23S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 405
| Base Pair (405:422)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
0.1* |
44.7* |
-- |
-- |
0.3 |
13.5 |
-- |
-- |
14.6 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
0.1 |
-- |
25.7 | 893 |
| 3 |
-- |
0.2* |
66.2* |
-- |
-- |
0.4 |
8.2 |
-- |
-- |
22.7 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
0.2 |
-- |
1.1 | 538 |
| B |
-- |
-- |
70.4 |
-- |
-- |
-- |
8.2 |
-- |
-- |
21.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 280 |
| A |
-- |
-- |
86.5 |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
26.0 |
-- |
-- |
-- |
63.0 |
-- |
-- |
8.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
-- |
0.5* |
57.5* |
-- |
-- |
0.9 |
8.1 |
-- |
-- |
27.1 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
0.5 |
-- |
2.7 | 221 |
| M |
-- |
-- |
6.7 |
-- |
-- |
0.4 |
5.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
87.1 | 255 |
| |
|
| Base Pair (410:418)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
17.7 |
0.1 |
0.4 |
0.4 |
26.7* |
-- |
2.3 |
6.9* |
0.4 |
1.1* |
-- |
0.1 |
15.5 |
3.8 |
0.1 |
0.1 |
24.1 | 896 |
| 3 |
25.4 |
-- |
-- |
-- |
24.1 |
-- |
3.9 |
11.5* |
0.7 |
1.9 |
-- |
0.2* |
25.7* |
6.3 |
0.2 |
-- |
0.2 | 540 |
| B |
42.2* |
-- |
-- |
-- |
27.7 |
-- |
1.8 |
22.0 |
1.4* |
3.5* |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 | 282 |
| A |
40.5 |
-- |
-- |
-- |
48.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
2.7 |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
15.4 |
-- |
7.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5* |
61.5* |
13.6 |
0.5* |
-- |
-- | 221 |
| M |
8.6* |
0.4* |
1.6* |
1.6* |
3.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
84.0 | 256 |
| |
| Base Pair (411:417)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
56.4* |
-- |
-- |
0.4* |
10.2 |
-- |
0.1 |
5.2 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 |
1.1 |
0.1 |
24.6 | 896 |
| 3 |
74.1 |
-- |
-- |
-- |
16.5 |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
2.0 |
0.9 |
-- |
-- | 540 |
| B |
70.2 |
-- |
-- |
-- |
25.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
3.5 |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
51.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.0 |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- | 37 |
| C |
95.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
82.8 |
-- |
-- |
-- |
7.7 |
-- |
-- |
8.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- | 221 |
| M |
3.9 |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.4 |
5.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
0.4* |
86.4 | 256 |
| |
| Base Pair (412:416)
|
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.4 |
1.7 |
0.3 |
31.0 |
1.5 |
0.4* |
2.3 |
31.7* |
1.8 |
0.9 |
0.4 |
1.9* |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.7 |
24.1 | 896 |
| 3 |
0.7* |
2.8* |
-- |
48.7* |
2.4 |
0.7 |
3.3 |
32.6 |
3.0 |
1.5 |
0.4 |
2.6 |
-- |
0.4 |
-- |
0.9 |
-- | 540 |
| B |
-- |
-- |
-- |
45.7 |
-- |
-- |
-- |
51.8* |
-- |
-- |
0.4 |
2.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 282 |
| A |
-- |
40.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4* |
-- |
10.8 |
21.6 |
2.7 |
18.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
97.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.8* |
-- |
-- |
60.6* |
5.9 |
1.8* |
7.2 |
13.6 |
5.4 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.9 |
-- |
2.3 |
-- | 221 |
| M |
-- |
-- |
1.2 |
4.7* |
-- |
-- |
1.2 |
4.3 |
-- |
-- |
0.8 |
1.2 |
-- |
-- |
2.0* |
0.4 |
84.4 | 256 |
| |
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