23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 131
| Base Pair (131:148)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
23.5* |
0.8* |
0.5* |
25.1* |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
48.3 | 758 |
| 3 |
41.7* |
1.4* |
0.5* |
44.6* |
2.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.2 | 424 |
| B |
33.0* |
1.1* |
0.7* |
62.9* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 | 267 |
| A |
65.7* |
-- |
-- |
8.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.7 | 35 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 100 |
| E |
54.1* |
2.5* |
-- |
14.8* |
8.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
20.4 | 122 |
| M |
0.4* |
-- |
0.4* |
0.4* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.9 | 234 |
| |
| Base Pair (132:147)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.6* |
23.7* |
1.1* |
6.7* |
8.0 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
48.4 | 758 |
| 3 |
20.5* |
42.2* |
1.4* |
11.6* |
14.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
9.2 | 424 |
| B |
25.5* |
33.7* |
0.7* |
17.2* |
21.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.5 | 267 |
| A |
2.8 |
58.3* |
5.6* |
2.8 |
5.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
25.0 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 100 |
| E |
14.9* |
56.2* |
1.7* |
1.7* |
2.5 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
21.5 | 121 |
| M |
0.4* |
0.4* |
0.9* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
97.4 | 234 |
| |
| Base Pair (133:146)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.7* |
26.5* |
19.0* |
2.9* |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
2.1 |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.3 |
0.4 |
-- |
0.1 |
47.4 | 759 |
| 3 |
0.9* |
47.1* |
33.4* |
5.2* |
-- |
0.9 |
-- |
-- |
3.8 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.2 |
7.3 | 425 |
| B |
0.4* |
50.9* |
41.6* |
2.6* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
1.5 | 267 |
| A |
5.6* |
52.8* |
13.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.8 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 100 |
| E |
0.8* |
36.9* |
21.3* |
12.3* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
12.3 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
0.8 |
13.9 | 122 |
| M |
0.4* |
0.4* |
0.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
97.4 | 234 |
| |
| Base Pair (134:145)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.4* |
13.3* |
8.2* |
18.0* |
0.1 |
1.8 |
-- |
0.1 |
0.1 |
-- |
0.7 |
1.7 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
48.4 | 760 |
| 3 |
13.1* |
23.2* |
14.1* |
32.2* |
0.2 |
3.1 |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.2 |
3.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
9.5 | 426 |
| B |
14.6* |
12.3* |
18.7* |
50.0* |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 | 268 |
| A |
36.1* |
25.0* |
-- |
2.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.6 | 36 |
| C |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 100 |
| E |
3.3* |
46.7* |
8.2* |
1.6* |
0.8 |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
9.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.1 | 122 |
| M |
-- |
0.9* |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
97.8 | 234 |
| |
| Base Pair (135:144)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
15.2* |
17.0* |
9.4* |
4.0* |
0.5 |
1.1 |
0.4 |
0.3 |
-- |
0.9 |
-- |
0.7 |
0.7 |
-- |
-- |
0.3 |
49.9 | 759 |
| 3 |
27.1* |
30.1* |
16.5* |
7.1* |
0.9 |
1.9 |
0.2 |
0.2 |
-- |
1.6 |
-- |
1.2 |
1.2 |
-- |
-- |
0.5 |
11.4 | 425 |
| B |
35.4* |
25.4* |
22.4* |
9.3* |
1.5 |
1.1 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.5 | 268 |
| A |
20.0* |
40.0* |
2.9* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
34.3 | 35 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 100 |
| E |
10.7* |
37.7* |
7.4* |
3.3* |
-- |
4.1 |
0.8 |
-- |
-- |
5.7 |
-- |
4.1 |
4.1 |
-- |
-- |
1.6 |
20.5 | 122 |
| M |
-- |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.2 | 234 |
| |
| Base Pair (136:143)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
12.9* |
5.9* |
6.6* |
11.3* |
0.7 |
1.6 |
1.7 |
0.3 |
1.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
57.4 | 760 |
| 3 |
22.8* |
10.6* |
11.7* |
20.2* |
0.7 |
2.8 |
3.1 |
0.5 |
2.3 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
24.7 | 426 |
| B |
28.0* |
8.2* |
9.7* |
29.5* |
0.7 |
2.6 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
17.9 | 268 |
| A |
16.7* |
5.6* |
-- |
2.8* |
2.8 |
2.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
69.4 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 100 |
| E |
13.1* |
17.2* |
19.7* |
4.9* |
-- |
3.3 |
3.3 |
1.6 |
8.2 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
-- |
0.8 |
26.2 | 122 |
| M |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 | 234 |
| |
| Base Pair (137:142)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.2* |
8.7* |
8.3* |
5.1* |
0.7 |
5.1 |
0.4 |
0.8 |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
2.1 |
-- |
0.5 |
60.3 | 760 |
| 3 |
12.9* |
15.5* |
14.8* |
9.2* |
1.2 |
9.2 |
0.7 |
1.4 |
0.5 |
-- |
-- |
-- |
0.9 |
3.8 |
-- |
0.5 |
29.4 | 426 |
| B |
6.0* |
22.4* |
19.8* |
13.8* |
0.7 |
8.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
6.0 |
-- |
-- |
23.2 | 268 |
| A |
19.4* |
8.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
72.2 | 36 |
| C |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
99.0 | 100 |
| E |
26.2* |
2.5 |
8.2 |
1.6 |
2.5 |
13.9* |
2.5* |
4.9 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
3.3 |
-- |
-- |
1.6 |
31.1 | 122 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.6 | 234 |
| |
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