23S rRNA Model Base Pair Frequencies for Helical Element 1405
| Base Pair (1405:1597)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.2* |
42.5* |
20.6* |
2.7* |
0.1 |
1.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.1 |
-- |
-- |
30.5 | 845 |
| 3 |
1.7* |
73.6* |
16.4* |
4.5* |
-- |
3.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- | 469 |
| B |
0.8* |
74.1* |
23.2* |
0.8* |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 263 |
| A |
7.3* |
90.2* |
-- |
2.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
10.0* |
86.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
1.8* |
68.5* |
9.7* |
10.9* |
-- |
7.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 165 |
| M |
-- |
1.4* |
4.0* |
0.7* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
93.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1406:1596)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.0* |
9.0* |
14.6* |
25.7* |
4.0 |
2.6 |
1.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.2 |
31.8 | 847 |
| 3 |
14.9* |
14.6* |
20.8* |
36.3* |
4.2 |
3.8 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
2.3 | 471 |
| B |
5.3* |
8.0* |
18.9* |
49.2* |
4.5 |
6.1 |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.2 | 264 |
| A |
31.7* |
9.8* |
19.5* |
22.0* |
14.6 |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
15.0* |
7.0* |
15.0* |
43.0* |
14.0 |
3.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
25.9* |
26.5* |
24.1* |
19.3* |
1.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
1.2 |
-- | 166 |
| M |
-- |
-- |
4.0* |
1.4* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
93.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1407:1595)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
25.1* |
15.8* |
7.9* |
13.1* |
3.5 |
1.5 |
0.1 |
0.2 |
0.1 |
0.1 |
-- |
-- |
0.6 |
0.4 |
0.1 |
0.1 |
31.1 | 847 |
| 3 |
44.6* |
24.8* |
8.1* |
13.0* |
5.3 |
1.7 |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.2 |
0.2 |
0.2 | 471 |
| B |
29.2* |
33.3* |
9.5* |
16.3* |
8.0 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
1.1 |
-- |
-- |
0.4 | 264 |
| A |
7.3* |
63.4* |
26.8* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
17.0* |
22.0* |
45.0* |
5.0 |
5.0 |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
78.3* |
1.8* |
1.2* |
10.8* |
2.4 |
1.8 |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- | 166 |
| M |
0.4* |
-- |
2.9* |
1.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
94.6 | 276 |
| |
| Base Pair (1408:1594)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
19.4* |
18.7* |
17.8* |
4.4* |
3.8 |
1.5 |
0.5 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
-- |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.5 |
0.7 |
31.8 | 847 |
| 3 |
34.6* |
31.2* |
17.0* |
6.6* |
5.9 |
1.5 |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.8 | 471 |
| B |
6.4 |
45.8* |
25.8* |
6.4 |
9.5* |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
1.5 |
1.5 | 264 |
| A |
46.3* |
31.7* |
14.6* |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
11.0* |
67.0* |
7.0* |
2.0 |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
3.0 |
1.0 |
2.0 | 100 |
| E |
76.5* |
7.8* |
3.6* |
7.2* |
1.8 |
1.2 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- | 166 |
| M |
0.4* |
-- |
2.2* |
0.7* |
0.4 |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
