23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1164
| Base Pair (1164:1185)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
18.4* |
27.9* |
6.0* |
20.4* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
26.5 | 871 |
| 3 |
16.2* |
47.3* |
4.0* |
31.1* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 495 |
| B |
24.0* |
19.1* |
-- |
55.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 262 |
| A |
45.9* |
21.6* |
2.7* |
24.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
69.0* |
2.0* |
25.0* |
4.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
89.8* |
9.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 | 196 |
| M |
4.0* |
2.5* |
2.5* |
7.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
82.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1165:1184)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.9* |
8.8 |
6.5 |
24.0* |
6.4 |
12.7* |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
28.0 | 871 |
| 3 |
22.4* |
13.7 |
7.7 |
21.2* |
11.3 |
22.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 495 |
| B |
0.8* |
21.8 |
14.1 |
24.0* |
-- |
38.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 262 |
| A |
64.9* |
24.3* |
-- |
2.7* |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
1.0* |
1.0* |
4.0* |
89.0* |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 | 100 |
| E |
43.4* |
1.0 |
0.5 |
20.9* |
27.0 |
4.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 196 |
| M |
-- |
2.9* |
5.4* |
5.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
85.8 | 276 |
| |
| Base Pair (1166:1183)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.7* |
7.7* |
43.2* |
4.3* |
2.0 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.3 |
0.1 |
1.8 |
28.5 | 866 |
| 3 |
17.3* |
11.8* |
58.4* |
3.3* |
3.1 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.6 |
0.2 |
2.2 |
2.0 | 490 |
| B |
23.8* |
8.4* |
50.6* |
5.0* |
5.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.1 |
-- |
2.7 |
1.9 | 261 |
| A |
24.3* |
51.4* |
16.2* |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.4 | 37 |
| C |
2.0* |
1.0* |
79.0* |
6.0* |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
4.0 | 100 |
| E |
7.3* |
8.9* |
77.1* |
1.6* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.1 |
1.6 | 192 |
| M |
2.2* |
2.9* |
3.3* |
5.4* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.8 | 276 |
| |
| Base Pair (1167:1182)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.1* |
24.4* |
21.3* |
9.5* |
0.7 |
2.0 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.2 |
29.3 | 870 |
| 3 |
15.4* |
39.1* |
28.1* |
10.3* |
0.6 |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.8 | 494 |
| B |
17.6* |
28.4* |
32.6* |
10.7* |
0.8 |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.8 |
-- |
1.9 | 261 |
| A |
35.1* |
-- |
21.6* |
40.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
19.0* |
8.0* |
35.0* |
23.0* |
2.0 |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
9.0 | 100 |
| E |
8.7* |
60.7* |
23.5* |
4.1* |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.5 | 196 |
| M |
0.7* |
4.0* |
4.0* |
3.3* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
86.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1168:1181)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.9* |
6.9* |
15.5* |
21.8* |
3.4 |
2.5 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.3 |
0.6 |
0.5 |
1.1 |
30.1 | 872 |
| 3 |
28.4* |
10.5* |
15.1* |
32.5* |
5.2 |
1.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.8 |
1.6 |
3.0 | 496 |
| B |
21.7* |
9.5* |
19.4* |
34.2* |
7.6 |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.8 |
-- |
-- |
3.9 | 263 |
| A |
18.9* |
67.6* |
5.4* |
-- |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 37 |
| C |
4.0* |
6.0* |
41.0* |
17.0* |
4.0 |
16.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
2.0 |
7.0 | 100 |
| E |
39.3* |
1.0* |
11.2* |
36.2* |
2.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.5 |
2.0 |
4.1 |
2.0 | 196 |
| M |
0.7* |
0.7* |
6.9* |
4.3* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
87.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1169:1180)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.2* |
16.4* |
11.8* |
15.3* |
2.8 |
2.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.8 |
0.1 |
-- |
0.1 |
1.3 |
34.8 | 872 |
| 3 |
23.8* |
26.0* |
14.3* |
19.6* |
4.8 |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.0 |
6.2 | 496 |
| B |
12.2* |
28.5* |
22.1* |
24.0* |
0.8 |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
6.8 | 263 |
| A |
27.0* |
43.2* |
10.8* |
13.5* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 37 |
| C |
6.0* |
13.0* |
21.0* |
20.0* |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
29.0 | 100 |
| E |
38.8* |
19.4* |
4.6* |
14.8* |
10.2 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
6.6 | 196 |
| M |
-- |
0.4* |
4.0* |
5.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
88.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1170:1179)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.7* |
14.0* |
8.6* |
14.9* |
1.5 |
0.9 |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.8 |
42.0 | 870 |
| 3 |
25.1* |
22.9* |
8.1* |
21.9* |
2.6 |
1.6 |
0.2 |
-- |
0.6 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.0 |
15.0 | 494 |
| B |
5.7* |
34.5* |
8.0* |
27.3* |
1.5 |
1.1 |
0.4 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
20.1 | 264 |
| A |
40.5* |
10.8* |
5.4* |
13.5* |
8.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.6 | 37 |
| C |
6.0* |
7.0* |
28.0* |
12.0* |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
44.0 | 100 |
| E |
48.7* |
9.3* |
8.8* |
16.1* |
3.1 |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
0.5 |
0.5 |
-- |
-- |
2.6 |
6.7 | 193 |
| M |
2.5* |
0.7* |
2.5* |
3.6* |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
89.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1171:1178)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
16.9* |
8.5* |
5.4* |
11.4* |
1.6 |
0.8 |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.7 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.6 |
53.1 | 871 |
| 3 |
28.3* |
13.5* |
4.8* |
16.8* |
2.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
0.6 |
30.9 | 495 |
| B |
8.0* |
18.3* |
8.7* |
12.5* |
1.9 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.3 | 263 |
| A |
10.8* |
40.5* |
2.7* |
10.8* |
5.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.8 |
-- |
-- |
2.7 |
-- |
-- |
-- |
16.2 | 37 |
| C |
6.0* |
5.0* |
16.0* |
9.0* |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
58.0 | 100 |
| E |
59.0* |
2.1* |
-- |
23.6* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
1.5 |
10.3 | 195 |
| M |
0.4* |
0.7* |
2.5* |
2.5* |
0.4 |
0.7 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
91.2 | 276 |
| |
| Base Pair (1172:1177)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.1* |
16.8* |
5.8* |
4.0* |
0.2 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.6 |
64.1 | 873 |
| 3 |
5.4* |
29.2* |
7.4* |
3.4* |
0.4 |
8.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.2 |
45.1 | 497 |
| B |
2.3* |
18.2* |
4.5* |
5.7* |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
66.7 | 264 |
| A |
2.7* |
29.7* |
21.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
45.9 | 37 |
| C |
-- |
2.0* |
12.0* |
5.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.0 | 100 |
| E |
10.2* |
43.9* |
8.7* |
1.0* |
1.0 |
18.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
0.5 |
15.8 | 196 |
| M |
-- |
-- |
0.7* |
4.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
93.2 | 276 |
| |
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