23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1030
| Base Pair (1030:1124)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
42.4* |
9.8* |
1.3* |
17.8* |
0.7 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
27.4 | 850 |
| 3 |
49.6* |
17.1* |
1.7* |
30.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 | 474 |
| B |
66.4* |
30.7* |
0.8* |
1.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
78.4* |
-- |
2.7* |
13.5* |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
95.0* |
1.0* |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
23.5* |
3.6* |
2.6* |
68.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.0 | 196 |
| M |
10.9* |
0.4* |
1.1* |
2.5* |
0.4 |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1031:1123)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
67.8* |
1.1* |
0.4* |
2.9* |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
27.2 | 851 |
| 3 |
94.9* |
1.5* |
0.4* |
1.9* |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 475 |
| B |
96.3* |
2.5* |
-- |
0.4* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
81.1* |
-- |
5.4* |
8.1* |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
95.9* |
0.5* |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 197 |
| M |
10.1* |
0.7* |
0.4* |
5.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1032:1122) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.4* |
0.5 |
1.2* |
1.8 |
-- |
2.2 |
1.6 |
0.4 |
39.2* |
0.2 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.2 |
27.5 | 849 |
| 3 |
43.3* |
0.2 |
0.2 |
1.3 |
-- |
4.0 |
0.4 |
0.4 |
48.2* |
0.2* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 473 |
| B |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
2.9 |
0.8 |
0.8 |
94.6* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 239 |
| A |
59.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6* |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
5.4 | 37 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
5.0 |
-- |
94.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
92.9* |
0.5 |
-- |
3.0* |
-- |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 197 |
| M |
0.7* |
1.1 |
3.3* |
2.9 |
-- |
-- |
2.5 |
0.4 |
4.0* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
83.7 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1034:1121)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
68.5* |
0.1* |
0.9* |
1.5* |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
27.2 | 848 |
| 3 |
97.0* |
-- |
-- |
1.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 | 472 |
| B |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 239 |
| A |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
95.4* |
-- |
-- |
3.1* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 196 |
| M |
9.1* |
0.4* |
2.9* |
2.5* |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
83.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1035:1120)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
0.2 |
1.5 |
0.7* |
0.2 |
69.2* |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
26.8 | 858 |
| 3 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
98.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 | 482 |
| B |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 239 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
96.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
0.5 | 206 |
| M |
0.7* |
0.4 |
4.0 |
2.2* |
0.7 |
8.0* |
0.4 |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
82.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1036:1119)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4 |
5.0* |
21.7* |
2.8 |
32.9* |
2.9 |
0.7 |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.6 |
-- |
1.3 |
26.9 | 854 |
| 3 |
6.3 |
8.2* |
35.4* |
0.8 |
40.6* |
5.2 |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
1.9 |
0.4 | 478 |
| B |
11.4 |
0.8* |
2.1* |
1.3 |
82.2* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- | 236 |
| A |
5.4* |
86.5* |
2.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
2.7 | 37 |
| C |
2.0 |
-- |
-- |
13.0 |
84.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
2.4* |
79.5* |
0.5* |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
0.5 |
-- |
2.0 |
0.5 | 205 |
| M |
2.2* |
1.4* |
5.8* |
2.5* |
1.1 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
0.7 |
82.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1037:1118)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
26.1* |
3.7* |
5.1* |
20.9* |
15.6 |
0.5 |
0.2 |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
26.7 | 858 |
| 3 |
43.6* |
5.8* |
6.4* |
17.4* |
24.5 |
0.6 |
0.2 |
0.6 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 482 |
| B |
72.9* |
3.3* |
5.4* |
16.7* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 240 |
| A |
-- |
50.0* |
44.4* |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
14.0* |
3.0* |
-- |
70.0* |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
17.0 |
1.0* |
1.0* |
21.4 |
56.8* |
-- |
0.5 |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
-- |
0.4 |
4.7* |
9.1* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
82.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1038:1117)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
40.9* |
5.5* |
4.7* |
17.2* |
1.7 |
0.7 |
0.2 |
0.7 |
0.5 |
0.3 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
26.8 | 858 |
| 3 |
56.4* |
8.7* |
4.1* |
25.3* |
1.9 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.4 | 482 |
| B |
48.3* |
3.3* |
6.2* |
34.6* |
2.5 |
-- |
0.4 |
1.2 |
1.7 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 240 |
| A |
2.8* |
83.3* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
76.0* |
1.0 |
2.0 |
11.0* |
4.0 |
4.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
75.2* |
1.9* |
-- |
18.9* |
1.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
1.1* |
1.4* |
6.5* |
5.4* |
0.7 |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
82.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1039:1116) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.6* |
2.3* |
25.8* |
18.3* |
7.2 |
0.1 |
1.3 |
1.1 |
5.1 |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
26.7 | 856 |
| 3 |
17.7* |
4.2* |
42.5* |
13.5* |
10.0 |
0.2 |
0.2 |
1.7 |
9.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 | 480 |
| B |
32.4* |
0.8* |
0.4* |
26.1* |
18.3 |
-- |
0.4 |
3.3 |
17.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
19.4* |
30.6* |
27.8* |
5.6* |
11.1 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
3.0* |
-- |
-- |
78.0* |
