23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1276
| Base Pair (1276:1294)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.4* |
13.9* |
24.4* |
20.0* |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
1.7 |
15.6 | 862 |
| 3 |
27.0* |
4.9* |
40.7* |
21.0* |
0.8 |
-- |
0.4 |
0.2 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.1 |
1.4 | 486 |
| B |
35.7* |
4.9* |
19.8* |
38.4* |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 263 |
| A |
87.8* |
-- |
-- |
2.4* |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
95.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.5* |
6.0* |
80.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.2 |
3.2 | 182 |
| M |
22.5* |
0.4* |
2.5* |
25.4* |
0.4 |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
46.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1277:1293)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
14.8* |
4.4* |
27.0* |
31.4* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
21.3 | 863 |
| 3 |
21.8* |
6.6* |
43.5* |
25.9* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.4 | 487 |
| B |
38.3* |
6.4* |
11.4* |
43.2* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 264 |
| A |
12.2* |
12.2* |
46.3* |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
-- |
-- |
98.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
5.5* |
89.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.6 |
3.2 | 182 |
| M |
7.2* |
2.2* |
7.6* |
17.0* |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
64.1 | 276 |
| |
| Base Pair (1278:1292)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.6* |
31.7* |
14.9* |
11.4* |
0.5 |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
26.1 | 863 |
| 3 |
21.8* |
53.4* |
6.4* |
14.2* |
0.6 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 487 |
| B |
31.4* |
31.4* |
11.4* |
25.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
56.1* |
29.3* |
2.4* |
4.9* |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
3.0* |
2.0* |
91.0* |
1.0* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
90.7* |
-- |
0.5* |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.2 | 182 |
| M |
2.9* |
4.3* |
2.5* |
10.1* |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
79.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1279:1291)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
22.8* |
2.5* |
11.3* |
31.7* |
1.0 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.2 |
-- |
1.9 |
-- |
0.2 |
27.3 | 864 |
| 3 |
39.5* |
2.9* |
1.0* |
49.6* |
1.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
3.1 |
-- |
0.2 |
1.0 | 488 |
| B |
60.0* |
2.3* |
1.1* |
33.2* |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
82.9* |
7.3* |
2.4* |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
4.0* |
90.0* |
2.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- |
2.7 |
0.5* |
83.0* |
-- |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
8.2* |
-- |
0.5 |
2.7 | 182 |
| M |
1.1* |
1.4* |
1.1* |
10.9* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1280:1290)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
37.3* |
1.0* |
7.2* |
24.9* |
0.6 |
0.3 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
27.7 | 863 |
| 3 |
44.6* |
1.4* |
8.0* |
42.5* |
-- |
0.6 |
0.2 |
0.4 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.4 |
0.2 |
1.2 | 487 |
| B |
65.2* |
2.3* |
14.8* |
16.7* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
95.1* |
2.4* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
94.0* |
-- |
-- |
4.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.3* |
-- |
-- |
89.0* |
-- |
-- |
0.5 |
1.1 |
-- |
0.5* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
1.1 |
0.5 |
3.3 | 182 |
| M |
4.0* |
0.7* |
8.3* |
1.4* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
84.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1281:1289)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
51.9* |
1.3* |
0.9* |
16.3* |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
28.9 | 864 |
| 3 |
65.8* |
2.3* |
-- |
28.7* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.9 | 488 |
| B |
97.7* |
-- |
-- |
1.1* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 265 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
11.5* |
6.0* |
-- |
75.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.6 | 182 |
| M |
10.5* |
-- |
2.9* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
85.5 | 276 |
| |
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