95.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1409:1593)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
8.0* |
4.6 |
20.2* |
9.7 |
1.7 |
2.4 |
2.0 |
2.4 |
10.5* |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.8 |
0.4 |
1.5 |
1.9 |
33.6 | 846 |
| 3 |
14.3* |
4.9 |
21.5* |
15.5 |
2.8 |
3.0 |
3.2 |
4.3 |
18.9* |
-- |
0.4 |
-- |
1.5 |
0.6 |
2.1 |
2.6 |
4.5 | 470 |
| B |
15.2* |
3.0* |
36.7* |
20.8* |
4.2 |
5.3 |
3.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.8 |
-- |
2.7 |
0.8 |
1.9 |
4.5 |
0.4 | 264 |
| A |
56.1* |
22.0* |
4.9* |
14.6* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0* |
16.0* |
71.0* |
6.0* |
1.0 |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.4 |
3.6 |
1.2 |
7.3 |
0.6* |
-- |
3.6 |
11.5 |
53.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
3.0* |
-- |
12.0 | 165 |
| M |
-- |
0.4* |
1.1* |
1.8* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
95.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1410:1592)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.7* |
7.9* |
15.2* |
11.5* |
1.9 |
1.4 |
2.1 |
0.7 |
0.2 |
1.4 |
0.4 |
0.1 |
0.4 |
0.1 |
1.5 |
0.7 |
32.6 | 847 |
| 3 |
38.4* |
11.5* |
19.5* |
15.3* |
3.2 |
1.5 |
3.2 |
1.1 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.2 |
1.9 |
0.4 |
2.7 | 471 |
| B |
17.8* |
17.0* |
28.8* |
15.9* |
5.3 |
2.3 |
5.7 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.8 |
4.6 | 264 |
| A |
51.2* |
7.3* |
22.0* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
5.0* |
18.0* |
44.0* |
21.0* |
-- |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
7.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
68.1* |
3.6* |
4.2* |
13.3* |
0.6 |
0.6 |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
5.4 |
-- |
0.6 | 166 |
| M |
-- |
0.7* |
0.4* |
2.5* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
95.2 | 276 |
| |
| Base Pair (1411:1591)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
9.0* |
3.1* |
32.6* |
10.2* |
1.2 |
3.3 |
1.1 |
0.6 |
1.4 |
0.2 |
0.1 |
0.4 |
1.7 |
0.9 |
0.2 |
0.9 |
33.0 | 847 |
| 3 |
14.9* |
5.1* |
45.6* |
13.8* |
1.7 |
4.5 |
1.5 |
0.8 |
2.5 |
0.2 |
0.2 |
0.6 |
2.3 |
1.7 |
0.4 |
0.6 |
3.4 | 471 |
| B |
8.3* |
4.9* |
46.2* |
18.9* |
2.7 |
-- |
2.3 |
1.5 |
4.2 |
0.4 |
-- |
0.8 |
0.8 |
1.5 |
0.8 |
1.1 |
5.7 | 264 |
| A |
85.4* |
9.8* |
-- |
2.4* |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
9.0* |
2.0* |
63.0* |
23.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
7.8* |
4.2* |
56.0* |
8.4* |
0.6 |
12.0 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
5.4 |
2.4 |
-- |
-- |
0.6 | 166 |
| M |
-- |
-- |
2.5* |
0.4* |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
96.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1412:1590)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
21.5* |
5.7* |
17.4* |
16.3* |
1.2 |
0.4 |
1.1 |
0.4 |
0.6 |
0.2 |
0.4 |
0.4 |
0.8 |
0.2 |
1.4 |
0.8 |
31.4 | 847 |
| 3 |
37.6* |
10.0* |
21.9* |
20.2* |
2.1 |
0.2 |
1.7 |
0.4 |
0.6 |
-- |
0.4 |
-- |
1.3 |
0.4 |
1.9 |
0.6 |
0.6 | 471 |
| B |
9.5* |
12.1* |
32.6* |
33.0* |
3.8 |
0.4 |
2.7 |
0.8 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
1.5 |
-- |
1.9 |
0.8 |
-- | 264 |
| A |
63.4* |
22.0* |
-- |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
4.8 | 41 |
| C |
4.0* |
2.0* |
43.0* |
44.0* |
1.0 |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 | 100 |
| E |
75.9* |
3.6* |
10.2* |
