23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1350
| Base Pair (1350:1381)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.8* |
68.0* |
2.8* |
-- |
-- |
0.2 |
1.2 |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.8 | 863 |
| 3 |
1.0* |
95.5* |
0.6 |
-- |
-- |
0.2 |
2.1* |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 487 |
| B |
0.4* |
99.2* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 265 |
| A |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.2* |
89.0* |
1.1 |
-- |
-- |
0.6 |
5.5* |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
0.7* |
8.0* |
7.6* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1351:1380)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.1* |
71.6* |
1.2* |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
26.7 | 862 |
| 3 |
0.2* |
98.1* |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 | 486 |
| B |
-- |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
97.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
99.0* |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
0.6* |
95.6* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 | 181 |
| M |
-- |
14.9* |
1.8* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
83.0 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1355:1376)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
62.2* |
1.7* |
0.7* |
1.6* |
6.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.2 |
27.0 | 858 |
| 3 |
89.0* |
2.9* |
-- |
0.2 |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.4* |
0.4 | 482 |
| B |
88.5 |
-- |
-- |
-- |
11.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- | 260 |
| A |
65.9* |
31.7* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
88.0* |
-- |
-- |
5.0* |
7.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
95.0* |
0.6* |
-- |
0.6 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
1.2 | 181 |
| M |
6.2* |
0.4* |
2.2* |
2.9* |
4.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1356:1375)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.4 |
17.4* |
6.5* |
16.7 |
20.1* |
0.5 |
0.1 |
0.6* |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
0.3 |
-- |
-- |
0.3 |
27.5 | 861 |
| 3 |
12.8 |
30.3* |
9.5* |
18.4 |
24.5* |
0.4 |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.2 |
-- |
-- |
0.6 |
1.4 | 485 |
| B |
12.2 |
28.9* |
12.2* |
4.2 |
40.7* |
-- |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
36.6* |
31.7* |
14.6* |
-- |
12.2 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- | 41 |
| C |
7.0 |
-- |
-- |
37.0 |
54.0* |
-- |
1.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
8.3* |
32.0* |
4.4* |
43.1* |
3.9 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
3.9 | 181 |
| M |
4.3* |
1.1* |
3.6* |
6.5* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
83.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1357:1374)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9* |
36.3* |
3.8* |
3.8* |
0.2 |
6.3 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
0.1 |
0.2 |
47.7 | 863 |
| 3 |
0.8* |
49.5* |
2.5* |
3.3* |
0.2 |
6.0 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
37.4 | 487 |
| B |
-- |
80.8* |
2.6* |
5.7* |
-- |
10.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 | 265 |
| A |
9.8* |
65.9* |
12.2* |
2.4* |
2.4 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
69.0* |
7.0* |
2.0* |
-- |
22.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
1.4* |
1.1* |
5.1* |
5.4* |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
0.7 |
83.4 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1359:1372) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.7* |
0.6* |
1.3* |
42.6* |
0.1 |
0.2 |
0.5 |
0.7 |
-- |
0.3 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
0.6 |
1.0 |
48.8 | 862 |
| 3 |
4.5* |
0.8* |
1.4* |
55.3* |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
37.2 | 486 |
| B |
-- |
-- |
0.4* |
99.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
53.7* |
9.8* |
14.6* |
17.1* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
-- |
-- |
92.0* |
-- |
2.0* |
2.0 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
2.2 |
-- |
-- |
0.7* |
0.7 |
-- |
0.7 |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
1.8 |
3.3* |
86.9 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1361:1370)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
33.8* |
2.8 |
2.7 |
3.9* |
2.0 |
3.8* |
0.2 |
-- |
-- |
0.8* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.5 |
-- |
0.3 |
48.7 | 862 |
| 3 |
43.2* |
3.9 |
0.4 |
1.6* |
3.1 |
6.4* |
0.2 |
-- |
-- |
1.4* |
-- |
0.2 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
38.8 | 486 |
| B |
77.3* |
1.5 |
0.4 |
2.7* |
2.3 |
11.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
3.0 | 264 |
| A |
14.6 |
36.6* |
2.4* |
2.4 |
22.0* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
17.1 |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
81.0* |
-- |
7.0* |
6.0* |
2.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
-- |
1.8* |
5.1* |
7.2* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
83.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1362:1369)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.6* |
43.1* |
2.4* |
2.8* |
0.1 |
0.5 |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
48.7 | 861 |
| 3 |
2.1* |
57.9* |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
38.7 | 485 |
| B |
1.5* |
94.3* |
-- |
0.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 263 |
| A |
14.6* |
80.5* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
83.0* |
11.0* |
2.0* |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
1.4* |
2.5* |
2.9* |
7.2* |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
84.1 | 276 |
| |
| Base Pair (1363:1368)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
3.6* |
31.5* |
7.2* |
5.3* |
1.1 |
0.8 |
0.7 |
-- |
-- |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
49.2 | 856 |
| 3 |
5.4* |
36.7* |
9.0* |
6.7* |
1.7 |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
39.2 | 480 |
| B |
0.8* |
63.6* |
16.7* |
12.4* |
1.9 |
1.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.7 | 258 |
| A |
58.5* |
29.3* |
-- |
-- |
7.3 |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
80.0* |
10.0* |
5.0* |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
100.0 | 181 |
| M |
1.4* |
5.1* |
3.3* |
2.9* |
0.4 |
0.4 |
1.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
84.0 | 276 |
| |
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