23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1314
| Base Pair (1314:1338)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.2* |
62.6* |
8.6* |
8.7* |
1.3 |
0.3 |
3.1 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.3 |
8.2 | 863 |
| 3 |
-- |
88.9* |
10.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 | 487 |
| B |
-- |
99.6* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
70.7* |
29.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
77.3* |
19.9* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 181 |
| M |
13.0* |
3.3* |
9.1* |
27.2* |
4.0 |
0.7 |
9.8 |
3.6 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
1.8 |
-- |
0.7 |
1.1 |
24.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1315:1337)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.5* |
74.3* |
13.8* |
0.8* |
0.3 |
0.7 |
0.3 |
-- |
0.8 |
0.9 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
-- |
-- |
6.9 | 863 |
| 3 |
0.4* |
97.1* |
1.8* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
0.8* |
98.1* |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
98.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
95.0* |
3.3* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
0.7* |
25.4* |
39.9* |
2.5* |
1.1 |
1.8 |
1.1 |
-- |
2.5 |
2.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
21.8 | 276 |
| |
| Base Pair (1316:1336)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
18.1* |
39.5* |
21.4* |
-- |
5.0 |
0.2 |
-- |
-- |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
10.4 | 863 |
| 3 |
7.2* |
5.1* |
52.2* |
34.5* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
0.8* |
1.5* |
85.7* |
11.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
39.0* |
41.5* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
1.0* |
58.0* |
1.0* |
-- |
38.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
18.2* |
2.8* |
5.5* |
71.3* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
1.4* |
47.1* |
10.5* |
5.8* |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
32.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1317:1335)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
24.2* |
18.2* |
19.8* |
24.9* |
0.3 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.1 |
10.8 | 862 |
| 3 |
40.7* |
15.6* |
29.8* |
13.2* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
| B |
74.2* |
4.5* |
-- |
21.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
80.5* |
12.2* |
4.9* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
76.0* |
12.0* |
3.0* |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
1.1* |
17.1* |
77.3* |
3.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
3.6* |
1.8* |
5.1* |
53.6* |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
33.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1318:1334)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.3* |
20.7* |
1.5* |
12.1* |
0.9 |
5.7 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.1 |
10.9 | 863 |
| 3 |
56.9* |
18.1* |
-- |
16.6* |
1.0 |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
30.6* |
33.2* |
-- |
22.3* |
1.1 |
12.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
78.0* |
-- |
-- |
19.5* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
77.0* |
4.0* |
3.0* |
-- |
14.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
90.6* |
-- |
-- |
7.7* |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
47.5* |
5.1* |
3.3* |
7.2* |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
34.2 | 276 |
| |
| Base Pair (1319:1333)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.5* |
6.1* |
17.5* |
10.5* |
-- |
-- |
10.5 |
-- |
1.8 |
1.6 |
0.1 |
-- |
0.6 |
-- |
1.5 |
1.3 |
13.0 | 856 |
| 3 |
52.9* |
10.8* |
27.9* |
3.1* |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
2.3 |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
0.8 |
0.6 |
0.4 | 480 |
| B |
81.0* |
12.8* |
4.3* |
1.6* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 258 |
| A |
95.1* |
-- |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
34.0* |
-- |
2.0* |
63.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
3.3* |
10.5* |
68.0* |
5.0* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
6.1 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
2.2 |
1.7 |
1.1 | 181 |
| M |
5.8* |
-- |
5.1 |
4.3 |
-- |
-- |
32.2* |
-- |
5.1 |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
3.3 |
2.9* |
39.5 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1323:1331)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
35.0* |
27.9* |
11.4* |
9.0* |
1.2 |
-- |
0.9 |
0.8 |
-- |
0.6 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
12.0 | 863 |
| 3 |
22.4* |
48.9* |
14.8* |
11.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.4 | 487 |
| B |
41.1* |
22.6* |
15.1* |
20.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 265 |
| A |
-- |
17.1* |
70.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
98.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
94.5* |
1.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.3 | 181 |
| M |
34.4* |
1.1* |
9.4* |
8.0* |
3.6 |
-- |
2.9 |
2.5 |
-- |
-- |
1.1 |
0.7 |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
34.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1324:1330)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
59.5* |
0.1* |
0.9* |
17.0* |
5.7 |
0.2 |
0.8 |
2.0 |
0.4 |
0.1 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.2 |
11.8 | 857 |
| 3 |
64.7* |
0.2* |
0.8* |
25.4* |
5.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
1.2 | 481 |
| B |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 259 |
| A |
95.1* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
99.0* |
-- |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
7.2* |
0.6* |
1.1* |
67.4* |
15.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.0 |
3.3 | 181 |
| M |
36.2* |
-- |
1.4* |
8.3* |
7.6 |
0.7 |
2.5 |
6.2 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
0.4 |
34.4 | 276 |
| |
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