3.6* |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
1.2 |
2.4 |
0.6 |
0.6 | 166 |
| M |
-- |
0.4* |
2.5* |
0.4* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
95.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1413:1589)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
13.1* |
0.6* |
9.4* |
15.1* |
9.6 |
1.3 |
2.1 |
1.3 |
1.9 |
0.7 |
0.2 |
0.2 |
2.8 |
3.0 |
0.9 |
2.4 |
35.3 | 847 |
| 3 |
20.2* |
1.1* |
9.3* |
25.1* |
16.6 |
1.3 |
1.5 |
1.3 |
3.0 |
0.6 |
0.4 |
0.4 |
2.8 |
4.7 |
1.3 |
3.4 |
7.1 | 471 |
| B |
18.6* |
1.9* |
4.9* |
41.3* |
2.7 |
1.9 |
1.5 |
1.9 |
5.3 |
1.1 |
0.4 |
0.8 |
3.0 |
1.9 |
2.3 |
3.4 |
7.2 | 264 |
| A |
2.4* |
-- |
68.3* |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
28.0* |
2.0* |
40.0* |
23.0* |
3.0 |
2.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
27.1 |
-- |
1.8* |
5.4 |
42.8* |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
0.6* |
-- |
3.0 |
10.2 |
-- |
4.2 |
3.0 | 166 |
| M |
-- |
-- |
0.4 |
1.1* |
-- |
0.4* |
0.4 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
0.4 |
-- |
96.1 | 276 |
| |
| Base Pair (1414:1588)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.5* |
11.3* |
9.5* |
9.9* |
1.5 |
5.6 |
4.4 |
1.4 |
4.3 |
0.2 |
0.4 |
0.8 |
0.9 |
0.4 |
2.9 |
2.5 |
37.6 | 857 |
| 3 |
11.2* |
20.0* |
10.6* |
16.4* |
2.7 |
9.1 |
6.4 |
2.3 |
7.5 |
-- |
0.6 |
1.2 |
0.8 |
0.6 |
0.6 |
0.8 |
8.9 | 481 |
| B |
5.7* |
26.1* |
10.6* |
12.9* |
2.7 |
16.3 |
7.2 |
1.9 |
1.9 |
-- |
0.8 |
1.1 |
1.5 |
1.1 |
0.8 |
0.8 |
8.7 | 264 |
| A |
4.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
68.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.4* |
24.4 | 41 |
| C |
5.0* |
6.0* |
65.0* |
11.0* |
1.0 |
10.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
21.0* |
15.3* |
13.1* |
25.6* |
3.4 |
0.6 |
6.8 |
3.4 |
1.7 |
-- |
0.6 |
1.7 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
5.7 | 176 |
| M |
0.4* |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.1* |
97.2 | 276 |
| |
| Base Pair (1415:1587)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
7.1* |
6.4 |
7.6 |
1.3 |
3.7 |
9.8* |
3.0* |
-- |
0.7 |
1.3 |
0.1 |
0.2* |
5.5 |
3.9 |
0.2 |
5.8 |
43.3 | 857 |
| 3 |
12.7* |
11.2 |
6.4 |
1.9 |
6.4 |
17.5* |
3.3* |
-- |
1.2 |
1.9 |
0.2 |
0.4* |
7.7 |
6.9 |
0.2 |
9.4 |
12.6 | 481 |
| B |
-- |
15.2 |
9.9 |
0.8* |
2.7 |
31.2* |
0.4 |
-- |
1.5 |
2.7 |
-- |
-- |
12.2* |
8.4 |
-- |
-- |
15.3 | 263 |
| A |
41.5* |
31.7* |
-- |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
29.0* |
1.0* |
45.0* |
13.0* |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
2.0 |
3.0 | 100 |
| E |
24.9* |
0.6* |
2.8 |
4.0 |
13.6 |
0.6 |
8.5* |
-- |
1.1 |
1.1 |
0.6 |
1.1 |
2.8 |
6.2 |
0.6 |
25.4* |
6.3 | 177 |
| M |
-- |
0.4* |
1.1* |
0.7* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
97.5 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1416:1582)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.9* |
9.5* |
10.2* |
2.5* |
5.1 |
2.2 |
0.6 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.5 |
1.1 |
0.6 |
3.2 |
0.4 |
3.9 |
38.6 | 857 |
| 3 |
30.8* |
16.4* |
10.0* |
0.8* |
7.5 |
3.7 |
0.6 |
-- |
0.2 |
1.5 |
0.8 |
1.7 |
1.0 |
5.6 |
0.4 |
6.7 |
12.2 | 481 |
| B |
54.2* |
11.4* |
6.1* |
1.1* |
13.6 |
4.9 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 264 |
| A |
7.3* |
61.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3* |
24.4 | 41 |
| C |
31.0* |
2.0* |
