08 0.00 0.08 0.01 0.99 1.88 1.91 0.00 0.36 2131
A 2 3 2 0.80 0.86 0.99 1.84 0.91 0.99 1.57 1.53 0.00 0.56 149
C 1 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.99 1.93 2.00 0.00 0.69 126
E 3 4 3 0.86 0.11 0.00 0.11 0.95 0.95 1.63 1.91 0.00 0.77 815
M 23 18 3 0.15 0.75 0.91 1.66 0.07 0.69 0.97 0.99 0.00 0.57 669
 
Base Pair (13:21)   Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
T 14 68 3 0.07 0.02 0.00 0.02 0.09 0.98 1.80 1.50 0.00 0.46 3890
3 4 7 1 0.18 0.05 0.00 0.05 0.00 1.00 1.93 1.91 0.00 0.43 3097
B 4 6 1 0.20 0.05 0.00 0.05 0.00 0.99 1.94 1.89 0.00 0.36 2128
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 0.58 154
C 0 2 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.95 2.00 1.66 0.00 0.69 126
E 0 1 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.90 1.97 0.01 0.77 815
M 10 59 2 0.06 0.16 0.00 0.16 0.51 0.90 1.40 0.89 0.00 0.57 669
 

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