13.0 |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
3.4* |
95.1* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 | 203 |
| M |
1.1 |
-- |
6.2* |
5.1* |
0.4 |
-- |
2.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1040:1115) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.4* |
3.5* |
31.6* |
14.8* |
0.9 |
1.0 |
0.9 |
0.2 |
7.1 |
3.8 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
26.9 | 858 |
| 3 |
9.1* |
5.6 |
52.1* |
9.8 |
1.0 |
1.9 |
0.4 |
-- |
12.4* |
6.8 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 482 |
| B |
6.2* |
6.6 |
46.1* |
11.6 |
0.8 |
1.2 |
0.8 |
-- |
24.9* |
0.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
25.0* |
16.7* |
8.3* |
41.7* |
8.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
22.0* |
-- |
7.0* |
62.0* |
1.0 |
-- |
5.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
9.8* |
2.4* |
66.8* |
2.0* |
-- |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
15.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
2.2* |
1.1* |
4.7* |
6.5* |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1041:1114)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.0* |
15.5 |
4.7 |
2.1* |
3.1 |
25.0* |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
26.8 | 859 |
| 3 |
38.5* |
26.7* |
4.1* |
0.4* |
5.2 |
24.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 483 |
| B |
27.0* |
11.6 |
8.3 |
0.4* |
2.9 |
49.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 241 |
| A |
47.2* |
5.6* |
-- |
-- |
47.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
1.0* |
1.0 |
4.0 |
-- |
-- |
93.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
50.5* |
48.1* |
-- |
0.5* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
0.7* |
1.1* |
5.8* |
5.8* |
0.7 |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
83.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1042:1113)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.3* |
7.2* |
4.9* |
26.5* |
19.7 |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.3 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
26.7 | 859 |
| 3 |
3.5* |
12.2* |
7.0* |
43.5* |
33.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
5.8 |
5.0* |
12.4* |
12.4 |
63.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
8.3* |
80.6* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
85.0* |
-- |
-- |
6.0* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
8.7* |
-- |
87.4* |
2.9 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
4.3* |
1.1* |
2.9* |
4.3* |
0.7 |
1.4 |
-- |
0.7 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1043:1112)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
45.0* |
25.8* |
0.2* |
0.1 |
0.8 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
27.0 | 858 |
| 3 |
-- |
57.5* |
42.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 482 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
93.0* |
3.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
0.4* |
5.8* |
5.4* |
0.7* |
0.4 |
1.8 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
0.7 |
83.3 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1051:1108)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.7* |
5.2* |
0.6* |
31.5* |
13.6 |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.6 |
19.4 | 858 |
| 3 |
47.7* |
-- |
-- |
30.1* |
21.2 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 | 482 |
| B |
0.8* |
-- |
-- |
58.1* |
40.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 241 |
| A |
75.0* |
-- |
-- |
11.1* |
13.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
83.0 |
14.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
98.0* |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
2.9* |
16.3* |
1.8* |
15.2* |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
1.4 |
59.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1052:1107)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
60.4* |
16.2* |
0.9* |
0.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
1.9 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
19.3 | 854 |
| 3 |
-- |
85.8* |
13.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 478 |
| B |
-- |
86.9* |
13.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 237 |
| A |
-- |
88.9* |
11.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
82.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
13.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
83.9* |
15.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 205 |
| M |
0.4* |
8.7* |
24.3* |
2.9* |
0.4 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
59.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1053:1106)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.8* |
34.5* |
14.8* |
20.7* |
0.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
19.2 | 859 |
| 3 |
5.4* |
37.5* |
21.3* |
35.0* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 | 483 |
| B |
-- |
66.4* |
31.5* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 241 |
| A |
69.4* |
19.4* |
2.8* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
95.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
6.8* |
12.6* |
78.6* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 | 206 |
| M |
18.1* |
7.2* |
6.9* |
3.3* |
0.7 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
59.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1054:1105)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.0* |
1.5* |
5.5* |
42.0* |
0.2 |
0.1 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
0.1 |
19.5 | 859 |
| 3 |
51.6* |
1.0* |
-- |
46.8* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 483 |
| B |
6.2* |
-- |
-- |
93.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
97.2 |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
96.6* |
2.4* |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 206 |
| M |
3.3* |
2.9* |
17.0* |
12.7* |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.7 |
-- |
0.7 |
0.4 |
60.1 | 276 |
| |
| Base Pair (1055:1104) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
70.0* |
-- |
1.3 |
1.3* |
0.1 |
5.0* |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
0.9* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
19.6 | 857 |
| 3 |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 | 482 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
95.0* |
-- |
-- |
3.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
1.0 | 205 |
| M |
10.2* |
-- |
4.0 |
2.9* |
0.4 |
15.6* |
1.1 |
-- |
0.4 |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.8 |
60.1 | 275 |
| |
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