37.0* |
16.0* |
8.0 |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.1 |
13.6 |
18.2* |
0.6 |
-- |
2.8 |
1.7 |
-- |
-- |
4.0 |
2.3 |
4.5* |
2.8 |
15.3* |
1.1 |
16.5 |
15.4 | 176 |
| M |
-- |
-- |
0.7* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1417:1581)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
2.2 |
28.8* |
4.2 |
4.9* |
3.3 |
3.3 |
2.8 |
0.1 |
0.5 |
-- |
0.1 |
-- |
5.8* |
3.0 |
1.2* |
0.8 |
39.1 | 857 |
| 3 |
3.1 |
48.0* |
4.4 |
1.2* |
5.6 |
5.2 |
1.2 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
10.0* |
5.2 |
2.1* |
1.2 |
12.5 | 481 |
| B |
3.0* |
77.3* |
1.5* |
2.3* |
-- |
7.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.3 | 264 |
| A |
-- |
58.5* |
7.3* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
24.4 | 41 |
| C |
4.0* |
16.0* |
14.0* |
35.0* |
1.0 |
3.0 |
18.0 |
-- |
4.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 | 100 |
| E |
4.0 |
1.7* |
8.0 |
-- |
15.3 |
2.3 |
3.4 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
27.3* |
14.2 |
5.7* |
1.7 |
15.9 | 176 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.1 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1420:1578)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.5* |
10.9* |
5.9 |
7.0 |
0.8 |
0.2 |
0.1* |
0.2 |
0.6 |
0.2 |
-- |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
22.3* |
46.3 | 860 |
| 3 |
8.1* |
18.8* |
9.1 |
10.5 |
1.0 |
0.4 |
-- |
0.2 |
0.8 |
0.4 |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
39.5* |
9.8 | 484 |
| B |
-- |
-- |
-- |
11.4 |
0.4 |
0.8 |
-- |
-- |
1.5* |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
-- |
-- |
72.3* |
11.5 | 264 |
| A |
39.0* |
-- |
-- |
29.3* |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
-- |
-- |
3.0* |
3.0* |
2.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
88.0 | 100 |
| E |
12.8* |
50.8* |
24.6* |
5.0* |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.6 | 179 |
| M |
-- |
1.1* |
1.4* |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
94.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1421:1577)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
30.9* |
20.1* |
8.5* |
3.1* |
0.8 |
0.5 |
0.1 |
-- |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.2 |
-- |
0.3 |
-- |
0.5 |
34.4 | 860 |
| 3 |
54.5* |
21.5* |
11.4* |
2.5* |
0.8 |
0.8 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.8 | 484 |
| B |
89.0* |
0.4* |
-- |
0.8* |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
8.4 | 264 |
| A |
-- |
53.7* |
7.3* |
4.9* |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
26.8 | 41 |
| C |
-- |
69.0* |
13.0* |
7.0* |
3.0 |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
1.0 |
-- |
3.0 |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
16.2* |
45.3* |
29.1* |
4.5* |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.8 | 179 |
| M |
0.7* |
-- |
1.8* |
2.9* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.7 |
93.9 | 276 |
| |
| Base Pair (1422:1576)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.2 |
14.1* |
10.0* |
5.3 |
24.7* |
1.2 |
0.3 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.3 |
33.5 | 860 |
| 3 |
3.1 |
24.8* |
15.7* |
4.1 |
42.8* |
2.1 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
6.8 | 484 |
| B |
3.4 |
1.1* |
6.1* |
1.5 |
78.0* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
8.4 | 264 |
| A |
9.8* |
24.4* |
36.6* |
