23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1345
| Base Pair (1345:1601)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
-- |
92.7* |
0.4* |
-- |
-- |
0.7 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
5.9 | 841 |
| 3 |
-- |
99.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 465 |
| B |
-- |
99.6 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
98.8 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 160 |
| M |
-- |
79.0* |
1.1* |
-- |
-- |
1.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1346:1600)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
66.3* |
-- |
0.5* |
26.1* |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
6.1 | 840 |
| 3 |
94.4* |
-- |
0.9* |
3.0* |
1.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 464 |
| B |
92.4* |
-- |
1.5* |
3.8* |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 262 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
4.0* |
-- |
-- |
96.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
96.3* |
-- |
-- |
2.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 161 |
| M |
41.7* |
-- |
-- |
39.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
18.5 | 276 |
| |
| Base Pair (1347:1599)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
64.6* |
0.6 |
0.4 |
23.7* |
0.1 |
1.9* |
0.2 |
1.3 |
-- |
0.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
6.9 | 841 |
| 3 |
71.4* |
1.1 |
-- |
23.4* |
-- |
3.4* |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 | 465 |
| B |
88.1* |
-- |
-- |
11.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 261 |
| A |
87.8* |
-- |
-- |
12.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
97.0* |
-- |
-- |
2.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
40.5* |
3.1 |
-- |
44.8* |
-- |
9.8* |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 163 |
| M |
41.3* |
-- |
1.1* |
31.9* |
-- |
-- |
0.7 |
3.6 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
20.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1348:1598) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
29.1* |
-- |
7.8 |
1.3* |
0.6 |
0.5* |
1.5 |
0.8 |
0.1 |
15.5* |
0.6 |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
41.5 | 844 |
| 3 |
32.1* |
-- |
4.3 |
0.4* |
0.6 |
0.4* |
0.9 |
-- |
-- |
19.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
41.6 | 468 |
| B |
57.0* |
-- |
5.3 |
0.8* |
1.1 |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
35.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.9 | 41 |
| C |
96.0* |
-- |
-- |
2.0* |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
3.7 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.9 | 164 |
| M |
-- |
-- |
16.7* |
2.5 |
-- |
0.7 |
3.3 |
2.5* |
0.4 |
14.1 |
1.8 |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
56.6 | 276 |
| |
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