23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1057
| Base Pair (1057:1081)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.2* |
25.0* |
13.9* |
51.4* |
0.1 |
0.1 |
0.7 |
0.5 |
0.2 |
2.0 |
0.3 |
0.3 |
0.7 |
-- |
0.1 |
1.3 |
3.0 | 863 |
| 3 |
-- |
42.0* |
-- |
57.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4 | 488 |
| B |
-- |
-- |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 | 242 |
| A |
-- |
5.6* |
-- |
91.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
96.0 |
-- |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
96.7* |
-- |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 210 |
| M |
0.7* |
4.0* |
44.4* |
25.1* |
0.4 |
0.4 |
2.2 |
-- |
0.4 |
6.2 |
1.1 |
1.1 |
2.2 |
-- |
0.4 |
2.9 |
8.8 | 275 |
| |
| Base Pair (1058:1080)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.1* |
0.8* |
21.5* |
12.3* |
0.7 |
0.5 |
8.4 |
1.0 |
0.2 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
2.1 | 865 |
| 3 |
69.2* |
0.4* |
27.8* |
0.4* |
0.2 |
0.8 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 490 |
| B |
40.7* |
-- |
56.0* |
-- |
-- |
1.6 |
-- |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
94.4* |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
82.0* |
1.0* |
2.0* |
8.0* |
3.0 |
-- |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
97.6* |
-- |
-- |
0.9* |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 211 |
| M |
7.6* |
1.5* |
17.5* |
35.6* |
0.7 |
-- |
26.5 |
0.4 |
0.7 |
1.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
0.7 |
6.3 | 275 |
| |
| Base Pair (1059:1079)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
92.6* |
0.1* |
0.9* |
3.7* |
0.8 |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
1.0 | 863 |
| 3 |
99.4* |
-- |
-- |
0.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 488 |
| B |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 241 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 36 |
| C |
92.0* |
-- |
-- |
3.0* |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
99.1* |
-- |
-- |
0.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 211 |
| M |
80.7* |
0.4* |
2.9* |
10.2* |
0.7 |
-- |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
3.0 | 275 |
| |
|
| Base Pair (1062:1076)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
59.5* |
0.2* |
3.1* |
5.1* |
1.2 |
-- |
0.5 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
1.7 |
19.7 |
0.1 |
7.4 |
0.1 |
1.0 | 867 |
| 3 |
58.2* |
0.2* |
0.2* |
3.9* |
0.6 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
34.4 |
0.2 |
0.4 |
-- |
1.0 | 491 |
| B |
89.8* |
-- |
0.4* |
3.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
0.8 |
-- |
1.6 | 244 |
| A |
73.0* |
-- |
-- |
27.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
4.0 |
-- |
12.0 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0* |
1.0 |
-- |
15.0* |
2.0* |
-- |
62.0* |
-- |
-- | 100 |
| E |
19.0 |
0.5* |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
76.2* |
0.5 |
-- |
-- |
0.5 | 210 |
| M |
81.9* |
0.4* |
5.1* |
8.0* |
2.5 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1063:1075)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
71.4* |
14.9* |
7.9* |
3.0* |
1.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.5 |
0.7 | 866 |
| 3 |
57.1* |
26.3* |
13.1* |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 490 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 243 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
1.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
61.4* |
30.5* |
7.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 210 |
| M |
88.0* |
-- |
1.4* |
3.3* |
2.9 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
1.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1064:1074)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
95.0* |
1.8* |
0.5* |
0.1 |
1.0 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 | 868 |
| 3 |
-- |
97.6* |
0.6* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 492 |
| B |
-- |
99.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 244 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
-- |
99.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
95.3* |
1.4* |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 211 |
| M |
-- |
89.1* |
4.7* |
1.4* |
0.4 |
1.1 |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
1.4 | 276 |
| |
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