2.4* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
24.4 | 41 |
| C |
71.0* |
1.0* |
2.0* |
20.0* |
5.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- | 100 |
| E |
1.1* |
59.8* |
25.1* |
8.4* |
-- |
3.9 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 | 179 |
| M |
0.7* |
-- |
2.9* |
2.2* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.7 | 276 |
| |
| Base Pair (1423:1575)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
32.2* |
6.3* |
2.6* |
21.5* |
2.7 |
1.3 |
0.1 |
0.5 |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.1 |
32.2 | 859 |
| 3 |
54.9* |
11.2* |
2.7* |
18.8* |
4.3 |
2.3 |
0.2 |
0.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
4.2 | 483 |
| B |
55.9* |
1.5* |
2.7* |
30.8* |
0.4 |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
7.7 | 263 |
| A |
29.3* |
48.8* |
2.4* |
-- |
-- |
19.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
9.0* |
-- |
1.0* |
87.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
59.2* |
16.8* |
2.8* |
5.6* |
11.2 |
1.7 |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
1.1* |
-- |
2.9* |
2.5* |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.8 | 276 |
| |
| Base Pair (1424:1574)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
47.2* |
4.0* |
4.2* |
9.3* |
1.0 |
0.3 |
0.7 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
0.6 |
0.3 |
-- |
31.8 | 860 |
| 3 |
64.5* |
7.0* |
5.6* |
15.3* |
1.2 |
0.6 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
0.2 |
1.0 |
-- |
-- |
3.9 | 484 |
| B |
70.8* |
-- |
0.4* |
19.3* |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.9 |
-- |
-- |
6.4 | 264 |
| A |
9.8* |
70.7* |
17.1* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
89.0* |
-- |
-- |
2.0* |
3.0 |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.0 |
-- |
-- | 100 |
| E |
67.6* |
2.8* |
10.6* |
12.8* |
1.7 |
1.1 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.2 | 179 |
| M |
1.8* |
-- |
3.3* |
1.4* |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.5 | 276 |
| |
| Base Pair (1425:1573) (Tertiary)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
0.9 |
4.3 |
8.1* |
15.1* |
0.6 |
12.2 |
0.2 |
-- |
-- |
0.1 |
-- |
0.1 |
-- |
28.0* |
0.1 |
-- |
30.1 | 860 |
| 3 |
1.4 |
7.4 |
12.8* |
26.2* |
0.2 |
18.0 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
-- |
33.1* |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
0.8 |
0.4 |
15.2* |
-- |
0.4 |
22.0 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
60.6* |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
39.0 |
-- |
2.4* |
-- |
58.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
1.0 |
-- |
3.0* |
1.0* |
3.0 |
12.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
80.0* |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
2.8* |
10.6* |
12.3* |
70.4* |
-- |
2.8 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
-- |
0.4 |
1.8 |
0.7* |
0.4 |
2.2* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
0.4 |
-- |
93.5 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1429:1564)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
55.5* |
0.2 |
0.5 |
5.9* |
3.7 |
0.1* |
0.1 |
0.3 |
-- |
0.9* |
-- |
-- |
2.7 |
0.3 |
-- |
-- |
29.7 | 860 |
| 3 |
78.5* |
-- |
-- |
7.4* |
6.4 |
0.2* |
0.2 |
0.4 |
-- |
1.7* |
-- |
-- |
4.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 484 |
| B |
84.1* |
-- |
-- |
8.3* |
