23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1
| Base Pair (1:2902)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.7* |
0.9* |
4.9* |
10.4* |
4.3 |
0.6 |
1.8 |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
33.9 | 327 |
| 3 |
50.8* |
1.2* |
2.4* |
7.7* |
3.7 |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
30.4 | 246 |
| B |
69.9* |
1.2* |
3.5* |
10.4* |
4.0 |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
7.5 | 173 |
| A |
12.1* |
3.0 |
-- |
3.0* |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.1* |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
66.7 | 33 |
| C |
12.8* |
-- |
2.1* |
12.8* |
6.4 |
-- |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
63.8 | 47 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 40 |
| M |
5.9* |
-- |
26.5* |
26.5* |
5.9 |
5.9 |
2.9 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
2.9 |
17.6 | 34 |
| |
| Base Pair (2:2901)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
36.5* |
2.8* |
7.7* |
17.2* |
2.5 |
-- |
0.6 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.3 |
0.6 |
0.9 |
-- |
1.2 |
1.5 |
27.2 | 326 |
| 3 |
45.9* |
3.3* |
3.7* |
16.3* |
2.0 |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
25.1 | 246 |
| B |
63.6* |
0.6* |
5.2* |
23.1* |
2.9 |
-- |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 | 173 |
| A |
9.1* |
21.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
3.0* |
60.6 | 33 |
| C |
2.2* |
-- |
21.7* |
17.4* |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
4.3 |
4.3 |
45.7 | 46 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 40 |
| M |
14.7* |
2.9* |
17.6* |
23.5* |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
2.9 |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
5.9 |
17.6 | 34 |
| |
| Base Pair (3:2900)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.0* |
5.8* |
45.2* |
8.0* |
0.6 |
7.1 |
-- |
0.3 |
-- |
0.9 |
-- |
3.1 |
-- |
-- |
0.6 |
3.1 |
21.1 | 325 |
| 3 |
5.3* |
7.3* |
49.0* |
2.8* |
0.8 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
3.6 |
-- |
-- |
0.4 |
3.6 |
24.6 | 247 |
| B |
6.9* |
4.6 |
69.9* |
4.0 |
1.2 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
5.2* |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
1.8 | 173 |
| A |
3.0* |
30.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
12.1* |
51.5 | 33 |
| C |
-- |
-- |
40.9 |
6.8* |
-- |
45.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 |
4.5 | 44 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 41 |
| M |
-- |
2.9* |
23.5* |
47.1* |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
17.6 | 34 |
| |
| Base Pair (4:2899)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.4* |
28.6* |
31.7* |
7.1* |
0.6 |
0.9 |
1.5 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
6.2 |
0.3 |
-- |
0.3 |
0.3 |
18.4 | 325 |
| 3 |
3.2* |
30.8* |
36.4* |
4.5* |
-- |
0.8 |
1.2 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
21.8 | 247 |
| B |
1.2* |
42.8* |
49.1* |
2.3* |
-- |
1.2 |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 173 |
| A |
18.2* |
6.1* |
15.2* |
21.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
36.4 | 33 |
| C |
-- |
36.4 |
6.8* |
9.1 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
45.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 44 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 | 41 |
| M |
8.8* |
2.9* |
29.4* |
23.5* |
2.9 |
2.9 |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
2.9 |
17.6 | 34 |
| |
| Base Pair (5:2898)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.1* |
2.5* |
2.1* |
69.9* |
0.6 |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
0.6 |
16.5 | 326 |
| 3 |
6.9* |
2.0* |
0.8* |
70.2* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.9 | 248 |
| B |
-- |
0.6* |
-- |
98.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 174 |
| A |
51.5* |
12.1* |
6.1* |
6.1* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.2 | 33 |
| C |
-- |
2.3* |
2.3* |
95.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 44 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.5 | 41 |
| M |
8.8* |
5.9* |
11.8* |
35.3* |
2.9 |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 |
5.9 |
20.5 | 34 |
| |
| Base Pair (6:2897)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.4* |
0.3* |
4.6* |
68.7* |
0.3 |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
15.9 | 326 |
| 3 |
8.9* |
0.4* |
1.2* |
69.8* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
18.1 | 248 |
| B |
0.6* |
-- |
-- |
98.9* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 174 |
| A |
63.6* |
3.0* |
9.1* |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
15.2 | 33 |
| C |
-- |
-- |
4.5* |
95.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 44 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 | 41 |
| M |
5.9* |
-- |
29.4* |
26.5* |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
5.9 |
20.5 | 34 |
| |
| Base Pair (7:2896)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
58.1* |
4.3* |
2.7* |
15.2* |
1.2 |
-- |
0.6 |
1.5 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
15.1 | 329 |
| 3 |
72.5* |
4.8* |
0.8* |
2.8* |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.2 | 251 |
| B |
95.5* |
-- |
0.6* |
3.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 177 |
| A |
39.4* |
36.4* |
3.0* |
3.0* |
6.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.1 | 33 |
| C |
15.9* |
-- |
4.5* |
68.2* |
-- |
-- |
-- |
11.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 44 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.6 | 41 |
| M |
5.9* |
5.9* |
14.7* |
38.2* |
5.9 |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
-- |
-- |
-- |
20.5 | 34 |
| |
| Base Pair (8:2895)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.9* |
21.6* |
31.6* |
3.3* |
0.6 |
15.5 |
1.8 |
0.6 |
-- |
3.0 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.6 |
15.7 | 329 |
| 3 |
5.6* |
27.1* |
27.5* |
1.2* |
-- |
19.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
18.0 | 251 |
| B |
3.4* |
33.3* |
33.9* |
1.1* |
-- |
27.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 177 |
| A |
24.2* |
24.2* |
27.3* |
3.0* |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
15.1 | 33 |
| C |
2.3* |
6.8* |
56.8* |
2.3* |
-- |
2.3 |
9.1 |
-- |
-- |
20.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 44 |
| E |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 | 41 |
| M |
2.9* |
-- |
29.4* |
20.6* |
5.9 |
-- |
5.9 |
5.9 |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9 |
20.6 | 34 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)