6.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.8 |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
85.4 |
-- |
-- |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
91.0* |
2.0* |
1.0* |
5.0* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
68.7* |
-- |
-- |
7.8* |
6.1 |
0.6* |
0.6 |
0.6 |
-- |
4.5* |
-- |
-- |
10.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- | 179 |
| M |
2.2* |
-- |
1.1* |
3.6* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1430:1563)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
4.4 |
31.4* |
3.5* |
11.2 |
13.0* |
5.3 |
0.1 |
0.1* |
0.1 |
-- |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
0.5 |
29.7 | 860 |
| 3 |
4.1 |
55.8* |
5.4* |
4.1 |
19.0* |
9.5 |
0.2 |
-- |
0.2 |
-- |
-- |
1.2 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- | 484 |
| B |
2.3 |
58.0* |
-- |
5.7 |
33.7* |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
14.6* |
78.0* |
-- |
2.4* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
17.0* |
-- |
-- |
62.0* |
18.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- | 100 |
| E |
4.5* |
47.5* |
14.5* |
2.2* |
0.6 |
25.7 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
3.4 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- | 179 |
| M |
0.4* |
-- |
1.4* |
5.1* |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1431:1562)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
1.0* |
14.1* |
5.6* |
44.4* |
0.6 |
3.6 |
0.1 |
0.2 |
-- |
-- |
0.3 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
30.0 | 860 |
| 3 |
1.4* |
24.6* |
9.3* |
57.0* |
0.2 |
6.2 |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.2 | 484 |
| B |
1.1* |
0.8* |
10.2* |
87.1* |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
51.2* |
29.3* |
19.5* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
-- |
-- |
95.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
2.2* |
53.6* |
3.4* |
21.2* |
-- |
16.8 |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 | 179 |
| M |
-- |
0.7* |
1.1* |
4.0* |
1.1 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
92.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1432:1561)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
43.1* |
0.9 |
2.3 |
5.1* |
2.4 |
13.3* |
-- |
0.7 |
-- |
0.1* |
0.1 |
0.2 |
0.2 |
0.5 |
0.3 |
0.1 |
30.5 | 860 |
| 3 |
58.1* |
1.4 |
2.7 |
5.8* |
4.3 |
23.1* |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
0.2 |
0.8 |
0.6 |
-- |
1.4 | 484 |
| B |
67.8* |
0.8 |
1.5 |
1.9* |
-- |
27.3* |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- | 264 |
| A |
-- |
7.3 |
-- |
-- |
-- |
92.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
89.0* |
-- |
1.0* |
7.0* |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- | 100 |
| E |
57.0* |
1.1* |
5.0* |
12.8* |
11.7 |
1.1 |
-- |
2.2 |
-- |
-- |
0.6 |
0.6 |
0.6 |
1.7 |
1.7 |
-- |
4.0 | 179 |
| M |
0.4* |
0.4* |
2.2* |
3.3* |
-- |
0.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
92.4 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1435:1557)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
38.3* |
3.3* |
1.3* |
7.3* |
7.4 |
0.2 |
0.8 |
2.2 |
0.6 |
1.0 |
0.8 |
0.2 |
1.5 |
1.3 |
-- |
2.0 |
31.7 | 860 |
| 3 |
50.0* |
5.8* |
1.0* |
12.0* |
13.0 |
0.4 |
1.4 |
3.9 |
1.0 |
1.9 |
1.4 |
0.4 |
2.5 |
1.9 |
-- |
3.3 |
-- | 484 |
| B |
61.0* |
10.2* |
0.8* |
17.0* |
1.5 |
0.4 |
1.5 |
-- |
1.9 |
1.9 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
2.3 |
-- | 264 |
| A |
100.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
86.0* |
-- |
2.0* |
5.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
2.0 |
-- |
1.0 |
2.0 | 100 |
| E |
36.3* |
0.6 |
1.1 |
36.9* |
5.6 |
1.7* |
-- |
1.7 |
-- |
0.6* |
3.4 |
-- |
-- |
1.7 |
0.6 |
10.1 |
-- | 179 |
| M |
0.4* |
-- |
1.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1436:1556)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
37.8* |
0.7* |
1.7* |
3.3* |
14.4 |
0.3 |
2.4 |
1.7 |
0.3 |
0.1 |
0.1 |
0.6 |
2.2 |
0.2 |
1.4 |
0.8 |
31.7 | 860 |
| 3 |
63.0* |
1.0* |
2.9 |
2.9 |
13.0 |
0.2 |
4.3* |
3.1 |
0.6 |
0.2 |
-- |
1.0 |
3.5 |
0.4 |
2.5 |
1.2* |
-- | 484 |
| B |
65.9* |
1.9* |
3.0* |
0.4* |
20.8 |
-- |
0.4 |
-- |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
5.7 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- | 264 |
| A |
95.1* |
-- |
-- |
2.4* |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
19.0 |
1.0* |
1.0* |
13.0 |
61.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
65.7* |
3.4* |
0.6* |
14.6* |
8.4 |
-- |
2.2 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
1.1 |
2.2 |
-- |
-- | 178 |
| M |
0.4* |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
98.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1437:1555)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
11.2* |
19.5* |
4.9* |
10.1* |
9.4 |
3.4 |
0.2 |
0.2 |
-- |
0.1 |
0.1 |
0.1 |
3.0 |
0.8 |
2.3 |
2.2 |
32.2 | 858 |
| 3 |
19.5* |
18.5* |
6.6* |
17.2* |
16.6 |
5.4 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.2 |
0.2 |
5.0 |
1.2 |
4.1 |
3.9 |
0.6 | 482 |
| B |
10.6* |
33.1* |
12.2* |
25.1* |
0.8 |
9.5 |
0.4 |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
6.8 |
-- |
0.8 |
-- |
-- | 263 |
| A |
51.2* |
2.4* |
-- |
29.3* |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
14.6 |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
2.0* |
78.0* |
10.0* |
3.0* |
1.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
-- |
-- |
2.0 | 100 |
| E |
13.6* |
57.1* |
5.1 |
1.7 |
1.7 |
9.0 |
-- |
-- |
-- |
-- |
1.7 |
-- |
-- |
2.3 |
-- |
7.9* |
-- | 177 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
1.1* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
98.6 | 276 |
| |
|
| Base Pair (1440:1551)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
6.2 |
11.9* |
2.8* |
10.7 |
17.9* |
2.9 |
1.4 |
1.3* |
0.7 |
0.5 |
0.6 |
2.3 |
0.1 |
0.7 |
1.3 |
0.9 |
37.7 | 859 |
| 3 |
8.9 |
21.1* |
4.3* |
12.4 |
30.8* |
5.2 |
0.6 |
1.2* |
0.6 |
0.2 |
0.8 |
3.3 |
0.2 |
1.0 |
2.3 |
1.2 |
5.6 | 483 |
| B |
5.7 |
3.4* |
7.6* |
19.7 |
48.9* |
-- |
1.1 |
1.9* |
0.4 |
0.4 |
1.1 |
-- |
-- |
-- |
3.8 |
1.9 |
4.2 | 264 |
| A |
53.7* |
2.4* |
-- |
2.4* |
41.5 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
9.0* |
-- |
2.0 |
32.0* |
5.0 |
-- |
9.0 |
5.0 |
2.0 |
3.0* |
1.0 |
4.0 |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
25.0 | 100 |
| E |
3.9* |
7.8* |
-- |
5.6* |
1.7 |
1.7 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
78.8 | 179 |
| M |
0.4* |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.0 | 276 |
| |
| Base Pair (1441:1550)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
20.6* |
5.3 |
5.9* |
6.0 |
6.9 |
0.3 |
0.5 |
0.7 |
2.2* |
0.2 |
0.5 |
12.3* |
0.5 |
2.1 |
0.1 |
2.0 |
33.8 | 860 |
| 3 |
33.1* |
9.1 |
10.1* |
5.2 |
8.5 |
0.4 |
-- |
0.6 |
0.8* |
0.2 |
0.8 |
21.9* |
0.2 |
2.7 |
0.2 |
3.1 |
3.0 | 484 |
| B |
41.3* |
14.4* |
12.1* |
8.0* |
14.8 |
0.4 |
-- |
0.8 |
1.5 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
4.9 |
-- |
0.8 |
0.8 | 264 |
| A |
80.5* |
4.9* |
-- |
9.8* |
2.4 |
-- |
-- |
2.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
17.0* |
2.0* |
2.0* |
26.0* |
18.0 |
1.0 |
3.0 |
3.0 |
15.0 |
1.0 |
-- |
-- |
3.0 |
5.0 |
-- |
2.0 |
2.0 | 100 |
| E |
0.6* |
2.8 |
9.5* |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
1.1 |
-- |
7.3* |
-- |
-- |
-- |
-- |
77.7 | 179 |
| M |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.5 | 276 |
| |
| Base Pair (1442:1549)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.8* |
24.9* |
12.0* |
6.5* |
0.6 |
4.1 |
0.3 |
0.2 |
0.1 |
2.6 |
0.3 |
0.3 |
0.8 |
1.7 |
0.3 |
1.5 |
32.7 | 860 |
| 3 |
18.4* |
39.5* |
16.5* |
10.1* |
0.6 |
6.8 |
-- |
-- |
-- |
0.2 |
0.6 |
0.4 |
0.2 |
2.7 |
0.4 |
2.5 |
1.0 | 484 |
| B |
27.3* |
21.2* |
26.1* |
11.0* |
0.8 |
1.9 |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
0.8 |
0.4 |
-- |
4.5 |
0.8 |
4.5 |
0.4 | 264 |
| A |
34.1* |
56.1* |
9.8* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
4.0* |
22.0* |
22.0* |
7.0* |
2.0 |
2.0 |
3.0 |
2.0 |
1.0 |
21.0 |
-- |
1.0 |
6.0 |
2.0 |
1.0 |
1.0 |
3.0 | 100 |
| E |
2.2* |
63.1* |
3.9* |
11.2* |
0.6 |
15.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
2.3 | 179 |
| M |
-- |
0.4* |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 276 |
| |
| Base Pair (1443:1548)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
10.8* |
18.2* |
15.3* |
3.6* |
0.6 |
5.1 |
-- |
0.7 |
0.2 |
0.8 |
0.7 |
2.6 |
0.3 |
0.3 |
3.4 |
4.3 |
33.0 | 859 |
| 3 |
19.3* |
30.0* |
17.2* |
5.6* |
0.8 |
8.9 |
-- |
0.8 |
0.4 |
0.4 |
1.2 |
4.6 |
0.2 |
0.4 |
3.7 |
5.0 |
1.4 | 483 |
| B |
28.0* |
14.8* |
19.7* |
6.8* |
0.8 |
3.0 |
-- |
1.5 |
0.4 |
0.8 |
2.3 |
4.2 |
-- |
0.8 |
6.8 |
9.1 |
1.2 | 264 |
| A |
36.6* |
29.3* |
7.3* |
12.2* |
4.9 |
9.8 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
-- |
11.0* |
48.0* |
4.0* |
-- |
1.0 |
-- |
2.0 |
-- |
5.0 |
-- |
-- |
2.0 |
1.0 |
11.0 |
12.0 |
3.0 | 100 |
| E |
2.8* |
52.8* |
15.7* |
2.2* |
-- |
17.4 |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
-- |
6.2 |
-- |
-- |
-- |
-- |
2.3 | 178 |
| M |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4 |
99.3 | 276 |
| |
| Base Pair (1444:1547)
| Collective Score |
| Aln
| GC
| CG
| UA
| AU
| GU
| UG
| AA
| AC
| AG
| CA
| CC
| CU
| GA
| GG
| UC
| UU
| gap
| Seq
|
|---|
| T |
27.3* |
2.4* |
2.6* |
22.4* |
3.3 |
0.2 |
0.2 |
1.0 |
1.3 |
0.1 |
-- |
0.5 |
-- |
0.3 |
0.7 |
1.9 |
35.6 | 860 |
| 3 |
45.0* |
4.1* |
2.3* |
32.9* |
3.9 |
0.4 |
0.2 |
-- |
2.3 |
0.2 |
-- |
0.4 |
-- |
0.6 |
0.2 |
1.7 |
5.8 | 484 |
| B |
22.0* |
0.8* |
0.8* |
53.0* |
5.7 |
-- |
0.4 |
-- |
4.2 |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
0.4 |
-- |
3.0 |
9.1 | 264 |
| A |
80.5* |
2.4* |
2.4* |
9.8* |
4.9 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- | 41 |
| C |
17.0* |
1.0* |
10.0* |
34.0* |
9.0 |
-- |
1.0 |
8.0 |
-- |
-- |
-- |
2.0 |
-- |
-- |
5.0 |
8.0 |
5.0 | 100 |
| E |
70.9* |
9.5* |
5.0* |
8.4* |
1.1 |
0.6 |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.6 |
-- |
0.6 |
0.6 |
-- |
2.8 | 179 |
| M |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
0.4* |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
-- |
99.4 | 276 |
| |
Last generated : Mon Jul 2 2001 (16 : 9)